May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
MFDThermus thermophilus_RNAPbetaThermus aquaticus(3MLQ)1119
Genes: A B A+B
Length: 978 569 1388
Sequences: 2306 1280 933
Seq/Len: 2.36 2.25 0.67
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.75
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.09 0.00
2 0.00 0.09 0.00
5 0.00 0.09 0.00
10 0.00 0.09 0.00
20 0.00 0.09 0.01
100 0.00 0.09 0.09
∞ 0.00 0.09 0.60
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
449_R 180_S 1.57 0.70 0.01
792_I 453_D 1.40 0.58 0.00
708_L 299_V 1.28 0.47 0.00
123_V 519_A 1.27 0.47 0.00
530_P 99_V 1.25 0.45 0.00
415_A 151_T 1.24 0.44 0.00
924_F 181_E 1.22 0.43 0.00
541_L 318_D 1.21 0.42 0.00
681_G 193_V 1.20 0.41 0.00
296_L 218_S 1.20 0.41 0.00
758_H 244_P 1.19 0.40 0.00
795_V 510_I 1.19 0.40 0.00
543_E 105_L 1.18 0.39 0.00
530_P 22_I 1.17 0.38 0.00
758_H 234_D 1.16 0.38 0.00
727_I 58_G 1.16 0.37 0.00
668_R 153_I 1.15 0.37 0.00
595_Y 510_I 1.15 0.37 0.00
432_D 137_A 1.13 0.36 0.00
297_V 185_R 1.12 0.35 0.00
240_L 105_L 1.12 0.34 0.00
350_Y 274_R 1.12 0.34 0.00
771_A 134_F 1.12 0.34 0.00
608_A 283_L 1.12 0.34 0.00
537_I 263_V 1.11 0.34 0.00
674_L 134_F 1.10 0.33 0.00
135_D 496_A 1.10 0.33 0.00
593_T 156_E 1.10 0.33 0.00
415_A 75_L 1.10 0.33 0.00
727_I 125_A 1.09 0.33 0.00
40_L 2_H 1.09 0.33 0.00
859_S 271_E 1.09 0.33 0.00
455_L 137_A 1.09 0.32 0.00
525_L 115_F 1.08 0.31 0.00
588_K 299_V 1.06 0.30 0.00
171_P 105_L 1.06 0.30 0.00
463_P 313_D 1.06 0.30 0.00
709_A 225_R 1.06 0.30 0.00
755_Y 439_V 1.06 0.30 0.00
885_Y 319_V 1.06 0.30 0.00
458_L 193_V 1.06 0.30 0.00
49_F 283_L 1.05 0.30 0.00
640_V 189_E 1.05 0.30 0.00
125_L 94_R 1.05 0.29 0.00
802_E 218_S 1.05 0.29 0.00
511_F 141_S 1.04 0.29 0.00
391_E 274_R 1.04 0.28 0.00
320_S 311_L 1.03 0.28 0.00
550_I 241_R 1.02 0.28 0.00
737_T 238_T 1.02 0.28 0.00
421_P 58_G 1.02 0.27 0.00
678_A 215_Q 1.02 0.27 0.00
758_H 233_R 1.02 0.27 0.00
164_S 189_E 1.01 0.27 0.00
46_L 302_I 1.01 0.27 0.00
785_L 441_Q 1.00 0.26 0.00
757_F 437_I 1.00 0.26 0.00
64_E 141_S 1.00 0.26 0.00
335_Y 147_R 1.00 0.26 0.00
474_F 116_L 1.00 0.26 0.00
881_L 39_R 1.00 0.26 0.00
751_E 342_L 1.00 0.26 0.00
68_F 58_G 0.99 0.26 0.00
902_R 61_I 0.99 0.26 0.00
804_H 516_A 0.99 0.25 0.00
636_D 90_R 0.99 0.25 0.00
368_L 225_R 0.98 0.25 0.00
608_A 258_R 0.98 0.25 0.00
818_L 277_V 0.98 0.25 0.00
812_L 124_V 0.98 0.25 0.00
628_I 218_S 0.98 0.25 0.00
570_V 25_Q 0.98 0.25 0.00
349_D 482_F 0.98 0.25 0.00
