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OPENSEQ.org
1kf6_M_O
Genes: A B A+B
Length: 602 130 609
Sequences: 2766 156 75
Seq/Len: 4.59 1.2 0.12
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.07 0.01
2 0.01 0.07 0.10
5 0.01 0.07 0.10
10 0.01 0.07 0.10
20 0.01 0.07 0.10
100 0.03 0.07 0.10
∞ 0.14 0.07 0.12
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
240_S 94_A 1.65 0.29 0.00
136_M 56_W 1.64 0.29 0.00
94_M 50_K 1.42 0.20 0.00
206_G 4_R 1.40 0.19 0.00
206_G 6_P 1.39 0.19 0.00
336_A 112_L 1.33 0.17 0.00
355_A 69_V 1.31 0.17 0.00
91_P 59_F 1.28 0.16 0.00
464_C 38_F 1.26 0.15 0.00
314_Y 111_S 1.26 0.15 0.00
11_V 40_I 1.26 0.15 0.00
339_Y 90_A 1.25 0.15 0.00
369_E 113_W 1.23 0.14 0.00
345_V 73_L 1.20 0.14 0.00
153_F 63_L 1.19 0.13 0.00
223_P 18_K 1.18 0.13 0.00
324_K 127_A 1.18 0.13 0.00
290_K 65_N 1.17 0.13 0.00
157_F 36_V 1.17 0.13 0.00
165_D 57_A 1.17 0.13 0.00
325_L 112_L 1.17 0.13 0.00
338_A 45_G 1.17 0.13 0.00
53_S 90_A 1.16 0.13 0.00
55_A 68_I 1.16 0.12 0.00
164_D 38_F 1.14 0.12 0.00
365_D 69_V 1.13 0.12 0.00
475_K 83_T 1.13 0.12 0.00
220_H 21_F 1.12 0.12 0.00
256_V 83_T 1.12 0.12 0.00
382_S 11_M 1.12 0.12 0.00
169_R 59_F 1.11 0.12 0.00
90_C 112_L 1.11 0.12 0.00
153_F 103_M 1.11 0.12 0.00
479_K 117_V 1.11 0.12 0.00
236_G 93_A 1.10 0.11 0.00
507_I 5_K 1.10 0.11 0.00
372_I 72_N 1.09 0.11 0.00
467_Y 26_M 1.08 0.11 0.00
464_C 56_W 1.08 0.11 0.00
452_I 65_N 1.07 0.11 0.00
3_T 51_N 1.07 0.11 0.00
349_I 32_A 1.07 0.11 0.00
188_A 60_V 1.07 0.11 0.00
369_E 18_K 1.06 0.11 0.00
176_M 72_N 1.06 0.10 0.00
191_M 99_K 1.06 0.10 0.00
13_A 101_E 1.05 0.10 0.00
405_R 69_V 1.05 0.10 0.00
398_A 23_R 1.05 0.10 0.00
11_V 64_Q 1.04 0.10 0.00
156_H 3_K 1.04 0.10 0.00
425_A 81_L 1.04 0.10 0.00
132_T 16_W 1.04 0.10 0.00
510_G 9_R 1.03 0.10 0.00
53_S 71_I 1.03 0.10 0.00
107_R 26_M 1.03 0.10 0.00
480_L 14_T 1.03 0.10 0.00
214_M 86_W 1.02 0.10 0.00
244_M 5_K 1.02 0.10 0.00
477_I 80_L 1.02 0.10 0.00
91_P 83_T 1.02 0.10 0.00
386_L 36_V 1.02 0.10 0.00
376_F 31_T 1.02 0.10 0.00
336_A 62_F 1.02 0.10 0.00
501_T 53_P 1.01 0.10 0.00
382_S 90_A 1.01 0.10 0.00
240_S 111_S 1.01 0.10 0.00
96_Q 76_L 1.00 0.09 0.00
351_V 86_W 1.00 0.09 0.00
501_T 100_D 1.00 0.09 0.00
158_V 38_F 1.00 0.09 0.00
312_V 56_W 0.99 0.09 0.00
351_V 39_S 0.99 0.09 0.00
188_A 10_P 0.98 0.09 0.00
325_L 116_T 0.98 0.09 0.00
323_K 63_L 0.98 0.09 0.00
301_K 69_V 0.98 0.09 0.00
484_Q 33_V 0.97 0.09 0.00
108_P 103_M 0.97 0.09 0.00
158_V 43_I 0.96 0.09 0.00
53_S 17_K 0.96 0.09 0.00
291_V 123_I 0.96 0.09 0.00
301_K 26_M 0.96 0.09 0.00
239_G 59_F 0.94 0.08 0.00
484_Q 21_F 0.94 0.08 0.00
339_Y 112_L 0.94 0.08 0.00
202_Y 93_A 0.93 0.08 0.00
96_Q 3_K 0.93 0.08 0.00
290_K 103_M 0.93 0.08 0.00
202_Y 104_G 0.93 0.08 0.00
173_A 95_N 0.92 0.08 0.00
55_A 16_W 0.92 0.08 0.00
518_C 75_T 0.92 0.08 0.00
