May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
1ubk
Genes: A B A+B
Length: 267 534 743
Sequences: 826 759 662
Seq/Len: 3.09 1.42 0.89
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.91
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.71
2 0.03 0.01 0.72
5 0.04 0.03 0.84
10 0.05 0.04 0.83
20 0.06 0.05 0.83
100 0.07 0.06 0.83
∞ 0.16 0.13 0.84
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
15_A 39_L 2.09 0.96 0.80
86_Y 99_G 1.60 0.80 0.45
77_G 50_R 1.52 0.75 0.37
52_A 519_L 1.40 0.66 0.27
147_I 419_I 1.35 0.62 0.24
198_D 202_V 1.26 0.54 0.18
88_K 38_T 1.26 0.54 0.18
238_Q 206_R 1.23 0.51 0.16
129_G 99_G 1.21 0.50 0.15
243_V 492_C 1.21 0.49 0.15
80_T 416_T 1.20 0.48 0.15
204_P 96_L 1.19 0.47 0.14
52_A 509_V 1.16 0.45 0.13
48_I 364_P 1.14 0.44 0.12
145_I 96_L 1.13 0.42 0.11
240_N 213_A 1.11 0.41 0.11
230_N 523_H 1.10 0.40 0.10
48_I 167_P 1.10 0.40 0.10
16_E 489_G 1.10 0.40 0.10
77_G 364_P 1.10 0.39 0.10
20_C 104_H 1.09 0.39 0.10
108_V 484_S 1.09 0.39 0.10
40_L 80_N 1.09 0.39 0.10
107_A 58_F 1.07 0.37 0.09
35_L 463_G 1.06 0.36 0.09
128_T 46_I 1.06 0.36 0.09
215_W 405_T 1.06 0.36 0.09
109_I 262_V 1.05 0.35 0.08
184_G 371_A 1.05 0.35 0.08
137_L 12_V 1.05 0.35 0.08
166_K 207_A 1.04 0.35 0.08
87_G 39_L 1.04 0.35 0.08
236_F 282_G 1.04 0.34 0.08
242_P 108_V 1.03 0.34 0.08
230_N 219_Q 1.02 0.33 0.07
242_P 201_Q 1.02 0.33 0.07
161_I 533_V 1.01 0.33 0.07
71_I 365_M 1.01 0.33 0.07
26_R 201_Q 1.01 0.33 0.07
77_G 37_S 1.01 0.32 0.07
24_V 467_W 1.01 0.32 0.07
183_F 313_D 0.99 0.31 0.07
267_N 96_L 0.99 0.31 0.07
120_V 418_V 0.99 0.30 0.07
108_V 196_E 0.98 0.30 0.06
197_F 422_Y 0.98 0.30 0.06
137_L 189_I 0.98 0.30 0.06
240_N 90_A 0.97 0.29 0.06
40_L 336_K 0.97 0.29 0.06
211_A 211_F 0.97 0.29 0.06
81_A 298_P 0.96 0.29 0.06
77_G 260_L 0.96 0.29 0.06
61_E 471_E 0.96 0.29 0.06
237_N 209_A 0.95 0.28 0.06
70_F 353_S 0.95 0.28 0.06
52_A 523_H 0.95 0.28 0.05
133_V 29_K 0.94 0.27 0.05
197_F 75_T 0.94 0.27 0.05
153_N 219_Q 0.94 0.27 0.05
145_I 26_E 0.94 0.27 0.05
183_F 411_A 0.94 0.27 0.05
217_L 87_P 0.94 0.27 0.05
32_I 327_E 0.93 0.27 0.05
35_L 100_A 0.93 0.26 0.05
78_I 419_I 0.93 0.26 0.05
34_T 29_K 0.93 0.26 0.05
81_A 484_S 0.93 0.26 0.05
27_A 337_G 0.92 0.26 0.05
20_C 108_V 0.92 0.26 0.05
51_A 170_N 0.92 0.25 0.05
113_T 212_G 0.92 0.25 0.05
161_I 83_G 0.92 0.25 0.05
145_I 427_L 0.91 0.25 0.05
35_L 226_V 0.91 0.25 0.05
107_A 115_A 0.91 0.25 0.05
242_P 67_T 0.91 0.25 0.05
20_C 201_Q 0.91 0.25 0.05
38_D 419_I 0.90 0.24 0.04
177_N 84_V 0.90 0.24 0.04
24_V 484_S 0.90 0.24 0.04
198_D 210_V 0.90 0.24 0.04
144_A 62_T 0.90 0.24 0.04
165_L 508_P 0.89 0.24 0.04
102_L 313_D 0.89 0.24 0.04
144_A 361_M 0.89 0.23 0.04
