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OPENSEQ.org
cIV_A_60_cI_M_80_1_human
Genes: A B A+B
Length: 513 459 969
Sequences: 3040 2074 1115
Seq/Len: 5.93 4.52 1.15
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.01
5 0.01 0.00 0.05
10 0.01 0.00 1.15
20 0.01 0.00 1.15
100 0.02 0.00 1.15
∞ 0.05 0.00 1.15
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
43_Q 235_L 1.70 0.90 0.33
404_T 61_L 1.61 0.86 0.27
278_M 204_M 1.41 0.74 0.16
413_H 176_I 1.39 0.73 0.15
409_Y 161_L 1.36 0.70 0.14
43_Q 160_L 1.33 0.68 0.13
356_I 234_V 1.32 0.68 0.12
109_L 72_L 1.32 0.67 0.12
43_Q 202_A 1.31 0.66 0.12
325_A 315_L 1.30 0.66 0.12
341_A 226_A 1.30 0.65 0.11
36_L 318_A 1.28 0.64 0.11
122_A 317_I 1.25 0.61 0.10
229_I 410_M 1.24 0.60 0.10
475_A 312_A 1.23 0.59 0.09
392_G 214_L 1.23 0.59 0.09
134_G 348_L 1.21 0.57 0.09
467_L 259_Y 1.21 0.57 0.09
286_I 298_V 1.20 0.56 0.08
465_V 65_L 1.20 0.56 0.08
413_H 394_L 1.18 0.54 0.08
320_V 418_S 1.18 0.54 0.08
356_I 130_L 1.16 0.52 0.07
467_L 194_L 1.15 0.52 0.07
193_I 74_P 1.15 0.52 0.07
434_S 282_L 1.14 0.51 0.07
423_L 179_L 1.14 0.50 0.07
28_V 151_F 1.13 0.49 0.07
265_K 214_L 1.13 0.49 0.06
416_I 339_S 1.12 0.49 0.06
146_T 165_I 1.12 0.49 0.06
409_Y 202_A 1.12 0.49 0.06
403_Y 392_T 1.12 0.49 0.06
57_I 410_M 1.11 0.48 0.06
189_L 210_Y 1.11 0.48 0.06
33_L 358_W 1.10 0.47 0.06
155_V 407_S 1.10 0.47 0.06
470_F 275_I 1.10 0.47 0.06
476_F 200_T 1.10 0.47 0.06
409_Y 235_L 1.10 0.46 0.06
390_M 225_I 1.09 0.46 0.06
87_I 214_L 1.09 0.46 0.06
295_V 106_L 1.09 0.46 0.06
413_H 392_T 1.09 0.45 0.06
35_L 69_T 1.08 0.45 0.06
43_Q 282_L 1.08 0.45 0.06
168_I 411_F 1.08 0.45 0.06
456_V 160_L 1.08 0.45 0.05
36_L 278_R 1.07 0.44 0.05
133_A 77_I 1.07 0.44 0.05
32_A 350_T 1.07 0.44 0.05
262_S 379_L 1.07 0.44 0.05
139_P 317_I 1.06 0.43 0.05
166_T 262_L 1.06 0.43 0.05
168_I 24_W 1.06 0.43 0.05
187_S 133_I 1.06 0.43 0.05
391_G 61_L 1.06 0.43 0.05
190_I 384_T 1.06 0.43 0.05
496_Y 121_F 1.05 0.42 0.05
32_A 381_V 1.05 0.42 0.05
155_V 264_L 1.05 0.42 0.05
64_V 207_M 1.05 0.42 0.05
391_G 402_V 1.04 0.41 0.05
356_I 377_G 1.04 0.41 0.05
318_V 416_W 1.04 0.41 0.05
18_L 225_I 1.04 0.41 0.05
114_A 162_I 1.04 0.41 0.05
318_V 140_P 1.04 0.41 0.05
279_S 176_I 1.03 0.40 0.05
36_L 368_A 1.03 0.40 0.05
87_I 369_L 1.03 0.40 0.04
363_L 211_G 1.03 0.40 0.04
192_A 164_L 1.03 0.40 0.04
253_M 214_L 1.02 0.39 0.04
258_V 349_Q 1.02 0.39 0.04
69_M 433_E 1.02 0.39 0.04
506_E 312_A 1.02 0.39 0.04
345_I 60_P 1.02 0.39 0.04
261_Y 272_T 1.02 0.39 0.04
146_T 318_A 1.02 0.39 0.04
179_Y 69_T 1.02 0.39 0.04
69_M 403_T 1.02 0.39 0.04
296_G 106_L 1.02 0.39 0.04
260_Y 292_S 1.02 0.39 0.04
337_A 143_L 1.01 0.39 0.04
434_S 395_L 1.01 0.38 0.04
178_Q 210_Y 1.01 0.38 0.04
500_P 377_G 1.01 0.38 0.04
