May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
1zun A vs B
Genes: A B A+B
Length: 325 434 685
Sequences: 762 4971 992
Seq/Len: 2.34 11.45 1.45
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.63
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.05 0.04 1.25
2 0.05 0.04 1.29
5 0.05 0.04 1.31
10 0.05 0.04 1.31
20 0.06 0.04 1.31
100 0.06 0.06 1.31
∞ 0.09 0.15 1.33
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
180_K 317_S 3.01 1.00 1.00
73_G 262_A 2.02 0.98 0.95
67_R 293_F 1.80 0.95 0.90
213_I 51_I 1.68 0.92 0.86
139_K 357_R 1.48 0.84 0.74
193_N 361_Y 1.46 0.83 0.72
314_G 83_Q 1.46 0.83 0.72
189_V 359_T 1.43 0.82 0.70
321_R 400_A 1.39 0.79 0.66
291_I 65_K 1.33 0.75 0.60
188_N 412_T 1.32 0.74 0.60
64_H 305_A 1.27 0.69 0.53
267_V 362_V 1.21 0.64 0.47
211_L 388_L 1.15 0.58 0.40
213_I 49_K 1.14 0.58 0.40
62_M 76_A 1.13 0.56 0.38
118_G 347_M 1.11 0.55 0.36
287_S 164_I 1.11 0.54 0.36
200_I 111_T 1.09 0.52 0.34
133_M 151_I 1.08 0.52 0.34
215_Q 105_K 1.08 0.52 0.33
137_G 122_A 1.08 0.51 0.33
186_L 206_L 1.03 0.47 0.28
189_V 358_A 1.03 0.46 0.28
293_Q 227_M 1.02 0.45 0.27
176_R 280_P 1.01 0.44 0.26
131_D 206_L 0.98 0.42 0.24
167_V 269_I 0.98 0.41 0.24
176_R 357_R 0.98 0.41 0.23
292_I 182_A 0.97 0.40 0.23
312_G 206_L 0.97 0.40 0.23
170_F 167_M 0.96 0.40 0.22
215_Q 107_I 0.96 0.39 0.22
151_F 111_T 0.96 0.39 0.22
160_K 48_S 0.96 0.39 0.21
150_A 424_N 0.95 0.38 0.21
103_G 225_S 0.94 0.38 0.20
101_E 244_L 0.94 0.38 0.20
229_F 65_K 0.94 0.37 0.20
213_I 98_Y 0.94 0.37 0.20
186_L 320_D 0.93 0.36 0.19
170_F 424_N 0.92 0.35 0.18
312_G 122_A 0.92 0.35 0.18
230_A 179_S 0.92 0.35 0.18
318_E 83_Q 0.91 0.34 0.18
310_H 176_V 0.91 0.34 0.17
223_P 360_S 0.90 0.34 0.17
241_T 127_T 0.90 0.34 0.17
314_G 76_A 0.90 0.34 0.17
139_K 30_C 0.90 0.33 0.17
151_F 356_K 0.90 0.33 0.17
133_M 83_Q 0.90 0.33 0.17
114_G 151_I 0.89 0.33 0.17
293_Q 19_H 0.89 0.32 0.16
298_T 240_N 0.88 0.32 0.16
186_L 116_Q 0.88 0.32 0.15
291_I 146_R 0.88 0.32 0.15
139_K 79_V 0.88 0.31 0.15
82_V 232_T 0.87 0.31 0.15
131_D 280_P 0.87 0.30 0.15
167_V 343_A 0.86 0.30 0.15
250_I 381_G 0.86 0.30 0.15
298_T 133_I 0.85 0.29 0.14
176_R 279_L 0.85 0.29 0.14
128_K 422_L 0.85 0.29 0.14
281_V 286_R 0.85 0.29 0.13
105_D 160_I 0.84 0.28 0.13
213_I 76_A 0.84 0.28 0.13
321_R 135_V 0.84 0.28 0.13
248_E 142_Q 0.83 0.28 0.13
215_Q 22_K 0.83 0.28 0.13
241_T 339_L 0.83 0.28 0.13
193_N 424_N 0.83 0.27 0.12
74_K 174_E 0.83 0.27 0.12
281_V 173_D 0.82 0.27 0.12