791_E 64_R 0.98 0.25 0.00
540_G 193_V 0.97 0.24 0.00
634_P 134_F 0.97 0.24 0.00
748_R 332_L 0.97 0.24 0.00
888_L 90_R 0.97 0.24 0.00
378_T 78_Y 0.97 0.24 0.00
132_F 45_L 0.97 0.24 0.00
739_Y 245_G 0.97 0.24 0.00
812_L 285_V 0.97 0.24 0.00
721_E 52_E 0.97 0.24 0.00
913_I 299_V 0.97 0.24 0.00
591_V 100_K 0.97 0.24 0.00
611_G 500_Q 0.96 0.24 0.00
123_V 250_V 0.96 0.24 0.00
756_L 222_R 0.96 0.24 0.00
628_I 443_F 0.96 0.24 0.00
717_L 302_I 0.96 0.23 0.00
511_F 338_T 0.96 0.23 0.00
836_H 134_F 0.96 0.23 0.00
655_F 432_P 0.95 0.23 0.00
75_A 179_L 0.95 0.23 0.00
522_V 22_I 0.95 0.23 0.00
913_I 437_I 0.95 0.23 0.00
330_H 238_T 0.95 0.23 0.00
522_V 280_K 0.95 0.23 0.00
751_E 462_P 0.95 0.23 0.00
644_I 250_V 0.95 0.23 0.00
428_L 137_A 0.94 0.23 0.00
340_T 110_A 0.94 0.23 0.00
715_A 39_R 0.94 0.23 0.00
608_A 511_E 0.94 0.22 0.00
790_M 226_S 0.94 0.22 0.00
123_V 431_E 0.94 0.22 0.00
518_L 218_S 0.94 0.22 0.00
812_L 193_V 0.93 0.22 0.00
874_L 2_H 0.93 0.22 0.00
818_L 257_R 0.93 0.22 0.00
620_T 2_H 0.93 0.22 0.00
766_A 141_S 0.93 0.22 0.00
661_V 193_V 0.93 0.22 0.00
47_S 45_L 0.93 0.22 0.00
791_E 214_E 0.93 0.22 0.00
441_Y 110_A 0.92 0.21 0.00
539_K 299_V 0.92 0.21 0.00
292_L 124_V 0.92 0.21 0.00
823_I 510_I 0.92 0.21 0.00
356_K 33_L 0.92 0.21 0.00
210_G 45_L 0.92 0.21 0.00
454_V 422_V 0.91 0.21 0.00
756_L 343_A 0.91 0.21 0.00
67_L 97_Q 0.91 0.21 0.00
922_V 496_A 0.91 0.21 0.00
806_H 162_A 0.91 0.21 0.00
806_H 225_R 0.91 0.21 0.00
858_R 225_R 0.91 0.21 0.00
519_P 175_D 0.91 0.21 0.00
353_L 250_V 0.91 0.20 0.00
414_Q 459_S 0.91 0.20 0.00
450_A 257_R 0.91 0.20 0.00
656_Y 57_D 0.91 0.20 0.00
806_H 175_D 0.90 0.20 0.00
820_E 124_V 0.90 0.20 0.00
432_D 421_K 0.90 0.20 0.00
790_M 110_A 0.90 0.20 0.00
486_R 194_R 0.90 0.20 0.00
391_E 219_P 0.90 0.20 0.00
399_A 149_F 0.90 0.20 0.00
880_E 33_L 0.90 0.20 0.00
71_S 12_S 0.90 0.20 0.00
834_R 97_Q 0.90 0.20 0.00
34_L 25_Q 0.90 0.20 0.00
70_L 544_A 0.90 0.20 0.00
365_V 351_Y 0.90 0.20 0.00
773_I 26_A 0.90 0.20 0.00
368_L 122_V 0.90 0.20 0.00
628_I 85_T 0.90 0.20 0.00
863_S 249_I 0.89 0.20 0.00
122_V 301_K 0.89 0.20 0.00
804_H 158_Y 0.89 0.20 0.00
33_L 25_Q 0.89 0.20 0.00
689_E 217_P 0.89 0.20 0.00
804_H 319_V 0.89 0.20 0.00
537_I 94_R 0.89 0.20 0.00
134_G 257_R 0.89 0.20 0.00
728_E 175_D 0.89 0.20 0.00
411_L 143_E 0.88 0.19 0.00
404_E 299_V 0.88 0.19 0.00
529_T 22_I 0.88 0.19 0.00
348_R 216_E 0.88 0.19 0.00
708_L 420_G 0.88 0.19 0.00
489_G 134_F 0.88 0.19 0.00