196_H 9_V 0.89 0.23 0.04
131_K 59_T 0.89 0.23 0.04
23_S 62_T 0.88 0.23 0.04
44_Y 58_F 0.88 0.23 0.04
38_D 213_A 0.88 0.23 0.04
30_P 370_L 0.88 0.23 0.04
212_R 361_M 0.88 0.23 0.04
77_G 246_E 0.88 0.23 0.04
232_P 40_F 0.88 0.23 0.04
146_N 19_L 0.87 0.23 0.04
200_G 522_V 0.87 0.22 0.04
156_N 219_Q 0.87 0.22 0.04
211_A 457_V 0.87 0.22 0.04
78_I 296_F 0.87 0.22 0.04
111_Y 509_V 0.87 0.22 0.04
148_A 211_F 0.87 0.22 0.04
147_I 414_I 0.87 0.22 0.04
146_N 426_M 0.86 0.22 0.04
253_S 281_F 0.86 0.22 0.04
240_N 205_A 0.86 0.22 0.04
66_S 495_N 0.86 0.22 0.04
50_A 119_V 0.86 0.22 0.04
229_N 366_E 0.86 0.22 0.04
109_I 27_N 0.86 0.22 0.04
236_F 219_Q 0.86 0.21 0.04
45_H 533_V 0.85 0.21 0.04
94_M 507_T 0.85 0.21 0.04
29_E 242_A 0.85 0.21 0.04
58_A 303_K 0.85 0.21 0.04
167_N 237_I 0.85 0.21 0.04
212_R 456_F 0.85 0.21 0.04
84_G 266_Y 0.85 0.21 0.04
20_C 65_V 0.85 0.21 0.04
32_I 226_V 0.85 0.21 0.04
246_G 339_T 0.85 0.21 0.04
13_H 40_F 0.85 0.21 0.04
108_V 456_F 0.85 0.21 0.04
243_V 478_F 0.84 0.21 0.03
173_L 235_Q 0.84 0.21 0.03
129_G 71_A 0.84 0.21 0.03
108_V 249_A 0.84 0.21 0.03
254_E 246_E 0.84 0.21 0.03
99_S 75_T 0.84 0.20 0.03
12_L 58_F 0.84 0.20 0.03
250_I 211_F 0.84 0.20 0.03
255_P 426_M 0.84 0.20 0.03
129_G 37_S 0.84 0.20 0.03
192_P 367_T 0.84 0.20 0.03
238_Q 278_F 0.83 0.20 0.03
107_A 481_V 0.83 0.20 0.03
35_L 484_S 0.83 0.20 0.03
123_A 58_F 0.83 0.20 0.03
22_E 276_D 0.83 0.20 0.03
259_D 50_R 0.83 0.20 0.03
263_P 509_V 0.83 0.20 0.03
236_F 62_T 0.83 0.20 0.03
196_H 34_Y 0.83 0.20 0.03
18_T 60_Q 0.83 0.20 0.03
127_P 46_I 0.83 0.20 0.03
176_L 521_T 0.82 0.20 0.03
130_A 525_F 0.82 0.20 0.03
231_C 214_K 0.82 0.20 0.03
115_A 321_V 0.82 0.20 0.03
167_N 82_V 0.82 0.20 0.03
103_P 474_K 0.82 0.20 0.03
158_V 360_Y 0.82 0.20 0.03
165_L 280_T 0.82 0.19 0.03
189_E 8_V 0.82 0.19 0.03
145_I 342_K 0.82 0.19 0.03
95_L 279_I 0.82 0.19 0.03
131_K 241_E 0.82 0.19 0.03
82_A 367_T 0.82 0.19 0.03
72_A 324_S 0.82 0.19 0.03
66_S 12_V 0.82 0.19 0.03
59_A 104_H 0.82 0.19 0.03
255_P 533_V 0.81 0.19 0.03
22_E 215_N 0.81 0.19 0.03
210_E 498_S 0.81 0.19 0.03
26_R 250_F 0.81 0.19 0.03
250_I 57_H 0.81 0.19 0.03
110_A 317_I 0.81 0.19 0.03
51_A 468_I 0.81 0.19 0.03
132_G 413_G 0.81 0.19 0.03
63_A 425_V 0.81 0.19 0.03
120_V 43_L 0.81 0.19 0.03
101_I 191_T 0.81 0.19 0.03
220_L 296_F 0.81 0.19 0.03
82_A 4_S 0.80 0.18 0.03
226_V 99_G 0.80 0.18 0.03
109_I 96_L 0.80 0.18 0.03
115_A 417_A 0.80 0.18 0.03
75_E 490_P 0.80 0.18 0.03
54_D 296_F 0.80 0.18 0.03
223_K 277_N 0.80 0.18 0.03
247_H 105_D 0.80 0.18 0.03
12_L 493_D 0.80 0.18 0.03
206_F 7_I 0.80 0.18 0.03
144_A 480_L 0.80 0.18 0.03
58_A 463_G 0.80 0.18 0.03
10_V 373_V 0.80 0.18 0.03
