May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
MFD_MYCTU_1-450-UVRA_MYCTU_89-515
Genes: A B A+B
Length: 480 427 869
Sequences: 9529 7181 1021
Seq/Len: 19.85 16.82 1.17
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.84
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 1.13
2 0.00 0.00 1.30
5 0.00 0.00 1.55
10 0.00 0.00 1.75
20 0.00 0.01 1.87
100 0.01 0.01 2.28
∞ 0.09 0.02 4.02
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
246_L 193_A 1.29 0.65 0.00
341_W 266_I 1.20 0.57 0.00
436_G 60_R 1.18 0.55 0.00
462_K 203_R 1.16 0.53 0.00
269_V 172_G 1.14 0.51 0.00
191_R 266_I 1.13 0.50 0.00
447_E 318_F 1.13 0.50 0.00
287_D 172_G 1.12 0.49 0.00
142_Q 235_Y 1.12 0.49 0.00
113_M 189_S 1.12 0.49 0.00
58_R 352_K 1.10 0.47 0.00
47_S 36_C 1.08 0.45 0.00
438_A 93_D 1.07 0.44 0.00
245_L 244_G 1.07 0.44 0.00
167_V 167_L 1.06 0.43 0.00
479_I 177_V 1.05 0.43 0.00
438_A 405_S 1.05 0.42 0.00
197_I 44_T 1.05 0.42 0.00
275_D 180_L 1.03 0.41 0.00
33_A 310_Q 1.03 0.41 0.00
328_D 244_G 1.02 0.40 0.00
194_I 88_S 1.02 0.40 0.00
300_G 314_R 1.02 0.39 0.00
44_A 36_C 1.01 0.39 0.00
217_E 126_A 1.01 0.39 0.00
468_V 195_P 0.99 0.37 0.00
448_S 336_I 0.99 0.37 0.00
64_V 299_L 0.98 0.36 0.00
269_V 14_I 0.98 0.36 0.00
295_V 46_Q 0.98 0.36 0.00
113_M 162_R 0.98 0.36 0.00
73_D 198_S 0.97 0.35 0.00
445_L 162_R 0.97 0.35 0.00
113_M 226_P 0.97 0.35 0.00
186_G 235_Y 0.97 0.35 0.00
24_P 208_P 0.96 0.34 0.00
452_A 195_P 0.96 0.34 0.00
460_A 115_V 0.96 0.34 0.00
245_L 67_V 0.96 0.34 0.00
300_G 214_D 0.96 0.34 0.00
376_A 87_Y 0.95 0.33 0.00
462_K 41_A 0.94 0.33 0.00
76_A 167_L 0.94 0.32 0.00
341_W 46_Q 0.93 0.32 0.00
40_L 227_W 0.93 0.32 0.00
300_G 165_E 0.93 0.31 0.00
67_A 3_T 0.93 0.31 0.00
76_A 181_E 0.92 0.31 0.00
102_S 198_S 0.92 0.31 0.00
458_G 282_Y 0.92 0.31 0.00
300_G 172_G 0.92 0.31 0.00
54_S 299_L 0.92 0.31 0.00
315_L 382_A 0.92 0.31 0.00
460_A 244_G 0.92 0.31 0.00
427_Y 315_Y 0.91 0.30 0.00
54_S 353_S 0.91 0.30 0.00
479_I 315_Y 0.91 0.29 0.00
331_R 336_I 0.91 0.29 0.00
430_L 5_R 0.91 0.29 0.00
425_G 87_Y 0.91 0.29 0.00
436_G 377_R 0.90 0.29 0.00
447_E 266_I 0.90 0.29 0.00
116_R 133_S 0.89 0.28 0.00
16_L 117_V 0.88 0.28 0.00
173_E 78_L 0.88 0.28 0.00
135_T 271_D 0.88 0.28 0.00
193_G 119_R 0.88 0.27 0.00
427_Y 168_A 0.88 0.27 0.00
73_D 91_R 0.88 0.27 0.00
442_V 50_D 0.87 0.27 0.00
430_L 83_N 0.87 0.27 0.00
398_V 200_L 0.86 0.26 0.00