484_A 141_S 0.88 0.19 0.00
349_D 2_H 0.88 0.19 0.00
556_L 99_V 0.88 0.19 0.00
539_K 319_V 0.88 0.19 0.00
416_K 56_V 0.88 0.19 0.00
873_E 437_I 0.88 0.19 0.00
453_E 53_V 0.88 0.19 0.00
431_W 441_Q 0.88 0.19 0.00
510_T 92_R 0.88 0.19 0.00
852_V 455_M 0.88 0.19 0.00
700_A 502_M 0.88 0.19 0.00
860_R 234_D 0.88 0.19 0.00
768_K 280_K 0.88 0.19 0.00
569_I 201_P 0.87 0.19 0.00
240_L 186_D 0.87 0.19 0.00
715_A 442_M 0.87 0.19 0.00
609_L 183_A 0.87 0.19 0.00
666_A 33_L 0.87 0.19 0.00
157_G 218_S 0.87 0.19 0.00
651_G 249_I 0.87 0.18 0.00
620_T 342_L 0.87 0.18 0.00
293_T 303_L 0.87 0.18 0.00
441_Y 128_P 0.86 0.18 0.00
62_L 195_I 0.86 0.18 0.00
902_R 179_L 0.86 0.18 0.00
905_A 490_L 0.86 0.18 0.00
890_E 147_R 0.86 0.18 0.00
351_L 311_L 0.86 0.18 0.00
456_R 431_E 0.86 0.18 0.00
818_L 53_V 0.86 0.18 0.00
424_A 250_V 0.86 0.18 0.00
329_E 25_Q 0.86 0.18 0.00
751_E 111_S 0.86 0.18 0.00
827_K 98_R 0.86 0.18 0.00
637_P 193_V 0.86 0.18 0.00
832_E 90_R 0.86 0.18 0.00
149_R 100_K 0.86 0.18 0.00
42_R 195_I 0.86 0.18 0.00
443_L 238_T 0.85 0.18 0.00
634_P 466_I 0.85 0.18 0.00
788_R 137_A 0.85 0.18 0.00
773_I 244_P 0.85 0.18 0.00
117_R 299_V 0.85 0.18 0.00
185_A 310_H 0.85 0.18 0.00
620_T 141_S 0.85 0.18 0.00
633_A 241_R 0.85 0.18 0.00
838_T 442_M 0.85 0.18 0.00
845_A 215_Q 0.85 0.18 0.00
709_A 214_E 0.85 0.18 0.00
818_L 97_Q 0.85 0.17 0.00
731_D 198_E 0.85 0.17 0.00
350_Y 233_R 0.85 0.17 0.00
293_T 524_E 0.85 0.17 0.00
726_L 134_F 0.85 0.17 0.00
843_L 99_V 0.84 0.17 0.00
657_V 225_R 0.84 0.17 0.00
138_E 138_I 0.84 0.17 0.00
649_E 462_P 0.84 0.17 0.00
469_S 175_D 0.84 0.17 0.00
356_K 542_L 0.84 0.17 0.00
386_S 436_P 0.84 0.17 0.00
711_T 169_P 0.84 0.17 0.00
324_Y 99_V 0.84 0.17 0.00
377_T 41_S 0.84 0.17 0.00
542_A 544_A 0.84 0.17 0.00
542_A 120_Q 0.84 0.17 0.00
711_T 134_F 0.84 0.17 0.00
167_V 195_I 0.84 0.17 0.00
351_L 22_I 0.84 0.17 0.00
654_V 58_G 0.84 0.17 0.00
656_Y 104_L 0.84 0.17 0.00
511_F 153_I 0.84 0.17 0.00
686_Q 502_M 0.84 0.17 0.00
115_D 33_L 0.83 0.17 0.00
528_F 529_P 0.83 0.17 0.00
222_K 99_V 0.83 0.17 0.00
574_H 305_V 0.83 0.17 0.00
194_P 116_L 0.83 0.17 0.00
37_E 437_I 0.83 0.17 0.00
737_T 139_V 0.83 0.17 0.00
113_D 147_R 0.83 0.17 0.00
406_L 318_D 0.83 0.17 0.00
880_E 175_D 0.83 0.17 0.00
795_V 476_Q 0.83 0.17 0.00
745_V 460_T 0.83 0.17 0.00
618_I 91_P 0.83 0.17 0.00
416_K 122_V 0.83 0.17 0.00
804_H 251_V 0.83 0.17 0.00
759_P 267_P 0.83 0.17 0.00
530_P 105_L 0.83 0.17 0.00
900_R 112_E 0.83 0.17 0.00