79_V 267_S 0.82 0.27 0.12
55_I 214_K 0.82 0.27 0.12
230_A 127_T 0.82 0.27 0.12
282_E 265_L 0.82 0.27 0.12
137_G 340_V 0.82 0.27 0.12
319_K 53_E 0.81 0.26 0.12
175_H 30_C 0.81 0.26 0.12
167_V 369_I 0.81 0.26 0.11
299_R 84_A 0.81 0.26 0.11
120_N 396_V 0.81 0.26 0.11
133_M 122_A 0.81 0.26 0.11
194_V 151_I 0.80 0.25 0.11
292_I 27_F 0.80 0.25 0.11
114_G 264_T 0.80 0.25 0.11
198_E 25_L 0.80 0.25 0.11
146_G 185_L 0.80 0.25 0.11
321_R 160_I 0.80 0.25 0.11
213_I 357_R 0.80 0.25 0.11
79_V 116_Q 0.80 0.25 0.10
235_V 276_I 0.79 0.24 0.10
150_A 53_E 0.79 0.24 0.10
55_I 122_A 0.79 0.24 0.10
181_N 51_I 0.79 0.24 0.10
168_Y 371_H 0.79 0.24 0.10
292_I 75_L 0.79 0.24 0.10
149_A 336_D 0.78 0.24 0.10
292_I 167_M 0.78 0.24 0.10
146_G 135_V 0.78 0.24 0.10
239_N 63_S 0.78 0.23 0.10
258_E 177_F 0.78 0.23 0.10
114_G 184_Y 0.78 0.23 0.10
218_Y 206_L 0.78 0.23 0.10
279_G 111_T 0.78 0.23 0.10
105_D 261_F 0.77 0.23 0.10
195_N 360_S 0.77 0.23 0.10
200_I 151_I 0.77 0.23 0.10
245_I 341_W 0.77 0.23 0.09
265_K 316_I 0.77 0.23 0.09
263_V 423_T 0.77 0.23 0.09
118_G 133_I 0.77 0.23 0.09
103_G 350_G 0.77 0.23 0.09
301_S 74_D 0.77 0.23 0.09
73_G 246_F 0.76 0.22 0.09
321_R 171_G 0.76 0.22 0.09
193_N 354_D 0.76 0.22 0.09
293_Q 374_D 0.76 0.22 0.09
168_Y 356_K 0.76 0.22 0.09
66_A 378_L 0.76 0.22 0.09
75_L 394_V 0.76 0.22 0.09
105_D 287_V 0.76 0.22 0.09
263_V 160_I 0.76 0.22 0.09
170_F 24_M 0.76 0.22 0.09
279_G 97_R 0.76 0.22 0.09
300_T 203_M 0.76 0.22 0.09
195_N 218_S 0.76 0.22 0.09
113_D 299_Q 0.75 0.22 0.09
262_I 272_K 0.75 0.22 0.09
189_V 415_A 0.75 0.21 0.09
281_V 214_K 0.75 0.21 0.09
229_F 362_V 0.75 0.21 0.08
261_R 265_L 0.75 0.21 0.08
215_Q 376_N 0.75 0.21 0.08
321_R 25_L 0.75 0.21 0.08
88_F 210_N 0.75 0.21 0.08
265_K 276_I 0.74 0.21 0.08
79_V 309_T 0.74 0.21 0.08
118_G 289_S 0.74 0.21 0.08
136_E 280_P 0.74 0.21 0.08
314_G 198_M 0.74 0.21 0.08
269_F 83_Q 0.74 0.21 0.08
149_A 366_I 0.74 0.21 0.08
259_K 344_E 0.74 0.21 0.08
292_I 98_Y 0.74 0.21 0.08
291_I 199_A 0.74 0.20 0.08
62_M 152_A 0.74 0.20 0.08
180_K 105_K 0.74 0.20 0.08
67_R 305_A 0.73 0.20 0.08
280_A 123_T 0.73 0.20 0.08
68_K 40_L 0.73 0.20 0.08
259_K 272_K 0.73 0.20 0.08
290_D 301_G 0.73 0.20 0.08
269_F 353_Y 0.73 0.20 0.07
100_E 271_H 0.73 0.20 0.07
131_D 398_L 0.73 0.20 0.07
107_I 335_F 0.73 0.20 0.07
310_H 19_H 0.72 0.20 0.07
136_E 356_K 0.72 0.20 0.07
172_D 250_Y 0.72 0.20 0.07
266_K 311_E 0.72 0.20 0.07
91_M 146_R 0.72 0.20 0.07
64_H 357_R 0.72 0.20 0.07
64_H 303_G 0.72 0.20 0.07
