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OPENSEQ.org
SMC_HINGE_SCPA_GREM
Genes: A B A+B
Length: 190 251 431
Sequences: 483 2308 79
Seq/Len: 2.54 9.2 0.18
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.46
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.02 0.01
2 0.01 0.02 0.01
5 0.01 0.02 0.01
10 0.01 0.02 0.01
20 0.01 0.02 0.02
100 0.02 0.02 0.03
∞ 0.02 0.02 0.18
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
47_I 229_V 1.89 0.51 0.00
54_E 101_L 1.60 0.35 0.00
24_Q 34_V 1.54 0.32 0.00
61_L 21_L 1.41 0.26 0.00
56_A 60_L 1.38 0.24 0.00
54_E 189_V 1.36 0.23 0.00
132_Y 102_I 1.32 0.22 0.00
155_L 27_I 1.31 0.21 0.00
149_L 34_V 1.30 0.21 0.00
156_A 58_E 1.28 0.20 0.00
27_K 91_E 1.26 0.19 0.00
147_E 213_L 1.25 0.19 0.00
61_L 13_G 1.24 0.19 0.00
165_I 29_I 1.22 0.18 0.00
182_G 217_F 1.22 0.18 0.00
51_Q 61_V 1.21 0.18 0.00
61_L 76_P 1.19 0.17 0.00
170_G 70_K 1.16 0.16 0.00
170_G 221_L 1.16 0.16 0.00
41_G 218_L 1.16 0.16 0.00
140_L 76_P 1.14 0.16 0.00
27_K 32_I 1.14 0.16 0.00
68_V 8_I 1.14 0.15 0.00
156_A 39_E 1.13 0.15 0.00
16_Q 59_Y 1.11 0.15 0.00
25_G 53_L 1.10 0.14 0.00
21_G 222_E 1.10 0.14 0.00
171_D 80_E 1.10 0.14 0.00
155_L 52_E 1.09 0.14 0.00
27_K 119_E 1.09 0.14 0.00
58_E 31_D 1.09 0.14 0.00
122_A 104_Y 1.09 0.14 0.00
13_E 36_K 1.09 0.14 0.00
61_L 75_L 1.08 0.14 0.00
179_M 26_E 1.08 0.14 0.00
170_G 233_Q 1.08 0.14 0.00
119_L 6_V 1.07 0.13 0.00
140_L 13_G 1.07 0.13 0.00
180_T 32_I 1.06 0.13 0.00
63_A 33_P 1.06 0.13 0.00
61_L 101_L 1.06 0.13 0.00
41_G 108_K 1.06 0.13 0.00
77_R 214_V 1.05 0.13 0.00
78_K 231_I 1.05 0.13 0.00
108_D 8_I 1.05 0.13 0.00
147_E 202_M 1.04 0.13 0.00
73_E 181_I 1.04 0.13 0.00
149_L 214_V 1.04 0.13 0.00
154_E 155_G 1.04 0.13 0.00
62_G 239_D 1.03 0.12 0.00
152_A 125_F 1.02 0.12 0.00
58_E 93_P 1.02 0.12 0.00
47_I 35_A 1.02 0.12 0.00
143_V 107_Y 1.02 0.12 0.00
61_L 153_M 1.01 0.12 0.00
54_E 21_L 1.01 0.12 0.00
55_T 237_F 1.01 0.12 0.00
74_Q 225_K 1.01 0.12 0.00
119_L 72_R 1.01 0.12 0.00
96_L 182_E 1.01 0.12 0.00
61_L 14_P 1.01 0.12 0.00
74_Q 8_I 1.00 0.12 0.00
91_A 66_L 1.00 0.12 0.00
58_E 185_M 1.00 0.12 0.00
57_I 23_N 1.00 0.12 0.00
57_I 45_V 0.99 0.12 0.00
135_V 24_R 0.99 0.12 0.00