312_T 116_V 0.86 0.26 0.00
302_A 362_I 0.86 0.26 0.00
224_A 258_L 0.86 0.26 0.00
65_V 357_V 0.86 0.26 0.00
54_S 330_T 0.86 0.26 0.00
429_A 18_Y 0.86 0.26 0.00
209_E 132_D 0.85 0.26 0.00
436_G 2_S 0.85 0.26 0.00
436_G 52_V 0.85 0.25 0.00
122_D 3_T 0.85 0.25 0.00
163_P 171_N 0.85 0.25 0.00
287_D 35_T 0.85 0.25 0.00
194_I 147_L 0.85 0.25 0.00
105_V 335_E 0.85 0.25 0.00
112_L 5_R 0.85 0.25 0.00
237_L 117_V 0.84 0.25 0.00
321_K 166_K 0.84 0.25 0.00
176_Y 48_I 0.84 0.25 0.00
280_L 418_A 0.84 0.25 0.00
245_L 165_E 0.84 0.24 0.00
440_R 205_E 0.84 0.24 0.00
169_A 67_V 0.83 0.24 0.00
32_R 405_S 0.83 0.24 0.00
342_S 385_V 0.83 0.24 0.00
211_W 89_R 0.83 0.24 0.00
107_T 226_P 0.83 0.24 0.00
447_E 361_S 0.83 0.24 0.00
201_T 48_I 0.83 0.24 0.00
378_T 68_V 0.82 0.23 0.00
300_G 260_A 0.82 0.23 0.00
302_A 209_E 0.82 0.23 0.00
252_R 214_D 0.82 0.23 0.00
134_V 74_E 0.82 0.23 0.00
135_T 302_K 0.82 0.23 0.00
165_D 117_V 0.82 0.23 0.00
225_D 309_E 0.82 0.23 0.00
66_T 191_Y 0.81 0.23 0.00
310_D 259_P 0.81 0.23 0.00
398_V 362_I 0.81 0.22 0.00
470_Q 119_R 0.80 0.22 0.00
451_P 116_V 0.80 0.22 0.00
444_R 44_T 0.80 0.22 0.00
269_V 144_I 0.80 0.22 0.00
438_A 38_E 0.80 0.22 0.00
216_T 58_G 0.80 0.22 0.00
402_P 328_A 0.80 0.22 0.00
120_H 377_R 0.80 0.21 0.00
310_D 151_D 0.80 0.21 0.00
271_G 168_A 0.79 0.21 0.00
309_P 309_E 0.79 0.21 0.00
479_I 299_L 0.79 0.21 0.00
283_G 278_Y 0.79 0.21 0.00
224_A 135_E 0.79 0.21 0.00
470_Q 59_T 0.79 0.21 0.00
271_G 2_S 0.79 0.21 0.00
231_E 306_T 0.78 0.21 0.00
415_F 229_N 0.78 0.21 0.00
430_L 87_Y 0.78 0.21 0.00
216_T 409_A 0.78 0.20 0.00
424_T 268_E 0.78 0.20 0.00
27_Q 248_G 0.78 0.20 0.00
394_I 302_K 0.78 0.20 0.00
193_G 89_R 0.78 0.20 0.00
103_P 121_T 0.78 0.20 0.00
450_T 288_Y 0.78 0.20 0.00
305_T 226_P 0.78 0.20 0.00
185_R 133_S 0.78 0.20 0.00
56_L 369_L 0.78 0.20 0.00
335_E 167_L 0.78 0.20 0.00
73_D 32_H 0.78 0.20 0.00
323_R 301_R 0.78 0.20 0.00
173_E 48_I 0.77 0.20 0.00
462_K 193_A 0.77 0.20 0.00
176_Y 218_T 0.77 0.20 0.00
133_V 93_D 0.77 0.20 0.00
28_Q 412_T 0.77 0.20 0.00
105_V 364_D 0.77 0.20 0.00
277_L 378_E 0.77 0.20 0.00
54_S 315_Y 0.77 0.20 0.00
375_A 355_A 0.77 0.20 0.00
335_E 384_Q 0.77 0.20 0.00
287_D 5_R 0.77 0.20 0.00
233_D 117_V 0.77 0.20 0.00
222_S 287_S 0.77 0.20 0.00
172_V 293_E 0.77 0.20 0.00
335_E 410_A 0.77 0.20 0.00
57_A 244_G 0.77 0.20 0.00
327_A 180_L 0.77 0.20 0.00
315_L 369_L 0.77 0.20 0.00