106_L 206_L 0.72 0.20 0.07
141_A 293_F 0.72 0.20 0.07
116_A 311_E 0.72 0.19 0.07
176_R 206_L 0.72 0.19 0.07
284_E 225_S 0.72 0.19 0.07
296_L 22_K 0.72 0.19 0.07
180_K 46_H 0.72 0.19 0.07
269_F 108_I 0.72 0.19 0.07
172_D 76_A 0.72 0.19 0.07
269_F 258_F 0.72 0.19 0.07
310_H 392_G 0.72 0.19 0.07
62_M 266_A 0.71 0.19 0.07
149_A 413_T 0.71 0.19 0.07
136_E 279_L 0.71 0.19 0.07
159_E 355_I 0.71 0.19 0.07
129_H 30_C 0.71 0.19 0.07
92_Y 47_D 0.71 0.19 0.07
175_H 79_V 0.71 0.19 0.07
224_I 135_V 0.71 0.19 0.07
321_R 211_V 0.71 0.19 0.07
180_K 375_V 0.71 0.19 0.07
315_S 351_K 0.71 0.19 0.07
205_L 184_Y 0.71 0.19 0.07
66_A 111_T 0.71 0.19 0.07
126_S 111_T 0.71 0.19 0.07
105_D 64_K 0.71 0.19 0.07
178_D 169_L 0.71 0.18 0.07
282_E 346_P 0.71 0.18 0.07
262_I 406_G 0.71 0.18 0.07
98_M 23_E 0.70 0.18 0.07
173_S 135_V 0.70 0.18 0.07
261_R 347_M 0.70 0.18 0.07
305_G 79_V 0.70 0.18 0.07
242_L 265_L 0.70 0.18 0.07
187_W 97_R 0.70 0.18 0.07
232_E 132_I 0.70 0.18 0.07
296_L 102_A 0.70 0.18 0.07
298_T 44_L 0.70 0.18 0.07
125_G 157_I 0.70 0.18 0.07
275_Y 421_R 0.70 0.18 0.07
67_R 402_I 0.70 0.18 0.07
284_E 241_Y 0.70 0.18 0.07
227_L 232_T 0.70 0.18 0.07
196_K 122_A 0.70 0.18 0.06
321_R 83_Q 0.70 0.18 0.06
298_T 73_V 0.70 0.18 0.06
229_F 432_I 0.70 0.18 0.06
251_L 198_M 0.70 0.18 0.06
131_D 167_M 0.70 0.18 0.06
312_G 47_D 0.70 0.18 0.06
62_M 169_L 0.70 0.18 0.06
313_A 79_V 0.70 0.18 0.06
213_I 311_E 0.70 0.18 0.06
141_A 184_Y 0.69 0.18 0.06
265_K 275_E 0.69 0.18 0.06
299_R 405_D 0.69 0.18 0.06
235_V 75_L 0.69 0.18 0.06
101_E 173_D 0.69 0.18 0.06
128_K 108_I 0.69 0.18 0.06
62_M 313_E 0.69 0.18 0.06
249_R 30_C 0.69 0.18 0.06
318_E 108_I 0.69 0.18 0.06
288_L 285_S 0.69 0.18 0.06
172_D 108_I 0.69 0.17 0.06
211_L 48_S 0.69 0.17 0.06
194_V 211_V 0.69 0.17 0.06
62_M 67_G 0.68 0.17 0.06
112_P 377_T 0.68 0.17 0.06
114_G 41_I 0.68 0.17 0.06
243_I 164_I 0.68 0.17 0.06
305_G 156_G 0.68 0.17 0.06
190_Y 96_Y 0.68 0.17 0.06
239_N 375_V 0.68 0.17 0.06
149_A 151_I 0.68 0.17 0.06
321_R 206_L 0.68 0.17 0.06
64_H 40_L 0.68 0.17 0.06
118_G 423_T 0.68 0.17 0.06
290_D 174_E 0.68 0.17 0.06
62_M 285_S 0.68 0.17 0.06
321_R 390_E 0.68 0.17 0.06
63_L 356_K 0.68 0.17 0.06
261_R 339_L 0.68 0.17 0.06
298_T 213_N 0.68 0.17 0.06
80_M 184_Y 0.68 0.17 0.06
131_D 83_Q 0.68 0.17 0.06
299_R 368_S 0.68 0.17 0.06
145_H 337_A 0.68 0.17 0.06
312_G 66_S 0.68 0.17 0.06
131_D 279_L 0.67 0.17 0.06
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.2795 seconds.