May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
MTase P08956_P08957 (A, 270-860) (A, 1-370)
Genes: A B A+B
Length: 591 370 894
Sequences: 2740 4020 1989
Seq/Len: 4.64 10.86 2.22
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.41
2 0.00 0.02 1.10
5 0.00 0.02 1.86
10 0.01 0.03 2.04
20 0.01 0.03 2.07
100 0.02 0.06 2.10
∞ 0.09 0.13 2.20
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
468_A 337_I 1.58 0.95 0.69
60_R 281_F 1.22 0.77 0.37
373_V 308_V 1.20 0.76 0.35
186_A 157_K 1.19 0.75 0.35
41_V 297_I 1.16 0.72 0.32
457_K 165_P 1.14 0.70 0.30
183_A 248_N 1.07 0.63 0.24
265_T 157_K 1.07 0.63 0.24
456_Q 183_I 1.06 0.62 0.23
232_V 42_E 1.04 0.60 0.22
579_Y 260_A 1.02 0.58 0.21
572_I 141_E 1.02 0.58 0.21
441_A 354_V 1.01 0.57 0.20
147_P 330_D 1.00 0.56 0.19
578_I 309_V 0.98 0.54 0.18
372_A 288_K 0.97 0.52 0.17
522_V 225_A 0.97 0.52 0.17
429_F 354_V 0.97 0.52 0.17
509_I 216_E 0.97 0.52 0.17
468_A 315_L 0.95 0.50 0.16
303_V 53_G 0.93 0.47 0.15
11_A 356_F 0.93 0.47 0.15
281_Q 15_D 0.92 0.47 0.14
34_V 334_L 0.92 0.46 0.14
42_V 293_M 0.91 0.46 0.14
468_A 329_M 0.91 0.46 0.14
246_E 61_S 0.91 0.45 0.14
360_F 176_A 0.91 0.45 0.14
42_V 357_F 0.90 0.44 0.13
161_Q 148_Q 0.90 0.43 0.13
200_L 74_M 0.89 0.42 0.12
369_Y 6_L 0.88 0.42 0.12
219_L 56_W 0.88 0.42 0.12
183_A 101_K 0.88 0.41 0.12
235_R 15_D 0.87 0.41 0.12
122_T 225_A 0.87 0.41 0.12
219_L 29_N 0.87 0.41 0.12
451_D 113_L 0.87 0.40 0.12
121_K 21_G 0.87 0.40 0.12
228_I 209_H 0.86 0.39 0.11
401_G 305_R 0.86 0.39 0.11
361_G 132_E 0.86 0.39 0.11
416_D 76_V 0.85 0.39 0.11
303_V 58_D 0.85 0.39 0.11
246_E 159_I 0.85 0.39 0.11
520_I 285_T 0.85 0.38 0.11
302_I 163_L 0.84 0.38 0.10
520_I 191_S 0.84 0.38 0.10
113_G 306_A 0.84 0.38 0.10
446_L 158_T 0.84 0.38 0.10
522_V 297_I 0.84 0.38 0.10
107_F 329_M 0.84 0.38 0.10
124_S 110_M 0.84 0.37 0.10
541_F 158_T 0.83 0.37 0.10
51_V 171_V 0.83 0.37 0.10
524_V 140_N 0.83 0.36 0.10
525_D 341_P 0.83 0.36 0.10
281_Q 9_K 0.83 0.36 0.10
275_I 308_V 0.83 0.36 0.10
222_S 107_V 0.83 0.36 0.10
540_V 225_A 0.83 0.36 0.10
275_I 108_S 0.83 0.36 0.10
575_C 88_A 0.83 0.36 0.10
271_D 60_K 0.82 0.36 0.10
572_I 359_K 0.82 0.35 0.10
475_L 168_R 0.82 0.35 0.10
364_V 40_C 0.81 0.34 0.09
203_A 351_K 0.81 0.34 0.09
147_P 12_K 0.81 0.34 0.09
307_A 17_L 0.81 0.34 0.09
379_I 227_M 0.81 0.34 0.09
183_A 150_F 0.80 0.34 0.09
477_A 203_T 0.80 0.33 0.09
185_R 166_Q 0.80 0.33 0.09
224_R 61_S 0.80 0.33 0.09
371_T 114_D 0.80 0.33 0.09
416_D 65_Q 0.80 0.33 0.09
281_Q 162_L 0.79 0.33 0.08
366_R 329_M 0.79 0.32 0.08
533_I 59_L 0.78 0.31 0.08
188_E 353_N 0.78 0.31 0.08
229_L 103_I 0.78 0.31 0.08
369_Y 94_S 0.78 0.31 0.08
562_C 337_I 0.78 0.31 0.08
353_A 332_C 0.78 0.31 0.08
331_V 265_T 0.78 0.31 0.08
365_Y 20_G 0.78 0.31 0.08
144_W 181_F 0.77 0.30 0.08
339_D 171_V 0.77 0.30 0.08
368_T 340_L 0.77 0.30 0.08
524_V 27_Y 0.77 0.30 0.08
446_L 297_I 0.77 0.30 0.08
426_V 106_L 0.77 0.30 0.07
263_G 53_G 0.77 0.30 0.07