464_G 338_A 0.77 0.20 0.00
436_G 305_Q 0.76 0.20 0.00
250_D 52_V 0.76 0.20 0.00
34_G 382_A 0.76 0.20 0.00
393_A 87_Y 0.76 0.20 0.00
108_V 405_S 0.76 0.20 0.00
406_G 132_D 0.76 0.20 0.00
173_E 68_V 0.76 0.19 0.00
401_A 93_D 0.76 0.19 0.00
415_F 296_L 0.76 0.19 0.00
208_V 161_Q 0.76 0.19 0.00
14_A 361_S 0.76 0.19 0.00
393_A 48_I 0.76 0.19 0.00
168_V 361_S 0.76 0.19 0.00
103_P 239_M 0.76 0.19 0.00
228_S 264_K 0.76 0.19 0.00
24_P 128_R 0.76 0.19 0.00
459_Q 17_V 0.76 0.19 0.00
415_F 39_R 0.76 0.19 0.00
275_D 402_E 0.76 0.19 0.00
269_V 189_S 0.76 0.19 0.00
330_I 191_Y 0.75 0.19 0.00
458_G 234_E 0.75 0.19 0.00
243_R 126_A 0.75 0.19 0.00
328_D 412_T 0.75 0.19 0.00
53_A 244_G 0.75 0.19 0.00
203_E 5_R 0.75 0.19 0.00
247_L 14_I 0.75 0.19 0.00
162_S 87_Y 0.75 0.18 0.00
367_E 412_T 0.75 0.18 0.00
402_P 312_K 0.75 0.18 0.00
195_L 259_P 0.75 0.18 0.00
331_R 382_A 0.75 0.18 0.00
194_I 14_I 0.75 0.18 0.00
80_R 108_Q 0.75 0.18 0.00
258_L 385_V 0.74 0.18 0.00
215_I 272_E 0.74 0.18 0.00
328_D 170_P 0.74 0.18 0.00
264_A 54_A 0.74 0.18 0.00
338_E 383_G 0.74 0.18 0.00
314_V 318_F 0.74 0.18 0.00
211_W 119_R 0.74 0.18 0.00
27_Q 78_L 0.74 0.18 0.00
459_Q 172_G 0.74 0.18 0.00
438_A 195_P 0.74 0.18 0.00
451_P 261_K 0.74 0.18 0.00
307_Q 258_L 0.74 0.18 0.00
398_V 353_S 0.74 0.18 0.00
26_F 247_L 0.74 0.18 0.00
299_D 362_I 0.74 0.18 0.00
77_A 124_A 0.74 0.18 0.00
342_S 343_G 0.74 0.18 0.00
145_T 378_E 0.74 0.18 0.00
335_E 257_K 0.74 0.18 0.00
202_A 206_V 0.74 0.18 0.00
225_D 410_A 0.74 0.18 0.00
113_M 92_V 0.74 0.18 0.00
13_I 68_V 0.74 0.18 0.00
415_F 115_V 0.74 0.18 0.00
391_E 218_T 0.74 0.18 0.00
424_T 83_N 0.74 0.18 0.00
316_V 259_P 0.73 0.18 0.00
53_A 268_E 0.73 0.18 0.00
421_H 206_V 0.73 0.18 0.00
31_Q 362_I 0.73 0.18 0.00
195_L 256_R 0.73 0.18 0.00
47_S 217_R 0.73 0.18 0.00
219_R 250_D 0.73 0.18 0.00
44_A 314_R 0.73 0.18 0.00
335_E 330_T 0.73 0.17 0.00
65_V 259_P 0.73 0.17 0.00
261_R 80_D 0.73 0.17 0.00
274_S 87_Y 0.73 0.17 0.00
58_R 147_L 0.73 0.17 0.00
221_F 30_T 0.73 0.17 0.00
269_V 41_A 0.73 0.17 0.00
368_L 144_I 0.73 0.17 0.00
374_A 67_V 0.73 0.17 0.00
202_A 52_V 0.73 0.17 0.00
147_Q 240_M 0.73 0.17 0.00
105_V 179_D 0.73 0.17 0.00
16_L 14_I 0.73 0.17 0.00
449_D 245_E 0.73 0.17 0.00
302_A 196_E 0.73 0.17 0.00
339_A 36_C 0.72 0.17 0.00
448_S 356_E 0.72 0.17 0.00
191_R 117_V 0.72 0.17 0.00
307_Q 71_R 0.72 0.17 0.00
80_R 340_T 0.72 0.17 0.00
