May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
MFDThermus thermophilus_RNAPbetaThermus aquaticus(3MLQ)550
Genes: A B A+B
Length: 978 550 1432
Sequences: 2310 1551 1013
Seq/Len: 2.36 2.82 0.71
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.79
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.09 0.00
2 0.00 0.09 0.00
5 0.00 0.09 0.00
10 0.00 0.09 0.00
20 0.00 0.09 0.02
100 0.00 0.09 0.10
∞ 0.00 0.09 0.66
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
335_Y 380_A 1.61 0.75 0.01
570_V 456_A 1.58 0.73 0.01
755_Y 496_I 1.54 0.70 0.01
359_G 111_D 1.39 0.58 0.01
526_S 498_Q 1.35 0.55 0.01
34_L 304_L 1.30 0.51 0.01
341_R 99_Q 1.29 0.50 0.01
628_I 482_E 1.27 0.48 0.01
640_V 457_A 1.26 0.47 0.01
134_G 355_V 1.25 0.46 0.01
844_S 496_I 1.24 0.46 0.01
455_L 173_D 1.23 0.45 0.01
596_L 545_N 1.20 0.42 0.00
515_F 113_V 1.20 0.42 0.00
469_S 83_C 1.20 0.42 0.00
569_I 300_D 1.19 0.42 0.00
733_L 419_T 1.19 0.41 0.00
398_K 529_V 1.18 0.41 0.00
812_L 174_L 1.18 0.40 0.00
628_I 73_I 1.17 0.40 0.00
415_A 115_L 1.17 0.40 0.00
550_I 301_E 1.17 0.40 0.00
391_E 376_R 1.17 0.40 0.00
169_H 14_P 1.17 0.40 0.00
403_V 335_T 1.17 0.39 0.00
827_K 104_D 1.16 0.39 0.00
574_H 126_S 1.15 0.38 0.00
546_V 349_A 1.15 0.38 0.00
913_I 473_R 1.15 0.38 0.00
416_K 496_I 1.14 0.37 0.00
467_L 48_F 1.12 0.36 0.00
385_S 212_S 1.10 0.34 0.00
341_R 109_K 1.10 0.34 0.00
291_L 480_T 1.10 0.34 0.00
454_V 463_A 1.10 0.34 0.00
526_S 126_S 1.09 0.34 0.00
838_T 402_S 1.09 0.34 0.00
30_P 251_D 1.08 0.33 0.00
34_L 90_Y 1.08 0.33 0.00
758_H 170_P 1.08 0.33 0.00
611_G 313_L 1.07 0.32 0.00
371_L 496_I 1.07 0.32 0.00
885_Y 272_A 1.06 0.32 0.00
813_E 461_V 1.06 0.32 0.00
353_L 160_A 1.06 0.32 0.00
785_L 534_V 1.06 0.32 0.00
593_T 68_F 1.06 0.32 0.00
865_F 365_D 1.06 0.31 0.00
432_D 173_D 1.06 0.31 0.00
409_R 140_I 1.05 0.30 0.00
901_L 502_P 1.05 0.30 0.00
584_I 313_L 1.05 0.30 0.00
117_R 464_L 1.04 0.30 0.00
560_V 525_A 1.04 0.30 0.00
402_D 433_T 1.04 0.30 0.00
609_L 398_T 1.03 0.29 0.00
580_Q 356_R 1.03 0.29 0.00
332_V 531_F 1.03 0.29 0.00
818_L 48_F 1.02 0.29 0.00
680_I 458_Y 1.02 0.28 0.00
583_R 356_R 1.02 0.28 0.00
367_Q 339_L 1.02 0.28 0.00
750_E 132_A 1.01 0.28 0.00
555_L 507_R 1.01 0.28 0.00
132_F 508_I 1.01 0.28 0.00
522_V 461_V 1.01 0.28 0.00
865_F 433_T 1.01 0.28 0.00
335_Y 251_D 1.01 0.28 0.00
787_E 275_Y 1.01 0.28 0.00
373_R 172_I 1.01 0.28 0.00
758_H 147_Y 1.00 0.27 0.00
