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OPENSEQ.org
MFDecoli1148RNAthermus500
Genes: A B A+B
Length: 648 500 1092
Sequences: 2098 1810 892
Seq/Len: 3.24 3.62 0.82
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.73
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.09 0.00
2 0.00 0.09 0.00
5 0.00 0.09 0.00
10 0.00 0.09 0.00
20 0.00 0.09 0.02
100 0.00 0.09 0.13
∞ 0.01 0.09 0.78
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
228_V 456_A 1.84 0.89 0.27
184_S 498_Q 1.44 0.67 0.10
413_W 496_I 1.37 0.61 0.08
17_A 111_D 1.36 0.60 0.08
286_V 482_E 1.36 0.60 0.08
173_F 113_V 1.29 0.54 0.06
113_L 173_D 1.26 0.52 0.06
11_L 128_I 1.25 0.51 0.06
61_V 335_T 1.24 0.50 0.05
391_F 419_T 1.21 0.47 0.05
503_E 402_S 1.18 0.45 0.04
111_A 483_V 1.18 0.45 0.04
279_P 186_V 1.18 0.45 0.04
127_C 83_C 1.15 0.41 0.04
566_L 240_T 1.14 0.41 0.04
73_A 115_L 1.14 0.41 0.04
578_L 304_L 1.14 0.41 0.04
298_V 493_R 1.13 0.41 0.04
74_Q 496_I 1.13 0.41 0.04
60_K 433_T 1.12 0.40 0.04
522_T 88_L 1.12 0.39 0.03
520_V 193_L 1.11 0.39 0.03
125_L 48_F 1.11 0.38 0.03
286_V 73_L 1.10 0.38 0.03
323_Q 55_E 1.10 0.38 0.03
178_V 48_F 1.10 0.38 0.03
416_T 170_P 1.10 0.38 0.03
43_H 212_G 1.10 0.38 0.03
118_Q 95_Y 1.10 0.37 0.03
222_D 363_S 1.09 0.36 0.03
19_L 499_A 1.09 0.36 0.03
353_V 14_P 1.08 0.36 0.03
550_F 272_A 1.08 0.36 0.03
470_I 311_F 1.07 0.36 0.03
255_T 196_L 1.07 0.35 0.03
178_V 128_I 1.07 0.35 0.03
509_P 496_I 1.05 0.34 0.03
269_G 313_L 1.05 0.34 0.03
23_V 164_P 1.05 0.34 0.03
394_A 160_A 1.05 0.34 0.03
90_Y 173_D 1.04 0.33 0.03
227_I 300_D 1.03 0.33 0.03
112_V 463_E 1.03 0.33 0.03
93_F 26_Y 1.03 0.33 0.03
49_A 376_R 1.03 0.32 0.02
487_K 104_D 1.02 0.31 0.02
361_R 421_E 1.02 0.31 0.02
132_F 483_V 1.02 0.31 0.02
501_Q 81_D 1.01 0.31 0.02
6_G 461_V 1.01 0.30 0.02
447_T 275_Y 1.01 0.30 0.02
589_F 496_I 1.01 0.30 0.02
515_D 206_T 1.00 0.30 0.02
67_E 140_I 1.00 0.30 0.02
383_I 282_G 1.00 0.30 0.02
408_H 132_A 1.00 0.30 0.02
523_R 26_Y 1.00 0.30 0.02
568_Q 164_P 0.99 0.29 0.02
397_H 19_T 0.99 0.29 0.02
483_V 184_M 0.99 0.29 0.02
255_T 271_E 0.99 0.29 0.02
160_L 146_V 0.98 0.29 0.02
477_E 419_T 0.98 0.29 0.02
71_I 475_V 0.98 0.28 0.02
180_I 164_P 0.98 0.28 0.02
458_L 27_R 0.98 0.28 0.02
299_R 500_N 0.98 0.28 0.02
325_A 90_Y 0.98 0.28 0.02
270_M 67_D 0.98 0.28 0.02
207_L 178_P 0.97 0.28 0.02
184_S 126_S 0.97 0.28 0.02
416_T 147_Y 0.97 0.28 0.02
323_Q 164_P 0.97 0.28 0.02
410_A 125_G 0.97 0.28 0.02
13_Y 459_A 0.97 0.28 0.02
367_C 249_K 0.96 0.27 0.02
266_A 454_S 0.96 0.27 0.02
112_V 221_L 0.96 0.27 0.02
600_L 301_E 0.96 0.27 0.02
