May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
MFD600RNAP600 bsubtilis
Genes: A B A+B
Length: 600 600 1132
Sequences: 2677 1433 1038
Seq/Len: 4.46 2.39 0.92
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.63
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.09 0.00
2 0.00 0.09 0.00
5 0.00 0.09 0.00
10 0.00 0.09 0.00
20 0.00 0.09 0.02
100 0.01 0.09 0.14
∞ 0.04 0.09 0.86
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
52_P 249_E 1.80 0.90 0.32
142_I 146_F 1.56 0.78 0.18
66_V 110_D 1.43 0.69 0.12
516_Y 456_A 1.43 0.69 0.12
572_E 452_R 1.38 0.66 0.11
470_T 102_E 1.38 0.65 0.10
299_D 25_E 1.37 0.65 0.10
534_I 158_F 1.37 0.65 0.10
552_V 574_V 1.35 0.63 0.10
198_D 431_V 1.33 0.61 0.09
56_I 382_I 1.31 0.59 0.08
596_A 113_M 1.31 0.59 0.08
176_I 382_I 1.29 0.58 0.08
504_D 415_L 1.28 0.57 0.08
534_I 126_I 1.26 0.55 0.07
151_D 540_F 1.26 0.55 0.07
223_I 574_V 1.26 0.55 0.07
516_Y 249_E 1.24 0.54 0.07
82_Y 252_K 1.24 0.53 0.07
164_R 249_E 1.20 0.50 0.06
570_G 126_I 1.19 0.48 0.06
522_L 107_K 1.18 0.48 0.06
576_V 67_I 1.18 0.47 0.05
183_I 63_S 1.17 0.47 0.05
515_K 382_I 1.16 0.46 0.05
200_E 581_L 1.16 0.46 0.05
516_Y 534_Y 1.13 0.43 0.05
548_Q 415_L 1.12 0.42 0.04
511_H 245_P 1.12 0.42 0.04
181_I 534_Y 1.11 0.41 0.04
200_E 431_V 1.10 0.41 0.04
554_K 537_V 1.10 0.41 0.04
556_V 452_R 1.10 0.41 0.04
270_D 532_S 1.10 0.40 0.04
553_Q 71_L 1.10 0.40 0.04
585_Q 457_S 1.09 0.40 0.04
145_G 134_I 1.09 0.40 0.04
597_E 574_V 1.09 0.40 0.04
583_S 96_V 1.09 0.40 0.04
537_Q 382_I 1.08 0.39 0.04
590_D 138_L 1.08 0.39 0.04
202_D 112_F 1.07 0.38 0.04
544_V 420_F 1.07 0.38 0.04
595_Y 523_P 1.06 0.38 0.04
542_L 577_A 1.06 0.37 0.04
522_L 67_I 1.06 0.37 0.04
478_R 147_S 1.05 0.37 0.04
181_I 88_Y 1.05 0.36 0.03
579_K 536_K 1.04 0.36 0.03
118_V 249_E 1.03 0.35 0.03
183_I 570_D 1.03 0.35 0.03
119_V 262_P 1.03 0.35 0.03
566_Y 212_G 1.02 0.34 0.03
593_K 84_R 1.02 0.34 0.03
195_E 385_I 1.02 0.34 0.03
500_L 249_E 1.02 0.34 0.03
584_V 122_T 1.01 0.33 0.03
543_Y 96_V 1.01 0.33 0.03
201_V 121_D 1.01 0.33 0.03
202_D 532_S 1.00 0.33 0.03
55_L 89_S 1.00 0.32 0.03
196_L 256_D 1.00 0.32 0.03
584_V 411_S 1.00 0.32 0.03
158_V 509_S 1.00 0.32 0.03
205_R 191_P 1.00 0.32 0.03
530_D 599_E 1.00 0.32 0.03
504_D 474_T 1.00 0.32 0.03
522_L 134_I 1.00 0.32 0.03