564_D 363_S 1.00 0.27 0.00
57_P 529_V 1.00 0.27 0.00
294_E 433_T 1.00 0.27 0.00
568_L 123_E 1.00 0.27 0.00
683_V 68_F 0.99 0.27 0.00
68_F 251_D 0.99 0.27 0.00
804_H 376_R 0.99 0.27 0.00
110_Y 531_F 0.99 0.26 0.00
330_H 247_P 0.99 0.26 0.00
725_I 282_G 0.99 0.26 0.00
736_A 160_A 0.99 0.26 0.00
612_L 67_D 0.98 0.26 0.00
335_Y 461_V 0.98 0.26 0.00
536_A 356_R 0.98 0.26 0.00
569_I 128_I 0.98 0.26 0.00
855_L 193_L 0.98 0.26 0.00
640_V 493_R 0.98 0.26 0.00
371_L 478_V 0.98 0.26 0.00
397_E 160_A 0.97 0.25 0.00
542_A 504_E 0.97 0.25 0.00
913_I 304_L 0.97 0.25 0.00
137_L 483_V 0.97 0.25 0.00
48_A 26_Y 0.96 0.25 0.00
858_R 26_Y 0.96 0.25 0.00
608_A 454_S 0.96 0.25 0.00
715_A 461_V 0.96 0.25 0.00
182_A 529_V 0.96 0.25 0.00
117_R 477_G 0.96 0.24 0.00
361_L 499_A 0.96 0.24 0.00
613_K 447_A 0.95 0.24 0.00
353_L 128_I 0.95 0.24 0.00
42_R 112_E 0.95 0.24 0.00
847_L 48_F 0.95 0.24 0.00
848_P 496_I 0.95 0.24 0.00
221_L 515_A 0.94 0.24 0.00
231_W 196_L 0.94 0.24 0.00
87_R 496_I 0.94 0.24 0.00
387_L 464_L 0.94 0.23 0.00
474_F 456_A 0.94 0.23 0.00
511_F 123_E 0.94 0.23 0.00
60_E 483_V 0.94 0.23 0.00
857_A 88_L 0.94 0.23 0.00
522_V 164_P 0.94 0.23 0.00
596_L 193_L 0.94 0.23 0.00
564_D 235_M 0.93 0.23 0.00
372_K 73_I 0.93 0.23 0.00
901_L 240_T 0.93 0.23 0.00
903_L 164_P 0.93 0.23 0.00
474_F 402_S 0.93 0.23 0.00
530_P 505_G 0.93 0.23 0.00
525_L 48_F 0.93 0.22 0.00
323_D 339_L 0.92 0.22 0.00
836_H 81_D 0.92 0.22 0.00
729_R 170_P 0.92 0.22 0.00
34_L 481_E 0.92 0.22 0.00
628_I 531_F 0.92 0.22 0.00
508_G 303_F 0.92 0.22 0.00
402_D 98_L 0.92 0.22 0.00
818_L 507_R 0.92 0.22 0.00
564_D 478_V 0.92 0.22 0.00
520_V 48_F 0.92 0.22 0.00
758_H 375_S 0.92 0.22 0.00
132_F 500_N 0.92 0.22 0.00
683_V 523_I 0.92 0.22 0.00
353_L 503_L 0.92 0.22 0.00
629_K 84_R 0.92 0.22 0.00
460_S 95_Y 0.92 0.22 0.00
469_S 425_F 0.92 0.22 0.00
102_L 164_P 0.91 0.22 0.00
871_L 164_P 0.91 0.22 0.00
703_A 421_E 0.91 0.22 0.00
823_I 184_M 0.91 0.21 0.00
648_L 26_Y 0.91 0.21 0.00
797_N 56_E 0.91 0.21 0.00
608_A 523_I 0.91 0.21 0.00
522_V 233_E 0.91 0.21 0.00
538_L 490_E 0.91 0.21 0.00
435_V 26_Y 0.91 0.21 0.00
709_A 249_K 0.90 0.21 0.00
293_T 503_L 0.90 0.21 0.00
492_A 503_L 0.90 0.21 0.00
621_P 186_V 0.90 0.21 0.00
739_Y 19_T 0.90 0.21 0.00
583_R 340_M 0.90 0.21 0.00
125_L 129_I 0.90 0.21 0.00
137_L 33_D 0.90 0.21 0.00
453_E 483_V 0.90 0.21 0.00
428_L 363_S 0.90 0.21 0.00
455_L 178_A 0.89 0.21 0.00