121_E 84_G 0.83 0.17 0.00
318_A 269_V 0.83 0.17 0.00
560_V 35_E 0.83 0.17 0.00
779_L 29_V 0.82 0.16 0.00
75_A 86_A 0.82 0.16 0.00
750_E 435_G 0.82 0.16 0.00
819_L 465_L 0.82 0.16 0.00
148_R 153_I 0.82 0.16 0.00
227_D 186_D 0.82 0.16 0.00
575_R 81_S 0.82 0.16 0.00
432_D 527_P 0.82 0.16 0.00
864_R 264_E 0.82 0.16 0.00
615_L 528_E 0.82 0.16 0.00
771_A 277_V 0.82 0.16 0.00
654_V 335_I 0.82 0.16 0.00
667_R 22_I 0.82 0.16 0.00
741_L 304_P 0.81 0.16 0.00
636_D 86_A 0.81 0.16 0.00
41_R 277_V 0.81 0.16 0.00
591_V 97_Q 0.81 0.16 0.00
726_L 192_I 0.81 0.16 0.00
584_I 54_V 0.81 0.16 0.00
621_P 519_A 0.81 0.16 0.00
754_A 267_P 0.81 0.16 0.00
445_P 2_H 0.81 0.16 0.00
795_V 166_K 0.81 0.16 0.00
428_L 161_E 0.81 0.16 0.00
787_E 522_K 0.81 0.16 0.00
350_Y 244_P 0.81 0.16 0.00
849_A 497_H 0.81 0.16 0.00
474_F 490_L 0.81 0.16 0.00
882_K 497_H 0.81 0.16 0.00
839_L 134_F 0.81 0.16 0.00
174_V 195_I 0.81 0.16 0.00
70_L 431_E 0.81 0.16 0.00
455_L 421_K 0.81 0.16 0.00
758_H 274_R 0.81 0.16 0.00
812_L 442_M 0.81 0.16 0.00
236_K 63_V 0.81 0.16 0.00
753_Y 157_R 0.81 0.16 0.00
428_L 244_P 0.81 0.16 0.00
365_V 300_A 0.81 0.16 0.00
350_Y 216_E 0.80 0.15 0.00
71_S 455_M 0.80 0.15 0.00
900_R 125_A 0.80 0.15 0.00
689_E 450_M 0.80 0.15 0.00
332_V 151_T 0.80 0.15 0.00
401_K 511_E 0.80 0.15 0.00
330_H 530_S 0.80 0.15 0.00
657_V 126_I 0.80 0.15 0.00
608_A 502_M 0.80 0.15 0.00
313_L 58_G 0.80 0.15 0.00
240_L 56_V 0.80 0.15 0.00
804_H 222_R 0.80 0.15 0.00
413_L 90_R 0.80 0.15 0.00
521_R 99_V 0.80 0.15 0.00
791_E 536_R 0.80 0.15 0.00
653_K 487_V 0.80 0.15 0.00
560_V 180_S 0.80 0.15 0.00
619_Q 134_F 0.80 0.15 0.00
332_V 53_V 0.80 0.15 0.00
316_P 238_T 0.80 0.15 0.00
435_V 109_P 0.80 0.15 0.00
849_A 78_Y 0.80 0.15 0.00
675_V 145_L 0.79 0.15 0.00
790_M 166_K 0.79 0.15 0.00
468_V 111_S 0.79 0.15 0.00
541_L 209_T 0.79 0.15 0.00
709_A 320_I 0.79 0.15 0.00
174_V 312_P 0.79 0.15 0.00
717_L 320_I 0.79 0.15 0.00
806_H 450_M 0.79 0.15 0.00
708_L 128_P 0.79 0.15 0.00
373_R 249_I 0.79 0.15 0.00
628_I 460_T 0.79 0.15 0.00
773_I 428_R 0.79 0.15 0.00
779_L 441_Q 0.79 0.15 0.00
192_G 134_F 0.79 0.15 0.00
840_D 332_L 0.79 0.15 0.00
885_Y 303_L 0.79 0.15 0.00
750_E 542_L 0.79 0.15 0.00
372_K 482_F 0.79 0.15 0.00
597_S 272_V 0.79 0.15 0.00
144_G 153_I 0.79 0.15 0.00
580_Q 238_T 0.79 0.15 0.00
755_Y 341_G 0.79 0.15 0.00
847_L 193_V 0.79 0.15 0.00
110_Y 63_V 0.79 0.15 0.00
781_S 92_R 0.79 0.15 0.00
279_D 124_V 0.79 0.15 0.00
32_L 103_D 0.79 0.15 0.00
