May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
1zun_B_A
Genes: A B A+B
Length: 434 325 685
Sequences: 4971 762 990
Seq/Len: 11.45 2.34 1.45
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.63
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.04 0.05 1.25
2 0.04 0.05 1.29
5 0.04 0.05 1.30
10 0.04 0.05 1.30
20 0.04 0.06 1.30
100 0.06 0.06 1.32
∞ 0.15 0.09 1.35
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
317_S 180_K 3.01 1.00 1.00
262_A 73_G 2.00 0.98 0.95
293_F 67_R 1.80 0.95 0.91
51_I 213_I 1.66 0.92 0.85
83_Q 314_G 1.52 0.87 0.77
357_R 139_K 1.46 0.83 0.72
400_A 321_R 1.45 0.83 0.71
359_T 189_V 1.45 0.83 0.71
361_Y 193_N 1.43 0.81 0.69
65_K 291_I 1.29 0.71 0.56
412_T 188_N 1.24 0.67 0.51
305_A 64_H 1.22 0.65 0.48
362_V 267_V 1.19 0.62 0.45
76_A 62_M 1.16 0.59 0.42
388_L 211_L 1.16 0.59 0.42
49_K 213_I 1.14 0.58 0.40
164_I 287_S 1.12 0.55 0.37
151_I 133_M 1.10 0.53 0.35
122_A 137_G 1.09 0.53 0.35
111_T 200_I 1.09 0.52 0.34
105_K 215_Q 1.09 0.52 0.34
357_R 176_R 1.07 0.50 0.32
358_A 189_V 1.07 0.50 0.32
227_M 293_Q 1.02 0.46 0.28
280_P 176_R 1.02 0.46 0.27
206_L 186_L 1.02 0.45 0.27
182_A 292_I 1.02 0.45 0.27
347_M 118_G 1.01 0.44 0.26
107_I 215_Q 0.99 0.42 0.24
206_L 131_D 0.98 0.41 0.24
111_T 151_F 0.98 0.41 0.23
167_M 170_F 0.97 0.40 0.23
206_L 312_G 0.96 0.40 0.22
424_N 150_A 0.95 0.38 0.21
48_S 160_K 0.95 0.38 0.21
176_V 310_H 0.94 0.37 0.20
360_S 223_P 0.94 0.37 0.20
269_I 167_V 0.93 0.36 0.19
127_T 241_T 0.93 0.36 0.19
244_L 101_E 0.93 0.36 0.19
76_A 314_G 0.93 0.36 0.19
19_H 293_Q 0.93 0.36 0.19
122_A 312_G 0.92 0.36 0.19
424_N 170_F 0.92 0.35 0.19
320_D 186_L 0.92 0.35 0.19
65_K 229_F 0.92 0.35 0.18
98_Y 213_I 0.92 0.35 0.18
83_Q 318_E 0.91 0.35 0.18
225_S 103_G 0.90 0.34 0.17
151_I 114_G 0.90 0.33 0.17
83_Q 133_M 0.90 0.33 0.17
30_C 139_K 0.89 0.33 0.17
146_R 291_I 0.89 0.33 0.16
356_K 151_F 0.89 0.32 0.16
79_V 139_K 0.88 0.32 0.16
179_S 230_A 0.88 0.32 0.15
116_Q 186_L 0.88 0.32 0.15
286_R 281_V 0.87 0.31 0.15
280_P 131_D 0.87 0.31 0.15
240_N 298_T 0.87 0.30 0.15
174_E 74_K 0.86 0.30 0.14
424_N 193_N 0.86 0.30 0.14
27_F 292_I 0.86 0.30 0.14
381_G 250_I 0.85 0.29 0.13
232_T 82_V 0.84 0.28 0.13
84_A 299_R 0.84 0.28 0.13
246_F 73_G 0.84 0.28 0.13
279_L 176_R 0.84 0.28 0.13
340_V 137_G 0.83 0.28 0.13
346_P 282_E 0.83 0.28 0.12
76_A 213_I 0.83 0.28 0.12
142_Q 248_E 0.83 0.27 0.12
127_T 230_A 0.83 0.27 0.12
