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OPENSEQ.org
yqfa vs 2GFW
Genes: A B A+B
Length: 219 427 614
Sequences: 1993 12943 53
Seq/Len: 9.1 30.31 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.55
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.09 0.01
2 0.00 0.11 0.01
5 0.00 0.13 0.02
10 0.00 0.14 0.04
20 0.00 0.15 0.08
100 0.00 0.17 0.27
∞ 0.03 0.24 1.46
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
163_L 362_A 1.47 0.18 0.00
159_M 180_S 1.44 0.17 0.00
51_I 92_G 1.43 0.17 0.00
107_L 294_A 1.43 0.17 0.00
64_L 176_T 1.36 0.15 0.00
13_L 302_L 1.35 0.15 0.00
119_I 101_Q 1.32 0.14 0.00
159_M 260_H 1.32 0.14 0.00
67_A 272_L 1.31 0.14 0.00
156_I 223_L 1.30 0.14 0.00
121_S 37_S 1.30 0.14 0.00
92_Y 98_Q 1.30 0.14 0.00
172_A 258_Y 1.28 0.13 0.00
30_G 272_L 1.27 0.13 0.00
56_L 37_S 1.27 0.13 0.00
127_I 68_V 1.26 0.13 0.00
32_V 103_S 1.22 0.12 0.00
57_Y 289_E 1.21 0.12 0.00
98_T 337_F 1.21 0.12 0.00
116_M 103_S 1.20 0.12 0.00
140_L 30_P 1.20 0.12 0.00
33_G 351_S 1.20 0.12 0.00
93_L 22_V 1.19 0.11 0.00
102_F 413_F 1.19 0.11 0.00
126_G 32_G 1.17 0.11 0.00
85_K 123_I 1.16 0.11 0.00
188_K 68_V 1.16 0.11 0.00
115_L 197_A 1.15 0.10 0.00
98_T 24_G 1.15 0.10 0.00
65_F 296_L 1.14 0.10 0.00
167_S 231_Q 1.13 0.10 0.00
57_Y 246_L 1.13 0.10 0.00
53_S 347_S 1.12 0.10 0.00
154_V 98_Q 1.12 0.10 0.00
116_M 232_A 1.11 0.10 0.00
180_L 113_T 1.11 0.10 0.00
61_M 84_K 1.10 0.10 0.00
172_A 22_V 1.10 0.10 0.00
142_L 158_A 1.10 0.10 0.00
33_G 201_V 1.09 0.10 0.00
209_F 313_G 1.09 0.10 0.00
66_L 270_A 1.08 0.09 0.00
148_M 259_E 1.08 0.09 0.00
153_L 335_T 1.08 0.09 0.00
128_L 37_S 1.07 0.09 0.00
57_Y 422_L 1.07 0.09 0.00
22_S 143_K 1.07 0.09 0.00
186_V 167_L 1.07 0.09 0.00
69_T 179_T 1.06 0.09 0.00
128_L 306_G 1.06 0.09 0.00
20_S 28_L 1.06 0.09 0.00
171_L 121_S 1.06 0.09 0.00
69_T 156_M 1.05 0.09 0.00
31_I 378_P 1.05 0.09 0.00
92_Y 97_V 1.04 0.09 0.00
166_G 93_I 1.04 0.09 0.00
71_Y 257_E 1.03 0.09 0.00
127_I 247_G 1.03 0.09 0.00
17_I 371_A 1.03 0.09 0.00
70_L 366_I 1.03 0.09 0.00
194_H 330_A 1.02 0.09 0.00
60_S 100_M 1.02 0.09 0.00
173_V 311_Q 1.02 0.09 0.00
69_T 115_I 1.02 0.09 0.00
103_L 325_G 1.02 0.08 0.00
182_V 174_I 1.02 0.08 0.00
99_Y 120_G 1.02 0.08 0.00
19_N 346_V 1.02 0.08 0.00
118_V 168_R 1.02 0.08 0.00
15_E 346_V 1.01 0.08 0.00
67_A 33_N 1.01 0.08 0.00
65_F 165_Y 1.00 0.08 0.00
93_L 337_F 1.00 0.08 0.00