427_Q 355_V 0.96 0.27 0.02
530_I 365_D 0.96 0.27 0.02
373_T 461_V 0.96 0.27 0.02
242_I 313_L 0.96 0.27 0.02
447_T 188_K 0.96 0.27 0.02
486_L 379_E 0.95 0.27 0.02
306_I 356_R 0.95 0.27 0.02
537_N 482_E 0.95 0.27 0.02
11_L 89_T 0.95 0.26 0.02
64_V 388_R 0.95 0.26 0.02
238_H 179_N 0.95 0.26 0.02
344_Q 297_E 0.95 0.26 0.02
278_T 234_A 0.95 0.26 0.02
31_R 172_I 0.94 0.26 0.02
196_L 458_Y 0.94 0.25 0.02
45_L 464_L 0.94 0.25 0.02
512_L 456_A 0.94 0.25 0.02
254_L 193_L 0.94 0.25 0.02
306_I 51_T 0.94 0.25 0.02
298_V 160_A 0.94 0.25 0.02
29_I 478_V 0.94 0.25 0.02
452_I 175_E 0.93 0.25 0.02
137_V 307_L 0.93 0.25 0.02
427_Q 136_I 0.93 0.25 0.02
103_P 201_G 0.93 0.25 0.02
11_L 160_A 0.93 0.25 0.02
228_V 285_L 0.93 0.25 0.02
241_R 340_M 0.93 0.25 0.02
169_F 123_E 0.93 0.25 0.02
204_I 349_A 0.93 0.25 0.02
473_S 461_V 0.93 0.25 0.02
464_S 376_R 0.92 0.24 0.02
513_P 496_I 0.92 0.24 0.02
190_K 461_V 0.92 0.24 0.02
241_R 356_R 0.92 0.24 0.02
341_G 68_F 0.92 0.24 0.02
267_M 398_T 0.92 0.24 0.02
536_E 164_P 0.92 0.24 0.02
154_V 123_E 0.92 0.24 0.01
530_I 433_T 0.91 0.24 0.01
26_L 182_V 0.91 0.24 0.01
416_T 375_S 0.91 0.24 0.01
25_S 339_L 0.91 0.24 0.01
518_P 123_E 0.91 0.24 0.01
168_N 335_T 0.91 0.24 0.01
232_H 126_S 0.91 0.24 0.01
183_I 48_F 0.91 0.24 0.01
60_K 98_L 0.91 0.23 0.01
287_K 438_I 0.91 0.23 0.01
29_I 233_E 0.91 0.23 0.01
204_I 482_E 0.91 0.23 0.01
387_R 170_P 0.91 0.23 0.01
237_R 26_Y 0.91 0.23 0.01
286_V 481_D 0.90 0.23 0.01
242_I 456_A 0.90 0.23 0.01
500_Q 128_I 0.90 0.23 0.01
170_R 307_L 0.90 0.23 0.01
30_S 26_Y 0.90 0.23 0.01
300_E 192_P 0.90 0.23 0.01
271_R 447_A 0.90 0.23 0.01
411_Y 92_A 0.90 0.23 0.01
278_T 294_E 0.89 0.23 0.01
317_N 140_I 0.89 0.23 0.01
29_I 496_I 0.89 0.22 0.01
472_F 174_L 0.89 0.22 0.01
357_F 348_L 0.89 0.22 0.01
364_V 38_K 0.89 0.22 0.01
367_C 247_P 0.89 0.22 0.01
86_D 363_S 0.89 0.22 0.01
566_L 493_R 0.88 0.22 0.01
112_V 238_L 0.88 0.22 0.01
590_A 373_V 0.88 0.22 0.01
565_R 68_F 0.88 0.22 0.01
477_E 257_V 0.88 0.22 0.01
533_A 455_L 0.88 0.22 0.01
373_T 73_L 0.88 0.22 0.01
173_F 146_V 0.88 0.22 0.01
14_A 114_F 0.88 0.22 0.01
251_I 68_F 0.88 0.21 0.01
464_S 311_F 0.87 0.21 0.01
526_F 94_L 0.87 0.21 0.01
379_T 51_T 0.87 0.21 0.01
550_F 136_I 0.87 0.21 0.01
173_F 175_E 0.87 0.21 0.01
45_L 192_P 0.87 0.21 0.01
56_K 196_L 0.87 0.21 0.01
433_I 19_T 0.86 0.21 0.01
394_A 260_L 0.86 0.21 0.01
160_L 296_G 0.86 0.21 0.01
180_I 282_G 0.86 0.21 0.01
83_F 136_I 0.86 0.21 0.01
188_S 69_L 0.86 0.21 0.01
228_V 5_R 0.86 0.20 0.01
329_L 83_C 0.86 0.20 0.01
108_A 196_L 0.86 0.20 0.01
450_L 225_S 0.86 0.20 0.01