177_T 214_D 0.72 0.17 0.00
261_R 334_P 0.72 0.17 0.00
309_P 65_A 0.72 0.17 0.00
29_L 63_V 0.72 0.17 0.00
305_T 112_D 0.72 0.17 0.00
117_R 25_Y 0.72 0.17 0.00
238_V 418_A 0.72 0.17 0.00
479_I 112_D 0.72 0.17 0.00
221_F 259_P 0.72 0.17 0.00
462_K 79_F 0.72 0.17 0.00
232_I 340_T 0.72 0.17 0.00
387_Q 286_R 0.72 0.17 0.00
357_V 42_R 0.72 0.17 0.00
458_G 266_I 0.71 0.17 0.00
183_G 25_Y 0.71 0.17 0.00
388_L 3_T 0.71 0.17 0.00
372_R 238_R 0.71 0.17 0.00
257_Q 117_V 0.71 0.17 0.00
462_K 181_E 0.71 0.17 0.00
232_I 283_G 0.71 0.17 0.00
116_R 249_F 0.71 0.17 0.00
53_A 164_S 0.71 0.17 0.00
216_T 89_R 0.71 0.16 0.00
386_S 170_P 0.71 0.16 0.00
77_A 425_T 0.71 0.16 0.00
195_L 373_T 0.71 0.16 0.00
224_A 83_N 0.71 0.16 0.00
412_D 134_V 0.71 0.16 0.00
390_D 226_P 0.71 0.16 0.00
422_I 116_V 0.71 0.16 0.00
479_I 307_E 0.71 0.16 0.00
47_S 315_Y 0.71 0.16 0.00
427_Y 67_V 0.71 0.16 0.00
76_A 393_L 0.70 0.16 0.00
162_S 208_P 0.70 0.16 0.00
436_G 378_E 0.70 0.16 0.00
341_W 273_Q 0.70 0.16 0.00
327_A 253_T 0.70 0.16 0.00
65_V 189_S 0.70 0.16 0.00
196_D 193_A 0.70 0.16 0.00
73_D 334_P 0.70 0.16 0.00
168_V 312_K 0.70 0.16 0.00
127_G 414_S 0.70 0.16 0.00
423_A 343_G 0.70 0.16 0.00
196_D 159_R 0.70 0.16 0.00
436_G 134_V 0.70 0.16 0.00
436_G 245_E 0.70 0.16 0.00
250_D 391_S 0.70 0.16 0.00
270_T 46_Q 0.70 0.16 0.00
245_L 409_A 0.70 0.16 0.00
172_V 313_E 0.70 0.16 0.00
125_Q 359_E 0.70 0.16 0.00
145_T 284_R 0.70 0.16 0.00
103_P 334_P 0.70 0.16 0.00
429_A 299_L 0.69 0.16 0.00
64_V 65_A 0.69 0.16 0.00
269_V 385_V 0.69 0.16 0.00
405_R 369_L 0.69 0.16 0.00
85_D 244_G 0.69 0.16 0.00
479_I 76_A 0.69 0.16 0.00
229_I 115_V 0.69 0.16 0.00
146_P 319_M 0.69 0.16 0.00
335_E 196_E 0.69 0.15 0.00
381_P 147_L 0.69 0.15 0.00
436_G 71_R 0.69 0.15 0.00
316_V 407_S 0.69 0.15 0.00
307_Q 227_W 0.69 0.15 0.00
404_A 112_D 0.69 0.15 0.00
462_K 195_P 0.69 0.15 0.00
285_A 300_Q 0.69 0.15 0.00
245_L 234_E 0.69 0.15 0.00
56_L 122_V 0.69 0.15 0.00
145_T 30_T 0.69 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
7440 1.81 MFD_MYCTU_1-450-UVRA_MYCTU_89-515 Δgene:(1, 10) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.10 Done - Shared
7439 1.17 MFD_MYCTU_1-450-UVRA_MYCTU_89-515 Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done - Shared
7375 4.18 MFD_MYCTU_1-450-UVRA_MYCTU_89-515 Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.92 Done - Shared
Page generated in 1.8677 seconds.