133_I 298_T 0.83 0.27 0.12
422_L 128_K 0.82 0.27 0.12
135_V 321_R 0.82 0.27 0.12
267_S 79_V 0.82 0.27 0.12
122_A 133_M 0.82 0.27 0.12
339_L 241_T 0.82 0.27 0.12
30_C 175_H 0.81 0.26 0.12
22_K 215_Q 0.81 0.26 0.12
53_E 319_K 0.81 0.26 0.11
151_I 200_I 0.81 0.26 0.11
177_F 258_E 0.81 0.26 0.11
133_I 118_G 0.80 0.25 0.11
276_I 235_V 0.80 0.25 0.11
211_V 321_R 0.80 0.25 0.11
272_K 262_I 0.80 0.25 0.11
25_L 198_E 0.80 0.25 0.11
160_I 105_D 0.80 0.25 0.11
423_T 118_G 0.80 0.25 0.11
116_Q 79_V 0.79 0.25 0.10
264_T 114_G 0.79 0.25 0.10
167_M 292_I 0.79 0.24 0.10
53_E 150_A 0.79 0.24 0.10
350_G 103_G 0.79 0.24 0.10
265_L 242_L 0.79 0.24 0.10
151_I 194_V 0.79 0.24 0.10
63_S 239_N 0.79 0.24 0.10
376_N 215_Q 0.79 0.24 0.10
371_H 168_Y 0.79 0.24 0.10
369_I 167_V 0.79 0.24 0.10
75_L 292_I 0.79 0.24 0.10
289_S 118_G 0.78 0.24 0.10
357_R 213_I 0.78 0.24 0.10
122_A 55_I 0.78 0.23 0.10
218_S 195_N 0.78 0.23 0.10
214_K 55_I 0.78 0.23 0.10
51_I 181_N 0.78 0.23 0.10
185_L 146_G 0.78 0.23 0.10
272_K 259_K 0.78 0.23 0.10
343_A 167_V 0.78 0.23 0.10
356_K 168_Y 0.78 0.23 0.10
394_V 75_L 0.78 0.23 0.10
336_D 149_A 0.78 0.23 0.10
265_L 261_R 0.77 0.23 0.10
415_A 189_V 0.77 0.23 0.10
341_W 245_I 0.77 0.23 0.09
261_F 105_D 0.77 0.23 0.09
362_V 229_F 0.77 0.23 0.09
111_T 279_G 0.77 0.23 0.09
344_E 259_K 0.77 0.23 0.09
378_L 66_A 0.77 0.23 0.09
74_D 301_S 0.76 0.22 0.09
98_Y 292_I 0.76 0.22 0.09
366_I 149_A 0.76 0.22 0.09
206_L 218_Y 0.76 0.22 0.09
360_S 195_N 0.76 0.22 0.09
24_M 170_F 0.75 0.21 0.09
210_N 88_F 0.75 0.21 0.08
198_M 314_G 0.75 0.21 0.08
97_R 279_G 0.75 0.21 0.08
160_I 321_R 0.75 0.21 0.08
203_M 300_T 0.75 0.21 0.08
132_I 232_E 0.75 0.21 0.08
271_H 232_E 0.75 0.21 0.08
184_Y 114_G 0.75 0.21 0.08
356_K 136_E 0.75 0.21 0.08
25_L 321_R 0.74 0.21 0.08
105_K 180_K 0.74 0.21 0.08
232_T 227_L 0.74 0.21 0.08
83_Q 269_F 0.74 0.21 0.08
354_D 193_N 0.74 0.21 0.08
280_P 136_E 0.74 0.21 0.08
73_V 298_T 0.74 0.21 0.08
123_T 280_A 0.74 0.21 0.08
250_Y 172_D 0.74 0.21 0.08
374_D 293_Q 0.74 0.21 0.08
152_A 62_M 0.74 0.20 0.08
103_K 107_I 0.73 0.20 0.08
173_D 281_V 0.73 0.20 0.08
305_A 67_R 0.73 0.20 0.08
83_Q 321_R 0.73 0.20 0.08
355_I 159_E 0.73 0.20 0.08
40_L 68_K 0.73 0.20 0.08
266_A 62_M 0.73 0.20 0.08
206_L 106_L 0.73 0.20 0.08
22_K 296_L 0.73 0.20 0.08
398_L 131_D 0.73 0.20 0.07
309_T 79_V 0.73 0.20 0.07
413_T 149_A 0.72 0.20 0.07
199_A 291_I 0.72 0.20 0.07
206_L 176_R 0.72 0.20 0.07
