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OPENSEQ.org
subB-C
Genes: A B A+B
Length: 234 261 474
Sequences: 4834 2647 2255
Seq/Len: 20.66 10.14 4.76
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.99
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.09 0.11 4.57
2 0.10 0.11 4.57
5 0.11 0.11 4.57
10 0.11 0.12 4.57
20 0.12 0.12 4.56
100 0.16 0.15 4.56
∞ 0.26 0.27 4.56
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
185_E 187_K 4.49 1.00 1.00
186_D 188_S 4.46 1.00 1.00
224_T 231_K 4.35 1.00 1.00
222_T 229_K 4.21 1.00 1.00
188_I 190_L 4.21 1.00 1.00
70_K 70_E 4.17 1.00 1.00
189_H 191_A 4.14 1.00 1.00
228_D 235_Q 4.07 1.00 1.00
227_K 234_E 4.01 1.00 1.00
41_A 40_N 3.97 1.00 1.00
139_W 139_W 3.92 1.00 1.00
223_P 230_Q 3.90 1.00 1.00
104_P 104_P 3.90 1.00 1.00
42_N 41_D 3.89 1.00 1.00
72_I 72_M 3.85 1.00 1.00
136_I 136_Y 3.84 1.00 1.00
114_V 114_L 3.82 1.00 1.00
183_E 185_T 3.82 1.00 1.00
210_V 213_I 3.81 1.00 1.00
193_L 195_K 3.80 1.00 1.00
38_I 37_I 3.76 1.00 1.00
65_V 65_I 3.75 1.00 1.00
192_I 194_I 3.72 1.00 1.00
68_I 68_L 3.71 1.00 1.00
184_L 186_L 3.70 1.00 1.00
219_R 226_R 3.70 1.00 1.00
226_V 233_V 3.67 1.00 1.00
36_V 35_L 3.65 1.00 1.00
156_F 157_G 3.65 1.00 1.00
74_L 74_C 3.63 1.00 1.00
182_L 184_M 3.62 1.00 1.00
100_V 100_Q 3.60 1.00 1.00
107_T 107_C 3.59 1.00 1.00
67_P 67_K 3.56 1.00 1.00
177_R 178_D 3.55 1.00 1.00
206_D 209_E 3.53 1.00 1.00
229_Y 236_L 3.52 1.00 1.00
147_F 148_Y 3.51 1.00 1.00
92_K 92_L 3.51 1.00 1.00
159_K 160_K 3.50 1.00 1.00
212_I 215_T 3.50 1.00 1.00
205_E 208_A 3.50 1.00 1.00
161_T 162_T 3.49 1.00 1.00
39_K 38_L 3.48 1.00 1.00
46_L 45_L 3.44 1.00 1.00
105_I 105_I 3.44 1.00 1.00
102_Q 102_Q 3.43 1.00 1.00
179_N 180_K 3.42 1.00 1.00
88_H 88_N 3.40 1.00 1.00
87_V 87_T 3.37 1.00 1.00
45_V 44_L 3.37 1.00 1.00
208_I 211_V 3.37 1.00 1.00
137_C 137_I 3.37 1.00 1.00
225_E 232_E 3.36 1.00 1.00
108_A 108_E 3.35 1.00 1.00
221_L 228_L 3.34 1.00 1.00
53_K 52_I 3.33 1.00 1.00
96_Q 96_R 3.32 1.00 1.00
113_R 113_A 3.32 1.00 1.00
220_R 227_V 3.31 1.00 1.00
169_N 170_A 3.31 1.00 1.00
191_A 193_A 3.30 1.00 1.00
98_Y 98_L 3.30 1.00 1.00
66_E 66_Y 3.29 1.00 1.00
106_P 106_P 3.29 1.00 1.00
103_E 103_E 3.27 1.00 1.00
168_V 169_A 3.26 1.00 1.00