152_L 496_I 0.89 0.20 0.00
767_E 136_I 0.89 0.20 0.00
373_R 381_A 0.89 0.20 0.00
686_Q 240_T 0.89 0.20 0.00
665_E 55_E 0.89 0.20 0.00
779_L 453_T 0.89 0.20 0.00
861_Y 260_L 0.89 0.20 0.00
334_Q 304_L 0.89 0.20 0.00
709_A 540_F 0.89 0.20 0.00
341_R 69_L 0.89 0.20 0.00
752_A 125_G 0.89 0.20 0.00
404_E 381_A 0.89 0.20 0.00
597_S 271_E 0.89 0.20 0.00
608_A 252_K 0.89 0.20 0.00
820_E 529_V 0.89 0.20 0.00
32_L 112_E 0.89 0.20 0.00
348_R 461_V 0.89 0.20 0.00
597_S 196_L 0.89 0.20 0.00
492_A 10_R 0.89 0.20 0.00
787_E 188_K 0.88 0.20 0.00
398_K 460_R 0.88 0.20 0.00
372_K 26_Y 0.88 0.20 0.00
618_I 260_L 0.88 0.20 0.00
640_V 160_A 0.88 0.20 0.00
580_Q 179_S 0.88 0.20 0.00
37_E 433_T 0.88 0.20 0.00
132_F 258_F 0.88 0.20 0.00
667_R 90_Y 0.88 0.20 0.00
276_L 510_T 0.88 0.20 0.00
99_E 456_A 0.88 0.20 0.00
515_F 175_E 0.88 0.20 0.00
515_F 252_K 0.87 0.20 0.00
691_L 496_I 0.87 0.20 0.00
656_Y 469_T 0.87 0.20 0.00
292_L 456_A 0.87 0.19 0.00
450_A 196_L 0.87 0.19 0.00
651_G 310_L 0.87 0.19 0.00
709_A 247_P 0.87 0.19 0.00
389_K 128_I 0.87 0.19 0.00
727_I 545_N 0.87 0.19 0.00
520_V 128_I 0.87 0.19 0.00
32_L 356_R 0.87 0.19 0.00
125_L 82_E 0.87 0.19 0.00
374_H 304_L 0.87 0.19 0.00
406_L 388_R 0.87 0.19 0.00
608_A 65_V 0.86 0.19 0.00
132_F 459_A 0.86 0.19 0.00
798_L 27_K 0.86 0.19 0.00
767_E 355_V 0.86 0.19 0.00
112_R 251_D 0.86 0.19 0.00
539_K 504_E 0.86 0.19 0.00
809_A 238_L 0.86 0.19 0.00
817_E 419_T 0.86 0.19 0.00
628_I 481_E 0.86 0.19 0.00
362_Y 545_N 0.86 0.19 0.00
181_L 251_D 0.86 0.19 0.00
706_V 160_A 0.86 0.19 0.00
371_L 381_A 0.86 0.19 0.00
705_D 181_V 0.86 0.19 0.00
339_E 136_I 0.86 0.19 0.00
629_K 438_I 0.86 0.19 0.00
373_R 354_G 0.85 0.19 0.00
671_L 277_A 0.85 0.19 0.00
798_L 162_I 0.85 0.18 0.00
885_Y 136_I 0.85 0.18 0.00
335_Y 34_V 0.85 0.18 0.00
607_S 35_P 0.85 0.18 0.00
893_E 520_E 0.85 0.18 0.00
245_A 483_V 0.85 0.18 0.00
548_I 482_E 0.85 0.18 0.00
670_F 356_R 0.85 0.18 0.00
591_V 20_E 0.85 0.18 0.00
296_L 51_T 0.85 0.18 0.00
365_V 164_P 0.85 0.18 0.00
414_Q 447_A 0.84 0.18 0.00
774_A 198_R 0.84 0.18 0.00
232_L 496_I 0.84 0.18 0.00
525_L 300_D 0.84 0.18 0.00
766_A 89_T 0.84 0.18 0.00
813_E 468_R 0.84 0.18 0.00
588_K 504_E 0.84 0.18 0.00
776_L 500_N 0.84 0.18 0.00
849_A 83_C 0.84 0.18 0.00
826_L 379_E 0.84 0.18 0.00
454_V 238_L 0.84 0.18 0.00
696_M 112_E 0.84 0.18 0.00
665_E 164_P 0.84 0.18 0.00
615_L 76_P 0.84 0.18 0.00
449_R 46_A 0.84 0.18 0.00
549_V 178_A 0.84 0.18 0.00