727_I 343_A 0.79 0.15 0.00
608_A 194_R 0.78 0.15 0.00
826_L 5_A 0.78 0.15 0.00
469_S 91_P 0.78 0.15 0.00
81_E 86_A 0.78 0.15 0.00
719_V 78_Y 0.78 0.15 0.00
781_S 153_I 0.78 0.15 0.00
293_T 78_Y 0.78 0.15 0.00
299_A 150_Y 0.78 0.14 0.00
611_G 156_E 0.78 0.14 0.00
781_S 63_V 0.78 0.14 0.00
149_R 97_Q 0.78 0.14 0.00
671_L 160_I 0.78 0.14 0.00
721_E 373_N 0.78 0.14 0.00
814_V 150_Y 0.78 0.14 0.00
588_K 146_K 0.78 0.14 0.00
653_K 475_A 0.78 0.14 0.00
646_F 141_S 0.78 0.14 0.00
733_L 536_R 0.78 0.14 0.00
398_K 104_L 0.78 0.14 0.00
474_F 230_E 0.78 0.14 0.00
809_A 313_D 0.78 0.14 0.00
893_E 63_V 0.78 0.14 0.00
777_S 244_P 0.78 0.14 0.00
555_L 98_R 0.78 0.14 0.00
757_F 251_V 0.78 0.14 0.00
110_Y 167_L 0.78 0.14 0.00
372_K 141_S 0.78 0.14 0.00
310_G 140_I 0.78 0.14 0.00
774_A 266_K 0.78 0.14 0.00
336_L 200_K 0.78 0.14 0.00
656_Y 28_V 0.78 0.14 0.00
450_A 125_A 0.78 0.14 0.00
584_I 47_A 0.78 0.14 0.00
823_I 63_V 0.78 0.14 0.00
122_V 28_V 0.77 0.14 0.00
872_A 93_V 0.77 0.14 0.00
619_Q 543_Q 0.77 0.14 0.00
590_E 90_R 0.77 0.14 0.00
137_L 113_E 0.77 0.14 0.00
520_V 319_V 0.77 0.14 0.00
254_R 143_E 0.77 0.14 0.00
620_T 338_T 0.77 0.14 0.00
779_L 318_D 0.77 0.14 0.00
97_P 193_V 0.77 0.14 0.00
74_E 542_L 0.77 0.14 0.00
737_T 42_L 0.77 0.14 0.00
829_E 144_L 0.77 0.14 0.00
623_P 105_L 0.77 0.14 0.00
155_K 183_A 0.77 0.14 0.00
242_V 12_S 0.77 0.14 0.00
402_D 299_V 0.77 0.14 0.00
869_K 97_Q 0.77 0.14 0.00
575_R 242_V 0.77 0.14 0.00
733_L 141_S 0.77 0.14 0.00
363_L 218_S 0.77 0.14 0.00
702_G 12_S 0.77 0.14 0.00
823_I 515_A 0.77 0.14 0.00
624_G 455_M 0.77 0.14 0.00
898_L 277_V 0.77 0.14 0.00
484_A 29_V 0.77 0.14 0.00
508_G 300_A 0.77 0.14 0.00
776_L 264_E 0.77 0.14 0.00
502_L 452_E 0.77 0.14 0.00
807_I 275_V 0.77 0.14 0.00
449_R 425_Y 0.77 0.14 0.00
908_K 45_L 0.77 0.14 0.00
510_T 71_V 0.77 0.14 0.00
749_E 158_Y 0.77 0.14 0.00
880_E 450_M 0.77 0.14 0.00
451_L 528_E 0.77 0.14 0.00
758_H 536_R 0.77 0.14 0.00
405_E 482_F 0.77 0.14 0.00
896_V 63_V 0.76 0.14 0.00
481_L 202_G 0.76 0.14 0.00
866_A 214_E 0.76 0.14 0.00
463_P 332_L 0.76 0.14 0.00
579_A 252_G 0.76 0.14 0.00
42_R 110_A 0.76 0.14 0.00
441_Y 425_Y 0.76 0.14 0.00
69_V 147_R 0.76 0.14 0.00
860_R 222_R 0.76 0.14 0.00
443_L 167_L 0.76 0.14 0.00
901_L 194_R 0.76 0.14 0.00
845_A 242_V 0.76 0.14 0.00
768_K 252_G 0.76 0.14 0.00
593_T 462_P 0.76 0.14 0.00
618_I 176_I 0.76 0.14 0.00
879_R 105_L 0.76 0.14 0.00
131_E 105_L 0.76 0.14 0.00
297_V 105_L 0.76 0.14 0.00
469_S 505_I 0.76 0.14 0.00