117_V 117_I 3.25 1.00 1.00
162_A 163_C 3.24 1.00 1.00
47_A 46_A 3.24 1.00 1.00
180_E 181_E 3.23 1.00 1.00
231_A 238_K 3.23 1.00 1.00
52_Q 51_N 3.23 1.00 1.00
44_V 43_V 3.21 1.00 1.00
178_Y 179_Y 3.21 1.00 1.00
120_E 120_A 3.20 1.00 1.00
197_E 199_K 3.19 1.00 1.00
112_Q 112_T 3.17 1.00 1.00
163_M 164_I 3.17 1.00 1.00
213_C 216_L 3.16 1.00 1.00
171_K 172_V 3.15 1.00 1.00
145_Y 146_Q 3.14 1.00 1.00
155_Y 156_Y 3.13 1.00 1.00
85_V 85_V 3.13 1.00 1.00
211_G 214_A 3.13 1.00 1.00
173_F 174_M 3.12 1.00 1.00
176_K 177_Q 3.10 1.00 1.00
116_S 116_D 3.10 1.00 1.00
194_T 196_V 3.10 1.00 1.00
196_K 198_N 3.10 1.00 1.00
167_Y 168_S 3.08 1.00 1.00
204_T 207_S 3.07 1.00 1.00
172_T 173_S 3.06 1.00 1.00
149_S 150_S 3.06 1.00 1.00
89_R 89_E 3.03 1.00 1.00
115_A 115_C 3.02 1.00 1.00
198_S 200_T 3.01 1.00 1.00
111_V 111_V 3.00 1.00 1.00
109_Q 109_Q 2.99 1.00 1.00
134_L 134_L 2.98 1.00 1.00
62_V 62_S 2.98 1.00 1.00
71_H 71_D 2.96 1.00 1.00
190_T 192_L 2.93 1.00 1.00
157_A 158_G 2.92 1.00 1.00
132_V 132_V 2.91 1.00 1.00
97_Y 97_Y 2.91 1.00 1.00
232_A 239_K 2.91 1.00 1.00
48_T 47_A 2.88 1.00 1.00
35_S 34_C 2.87 1.00 1.00
135_L 135_L 2.86 1.00 1.00
75_V 75_S 2.86 1.00 1.00
63_H 63_E 2.86 1.00 1.00
73_G 73_A 2.85 1.00 1.00
187_A 189_A 2.80 1.00 1.00
93_L 93_I 2.78 1.00 1.00
118_M 118_K 2.78 1.00 1.00
143_R 144_G 2.77 1.00 1.00
141_E 141_K 2.76 1.00 1.00
203_M 206_L 2.76 1.00 1.00
154_A 155_N 2.75 1.00 1.00
230_L 237_I 2.75 1.00 1.00
101_Y 101_Y 2.75 1.00 1.00
40_A 39_A 2.75 1.00 1.00
144_P 145_F 2.72 1.00 1.00
60_R 60_F 2.70 1.00 1.00
61_S 61_F 2.69 1.00 1.00
99_L 99_L 2.69 1.00 1.00
76_Y 76_V 2.64 1.00 1.00
170_G 171_A 2.62 1.00 1.00
54_S 53_H 2.62 1.00 1.00
86_L 86_L 2.62 1.00 1.00
199_F 201_M 2.59 1.00 1.00
233_I 240_H 2.58 1.00 1.00
165_K 166_N 2.58 1.00 1.00
77_S 77_A 2.56 1.00 1.00
127_V 127_K 2.55 1.00 1.00
142_G 143_Y 2.54 1.00 1.00
217_G 224_V 2.53 1.00 1.00
58_D 57_D 2.52 1.00 1.00
130_F 130_F 2.51 1.00 1.00
124_S 124_F 2.49 1.00 1.00
133_S 133_S 2.49 1.00 1.00
148_Q 149_Q 2.48 1.00 1.00
121_Y 121_Y 2.47 1.00 1.00
83_Y 83_A 2.47 1.00 1.00
29_V 28_I 2.46 1.00 1.00
174_L 175_L 2.46 1.00 1.00
57_Y 56_L 2.44 1.00 1.00
200_E 202_D 2.44 1.00 1.00
81_P 81_S 2.44 1.00 1.00
90_A 90_L 2.41 1.00 1.00