182_V 289_E 1.00 0.08 0.00
103_L 382_N 1.00 0.08 0.00
31_I 421_S 1.00 0.08 0.00
21_V 302_L 1.00 0.08 0.00
140_L 290_N 0.99 0.08 0.00
86_F 269_Y 0.99 0.08 0.00
118_V 22_V 0.99 0.08 0.00
47_S 89_I 0.99 0.08 0.00
179_S 311_Q 0.99 0.08 0.00
31_I 336_I 0.98 0.08 0.00
30_G 257_E 0.98 0.08 0.00
71_Y 190_R 0.98 0.08 0.00
152_S 260_H 0.97 0.08 0.00
22_S 144_I 0.97 0.08 0.00
97_G 319_G 0.97 0.08 0.00
176_V 337_F 0.97 0.08 0.00
179_S 309_A 0.97 0.08 0.00
185_Y 281_A 0.96 0.08 0.00
27_L 144_I 0.96 0.08 0.00
53_S 426_K 0.96 0.07 0.00
169_T 161_L 0.96 0.07 0.00
74_I 54_H 0.95 0.07 0.00
60_S 193_A 0.95 0.07 0.00
71_Y 201_V 0.95 0.07 0.00
84_K 151_S 0.95 0.07 0.00
80_K 125_G 0.95 0.07 0.00
184_F 198_D 0.95 0.07 0.00
105_V 413_F 0.95 0.07 0.00
94_L 223_L 0.95 0.07 0.00
56_L 291_G 0.94 0.07 0.00
61_M 176_T 0.94 0.07 0.00
20_S 152_T 0.94 0.07 0.00
51_I 426_K 0.94 0.07 0.00
87_D 188_A 0.94 0.07 0.00
57_Y 237_W 0.94 0.07 0.00
59_G 279_S 0.94 0.07 0.00
105_V 160_H 0.94 0.07 0.00
55_S 192_I 0.94 0.07 0.00
90_A 220_A 0.93 0.07 0.00
163_L 297_A 0.93 0.07 0.00
123_A 120_G 0.93 0.07 0.00
172_A 427_I 0.93 0.07 0.00
103_L 143_K 0.93 0.07 0.00
25_I 197_A 0.93 0.07 0.00
173_V 104_G 0.93 0.07 0.00
159_M 315_V 0.93 0.07 0.00
82_W 223_L 0.93 0.07 0.00
168_V 147_F 0.92 0.07 0.00
69_T 236_P 0.92 0.07 0.00
147_A 284_M 0.92 0.07 0.00
30_G 215_G 0.92 0.07 0.00
185_Y 239_K 0.92 0.07 0.00
112_A 25_L 0.92 0.07 0.00
86_F 420_G 0.92 0.07 0.00
153_L 175_A 0.92 0.07 0.00
140_L 66_G 0.92 0.07 0.00
22_S 157_V 0.92 0.07 0.00
163_L 325_G 0.92 0.07 0.00
48_A 346_V 0.91 0.07 0.00
197_W 297_A 0.91 0.07 0.00
106_G 306_G 0.91 0.07 0.00
60_S 205_A 0.91 0.07 0.00
148_M 412_S 0.91 0.07 0.00
69_T 90_Q 0.91 0.07 0.00
30_G 324_A 0.91 0.07 0.00
164_A 162_T 0.91 0.07 0.00
143_V 128_L 0.91 0.07 0.00
98_T 396_P 0.91 0.07 0.00
107_L 416_G 0.90 0.07 0.00
25_I 162_T 0.90 0.07 0.00
74_I 149_V 0.90 0.07 0.00
83_L 112_A 0.90 0.07 0.00
188_K 176_T 0.90 0.07 0.00
56_L 28_L 0.90 0.07 0.00
20_S 289_E 0.90 0.07 0.00
58_G 105_L 0.90 0.07 0.00
90_A 253_L 0.90 0.07 0.00
53_S 41_A 0.90 0.07 0.00
98_T 418_T 0.90 0.07 0.00
18_A 370_L 0.89 0.07 0.00
126_G 298_M 0.89 0.07 0.00
176_V 348_S 0.89 0.07 0.00
148_M 319_G 0.89 0.07 0.00
47_S 142_R 0.89 0.07 0.00
105_V 48_G 0.89 0.07 0.00
169_T 336_I 0.89 0.07 0.00
69_T 94_V 0.88 0.07 0.00
71_Y 167_L 0.88 0.07 0.00
119_I 224_S 0.88 0.07 0.00
140_L 371_A 0.88 0.07 0.00