455_L 279_Q 0.76 0.14 0.00
429_P 310_H 0.76 0.14 0.00
350_Y 460_T 0.76 0.14 0.00
455_L 140_I 0.76 0.14 0.00
921_E 53_V 0.76 0.14 0.00
584_I 300_A 0.76 0.14 0.00
737_T 253_R 0.76 0.14 0.00
640_V 264_E 0.76 0.14 0.00
768_K 132_Y 0.76 0.14 0.00
816_T 462_P 0.76 0.14 0.00
737_T 544_A 0.76 0.14 0.00
350_Y 421_K 0.76 0.14 0.00
590_E 189_E 0.76 0.14 0.00
715_A 342_L 0.76 0.14 0.00
594_L 425_Y 0.76 0.14 0.00
773_I 169_P 0.76 0.14 0.00
240_L 319_V 0.76 0.14 0.00
536_A 150_Y 0.75 0.14 0.00
510_T 98_R 0.75 0.14 0.00
513_E 299_V 0.75 0.14 0.00
469_S 86_A 0.75 0.14 0.00
369_P 303_L 0.75 0.13 0.00
469_S 438_V 0.75 0.13 0.00
702_G 91_P 0.75 0.13 0.00
540_G 97_Q 0.75 0.13 0.00
828_G 236_K 0.75 0.13 0.00
756_L 253_R 0.75 0.13 0.00
403_V 250_V 0.75 0.13 0.00
613_K 521_I 0.75 0.13 0.00
790_M 171_R 0.75 0.13 0.00
686_Q 258_R 0.75 0.13 0.00
607_S 209_T 0.75 0.13 0.00
110_Y 140_I 0.75 0.13 0.00
490_H 215_Q 0.75 0.13 0.00
144_G 222_R 0.75 0.13 0.00
184_K 299_V 0.75 0.13 0.00
705_D 213_G 0.75 0.13 0.00
550_I 278_A 0.75 0.13 0.00
876_R 193_V 0.75 0.13 0.00
474_F 318_D 0.75 0.13 0.00
251_L 189_E 0.75 0.13 0.00
809_A 12_S 0.75 0.13 0.00
56_N 185_R 0.75 0.13 0.00
548_I 74_P 0.75 0.13 0.00
462_H 110_A 0.75 0.13 0.00
208_E 97_Q 0.75 0.13 0.00
545_T 276_F 0.75 0.13 0.00
537_I 429_T 0.75 0.13 0.00
521_R 105_L 0.75 0.13 0.00
526_S 500_Q 0.75 0.13 0.00
644_I 156_E 0.75 0.13 0.00
288_E 193_V 0.75 0.13 0.00
443_L 217_P 0.75 0.13 0.00
766_A 175_D 0.75 0.13 0.00
445_P 48_E 0.75 0.13 0.00
772_A 482_F 0.75 0.13 0.00
584_I 70_L 0.75 0.13 0.00
865_F 76_R 0.74 0.13 0.00
837_V 116_L 0.74 0.13 0.00
592_D 215_Q 0.74 0.13 0.00
54_Y 44_A 0.74 0.13 0.00
100_A 45_L 0.74 0.13 0.00
220_S 137_A 0.74 0.13 0.00
921_E 12_S 0.74 0.13 0.00
745_V 218_S 0.74 0.13 0.00
587_L 264_E 0.74 0.13 0.00
46_L 195_I 0.74 0.13 0.00
826_L 450_M 0.74 0.13 0.00
680_I 302_I 0.74 0.13 0.00
791_E 246_E 0.74 0.13 0.00
661_V 269_V 0.74 0.13 0.00
837_V 320_I 0.74 0.13 0.00
674_L 195_I 0.74 0.13 0.00
349_D 109_P 0.74 0.13 0.00
865_F 201_P 0.74 0.13 0.00
431_W 450_M 0.74 0.13 0.00
762_L 209_T 0.74 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5647 0.67 MFDThermus thermophilus_RNAPbetaThermus aquaticus(3MLQ)1119 Δgene:(1, ∞) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done - Shared
5633 0.67 MFDThermus thermophilus_RNAPbetaThermus aquaticus(3MLQ)1119 Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done - Shared
Page generated in 1.0059 seconds.