131_P 79_E 1.00 0.32 0.03
540_D 109_Q 1.00 0.32 0.03
200_E 409_L 0.99 0.32 0.03
531_Y 563_Y 0.99 0.32 0.03
553_Q 277_K 0.99 0.31 0.03
88_I 449_I 0.99 0.31 0.03
537_Q 190_L 0.98 0.31 0.03
559_E 24_L 0.98 0.31 0.03
156_R 382_I 0.98 0.30 0.03
534_I 393_H 0.98 0.30 0.03
522_L 97_R 0.98 0.30 0.03
202_D 514_M 0.97 0.30 0.03
51_K 458_I 0.97 0.30 0.03
502_I 25_E 0.97 0.30 0.03
56_I 88_Y 0.96 0.29 0.03
35_G 599_E 0.96 0.29 0.02
568_L 258_R 0.96 0.29 0.02
183_I 256_D 0.96 0.29 0.02
183_I 127_I 0.96 0.29 0.02
225_P 403_H 0.96 0.29 0.02
214_S 439_D 0.95 0.29 0.02
224_G 431_V 0.95 0.29 0.02
578_K 158_F 0.95 0.29 0.02
466_L 385_I 0.95 0.29 0.02
56_I 127_I 0.95 0.29 0.02
541_K 71_L 0.95 0.28 0.02
118_V 389_F 0.95 0.28 0.02
320_E 497_E 0.95 0.28 0.02
174_F 449_I 0.94 0.28 0.02
204_I 594_A 0.94 0.28 0.02
584_V 385_I 0.94 0.28 0.02
513_I 46_R 0.94 0.28 0.02
201_V 594_A 0.94 0.28 0.02
333_L 458_I 0.94 0.27 0.02
450_I 110_D 0.94 0.27 0.02
584_V 599_E 0.93 0.27 0.02
515_K 582_D 0.93 0.27 0.02
82_Y 231_K 0.93 0.27 0.02
532_L 509_S 0.93 0.27 0.02
553_Q 37_Y 0.93 0.27 0.02
345_L 540_F 0.93 0.27 0.02
32_G 416_L 0.93 0.27 0.02
331_T 190_L 0.92 0.26 0.02
569_G 87_T 0.92 0.26 0.02
469_I 532_S 0.92 0.26 0.02
450_I 573_V 0.92 0.26 0.02
121_P 194_V 0.91 0.26 0.02
21_L 594_A 0.91 0.26 0.02
201_V 581_L 0.91 0.26 0.02
554_K 457_S 0.91 0.26 0.02
538_G 25_E 0.91 0.26 0.02
311_E 240_L 0.91 0.26 0.02
474_L 385_I 0.91 0.26 0.02
417_K 561_I 0.91 0.26 0.02
41_F 83_E 0.91 0.26 0.02
149_E 448_L 0.91 0.26 0.02
129_L 99_I 0.91 0.25 0.02
346_S 249_E 0.91 0.25 0.02
28_Q 38_Q 0.91 0.25 0.02
469_I 41_L 0.91 0.25 0.02
583_S 537_V 0.91 0.25 0.02
499_E 152_K 0.91 0.25 0.02
149_E 193_T 0.91 0.25 0.02
576_V 501_M 0.90 0.25 0.02
214_S 436_S 0.90 0.25 0.02
431_D 249_E 0.90 0.25 0.02
208_N 69_Y 0.90 0.25 0.02
471_E 186_R 0.90 0.25 0.02
533_N 432_R 0.90 0.25 0.02
507_V 516_P 0.90 0.25 0.02
573_W 133_V 0.90 0.24 0.02
219_T 126_I 0.89 0.24 0.02
198_D 420_F 0.89 0.24 0.02
184_Y 561_I 0.89 0.24 0.02
474_L 578_N 0.89 0.24 0.02
590_D 432_R 0.89 0.24 0.02
539_S 121_D 0.89 0.24 0.02
297_L 110_D 0.89 0.24 0.02
549_I 509_S 0.89 0.24 0.02
470_T 581_L 0.88 0.24 0.02
513_I 66_F 0.88 0.24 0.02
215_I 579_A 0.88 0.24 0.02
166_D 31_E 0.88 0.24 0.02
534_I 249_E 0.88 0.24 0.02
40_V 134_I 0.88 0.24 0.02