55_I 54_K 2.40 1.00 1.00
146_L 147_L 2.40 1.00 1.00
50_K 49_R 2.39 1.00 1.00
37_G 36_G 2.38 1.00 1.00
207_N 210_K 2.36 1.00 1.00
91_R 91_R 2.33 1.00 1.00
110_L 110_L 2.32 1.00 1.00
218_F 225_I 2.29 1.00 0.99
181_D 183_E 2.28 1.00 0.99
166_N 167_N 2.27 1.00 0.99
80_G 80_T 2.24 1.00 0.99
79_M 79_I 2.22 1.00 0.99
140_N 140_D 2.21 1.00 0.99
201_G 203_V 2.19 1.00 0.99
209_E 212_E 2.17 1.00 0.99
195_L 197_L 2.16 1.00 0.99
51_K 50_R 2.16 1.00 0.99
69_T 69_N 2.16 1.00 0.99
12_T 11_I 2.13 1.00 0.99
158_W 159_W 2.12 1.00 0.99
160_A 161_A 2.10 1.00 0.99
34_P 33_T 2.06 1.00 0.99
26_L 25_M 2.04 1.00 0.99
175_E 176_K 2.03 1.00 0.99
84_R 84_N 2.02 1.00 0.99
150_D 151_D 2.02 1.00 0.99
94_A 94_A 2.00 1.00 0.99
95_Q 95_Q 1.98 1.00 0.99
152_S 153_S 1.95 1.00 0.98
4_R 3_R 1.93 1.00 0.98
20_V 19_Y 1.92 1.00 0.98
215_E 218_R 1.89 1.00 0.98
215_E 219_E 1.89 1.00 0.98
214_N 217_T 1.86 1.00 0.98
19_L 18_L 1.85 1.00 0.98
234_A 241_E 1.85 1.00 0.98
10_L 9_T 1.85 1.00 0.98
181_D 182_G 1.79 1.00 0.97
125_G 125_G 1.79 1.00 0.97
22_I 21_V 1.75 1.00 0.97
5_G 4_R 1.75 1.00 0.97
27_A 26_E 1.74 1.00 0.97
59_E 59_V 1.72 0.99 0.97
43_G 42_G 1.69 0.99 0.96
123_Q 123_Q 1.68 0.99 0.96
3_E 2_S 1.67 0.99 0.96
216_A 223_T 1.66 0.99 0.96
49_E 48_E 1.64 0.99 0.95
16_S 15_E 1.62 0.99 0.95
11_T 10_T 1.60 0.99 0.95
28_A 27_A 1.60 0.99 0.95
138_G 138_G 1.60 0.99 0.95
23_E 22_E 1.56 0.99 0.94
216_A 219_E 1.53 0.99 0.93
151_P 152_P 1.52 0.98 0.93
30_A 29_G 1.50 0.98 0.93
126_G 126_G 1.48 0.98 0.92
18_K 17_R 1.42 0.97 0.90
8_F 7_S 1.40 0.97 0.89
119_Q 119_Q 1.38 0.97 0.88
9_S 8_R 1.37 0.97 0.88
13_F 12_F 1.31 0.95 0.85
214_N 218_R 1.30 0.95 0.84
31_G 30_H 1.29 0.95 0.84
56_L 55_L 1.26 0.94 0.82
122_T 122_T 1.25 0.94 0.81
131_G 131_G 1.21 0.92 0.78
59_E 58_E 1.17 0.90 0.75
32_G 31_A 1.15 0.89 0.73
24_Y 23_Y 1.15 0.89 0.73
202_Q 204_S 1.09 0.85 0.68
6_Y 5_Y 1.08 0.85 0.67
33_A 32_G 1.06 0.83 0.65
31_G 31_A 1.05 0.82 0.64
64_K 64_K 0.97 0.75 0.55
15_P 14_P 0.97 0.74 0.54
14_S 13_S 0.96 0.74 0.53
7_S 6_D 0.84 0.59 0.38
25_A 24_A 0.80 0.53 0.33
129_P 129_P 0.79 0.52 0.32
153_G 154_G 0.79 0.52 0.32
82_D 82_D 0.77 0.49 0.29
56_L 56_L 0.73 0.44 0.25
60_R 59_V 0.66 0.34 0.18
30_A 30_H 0.64 0.31 0.16
55_I 55_L 0.63 0.31 0.16