81_Q 205_F 0.99 0.12 0.00
145_I 220_V 0.99 0.12 0.00
61_L 19_L 0.99 0.12 0.00
139_L 15_L 0.99 0.11 0.00
72_D 179_I 0.99 0.11 0.00
125_L 217_F 0.99 0.11 0.00
7_S 37_I 0.98 0.11 0.00
63_A 192_L 0.98 0.11 0.00
61_L 15_L 0.98 0.11 0.00
177_G 223_L 0.98 0.11 0.00
10_D 229_V 0.98 0.11 0.00
132_Y 49_R 0.98 0.11 0.00
147_E 200_N 0.98 0.11 0.00
70_T 8_I 0.98 0.11 0.00
167_T 201_F 0.97 0.11 0.00
99_I 153_M 0.97 0.11 0.00
135_V 117_R 0.97 0.11 0.00
140_L 58_E 0.97 0.11 0.00
58_E 32_I 0.97 0.11 0.00
83_L 63_A 0.97 0.11 0.00
94_L 218_L 0.97 0.11 0.00
144_L 45_V 0.96 0.11 0.00
178_S 52_E 0.96 0.11 0.00
140_L 19_L 0.96 0.11 0.00
119_L 243_T 0.96 0.11 0.00
162_R 107_Y 0.96 0.11 0.00
24_Q 225_K 0.96 0.11 0.00
25_G 17_L 0.96 0.11 0.00
174_N 45_V 0.95 0.10 0.00
55_T 39_E 0.95 0.10 0.00
133_R 6_V 0.95 0.10 0.00
73_E 33_P 0.95 0.10 0.00
49_T 141_Q 0.95 0.10 0.00
79_A 219_A 0.95 0.10 0.00
97_S 54_D 0.95 0.10 0.00
72_D 153_M 0.95 0.10 0.00
180_T 98_I 0.94 0.10 0.00
150_K 196_G 0.94 0.10 0.00
126_V 242_I 0.94 0.10 0.00
100_R 37_I 0.94 0.10 0.00
26_V 29_I 0.94 0.10 0.00
49_T 18_L 0.94 0.10 0.00
45_E 184_R 0.94 0.10 0.00
142_T 220_V 0.94 0.10 0.00
19_F 160_V 0.94 0.10 0.00
8_K 147_S 0.94 0.10 0.00
73_E 20_H 0.94 0.10 0.00
12_L 108_K 0.93 0.10 0.00
11_M 102_I 0.93 0.10 0.00
66_Q 20_H 0.93 0.10 0.00
66_Q 52_E 0.93 0.10 0.00
24_Q 91_E 0.93 0.10 0.00
124_E 127_K 0.93 0.10 0.00
169_E 99_E 0.93 0.10 0.00
84_K 81_E 0.93 0.10 0.00
35_R 218_L 0.93 0.10 0.00
65_A 46_H 0.93 0.10 0.00
10_D 22_I 0.93 0.10 0.00
59_I 229_V 0.93 0.10 0.00
145_I 181_I 0.93 0.10 0.00
57_I 37_I 0.93 0.10 0.00
10_D 54_D 0.92 0.10 0.00
172_V 39_E 0.92 0.10 0.00
62_G 233_Q 0.92 0.10 0.00
8_K 104_Y 0.92 0.10 0.00
139_L 56_A 0.92 0.10 0.00
140_L 62_M 0.92 0.10 0.00
12_L 67_L 0.92 0.10 0.00
140_L 66_L 0.92 0.10 0.00
58_E 234_E 0.92 0.10 0.00
8_K 67_L 0.92 0.10 0.00
79_A 27_I 0.92 0.10 0.00
166_V 74_L 0.92 0.10 0.00
139_L 62_M 0.92 0.10 0.00
154_E 214_V 0.92 0.10 0.00
46_L 118_E 0.92 0.10 0.00
57_I 81_E 0.92 0.10 0.00
176_G 225_K 0.92 0.10 0.00
43_V 204_L 0.91 0.10 0.00
79_A 24_R 0.91 0.10 0.00
61_L 38_T 0.91 0.10 0.00
76_A 229_V 0.91 0.10 0.00
129_D 91_E 0.91 0.10 0.00