104_L 545_T 0.88 0.23 0.02
148_I 28_N 0.88 0.23 0.02
468_V 558_T 0.88 0.23 0.02
32_G 40_F 0.88 0.23 0.02
246_G 589_D 0.88 0.23 0.02
338_K 540_F 0.88 0.23 0.02
471_E 290_L 0.88 0.23 0.02
251_L 124_T 0.88 0.23 0.02
208_N 404_L 0.88 0.23 0.02
197_F 74_P 0.88 0.23 0.02
504_D 391_L 0.87 0.23 0.02
530_D 435_M 0.87 0.23 0.02
470_T 578_N 0.87 0.23 0.02
181_I 18_A 0.87 0.23 0.02
175_S 553_E 0.87 0.23 0.02
394_N 581_L 0.87 0.23 0.02
516_Y 14_R 0.87 0.23 0.02
162_Y 574_V 0.87 0.23 0.02
530_D 30_I 0.87 0.23 0.02
196_L 535_A 0.87 0.23 0.02
546_V 116_F 0.87 0.23 0.02
595_Y 49_F 0.87 0.23 0.02
198_D 495_T 0.87 0.23 0.02
82_Y 25_E 0.87 0.23 0.02
82_Y 545_T 0.87 0.23 0.02
154_A 162_V 0.86 0.23 0.02
165_S 398_T 0.86 0.23 0.02
587_I 464_S 0.86 0.22 0.02
529_K 537_V 0.86 0.22 0.02
592_I 425_S 0.86 0.22 0.02
495_K 529_N 0.86 0.22 0.02
62_Q 458_I 0.86 0.22 0.02
534_I 162_V 0.86 0.22 0.02
55_L 379_A 0.86 0.22 0.02
201_V 533_S 0.86 0.22 0.02
592_I 89_S 0.86 0.22 0.02
513_I 126_I 0.86 0.22 0.02
181_I 194_V 0.85 0.22 0.02
225_P 549_R 0.85 0.22 0.02
179_G 124_T 0.85 0.22 0.02
442_A 363_V 0.85 0.22 0.02
203_S 439_D 0.85 0.22 0.01
504_D 248_V 0.85 0.21 0.01
142_I 180_V 0.85 0.21 0.01
391_G 246_P 0.85 0.21 0.01
171_P 16_S 0.85 0.21 0.01
144_V 580_R 0.85 0.21 0.01
346_S 278_K 0.85 0.21 0.01
125_I 389_F 0.85 0.21 0.01
266_N 369_I 0.84 0.21 0.01
245_S 205_Q 0.84 0.21 0.01
414_G 79_E 0.84 0.21 0.01
86_E 561_I 0.84 0.21 0.01
79_V 209_D 0.84 0.21 0.01
504_D 21_S 0.84 0.21 0.01
156_R 545_T 0.84 0.21 0.01
549_I 175_D 0.84 0.21 0.01
196_L 110_D 0.84 0.21 0.01
164_R 534_Y 0.84 0.21 0.01
520_E 134_I 0.84 0.21 0.01
202_D 121_D 0.84 0.21 0.01
423_L 374_K 0.84 0.21 0.01
218_L 432_R 0.83 0.21 0.01
439_S 77_P 0.83 0.21 0.01
553_Q 69_Y 0.83 0.21 0.01
171_P 508_Y 0.83 0.20 0.01
184_Y 127_I 0.83 0.20 0.01
393_M 594_A 0.83 0.20 0.01
554_K 170_L 0.83 0.20 0.01
140_M 190_L 0.83 0.20 0.01
568_L 540_F 0.83 0.20 0.01
562_E 116_F 0.83 0.20 0.01
567_K 262_P 0.83 0.20 0.01
280_D 24_L 0.83 0.20 0.01
522_L 263_K 0.83 0.20 0.01
296_S 375_N 0.83 0.20 0.01
142_I 440_T 0.83 0.20 0.01
272_E 32_I 0.82 0.20 0.01
33_L 238_E 0.82 0.20 0.01
181_I 262_P 0.82 0.20 0.01
273_R 534_Y 0.82 0.20 0.01
400_M 146_F 0.82 0.20 0.01
181_I 162_V 0.82 0.20 0.01
364_S 379_A 0.82 0.20 0.01
198_D 411_S 0.82 0.20 0.01