202_Q 205_K 0.63 0.30 0.15
58_D 58_E 0.60 0.27 0.13
128_R 128_R 0.56 0.23 0.11
21_Q 20_Q 0.53 0.20 0.09
32_G 32_G 0.52 0.19 0.09
142_G 142_H 0.52 0.19 0.08
141_E 142_H 0.51 0.18 0.08
217_G 222_K 0.50 0.18 0.07
47_A 193_A 0.45 0.14 0.05
180_E 182_G 0.43 0.12 0.05
191_A 46_A 0.41 0.12 0.04
17_G 16_G 0.39 0.10 0.03
183_E 188_S 0.37 0.09 0.03
164_G 165_G 0.35 0.08 0.03
186_D 185_T 0.35 0.08 0.03
57_Y 57_D 0.34 0.08 0.02
61_S 60_F 0.32 0.07 0.02
225_E 226_R 0.31 0.07 0.02
2_A 2_S 0.31 0.07 0.02
218_F 73_A 0.30 0.06 0.02
71_H 69_N 0.29 0.06 0.01
219_R 232_E 0.29 0.06 0.01
69_T 71_D 0.28 0.06 0.01
231_A 234_E 0.28 0.06 0.01
227_K 238_K 0.27 0.06 0.01
37_G 45_L 0.27 0.05 0.01
203_M 205_K 0.27 0.05 0.01
46_L 36_G 0.27 0.05 0.01
3_E 3_R 0.26 0.05 0.01
4_R 2_S 0.26 0.05 0.01
5_G 3_R 0.25 0.05 0.01
4_R 4_R 0.25 0.05 0.01
124_S 128_R 0.24 0.05 0.01
145_Y 158_G 0.24 0.05 0.01
157_A 146_Q 0.24 0.05 0.01
46_L 137_I 0.24 0.05 0.01
179_N 181_E 0.24 0.05 0.01
40_A 189_A 0.24 0.05 0.01
120_E 119_Q 0.24 0.05 0.01
73_G 225_I 0.24 0.05 0.01
107_T 138_G 0.24 0.05 0.01
42_N 40_N 0.24 0.05 0.01
138_G 107_C 0.24 0.05 0.01
137_C 45_L 0.24 0.04 0.01
181_D 180_K 0.23 0.04 0.01
122_T 119_Q 0.23 0.04 0.01
41_A 41_D 0.23 0.04 0.01
137_C 43_V 0.23 0.04 0.01
1_M 2_S 0.23 0.04 0.01
187_A 39_A 0.23 0.04 0.01
12_T 8_R 0.22 0.04 0.01
178_Y 180_K 0.22 0.04 0.01
9_S 11_I 0.22 0.04 0.01
9_S 7_S 0.22 0.04 0.01
8_F 8_R 0.22 0.04 0.01
44_V 137_I 0.22 0.04 0.01
3_E 4_R 0.22 0.04 0.01
42_N 39_A 0.21 0.04 0.01
5_G 2_S 0.21 0.04 0.01
40_A 41_D 0.21 0.04 0.01
37_G 147_L 0.21 0.04 0.01
107_T 72_M 0.21 0.04 0.01
72_I 107_C 0.21 0.04 0.01
18_K 22_E 0.21 0.04 0.01
146_L 36_G 0.21 0.04 0.01
119_Q 122_T 0.20 0.04 0.01
69_T 98_L 0.20 0.04 0.01
11_T 18_L 0.20 0.04 0.01
143_R 143_Y 0.20 0.04 0.01
23_E 17_R 0.20 0.04 0.01
38_I 193_A 0.20 0.04 0.01
98_Y 69_N 0.20 0.04 0.01
2_A 4_R 0.19 0.04 0.01
7_S 5_Y 0.19 0.04 0.01
142_G 144_G 0.19 0.04 0.01
43_G 41_D 0.19 0.04 0.01
35_S 75_S 0.18 0.03 0.01
19_L 10_T 0.18 0.03 0.01
191_A 37_I 0.18 0.03 0.01
189_H 239_K 0.18 0.03 0.01
6_Y 6_D 0.18 0.03 0.01
27_A 29_G 0.18 0.03 0.01
104_P 69_N 0.18 0.03 0.01
210_V 190_L 0.18 0.03 0.01
232_A 191_A 0.18 0.03 0.01
15_P 5_Y 0.18 0.03 0.01
69_T 104_P 0.18 0.03 0.01