174_N 29_I 0.90 0.09 0.00
16_Q 160_V 0.90 0.09 0.00
155_L 181_I 0.90 0.09 0.00
18_D 150_V 0.90 0.09 0.00
11_M 22_I 0.90 0.09 0.00
118_F 174_I 0.90 0.09 0.00
56_A 223_L 0.90 0.09 0.00
15_M 57_S 0.90 0.09 0.00
59_I 27_I 0.90 0.09 0.00
30_L 114_L 0.90 0.09 0.00
135_V 41_Y 0.89 0.09 0.00
99_I 211_E 0.89 0.09 0.00
57_I 127_K 0.89 0.09 0.00
55_T 183_A 0.89 0.09 0.00
128_F 172_T 0.89 0.09 0.00
141_G 154_I 0.89 0.09 0.00
65_A 42_L 0.89 0.09 0.00
58_E 27_I 0.88 0.09 0.00
148_D 38_T 0.88 0.09 0.00
172_V 225_K 0.88 0.09 0.00
43_V 143_E 0.88 0.09 0.00
117_S 24_R 0.88 0.09 0.00
121_V 220_V 0.88 0.09 0.00
37_G 71_S 0.88 0.09 0.00
58_E 41_Y 0.88 0.09 0.00
177_G 127_K 0.88 0.09 0.00
15_M 215_V 0.87 0.09 0.00
71_D 96_E 0.87 0.09 0.00
66_Q 225_K 0.87 0.09 0.00
165_I 126_T 0.87 0.09 0.00
57_I 242_I 0.87 0.09 0.00
43_V 20_H 0.87 0.09 0.00
140_L 14_P 0.87 0.09 0.00
96_L 26_E 0.87 0.09 0.00
54_E 94_R 0.87 0.09 0.00
146_T 180_P 0.87 0.09 0.00
87_S 167_N 0.87 0.09 0.00
97_S 57_S 0.87 0.09 0.00
124_E 42_L 0.87 0.09 0.00
156_A 157_F 0.87 0.09 0.00
97_S 9_D 0.86 0.09 0.00
75_S 82_L 0.86 0.09 0.00
172_V 45_V 0.86 0.09 0.00
117_S 209_Q 0.86 0.09 0.00
70_T 220_V 0.86 0.09 0.00
160_G 100_K 0.86 0.09 0.00
36_L 159_K 0.86 0.09 0.00
140_L 17_L 0.86 0.09 0.00
8_K 245_S 0.86 0.09 0.00
181_G 123_K 0.86 0.09 0.00
75_S 6_V 0.86 0.09 0.00
88_F 192_L 0.85 0.09 0.00
131_A 241_Y 0.85 0.09 0.00
67_H 132_L 0.85 0.09 0.00
113_A 150_V 0.85 0.09 0.00
171_D 148_V 0.85 0.09 0.00
135_V 199_I 0.85 0.09 0.00
59_I 42_L 0.85 0.09 0.00
9_K 177_Q 0.85 0.08 0.00
132_Y 131_D 0.85 0.08 0.00
172_V 237_F 0.85 0.08 0.00
25_G 11_F 0.85 0.08 0.00
56_A 70_K 0.85 0.08 0.00
56_A 221_L 0.85 0.08 0.00
61_L 114_L 0.85 0.08 0.00
141_G 10_T 0.84 0.08 0.00
61_L 156_A 0.84 0.08 0.00
51_Q 174_I 0.84 0.08 0.00
160_G 64_A 0.84 0.08 0.00
28_E 35_A 0.84 0.08 0.00
62_G 75_L 0.84 0.08 0.00
58_E 92_D 0.84 0.08 0.00
69_V 65_T 0.84 0.08 0.00
17_G 82_L 0.84 0.08 0.00
113_A 231_I 0.84 0.08 0.00
72_D 203_D 0.84 0.08 0.00
16_Q 41_Y 0.84 0.08 0.00
140_L 40_Q 0.83 0.08 0.00
179_M 133_S 0.83 0.08 0.00
126_V 210_K 0.83 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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