596_A 38_Q 0.82 0.20 0.01
540_D 457_S 0.82 0.20 0.01
584_V 279_L 0.82 0.20 0.01
317_E 439_D 0.82 0.20 0.01
202_D 558_T 0.82 0.20 0.01
554_K 246_P 0.82 0.20 0.01
54_F 588_I 0.82 0.20 0.01
32_G 37_Y 0.82 0.20 0.01
568_L 252_K 0.82 0.20 0.01
63_A 110_D 0.82 0.20 0.01
231_I 594_A 0.82 0.20 0.01
183_I 80_E 0.81 0.20 0.01
516_Y 398_T 0.81 0.20 0.01
99_L 124_T 0.81 0.19 0.01
596_A 374_K 0.81 0.19 0.01
176_I 193_T 0.81 0.19 0.01
46_A 77_P 0.81 0.19 0.01
175_S 540_F 0.81 0.19 0.01
195_E 111_V 0.81 0.19 0.01
551_Q 539_R 0.81 0.19 0.01
53_I 249_E 0.81 0.19 0.01
64_Q 536_K 0.81 0.19 0.01
82_Y 377_T 0.81 0.19 0.01
459_F 479_E 0.81 0.19 0.01
578_K 32_I 0.81 0.19 0.01
194_I 261_D 0.81 0.19 0.01
542_L 182_V 0.81 0.19 0.01
154_A 249_E 0.81 0.19 0.01
296_S 561_I 0.81 0.19 0.01
521_T 111_V 0.81 0.19 0.01
541_K 182_V 0.81 0.19 0.01
56_I 532_S 0.81 0.19 0.01
509_I 32_I 0.81 0.19 0.01
219_T 194_V 0.81 0.19 0.01
214_S 186_R 0.81 0.19 0.01
120_A 572_Y 0.80 0.19 0.01
381_V 17_Y 0.80 0.19 0.01
70_L 279_L 0.80 0.19 0.01
251_L 439_D 0.80 0.19 0.01
540_D 191_P 0.80 0.19 0.01
50_N 560_R 0.80 0.19 0.01
517_L 458_I 0.80 0.19 0.01
507_V 124_T 0.80 0.19 0.01
592_I 162_V 0.80 0.19 0.01
596_A 231_K 0.80 0.18 0.01
102_Q 534_Y 0.80 0.18 0.01
185_P 575_A 0.80 0.18 0.01
336_E 509_S 0.80 0.18 0.01
161_G 531_L 0.80 0.18 0.01
195_E 235_E 0.80 0.18 0.01
592_I 173_E 0.79 0.18 0.01
153_L 252_K 0.79 0.18 0.01
34_S 580_R 0.79 0.18 0.01
136_K 574_V 0.79 0.18 0.01
211_D 192_V 0.79 0.18 0.01
568_L 48_M 0.79 0.18 0.01
549_I 143_S 0.79 0.18 0.01
118_V 196_L 0.79 0.18 0.01
118_V 262_P 0.79 0.18 0.01
526_G 96_V 0.79 0.18 0.01
39_S 121_D 0.79 0.18 0.01
310_D 261_D 0.79 0.18 0.01
355_E 89_S 0.79 0.18 0.01
513_I 49_F 0.79 0.18 0.01
538_G 249_E 0.79 0.18 0.01
111_T 549_R 0.79 0.18 0.01
308_I 582_D 0.79 0.18 0.01
56_I 381_I 0.79 0.18 0.01
124_A 176_A 0.79 0.18 0.01
55_L 253_S 0.79 0.18 0.01
135_W 255_L 0.79 0.18 0.01
158_V 497_E 0.79 0.18 0.01
269_H 377_T 0.78 0.18 0.01
136_K 121_D 0.78 0.18 0.01
518_G 66_F 0.78 0.18 0.01
47_N 562_D 0.78 0.18 0.01
363_Y 375_N 0.78 0.18 0.01
28_Q 251_A 0.78 0.18 0.01
581_E 495_T 0.78 0.18 0.01
532_L 179_V 0.78 0.18 0.01
596_A 134_I 0.78 0.18 0.01
564_K 425_S 0.78 0.18 0.01
33_L 497_E 0.78 0.18 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.9072 seconds.