536_E 308_R 0.85 0.20 0.01
32_Y 304_L 0.85 0.20 0.01
100_E 104_D 0.85 0.20 0.01
107_Q 46_A 0.85 0.20 0.01
587_I 233_E 0.85 0.20 0.01
168_N 277_A 0.85 0.20 0.01
379_T 221_L 0.85 0.20 0.01
464_S 179_N 0.85 0.20 0.01
31_R 381_A 0.85 0.20 0.01
386_E 172_I 0.85 0.20 0.01
567_R 457_A 0.85 0.20 0.01
437_E 280_K 0.85 0.20 0.01
217_D 356_R 0.84 0.20 0.01
56_K 460_R 0.84 0.20 0.01
367_C 195_L 0.84 0.20 0.01
204_I 33_D 0.84 0.20 0.01
319_V 402_S 0.84 0.20 0.01
526_F 260_L 0.84 0.20 0.01
363_N 181_V 0.84 0.20 0.01
273_L 21_I 0.84 0.20 0.01
476_M 98_L 0.84 0.20 0.01
98_P 7_G 0.84 0.19 0.01
183_I 300_D 0.84 0.19 0.01
309_G 310_L 0.84 0.19 0.01
457_E 56_E 0.84 0.19 0.01
458_L 230_R 0.84 0.19 0.01
276_I 260_L 0.84 0.19 0.01
434_A 198_R 0.83 0.19 0.01
512_L 233_E 0.83 0.19 0.01
409_Q 375_S 0.83 0.19 0.01
278_T 295_D 0.83 0.19 0.01
341_G 117_H 0.83 0.19 0.01
333_V 490_E 0.83 0.19 0.01
278_T 174_L 0.83 0.19 0.01
512_L 48_F 0.83 0.19 0.01
477_E 79_P 0.83 0.19 0.01
322_I 112_E 0.83 0.19 0.01
146_V 191_F 0.83 0.19 0.01
321_N 138_S 0.83 0.19 0.01
228_V 495_T 0.83 0.19 0.01
478_L 48_F 0.83 0.19 0.01
306_I 311_F 0.82 0.19 0.01
353_V 494_Y 0.82 0.19 0.01
608_P 339_L 0.82 0.19 0.01
222_D 478_V 0.82 0.19 0.01
7_E 340_M 0.82 0.18 0.01
173_F 252_K 0.82 0.18 0.01
451_E 260_L 0.82 0.18 0.01
266_A 373_V 0.82 0.18 0.01
154_V 182_V 0.82 0.18 0.01
533_A 310_L 0.82 0.18 0.01
414_L 402_S 0.82 0.18 0.01
178_V 152_P 0.82 0.18 0.01
302_I 458_Y 0.82 0.18 0.01
62_R 381_A 0.82 0.18 0.01
228_V 195_L 0.82 0.18 0.01
160_L 349_A 0.82 0.18 0.01
349_E 463_E 0.82 0.18 0.01
276_I 79_P 0.81 0.18 0.01
36_A 201_G 0.81 0.18 0.01
373_T 286_S 0.81 0.18 0.01
385_I 45_Q 0.81 0.18 0.01
266_A 65_V 0.81 0.18 0.01
276_I 191_F 0.81 0.18 0.01
436_L 280_K 0.81 0.18 0.01
354_M 112_E 0.81 0.18 0.01
349_E 136_I 0.81 0.18 0.01
220_F 145_G 0.81 0.18 0.01
31_R 354_G 0.81 0.18 0.01
7_E 298_F 0.81 0.18 0.01
34_G 358_R 0.81 0.18 0.01
416_T 46_A 0.81 0.18 0.01
435_S 252_K 0.81 0.18 0.01
221_K 24_E 0.81 0.18 0.01
196_L 490_E 0.81 0.18 0.01
302_I 494_Y 0.81 0.18 0.01
77_A 382_I 0.81 0.18 0.01
379_T 132_A 0.81 0.18 0.01
166_Y 479_V 0.81 0.18 0.01
254_L 136_I 0.81 0.18 0.01
72_Y 447_A 0.81 0.18 0.01
55_Q 27_R 0.81 0.18 0.01
47_G 128_I 0.81 0.18 0.01
306_I 26_Y 0.81 0.18 0.01
562_D 123_E 0.81 0.18 0.01
242_I 277_A 0.81 0.18 0.01
213_L 32_A 0.81 0.18 0.01
9_L 20_E 0.80 0.18 0.01
21_V 344_F 0.80 0.18 0.01
266_A 182_V 0.80 0.17 0.01
314_Y 24_E 0.80 0.17 0.01
30_S 73_L 0.80 0.17 0.01
578_L 473_R 0.80 0.17 0.01
132_F 456_A 0.80 0.17 0.01
144_L 173_D 0.80 0.17 0.01
270_M 198_R 0.80 0.17 0.01