812_L 298_F 0.84 0.18 0.00
496_F 123_E 0.84 0.18 0.00
428_L 173_D 0.84 0.18 0.00
804_H 179_S 0.84 0.18 0.00
512_R 307_L 0.84 0.18 0.00
393_Q 433_T 0.84 0.18 0.00
116_Y 20_E 0.83 0.18 0.00
664_I 535_S 0.83 0.17 0.00
121_E 322_V 0.83 0.17 0.00
857_A 19_T 0.83 0.17 0.00
275_L 333_I 0.83 0.17 0.00
569_I 264_P 0.83 0.17 0.00
334_Q 188_K 0.83 0.17 0.00
792_I 175_E 0.83 0.17 0.00
110_Y 189_R 0.83 0.17 0.00
881_L 21_I 0.83 0.17 0.00
905_A 515_A 0.83 0.17 0.00
519_P 479_V 0.83 0.17 0.00
395_A 69_L 0.83 0.17 0.00
385_S 97_R 0.83 0.17 0.00
469_S 333_I 0.83 0.17 0.00
768_K 542_L 0.83 0.17 0.00
708_L 296_G 0.83 0.17 0.00
840_D 469_T 0.83 0.17 0.00
804_H 170_P 0.82 0.17 0.00
123_V 458_Y 0.82 0.17 0.00
520_V 152_P 0.82 0.17 0.00
620_T 234_A 0.82 0.17 0.00
68_F 481_E 0.82 0.17 0.00
90_L 148_F 0.82 0.17 0.00
686_Q 93_P 0.82 0.17 0.00
373_R 461_V 0.82 0.17 0.00
167_V 136_I 0.82 0.17 0.00
612_L 198_R 0.82 0.17 0.00
715_A 333_I 0.82 0.17 0.00
558_E 128_I 0.82 0.17 0.00
683_V 117_H 0.82 0.17 0.00
45_D 118_L 0.82 0.17 0.00
368_L 182_V 0.82 0.17 0.00
756_L 268_D 0.82 0.17 0.00
777_S 280_K 0.82 0.17 0.00
570_V 285_L 0.82 0.17 0.00
584_I 456_A 0.82 0.17 0.00
741_L 67_D 0.82 0.17 0.00
474_F 19_T 0.82 0.17 0.00
98_R 160_A 0.82 0.17 0.00
36_P 207_L 0.82 0.17 0.00
522_V 114_F 0.82 0.17 0.00
556_L 276_K 0.82 0.17 0.00
297_V 500_N 0.81 0.17 0.00
167_V 112_E 0.81 0.17 0.00
387_L 123_E 0.81 0.17 0.00
123_V 474_V 0.81 0.16 0.00
591_V 300_D 0.81 0.16 0.00
715_A 286_S 0.81 0.16 0.00
659_D 140_I 0.81 0.16 0.00
538_L 311_F 0.81 0.16 0.00
924_F 496_I 0.81 0.16 0.00
896_V 486_M 0.81 0.16 0.00
335_Y 3_I 0.81 0.16 0.00
537_I 526_P 0.81 0.16 0.00
525_L 356_R 0.81 0.16 0.00
873_E 14_P 0.81 0.16 0.00
674_L 98_L 0.81 0.16 0.00
804_H 311_F 0.81 0.16 0.00
128_V 92_A 0.81 0.16 0.00
426_P 528_E 0.81 0.16 0.00
636_D 527_E 0.81 0.16 0.00
510_T 335_T 0.81 0.16 0.00
479_V 307_L 0.81 0.16 0.00
492_A 118_L 0.80 0.16 0.00
816_T 98_L 0.80 0.16 0.00
502_L 146_V 0.80 0.16 0.00
728_E 265_K 0.80 0.16 0.00
872_A 483_V 0.80 0.16 0.00
861_Y 94_L 0.80 0.16 0.00
441_Y 51_T 0.80 0.16 0.00
371_L 520_E 0.80 0.16 0.00
56_N 469_T 0.80 0.16 0.00
781_S 96_A 0.80 0.16 0.00
686_Q 297_E 0.80 0.16 0.00
543_E 527_E 0.80 0.16 0.00
355_Y 459_A 0.80 0.16 0.00
736_A 260_L 0.80 0.16 0.00
460_S 504_E 0.80 0.16 0.00
508_G 529_V 0.80 0.16 0.00
644_I 458_Y 0.79 0.16 0.00
595_Y 357_E 0.79 0.16 0.00
715_A 73_I 0.79 0.16 0.00