2_A 3_R 0.18 0.03 0.01
42_N 42_G 0.18 0.03 0.01
75_V 34_C 0.18 0.03 0.01
135_L 164_I 0.18 0.03 0.01
34_P 171_A 0.17 0.03 0.01
10_L 8_R 0.17 0.03 0.01
131_G 128_R 0.17 0.03 0.01
9_S 9_T 0.17 0.03 0.01
218_F 214_A 0.17 0.03 0.01
181_D 40_N 0.17 0.03 0.01
11_T 9_T 0.17 0.03 0.01
15_P 13_S 0.17 0.03 0.00
123_Q 119_Q 0.17 0.03 0.00
143_R 146_Q 0.17 0.03 0.00
145_Y 144_G 0.17 0.03 0.00
193_L 178_D 0.17 0.03 0.00
128_R 131_G 0.17 0.03 0.00
10_L 10_T 0.17 0.03 0.00
190_T 178_D 0.17 0.03 0.00
123_Q 126_G 0.17 0.03 0.00
222_T 232_E 0.17 0.03 0.00
24_Y 24_A 0.17 0.03 0.00
77_S 64_K 0.17 0.03 0.00
225_E 229_K 0.17 0.03 0.00
71_H 104_P 0.16 0.03 0.00
177_R 192_L 0.16 0.03 0.00
82_D 128_R 0.16 0.03 0.00
177_R 195_K 0.16 0.03 0.00
163_M 135_L 0.16 0.03 0.00
6_Y 14_P 0.16 0.03 0.00
24_Y 22_E 0.16 0.03 0.00
6_Y 13_S 0.16 0.03 0.00
43_G 189_A 0.16 0.03 0.00
25_A 23_Y 0.16 0.03 0.00
233_I 241_E 0.16 0.03 0.00
170_G 33_T 0.16 0.03 0.00
23_E 23_Y 0.16 0.03 0.00
128_R 82_D 0.16 0.03 0.00
10_L 7_S 0.16 0.03 0.00
14_S 14_P 0.16 0.03 0.00
30_A 32_G 0.16 0.03 0.00
149_S 118_K 0.15 0.03 0.00
105_I 110_L 0.15 0.03 0.00
188_I 213_I 0.15 0.03 0.00
187_A 42_G 0.15 0.03 0.00
7_S 7_S 0.15 0.03 0.00
104_P 71_D 0.15 0.03 0.00
118_M 150_S 0.15 0.03 0.00
210_V 228_L 0.15 0.03 0.00
119_Q 123_Q 0.15 0.03 0.00
190_T 174_M 0.15 0.03 0.00
229_Y 235_Q 0.15 0.03 0.00
217_G 220_N 0.15 0.03 0.00
41_A 183_E 0.15 0.03 0.00
8_F 9_T 0.15 0.03 0.00
105_I 104_P 0.15 0.03 0.00
64_K 77_A 0.15 0.03 0.00
20_V 14_P 0.15 0.03 0.00
43_G 39_A 0.15 0.03 0.00
15_P 19_Y 0.15 0.03 0.00
104_P 105_I 0.15 0.03 0.00
14_S 5_Y 0.15 0.03 0.00
173_F 192_L 0.15 0.03 0.00
38_I 189_A 0.15 0.03 0.00
232_A 241_E 0.15 0.03 0.00
110_L 105_I 0.14 0.03 0.00
215_E 217_T 0.14 0.03 0.00
206_D 208_A 0.14 0.03 0.00
177_R 174_M 0.14 0.03 0.00
14_S 19_Y 0.14 0.03 0.00
24_Y 20_Q 0.14 0.03 0.00
204_T 206_L 0.14 0.03 0.00
123_Q 122_T 0.14 0.03 0.00
1_M 3_R 0.14 0.03 0.00
8_F 6_D 0.14 0.03 0.00
74_L 68_L 0.14 0.03 0.00
135_L 162_T 0.14 0.03 0.00
173_F 178_D 0.14 0.03 0.00
40_A 42_G 0.14 0.03 0.00
20_V 13_S 0.14 0.03 0.00
4_R 8_R 0.14 0.03 0.00
232_A 187_K 0.14 0.03 0.00
17_G 20_Q 0.14 0.03 0.00
217_G 217_T 0.14 0.03 0.00
78_G 78_G 0.14 0.03 0.00