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85_H 251_D 0.79 0.17 0.01
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487_K 151_D 0.79 0.17 0.01
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69_L 91_Q 0.78 0.17 0.01
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177_P 71_Y 0.78 0.16 0.01
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416_T 36_P 0.77 0.16 0.01
399_L 244_P 0.77 0.16 0.01
349_E 496_I 0.77 0.16 0.01
431_E 487_T 0.77 0.16 0.01
446_A 363_S 0.77 0.16 0.01
45_L 123_E 0.77 0.16 0.01
574_G 191_F 0.77 0.16 0.01
61_V 307_L 0.77 0.16 0.01
488_A 7_G 0.77 0.16 0.01
86_D 173_D 0.77 0.16 0.01
86_D 368_T 0.77 0.16 0.01
467_M 496_I 0.77 0.16 0.01
264_N 438_I 0.77 0.16 0.01
266_A 231_P 0.77 0.16 0.01
177_P 479_V 0.77 0.16 0.01
514_D 83_C 0.77 0.16 0.01
63_D 146_V 0.77 0.16 0.01
228_V 300_D 0.77 0.16 0.01
473_S 468_R 0.76 0.16 0.01
441_A 327_H 0.76 0.16 0.01
358_H 388_R 0.76 0.16 0.01
238_H 356_R 0.76 0.16 0.01
422_M 114_F 0.76 0.16 0.01
9_L 433_T 0.76 0.15 0.01
207_L 469_T 0.76 0.15 0.01
329_L 277_A 0.76 0.15 0.01
214_L 276_K 0.76 0.15 0.01
466_S 240_T 0.76 0.15 0.01
522_T 19_T 0.76 0.15 0.01
47_G 88_L 0.76 0.15 0.01
561_L 196_L 0.76 0.15 0.01
600_L 277_A 0.76 0.15 0.01
467_M 363_S 0.76 0.15 0.01
313_Y 467_I 0.76 0.15 0.01
233_R 352_A 0.76 0.15 0.01
167_D 252_K 0.76 0.15 0.01
390_H 30_L 0.76 0.15 0.01
174_A 24_E 0.76 0.15 0.01
220_F 425_F 0.76 0.15 0.01
22_P 339_L 0.76 0.15 0.01
51_S 433_T 0.76 0.15 0.01
137_V 249_K 0.76 0.15 0.01
199_V 304_L 0.76 0.15 0.01
578_L 96_A 0.76 0.15 0.01
276_I 270_G 0.76 0.15 0.01
107_Q 186_V 0.76 0.15 0.01
264_N 333_I 0.76 0.15 0.01
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451_E 240_T 0.75 0.15 0.01
299_R 73_L 0.75 0.15 0.01
132_F 402_S 0.75 0.15 0.01
530_I 295_D 0.75 0.15 0.01
354_M 248_P 0.75 0.15 0.01
278_T 293_F 0.75 0.15 0.01
416_T 356_R 0.75 0.15 0.01
518_P 206_T 0.75 0.15 0.01
538_E 14_P 0.75 0.15 0.01
389_D 175_E 0.75 0.15 0.01
510_S 303_F 0.75 0.15 0.01
59_E 161_S 0.75 0.15 0.01
446_A 372_L 0.75 0.15 0.01
367_C 113_V 0.75 0.15 0.01
154_V 304_L 0.75 0.15 0.01
100_E 97_R 0.75 0.15 0.01
340_I 476_G 0.75 0.15 0.01
469_T 367_L 0.75 0.15 0.01
89_Q 319_G 0.75 0.15 0.01
144_L 242_L 0.75 0.15 0.01
546_L 21_I 0.75 0.15 0.01
399_L 443_T 0.75 0.15 0.01
114_S 129_I 0.75 0.15 0.01
383_I 376_R 0.75 0.15 0.01
215_Q 89_T 0.75 0.15 0.01
550_F 112_E 0.75 0.15 0.01
467_M 188_K 0.74 0.15 0.01
42_L 33_D 0.74 0.15 0.01
469_T 238_L 0.74 0.15 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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