501_T 10_P 0.92 0.08 0.00
156_H 95_N 0.91 0.08 0.00
488_K 58_G 0.91 0.08 0.00
178_E 95_N 0.91 0.08 0.00
132_T 106_E 0.90 0.08 0.00
511_H 127_A 0.90 0.08 0.00
95_T 83_T 0.90 0.08 0.00
68_H 101_E 0.90 0.08 0.00
171_L 33_V 0.90 0.08 0.00
64_E 73_L 0.89 0.08 0.00
178_E 24_F 0.89 0.08 0.00
145_L 49_L 0.89 0.08 0.00
2_Q 99_K 0.89 0.08 0.00
9_A 100_D 0.89 0.08 0.00
548_F 111_S 0.89 0.08 0.00
151_Q 96_I 0.89 0.08 0.00
166_G 127_A 0.89 0.07 0.00
448_N 100_D 0.89 0.07 0.00
398_A 51_N 0.89 0.07 0.00
475_K 27_L 0.89 0.07 0.00
240_S 89_L 0.88 0.07 0.00
167_H 65_N 0.88 0.07 0.00
2_Q 62_F 0.88 0.07 0.00
532_A 59_F 0.88 0.07 0.00
532_A 92_K 0.88 0.07 0.00
503_L 123_I 0.88 0.07 0.00
33_I 79_A 0.88 0.07 0.00
55_A 38_F 0.88 0.07 0.00
158_V 16_W 0.88 0.07 0.00
464_C 22_Y 0.88 0.07 0.00
55_A 62_F 0.88 0.07 0.00
290_K 35_A 0.88 0.07 0.00
90_C 123_I 0.88 0.07 0.00
351_V 92_K 0.88 0.07 0.00
325_L 73_L 0.88 0.07 0.00
225_R 59_F 0.87 0.07 0.00
332_I 59_F 0.87 0.07 0.00
383_S 59_F 0.87 0.07 0.00
385_G 59_F 0.87 0.07 0.00
387_H 59_F 0.87 0.07 0.00
463_G 16_W 0.87 0.07 0.00
305_I 92_K 0.87 0.07 0.00
47_V 105_P 0.87 0.07 0.00
464_C 32_A 0.86 0.07 0.00
280_N 4_R 0.86 0.07 0.00
107_R 21_F 0.86 0.07 0.00
339_Y 89_L 0.86 0.07 0.00
199_V 86_W 0.85 0.07 0.00
13_A 125_F 0.85 0.07 0.00
527_K 78_A 0.85 0.07 0.00
312_V 72_N 0.85 0.07 0.00
161_I 46_L 0.85 0.07 0.00
339_Y 36_V 0.85 0.07 0.00
456_M 98_V 0.85 0.07 0.00
312_V 38_F 0.85 0.07 0.00
354_T 93_A 0.85 0.07 0.00
382_S 78_A 0.85 0.07 0.00
501_T 71_I 0.84 0.07 0.00
3_T 121_I 0.84 0.07 0.00
176_M 56_W 0.84 0.07 0.00
164_D 81_L 0.84 0.07 0.00
190_V 17_K 0.83 0.07 0.00
548_F 123_I 0.83 0.07 0.00
88_H 114_A 0.83 0.07 0.00
354_T 90_A 0.83 0.07 0.00
348_P 49_L 0.83 0.07 0.00
290_K 62_F 0.83 0.07 0.00
188_A 127_A 0.83 0.07 0.00
354_T 59_F 0.83 0.07 0.00
55_A 34_P 0.83 0.07 0.00
132_T 97_I 0.83 0.07 0.00
16_A 56_W 0.83 0.07 0.00
456_M 103_M 0.83 0.07 0.00
469_T 2_T 0.82 0.07 0.00
55_A 48_A 0.82 0.07 0.00
176_M 38_F 0.82 0.07 0.00
237_L 28_R 0.82 0.07 0.00
382_S 123_I 0.82 0.07 0.00
517_E 75_T 0.82 0.07 0.00
351_V 32_A 0.82 0.07 0.00
378_V 36_V 0.82 0.07 0.00
308_P 86_W 0.82 0.07 0.00
57_A 89_L 0.82 0.07 0.00
364_T 79_A 0.82 0.07 0.00
123_E 4_R 0.82 0.07 0.00
536_L 49_L 0.82 0.07 0.00
301_K 27_L 0.82 0.07 0.00
354_T 95_N 0.82 0.07 0.00
67_F 45_G 0.82 0.07 0.00
250_G 45_G 0.82 0.07 0.00
328_R 45_G 0.82 0.07 0.00
183_Q 59_F 0.82 0.07 0.00
197_G 56_W 0.82 0.07 0.00
450_A 75_T 0.81 0.07 0.00
90_C 93_A 0.81 0.07 0.00
452_I 10_P 0.81 0.07 0.00
476_T 6_P 0.81 0.07 0.00
206_G 124_L 0.81 0.07 0.00
225_R 116_T 0.81 0.07 0.00
301_K 94_A 0.81 0.07 0.00
332_I 116_T 0.81 0.07 0.00
383_S 116_T 0.81 0.07 0.00
385_G 116_T 0.81 0.07 0.00
387_H 116_T 0.81 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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