108_I 128_K 0.72 0.20 0.07
265_L 282_E 0.72 0.20 0.07
335_F 107_I 0.72 0.19 0.07
46_H 180_K 0.72 0.19 0.07
351_K 315_S 0.72 0.19 0.07
293_F 141_A 0.72 0.19 0.07
76_A 172_D 0.72 0.19 0.07
146_R 91_M 0.71 0.19 0.07
258_F 269_F 0.71 0.19 0.07
122_A 196_K 0.71 0.19 0.07
311_E 266_K 0.71 0.19 0.07
353_Y 269_F 0.71 0.19 0.07
285_S 62_M 0.71 0.19 0.07
30_C 129_H 0.71 0.19 0.07
47_D 92_Y 0.71 0.19 0.07
79_V 175_H 0.71 0.19 0.07
157_I 125_G 0.71 0.19 0.07
108_I 269_F 0.71 0.19 0.07
64_K 105_D 0.71 0.19 0.07
375_V 180_K 0.71 0.19 0.07
241_Y 284_E 0.71 0.19 0.07
135_V 224_I 0.71 0.19 0.07
79_V 305_G 0.71 0.19 0.07
135_V 146_G 0.71 0.19 0.07
111_T 126_S 0.71 0.19 0.07
108_I 318_E 0.71 0.19 0.07
357_R 64_H 0.71 0.19 0.07
184_Y 205_L 0.71 0.19 0.07
214_K 281_V 0.71 0.18 0.07
211_V 194_V 0.70 0.18 0.07
169_L 178_D 0.70 0.18 0.07
97_R 187_W 0.70 0.18 0.07
164_I 243_I 0.70 0.18 0.07
108_I 172_D 0.70 0.18 0.07
111_T 66_A 0.70 0.18 0.07
79_V 313_A 0.70 0.18 0.06
167_M 131_D 0.70 0.18 0.06
169_L 62_M 0.70 0.18 0.06
331_V 67_R 0.69 0.18 0.06
184_Y 141_A 0.69 0.18 0.06
316_I 265_K 0.69 0.18 0.06
212_V 190_Y 0.69 0.18 0.06
421_R 275_Y 0.69 0.18 0.06
30_C 249_R 0.69 0.18 0.06
47_D 312_G 0.69 0.18 0.06
48_S 211_L 0.69 0.18 0.06
301_G 290_D 0.69 0.17 0.06
332_S 73_G 0.69 0.17 0.06
276_I 167_V 0.69 0.17 0.06
225_S 284_E 0.69 0.17 0.06
206_L 321_R 0.69 0.17 0.06
271_H 292_I 0.69 0.17 0.06
66_S 312_G 0.69 0.17 0.06
323_V 260_S 0.69 0.17 0.06
44_L 298_T 0.69 0.17 0.06
96_Y 190_Y 0.68 0.17 0.06
55_H 61_V 0.68 0.17 0.06
41_I 114_G 0.68 0.17 0.06
311_E 116_A 0.68 0.17 0.06
432_I 117_Q 0.68 0.17 0.06
356_K 63_L 0.68 0.17 0.06
23_E 98_M 0.68 0.17 0.06
61_R 266_K 0.68 0.17 0.06
151_I 149_A 0.68 0.17 0.06
392_G 310_H 0.68 0.17 0.06
102_A 296_L 0.68 0.17 0.06
40_L 64_H 0.68 0.17 0.06
173_D 101_E 0.68 0.17 0.06
218_S 266_K 0.68 0.17 0.06
160_I 263_V 0.68 0.17 0.06
341_W 78_P 0.68 0.17 0.06
159_H 181_N 0.68 0.17 0.06
304_Q 75_L 0.68 0.17 0.06
102_A 205_L 0.68 0.17 0.06
406_G 262_I 0.68 0.17 0.06
160_I 298_T 0.68 0.17 0.06
266_A 230_A 0.68 0.17 0.06
83_Q 131_D 0.68 0.17 0.06
276_I 231_A 0.68 0.17 0.06
178_E 286_T 0.68 0.17 0.06
339_L 261_R 0.68 0.17 0.06
423_T 248_E 0.67 0.17 0.06
340_V 319_K 0.67 0.17 0.06
184_Y 80_M 0.67 0.17 0.06
156_G 305_G 0.67 0.17 0.06
48_S 279_G 0.67 0.17 0.06
67_G 62_M 0.67 0.17 0.06
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.2373 seconds.