228_D 236_L 0.14 0.03 0.00
68_I 74_C 0.14 0.03 0.00
211_G 225_I 0.14 0.03 0.00
82_D 131_G 0.14 0.03 0.00
7_S 19_Y 0.14 0.03 0.00
21_Q 16_G 0.14 0.03 0.00
161_T 135_L 0.14 0.03 0.00
187_A 37_I 0.14 0.03 0.00
22_I 22_E 0.14 0.03 0.00
4_R 7_S 0.13 0.03 0.00
21_Q 23_Y 0.13 0.03 0.00
119_Q 128_R 0.13 0.03 0.00
97_Y 109_Q 0.13 0.03 0.00
50_K 212_E 0.13 0.03 0.00
194_T 174_M 0.13 0.03 0.00
9_S 3_R 0.13 0.03 0.00
126_G 123_Q 0.13 0.03 0.00
66_E 87_T 0.13 0.03 0.00
104_P 98_L 0.13 0.03 0.00
8_F 3_R 0.13 0.03 0.00
151_P 153_S 0.13 0.03 0.00
98_Y 104_P 0.13 0.03 0.00
143_R 142_H 0.13 0.03 0.00
173_F 196_V 0.13 0.03 0.00
24_Y 21_V 0.13 0.03 0.00
7_S 13_S 0.13 0.03 0.00
90_A 114_L 0.13 0.03 0.00
14_S 6_D 0.13 0.03 0.00
234_A 240_H 0.13 0.03 0.00
234_A 239_K 0.13 0.03 0.00
131_G 152_P 0.13 0.03 0.00
152_S 152_P 0.13 0.03 0.00
131_G 82_D 0.13 0.03 0.00
11_T 4_R 0.13 0.03 0.00
232_A 235_Q 0.13 0.03 0.00
24_Y 26_E 0.13 0.03 0.00
139_W 218_R 0.13 0.03 0.00
125_G 126_G 0.13 0.03 0.00
143_R 140_D 0.13 0.03 0.00
12_T 10_T 0.13 0.03 0.00
11_T 11_I 0.13 0.03 0.00
77_S 164_I 0.13 0.03 0.00
122_T 123_Q 0.13 0.03 0.00
151_P 131_G 0.13 0.03 0.00
182_L 183_E 0.13 0.03 0.00
23_E 21_V 0.13 0.03 0.00
157_A 148_Y 0.13 0.03 0.00
113_R 93_I 0.13 0.03 0.00
9_S 4_R 0.12 0.03 0.00
132_V 175_L 0.12 0.03 0.00
109_Q 97_Y 0.12 0.03 0.00
87_V 66_Y 0.12 0.03 0.00
229_Y 240_H 0.12 0.03 0.00
222_T 231_K 0.12 0.03 0.00
174_L 132_V 0.12 0.03 0.00
11_T 5_Y 0.12 0.03 0.00
20_V 6_D 0.12 0.03 0.00
185_E 239_K 0.12 0.03 0.00
231_A 241_E 0.12 0.03 0.00
221_L 233_V 0.12 0.03 0.00
147_F 158_G 0.12 0.03 0.00
6_Y 10_T 0.12 0.03 0.00
5_G 10_T 0.12 0.02 0.00
17_G 13_S 0.12 0.02 0.00
163_M 77_A 0.12 0.02 0.00
22_I 23_Y 0.12 0.02 0.00
13_F 4_R 0.12 0.02 0.00
56_L 53_H 0.12 0.02 0.00
30_A 26_E 0.12 0.02 0.00
18_K 21_V 0.12 0.02 0.00
13_F 8_R 0.12 0.02 0.00
15_P 15_E 0.12 0.02 0.00
12_T 9_T 0.12 0.02 0.00
110_L 49_R 0.12 0.02 0.00
226_V 228_L 0.12 0.02 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • Sequence A is very similar to Sequence B (HHΔ = 0.066), these maybe paralogs! HHΔ is a measure (0 to 1) of how different two alignments are (the larger the value the more different they are).
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