119_I 184_N 0.88 0.07 0.00
176_V 22_V 0.88 0.07 0.00
68_S 243_G 0.88 0.07 0.00
68_S 318_H 0.88 0.07 0.00
68_S 329_E 0.88 0.07 0.00
68_S 354_G 0.88 0.07 0.00
68_S 355_H 0.88 0.07 0.00
90_A 35_V 0.88 0.07 0.00
91_I 243_G 0.88 0.07 0.00
91_I 318_H 0.88 0.07 0.00
91_I 329_E 0.88 0.07 0.00
91_I 354_G 0.88 0.07 0.00
91_I 355_H 0.88 0.07 0.00
95_I 243_G 0.88 0.07 0.00
95_I 318_H 0.88 0.07 0.00
95_I 329_E 0.88 0.07 0.00
95_I 354_G 0.88 0.07 0.00
95_I 355_H 0.88 0.07 0.00
101_P 243_G 0.88 0.07 0.00
101_P 318_H 0.88 0.07 0.00
101_P 329_E 0.88 0.07 0.00
101_P 354_G 0.88 0.07 0.00
101_P 355_H 0.88 0.07 0.00
120_W 243_G 0.88 0.07 0.00
120_W 318_H 0.88 0.07 0.00
120_W 329_E 0.88 0.07 0.00
120_W 354_G 0.88 0.07 0.00
120_W 355_H 0.88 0.07 0.00
149_G 243_G 0.88 0.07 0.00
149_G 318_H 0.88 0.07 0.00
149_G 329_E 0.88 0.07 0.00
149_G 354_G 0.88 0.07 0.00
149_G 355_H 0.88 0.07 0.00
175_G 243_G 0.88 0.07 0.00
175_G 318_H 0.88 0.07 0.00
175_G 329_E 0.88 0.07 0.00
175_G 354_G 0.88 0.07 0.00
175_G 355_H 0.88 0.07 0.00
178_Y 243_G 0.88 0.07 0.00
178_Y 318_H 0.88 0.07 0.00
178_Y 329_E 0.88 0.07 0.00
178_Y 354_G 0.88 0.07 0.00
178_Y 355_H 0.88 0.07 0.00
181_G 243_G 0.88 0.07 0.00
181_G 318_H 0.88 0.07 0.00
181_G 329_E 0.88 0.07 0.00
181_G 354_G 0.88 0.07 0.00
181_G 355_H 0.88 0.07 0.00
115_L 291_G 0.88 0.07 0.00
125_L 25_L 0.87 0.07 0.00
56_L 330_A 0.87 0.07 0.00
22_S 324_A 0.87 0.07 0.00
150_W 287_P 0.87 0.07 0.00
174_G 287_P 0.87 0.07 0.00
185_Y 425_K 0.87 0.07 0.00
93_L 34_T 0.87 0.07 0.00
156_I 424_F 0.87 0.07 0.00
25_I 159_G 0.87 0.06 0.00
105_V 29_S 0.87 0.06 0.00
173_V 242_D 0.87 0.06 0.00
16_E 346_V 0.87 0.06 0.00
18_A 351_S 0.87 0.06 0.00
27_L 152_T 0.86 0.06 0.00
89_C 377_V 0.86 0.06 0.00
150_W 99_A 0.86 0.06 0.00
174_G 99_A 0.86 0.06 0.00
22_S 154_V 0.86 0.06 0.00
41_A 257_E 0.86 0.06 0.00
33_G 421_S 0.86 0.06 0.00
169_T 199_V 0.86 0.06 0.00
56_L 150_P 0.86 0.06 0.00
38_L 67_L 0.86 0.06 0.00
146_L 104_G 0.86 0.06 0.00
73_A 100_M 0.85 0.06 0.00
12_S 386_P 0.85 0.06 0.00
116_M 375_Q 0.85 0.06 0.00
37_L 199_V 0.85 0.06 0.00
147_A 420_G 0.85 0.06 0.00
86_F 168_R 0.85 0.06 0.00
180_L 220_A 0.85 0.06 0.00
94_L 246_L 0.85 0.06 0.00
13_L 151_S 0.85 0.06 0.00
99_Y 359_A 0.85 0.06 0.00
97_G 195_G 0.85 0.06 0.00
27_L 284_M 0.85 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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