795_V 447_A 0.79 0.16 0.00
385_S 425_F 0.79 0.16 0.00
583_R 27_K 0.79 0.15 0.00
596_L 136_I 0.79 0.15 0.00
67_L 458_Y 0.79 0.15 0.00
353_L 89_T 0.79 0.15 0.00
299_A 233_E 0.79 0.15 0.00
608_A 356_R 0.79 0.15 0.00
363_L 402_S 0.79 0.15 0.00
681_G 73_I 0.79 0.15 0.00
642_E 192_P 0.79 0.15 0.00
141_V 192_P 0.79 0.15 0.00
549_V 175_E 0.79 0.15 0.00
661_V 402_S 0.79 0.15 0.00
469_S 89_T 0.79 0.15 0.00
725_I 11_E 0.79 0.15 0.00
519_P 71_Y 0.79 0.15 0.00
705_D 87_D 0.79 0.15 0.00
758_H 356_R 0.79 0.15 0.00
113_D 322_V 0.79 0.15 0.00
922_V 233_E 0.79 0.15 0.00
628_I 186_V 0.79 0.15 0.00
590_E 91_Q 0.79 0.15 0.00
363_L 344_F 0.79 0.15 0.00
560_V 45_Q 0.79 0.15 0.00
737_T 377_P 0.79 0.15 0.00
414_Q 44_I 0.78 0.15 0.00
238_V 92_A 0.78 0.15 0.00
136_E 333_I 0.78 0.15 0.00
545_T 460_R 0.78 0.15 0.00
766_A 425_F 0.78 0.15 0.00
620_T 174_L 0.78 0.15 0.00
753_Y 256_Y 0.78 0.15 0.00
549_V 469_T 0.78 0.15 0.00
812_L 457_A 0.78 0.15 0.00
34_L 545_N 0.78 0.15 0.00
166_K 501_T 0.78 0.15 0.00
68_F 197_L 0.78 0.15 0.00
615_L 241_L 0.78 0.15 0.00
819_L 100_L 0.78 0.15 0.00
781_S 509_A 0.78 0.15 0.00
620_T 294_E 0.78 0.15 0.00
108_L 544_T 0.78 0.15 0.00
771_A 356_R 0.78 0.15 0.00
817_E 79_S 0.78 0.15 0.00
332_V 522_V 0.78 0.15 0.00
554_R 335_T 0.78 0.15 0.00
731_D 543_N 0.78 0.15 0.00
545_T 545_N 0.78 0.15 0.00
519_P 44_I 0.78 0.15 0.00
139_R 495_T 0.78 0.15 0.00
664_I 112_E 0.78 0.15 0.00
702_G 461_V 0.77 0.15 0.00
541_L 463_A 0.77 0.15 0.00
688_P 483_V 0.77 0.15 0.00
671_L 463_A 0.77 0.15 0.00
754_A 381_A 0.77 0.15 0.00
727_I 45_Q 0.77 0.15 0.00
909_G 191_F 0.77 0.15 0.00
157_G 115_L 0.77 0.15 0.00
728_E 172_I 0.77 0.15 0.00
533_E 379_E 0.77 0.15 0.00
648_L 356_R 0.77 0.15 0.00
920_L 496_I 0.77 0.15 0.00
773_I 19_T 0.77 0.15 0.00
775_D 252_K 0.77 0.15 0.00
441_Y 496_I 0.77 0.15 0.00
437_K 545_N 0.77 0.15 0.00
824_R 69_L 0.77 0.15 0.00
863_S 484_V 0.77 0.15 0.00
255_L 460_R 0.77 0.15 0.00
441_Y 421_E 0.77 0.15 0.00
641_R 155_P 0.77 0.15 0.00
97_P 542_L 0.77 0.15 0.00
140_L 190_K 0.77 0.15 0.00
798_L 230_R 0.77 0.15 0.00
294_E 188_K 0.77 0.15 0.00
488_V 221_L 0.77 0.15 0.00
425_F 242_L 0.77 0.14 0.00
555_L 356_R 0.77 0.14 0.00
609_L 301_E 0.77 0.14 0.00
533_E 297_E 0.77 0.14 0.00
615_L 271_E 0.77 0.14 0.00
563_R 460_R 0.77 0.14 0.00
835_R 128_I 0.77 0.14 0.00
721_E 132_A 0.77 0.14 0.00
868_A 455_L 0.77 0.14 0.00
301_G 149_T 0.77 0.14 0.00
293_T 104_D 0.77 0.14 0.00