216_M 221_T 0.77 0.30 0.07
54_R 179_A 0.77 0.30 0.07
41_V 84_K 0.77 0.30 0.07
520_I 277_I 0.77 0.30 0.07
460_V 297_I 0.76 0.30 0.07
24_N 328_L 0.76 0.30 0.07
247_D 249_T 0.76 0.29 0.07
346_I 41_K 0.76 0.29 0.07
522_V 279_R 0.76 0.29 0.07
299_Y 153_R 0.76 0.29 0.07
579_Y 75_L 0.76 0.29 0.07
176_L 310_V 0.76 0.29 0.07
347_A 80_E 0.76 0.29 0.07
231_L 110_M 0.76 0.29 0.07
219_L 137_K 0.76 0.29 0.07
277_V 47_A 0.75 0.29 0.07
275_I 59_L 0.75 0.28 0.07
520_I 40_C 0.75 0.28 0.07
217_F 294_Q 0.75 0.28 0.07
379_I 170_V 0.74 0.28 0.07
46_R 347_A 0.74 0.28 0.07
148_E 360_G 0.74 0.28 0.07
212_A 260_A 0.74 0.28 0.07
58_S 263_V 0.74 0.28 0.07
524_V 349_G 0.74 0.28 0.07
109_Y 113_L 0.74 0.28 0.07
306_E 266_N 0.74 0.27 0.07
477_A 107_V 0.74 0.27 0.07
109_Y 26_N 0.74 0.27 0.07
304_V 229_C 0.74 0.27 0.07
339_D 259_K 0.74 0.27 0.06
147_P 294_Q 0.73 0.27 0.06
259_F 73_K 0.73 0.27 0.06
167_D 261_H 0.73 0.27 0.06
457_K 180_G 0.73 0.27 0.06
189_K 327_D 0.73 0.27 0.06
375_D 88_A 0.73 0.27 0.06
432_G 211_A 0.73 0.27 0.06
440_R 107_V 0.73 0.27 0.06
469_D 281_F 0.73 0.27 0.06
458_T 249_T 0.73 0.27 0.06
303_V 6_L 0.73 0.27 0.06
467_H 343_G 0.73 0.27 0.06
341_F 14_C 0.73 0.27 0.06
194_G 213_I 0.73 0.26 0.06
442_V 352_T 0.73 0.26 0.06
350_A 265_T 0.73 0.26 0.06
343_A 51_P 0.73 0.26 0.06
411_G 338_L 0.73 0.26 0.06
200_L 145_G 0.73 0.26 0.06
373_V 223_R 0.73 0.26 0.06
343_A 34_L 0.73 0.26 0.06
229_L 137_K 0.73 0.26 0.06
407_I 272_A 0.73 0.26 0.06
558_A 30_E 0.73 0.26 0.06
442_V 261_H 0.73 0.26 0.06
442_V 234_I 0.73 0.26 0.06
574_D 269_F 0.73 0.26 0.06
372_A 124_R 0.72 0.26 0.06
141_L 159_I 0.72 0.26 0.06
433_L 322_T 0.72 0.26 0.06
462_C 248_N 0.72 0.26 0.06
197_E 213_I 0.72 0.26 0.06
266_D 8_A 0.72 0.26 0.06
280_V 90_F 0.72 0.26 0.06
239_E 307_A 0.72 0.26 0.06
468_A 341_P 0.72 0.25 0.06
227_R 34_L 0.72 0.25 0.06
264_L 138_N 0.71 0.25 0.06
358_Q 230_L 0.71 0.25 0.06
405_E 263_V 0.71 0.25 0.06
148_E 53_G 0.71 0.25 0.06
197_E 170_V 0.71 0.25 0.06
309_R 36_F 0.71 0.25 0.06
124_S 233_D 0.71 0.25 0.06
348_L 351_K 0.71 0.25 0.06
133_D 170_V 0.71 0.25 0.06
32_L 100_P 0.71 0.25 0.06
215_M 308_V 0.71 0.25 0.06
333_A 50_L 0.71 0.25 0.06
141_L 326_R 0.71 0.25 0.06
111_T 60_K 0.71 0.24 0.06
280_V 286_S 0.71 0.24 0.06
297_A 294_Q 0.71 0.24 0.06
228_I 169_E 0.71 0.24 0.06
275_I 339_R 0.70 0.24 0.06
206_T 261_H 0.70 0.24 0.06
190_A 67_Q 0.70 0.24 0.06
41_V 200_D 0.70 0.24 0.06
40_A 301_H 0.70 0.24 0.06
186_A 357_F 0.70 0.24 0.06
544_K 279_R 0.70 0.24 0.05
181_E 26_N 0.70 0.24 0.05
520_I 286_S 0.70 0.24 0.05
206_T 284_P 0.70 0.24 0.05
283_L 68_L 0.70 0.24 0.05
181_E 111_D 0.70 0.24 0.05
440_R 330_D 0.70 0.24 0.05
185_R 53_G 0.70 0.24 0.05
310_G 339_R 0.70 0.24 0.05
564_E 233_D 0.70 0.24 0.05
309_R 228_N 0.70 0.24 0.05
541_F 358_T 0.70 0.23 0.05
497_D 89_V 0.70 0.23 0.05
366_R 34_L 0.69 0.23 0.05
107_F 71_Y 0.69 0.23 0.05
139_K 159_I 0.69 0.23 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.5248 seconds.