May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cI_4_20_cI_9_40_tt
Genes: A B A+B
Length: 409 182 563
Sequences: 2519 683 640
Seq/Len: 6.16 3.75 1.14
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.83
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.02
2 0.00 0.00 0.05
5 0.01 0.00 0.83
10 0.02 0.00 0.95
20 0.02 0.00 1.00
100 0.04 0.00 1.02
∞ 0.10 0.01 1.08
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
203_E 19_S 2.26 0.99 0.95
332_T 61_A 1.61 0.86 0.68
241_A 72_P 1.46 0.77 0.55
80_T 96_L 1.41 0.74 0.50
128_S 96_L 1.28 0.63 0.37
106_G 47_P 1.27 0.62 0.36
321_M 67_A 1.25 0.61 0.34
69_T 88_A 1.24 0.60 0.34
237_G 13_T 1.22 0.58 0.32
401_D 86_R 1.18 0.54 0.28
391_P 30_P 1.18 0.54 0.28
119_I 47_P 1.15 0.51 0.25
371_R 126_Y 1.10 0.47 0.22
109_V 11_G 1.10 0.46 0.21
250_K 121_M 1.09 0.46 0.21
218_A 6_L 1.08 0.44 0.20
64_T 75_N 1.07 0.44 0.19
44_M 103_L 1.07 0.43 0.19
394_V 103_L 1.06 0.42 0.18
241_A 107_A 1.04 0.41 0.17
280_I 103_L 1.04 0.40 0.17
83_P 38_H 1.02 0.39 0.16
214_F 119_F 1.01 0.38 0.15
207_L 13_T 0.99 0.37 0.14
185_E 35_P 0.99 0.36 0.14
285_E 130_V 0.99 0.36 0.14
64_T 82_S 0.99 0.36 0.14
166_Q 38_H 0.98 0.36 0.14
320_S 95_M 0.98 0.35 0.14
44_M 29_A 0.98 0.35 0.14
144_T 7_A 0.98 0.35 0.13
111_P 18_F 0.97 0.35 0.13
97_Y 103_L 0.97 0.34 0.13
261_T 141_V 0.97 0.34 0.13
206_A 12_I 0.96 0.34 0.13
321_M 91_Y 0.96 0.34 0.12
295_E 35_P 0.94 0.32 0.11
326_Y 30_P 0.94 0.32 0.11
293_A 129_L 0.93 0.31 0.11
391_P 103_L 0.93 0.31 0.11
97_Y 122_A 0.93 0.31 0.11
256_G 110_T 0.93 0.31 0.11
197_L 5_A 0.93 0.31 0.11
22_R 17_L 0.93 0.31 0.11
405_G 91_Y 0.93 0.31 0.11
171_N 103_L 0.93 0.31 0.11
265_P 30_P 0.92 0.30 0.11
320_S 116_G 0.92 0.30 0.11
79_I 96_L 0.92 0.30 0.11
407_V 36_R 0.92 0.30 0.10
113_A 105_E 0.92 0.30 0.10
116_I 32_A 0.91 0.30 0.10
355_Y 46_H 0.91 0.30 0.10
290_I 47_P 0.91 0.29 0.10
404_M 86_R 0.91 0.29 0.10
290_I 7_A 0.91 0.29 0.10
54_E 78_E 0.91 0.29 0.10
185_E 48_N 0.91 0.29 0.10
195_E 20_K 0.90 0.29 0.10
64_T 55_G 0.90 0.29 0.10
41_L 86_R 0.90 0.29 0.10
33_Q 86_R 0.90 0.28 0.09
37_T 32_A 0.90 0.28 0.09
61_Y 97_R 0.89 0.28 0.09
251_A 131_Y 0.89 0.28 0.09
127_A 131_Y 0.89 0.28 0.09
248_V 100_F 0.89 0.28 0.09
107_A 126_Y 0.89 0.27 0.09
329_K 41_H 0.89 0.27 0.09
138_L 5_A 0.88 0.27 0.09
318_E 111_G 0.88 0.27 0.09
59_I 103_L 0.87 0.27 0.08
391_P 120_E 0.87 0.26 0.08
334_G 36_R 0.87 0.26 0.08
157_L 86_R 0.86 0.26 0.08
214_F 72_P 0.86 0.26 0.08
144_T 105_E 0.86 0.26 0.08
311_P 113_I 0.86 0.26 0.08
231_D 132_G 0.86 0.25 0.08
231_D 33_L 0.86 0.25 0.08
175_I 65_A 0.86 0.25 0.08
61_Y 106_E 0.85 0.25 0.08
376_V 74_E 0.85 0.25 0.08
183_P 36_R 0.85 0.25 0.08
70_M 54_I 0.85 0.25 0.08
278_V 133_K 0.85 0.25 0.07
151_R 135_D 0.85 0.24 0.07
399_S 121_M 0.85 0.24 0.07
259_T 62_A 0.85 0.24 0.07
215_Y 119_F 0.84 0.24 0.07
206_A 8_Q 0.84 0.24 0.07
401_D 58_L 0.84 0.24 0.07
354_G 86_R 0.84 0.24 0.07
294_L 29_A 0.83 0.24 0.07
116_I 103_L 0.83 0.24 0.07
208_F 17_L 0.83 0.23 0.07
281_R 20_K 0.83 0.23 0.07
47_L 13_T 0.83 0.23 0.07