593_T 26_Y 0.77 0.14 0.00
739_Y 264_P 0.77 0.14 0.00
487_V 188_K 0.77 0.14 0.00
400_R 355_V 0.76 0.14 0.00
671_L 479_V 0.76 0.14 0.00
660_R 398_T 0.76 0.14 0.00
401_K 508_I 0.76 0.14 0.00
395_A 425_F 0.76 0.14 0.00
797_N 469_T 0.76 0.14 0.00
695_T 14_P 0.76 0.14 0.00
570_V 458_Y 0.76 0.14 0.00
837_V 356_R 0.76 0.14 0.00
360_K 520_E 0.76 0.14 0.00
353_L 473_R 0.76 0.14 0.00
456_R 109_K 0.76 0.14 0.00
318_A 154_R 0.76 0.14 0.00
817_E 173_D 0.76 0.14 0.00
536_A 523_I 0.76 0.14 0.00
644_I 494_Y 0.76 0.14 0.00
651_G 162_I 0.76 0.14 0.00
620_T 295_D 0.76 0.14 0.00
628_I 545_N 0.76 0.14 0.00
859_S 223_D 0.76 0.14 0.00
515_F 146_V 0.76 0.14 0.00
560_V 503_L 0.76 0.14 0.00
898_L 356_R 0.76 0.14 0.00
758_H 46_A 0.76 0.14 0.00
564_D 527_E 0.76 0.14 0.00
33_L 530_E 0.76 0.14 0.00
844_S 76_P 0.76 0.14 0.00
899_A 456_A 0.76 0.14 0.00
195_W 280_K 0.76 0.14 0.00
795_V 355_V 0.76 0.14 0.00
413_L 475_K 0.76 0.14 0.00
708_L 333_I 0.76 0.14 0.00
356_K 114_F 0.75 0.14 0.00
462_H 196_L 0.75 0.14 0.00
828_G 15_L 0.75 0.14 0.00
136_E 503_L 0.75 0.14 0.00
510_T 277_A 0.75 0.14 0.00
510_T 56_E 0.75 0.14 0.00
469_S 95_Y 0.75 0.14 0.00
760_P 174_L 0.75 0.14 0.00
590_E 297_E 0.75 0.14 0.00
768_K 496_I 0.75 0.14 0.00
828_G 335_T 0.75 0.14 0.00
136_E 355_V 0.75 0.14 0.00
615_L 7_G 0.75 0.14 0.00
524_V 21_I 0.75 0.14 0.00
699_F 348_L 0.75 0.14 0.00
726_L 98_L 0.75 0.14 0.00
751_E 375_S 0.75 0.14 0.00
42_R 527_E 0.75 0.14 0.00
657_V 160_A 0.75 0.14 0.00
733_L 492_D 0.75 0.14 0.00
53_V 530_E 0.75 0.14 0.00
487_V 382_L 0.75 0.14 0.00
453_E 232_E 0.75 0.14 0.00
469_S 71_Y 0.75 0.14 0.00
108_L 461_V 0.75 0.14 0.00
486_R 173_D 0.75 0.14 0.00
763_T 192_P 0.75 0.14 0.00
727_I 146_V 0.75 0.14 0.00
372_K 303_F 0.75 0.14 0.00
403_V 307_L 0.75 0.14 0.00
615_L 196_L 0.75 0.14 0.00
533_E 524_V 0.75 0.14 0.00
570_V 104_D 0.75 0.14 0.00
546_V 495_T 0.75 0.14 0.00
791_E 260_L 0.75 0.14 0.00
563_R 24_E 0.75 0.14 0.00
762_L 114_F 0.75 0.14 0.00
612_L 45_Q 0.75 0.14 0.00
53_V 123_E 0.75 0.14 0.00
715_A 355_V 0.75 0.14 0.00
661_V 146_V 0.75 0.14 0.00
515_F 185_K 0.74 0.14 0.00
282_G 23_V 0.74 0.14 0.00
628_I 49_K 0.74 0.14 0.00
114_E 545_N 0.74 0.14 0.00
868_A 310_L 0.74 0.14 0.00
709_A 113_V 0.74 0.14 0.00
528_F 531_F 0.74 0.14 0.00
608_A 536_P 0.74 0.14 0.00
694_E 251_D 0.74 0.14 0.00
32_L 259_G 0.74 0.14 0.00
350_Y 485_Y 0.74 0.14 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.9663 seconds.