111_Y 221_T 0.80 0.18 0.03
138_K 246_E 0.80 0.18 0.03
261_M 167_P 0.80 0.18 0.03
23_S 246_E 0.80 0.18 0.03
98_C 284_F 0.80 0.18 0.03
264_F 58_F 0.79 0.18 0.03
132_G 24_E 0.79 0.18 0.03
207_E 32_N 0.79 0.18 0.03
7_P 475_I 0.79 0.18 0.03
208_S 109_H 0.79 0.18 0.03
246_G 6_P 0.79 0.18 0.03
212_R 12_V 0.79 0.18 0.03
236_F 372_Q 0.79 0.18 0.03
58_A 289_Y 0.79 0.18 0.03
203_A 491_R 0.79 0.18 0.03
42_L 323_H 0.79 0.18 0.03
168_K 50_R 0.79 0.18 0.03
77_G 512_A 0.79 0.18 0.03
136_A 474_K 0.79 0.18 0.03
117_F 328_G 0.79 0.18 0.03
182_F 211_F 0.79 0.18 0.03
58_A 8_V 0.79 0.18 0.03
75_E 489_G 0.79 0.18 0.03
45_H 255_Y 0.79 0.17 0.03
79_P 120_D 0.79 0.17 0.03
237_N 359_R 0.79 0.17 0.03
237_N 504_L 0.78 0.17 0.03
155_Y 235_Q 0.78 0.17 0.03
247_H 219_Q 0.78 0.17 0.03
142_V 474_K 0.78 0.17 0.03
74_V 502_A 0.78 0.17 0.03
121_Q 46_I 0.78 0.17 0.03
78_I 367_T 0.78 0.17 0.03
231_C 356_K 0.78 0.17 0.03
40_L 481_V 0.78 0.17 0.03
98_C 8_V 0.78 0.17 0.03
210_E 480_L 0.78 0.17 0.03
14_N 372_Q 0.78 0.17 0.02
88_K 467_W 0.77 0.17 0.02
80_T 88_K 0.77 0.17 0.02
190_Q 499_P 0.77 0.17 0.02
251_G 94_R 0.77 0.17 0.02
123_A 54_D 0.77 0.17 0.02
147_I 59_T 0.77 0.17 0.02
186_T 488_L 0.77 0.17 0.02
161_I 492_C 0.77 0.17 0.02
230_N 90_A 0.77 0.17 0.02
43_D 118_F 0.77 0.17 0.02
183_F 237_I 0.77 0.17 0.02
32_I 278_F 0.77 0.17 0.02
173_L 487_T 0.77 0.17 0.02
176_L 21_I 0.77 0.17 0.02
35_L 264_A 0.77 0.17 0.02
95_L 353_S 0.77 0.17 0.02
78_I 232_L 0.77 0.17 0.02
15_A 533_V 0.77 0.17 0.02
163_Y 171_A 0.77 0.17 0.02
105_A 354_W 0.76 0.16 0.02
130_A 80_N 0.76 0.16 0.02
85_I 69_T 0.76 0.16 0.02
160_T 23_V 0.76 0.16 0.02
33_D 198_L 0.76 0.16 0.02
235_K 335_W 0.76 0.16 0.02
103_P 6_P 0.76 0.16 0.02
153_N 445_W 0.76 0.16 0.02
233_K 240_F 0.76 0.16 0.02
120_V 58_F 0.76 0.16 0.02
25_L 467_W 0.76 0.16 0.02
99_S 245_K 0.76 0.16 0.02
144_A 428_Q 0.76 0.16 0.02
87_G 18_H 0.76 0.16 0.02
50_A 9_V 0.76 0.16 0.02
63_A 96_L 0.76 0.16 0.02
120_V 468_I 0.75 0.16 0.02
183_F 524_S 0.75 0.16 0.02
95_L 410_A 0.75 0.16 0.02
84_G 341_P 0.75 0.16 0.02
145_I 459_A 0.75 0.16 0.02
83_N 262_V 0.75 0.16 0.02
11_Y 490_P 0.75 0.16 0.02
101_I 320_H 0.75 0.16 0.02
204_P 39_L 0.75 0.16 0.02
99_S 12_V 0.75 0.16 0.02
24_V 259_L 0.75 0.16 0.02
152_P 503_S 0.75 0.16 0.02
49_M 522_V 0.75 0.16 0.02
133_V 116_L 0.75 0.16 0.02
187_V 498_S 0.75 0.16 0.02
117_F 529_I 0.75 0.16 0.02
20_C 18_H 0.74 0.15 0.02
24_V 429_E 0.74 0.15 0.02
11_Y 498_S 0.74 0.15 0.02
200_G 12_V 0.74 0.15 0.02
158_V 235_Q 0.74 0.15 0.02
10_V 425_V 0.74 0.15 0.02
242_P 214_K 0.74 0.15 0.02
242_P 219_Q 0.74 0.15 0.02
89_V 320_H 0.74 0.15 0.02
171_P 193_H 0.74 0.15 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 1.7559 seconds.