372_A 94_N 0.83 0.23 0.07
235_T 22_V 0.83 0.23 0.07
134_G 139_D 0.83 0.23 0.07
73_R 67_A 0.83 0.23 0.07
272_V 100_F 0.82 0.23 0.07
390_V 47_P 0.82 0.23 0.07
313_P 24_V 0.82 0.23 0.07
73_R 91_Y 0.82 0.23 0.07
346_T 15_K 0.82 0.23 0.07
149_A 17_L 0.82 0.23 0.07
166_Q 52_K 0.82 0.23 0.06
93_H 125_E 0.81 0.22 0.06
331_Y 97_R 0.81 0.22 0.06
266_L 70_V 0.81 0.22 0.06
399_S 126_Y 0.81 0.22 0.06
403_V 37_F 0.81 0.22 0.06
332_T 13_T 0.81 0.22 0.06
139_D 115_L 0.81 0.22 0.06
156_I 94_N 0.81 0.22 0.06
56_V 94_N 0.80 0.21 0.06
407_V 61_A 0.80 0.21 0.06
40_V 103_L 0.80 0.21 0.06
156_I 73_A 0.80 0.21 0.06
219_R 21_P 0.80 0.21 0.06
386_K 113_I 0.80 0.21 0.06
398_A 130_V 0.80 0.21 0.06
128_S 55_G 0.80 0.21 0.06
258_E 62_A 0.80 0.21 0.06
373_P 120_E 0.80 0.21 0.06
258_E 103_L 0.80 0.21 0.06
138_L 105_E 0.79 0.21 0.06
143_L 5_A 0.79 0.21 0.06
295_E 8_Q 0.79 0.21 0.06
86_D 86_R 0.79 0.21 0.06
103_K 71_E 0.79 0.21 0.06
20_E 127_S 0.79 0.21 0.06
143_L 9_S 0.79 0.21 0.06
305_P 47_P 0.79 0.21 0.06
366_Y 29_A 0.79 0.21 0.06
337_P 138_V 0.78 0.20 0.06
400_L 72_P 0.78 0.20 0.06
270_G 159_V 0.78 0.20 0.06
180_E 105_E 0.78 0.20 0.05
227_E 158_K 0.78 0.20 0.05
248_V 15_K 0.78 0.20 0.05
78_N 91_Y 0.78 0.20 0.05
149_A 14_L 0.78 0.20 0.05
321_M 95_M 0.77 0.20 0.05
321_M 58_L 0.77 0.20 0.05
195_E 159_V 0.77 0.20 0.05
369_K 60_A 0.77 0.20 0.05
114_E 35_P 0.77 0.20 0.05
207_L 29_A 0.77 0.20 0.05
358_V 10_L 0.77 0.20 0.05
258_E 73_A 0.77 0.19 0.05
317_L 111_G 0.77 0.19 0.05
262_F 93_I 0.77 0.19 0.05
355_Y 54_I 0.77 0.19 0.05
24_E 22_V 0.77 0.19 0.05
156_I 141_V 0.77 0.19 0.05
229_A 80_P 0.77 0.19 0.05
204_Y 127_S 0.76 0.19 0.05
261_T 121_M 0.76 0.19 0.05
225_P 14_L 0.76 0.19 0.05
82_T 112_A 0.76 0.19 0.05
384_A 19_S 0.76 0.19 0.05
276_M 163_V 0.76 0.19 0.05
237_G 14_L 0.75 0.19 0.05
156_I 87_Y 0.75 0.18 0.05
277_L 30_P 0.75 0.18 0.05
159_L 32_A 0.75 0.18 0.05
169_H 113_I 0.75 0.18 0.05
162_W 119_F 0.75 0.18 0.05
64_T 50_L 0.75 0.18 0.05
325_I 58_L 0.75 0.18 0.05
172_Y 70_V 0.75 0.18 0.04
61_Y 57_S 0.74 0.18 0.04
379_Q 103_L 0.74 0.18 0.04
239_L 103_L 0.74 0.18 0.04
398_A 60_A 0.74 0.18 0.04
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4903 1.14 cI_4_20_cI_9_40_tt Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.95 Done - Shared
4896 1.45 cI_4_40_cI_9_20_tt Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.94 Done - Shared
4895 0.51 cI_4_60_cI_9_60_tt Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.06 Done - Shared
4894 1.13 cI_4_40_cI_9_40_tt Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.97 Done - Shared
4893 1.53 cI_4_20_cI_9_20_tt Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.74 Done - Shared
4892 1.38 cI_4_10_cI_9_10_tt Δgene:(1, ∞) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.21 Done - Shared
4889 1.23 cI_4_6_cI_9_6_tt Δgene:(1, ∞) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.03 Done - Shared
4888 1.07 cI_4_4_cI_9_4_tt Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.01 Done - Shared
Page generated in 0.407 seconds.