24_A 164_L 1.01 0.38 0.04
485_V 262_L 1.00 0.38 0.04
5_R 116_I 1.00 0.38 0.04
491_N 265_S 1.00 0.38 0.04
7_L 438_F 1.00 0.37 0.04
469_I 120_I 1.00 0.37 0.04
253_M 404_A 0.99 0.37 0.04
218_T 127_I 0.99 0.36 0.04
307_S 311_G 0.99 0.36 0.04
116_A 261_F 0.99 0.36 0.04
133_A 410_M 0.99 0.36 0.04
339_L 329_L 0.99 0.36 0.04
413_H 272_T 0.98 0.36 0.04
266_E 406_Y 0.98 0.36 0.04
116_A 329_L 0.98 0.36 0.04
298_D 95_Y 0.98 0.36 0.04
258_V 149_F 0.98 0.35 0.04
260_Y 196_W 0.98 0.35 0.04
453_L 72_L 0.98 0.35 0.04
478_S 96_L 0.98 0.35 0.04
470_F 321_L 0.98 0.35 0.04
229_I 98_M 0.97 0.35 0.04
318_V 269_M 0.97 0.35 0.04
116_A 339_S 0.97 0.35 0.04
43_Q 161_L 0.97 0.35 0.04
26_A 264_L 0.97 0.35 0.04
28_V 321_L 0.97 0.35 0.04
434_S 390_N 0.97 0.35 0.04
265_K 404_A 0.97 0.34 0.04
274_V 360_L 0.97 0.34 0.04
193_I 87_E 0.97 0.34 0.04
135_N 338_H 0.96 0.34 0.04
413_H 302_L 0.96 0.34 0.04
296_G 288_Y 0.96 0.34 0.04
286_I 356_A 0.96 0.34 0.04
389_I 336_R 0.96 0.34 0.04
405_L 296_L 0.96 0.34 0.04
337_A 107_I 0.96 0.34 0.03
133_A 407_S 0.96 0.34 0.03
119_E 398_L 0.96 0.34 0.03
177_T 179_L 0.96 0.34 0.03
295_V 234_V 0.96 0.34 0.03
416_I 337_T 0.96 0.34 0.03
391_G 30_H 0.96 0.34 0.03
391_G 423_I 0.96 0.34 0.03
8_F 172_G 0.95 0.33 0.03
60_A 141_E 0.95 0.33 0.03
391_G 449_L 0.95 0.33 0.03
318_V 406_Y 0.95 0.33 0.03
139_P 226_A 0.95 0.33 0.03
392_G 402_V 0.95 0.33 0.03
298_D 106_L 0.95 0.33 0.03
250_G 115_L 0.95 0.33 0.03
342_L 244_M 0.94 0.32 0.03
35_L 214_L 0.94 0.32 0.03
363_L 164_L 0.94 0.32 0.03
134_G 342_M 0.94 0.32 0.03
462_L 273_S 0.94 0.32 0.03
295_V 288_Y 0.94 0.32 0.03
53_I 336_R 0.94 0.32 0.03
69_M 336_R 0.94 0.32 0.03
253_M 424_N 0.94 0.32 0.03
468_M 326_L 0.94 0.32 0.03
166_T 210_Y 0.94 0.32 0.03
263_G 444_I 0.94 0.32 0.03
108_S 386_F 0.94 0.32 0.03
218_T 156_G 0.93 0.31 0.03
416_I 284_S 0.93 0.31 0.03
456_V 39_L 0.93 0.31 0.03
113_L 326_L 0.93 0.31 0.03
173_P 355_M 0.93 0.31 0.03
4_D 339_S 0.93 0.31 0.03
455_S 407_S 0.93 0.31 0.03
342_L 99_L 0.93 0.31 0.03
298_D 288_Y 0.93 0.31 0.03
448_T 448_S 0.93 0.31 0.03
223_A 321_L 0.93 0.31 0.03
500_P 433_E 0.93 0.31 0.03
69_M 328_C 0.93 0.31 0.03
446_A 278_R 0.92 0.31 0.03
254_I 302_L 0.92 0.31 0.03
389_I 433_E 0.92 0.31 0.03
328_H 407_S 0.92 0.30 0.03
350_V 78_M 0.92 0.30 0.03
21_L 56_F 0.92 0.30 0.03
133_A 190_W 0.92 0.30 0.03
395_H 365_A 0.92 0.30 0.03
28_V 150_L 0.91 0.30 0.03
266_E 329_L 0.91 0.30 0.03
46_N 143_L 0.91 0.30 0.03
29_L 66_L 0.91 0.30 0.03
479_K 108_M 0.91 0.29 0.03
502_Y 413_T 0.91 0.29 0.03
296_G 95_Y 0.91 0.29 0.03
356_I 292_S 0.91 0.29 0.03
229_I 401_L 0.91 0.29 0.03
7_L 46_N 0.91 0.29 0.03
35_L 408_L 0.91 0.29 0.03
296_G 234_V 0.91 0.29 0.03
502_Y 116_I 0.91 0.29 0.03
155_V 339_S 0.91 0.29 0.03
5_R 382_L 0.90 0.29 0.03
64_V 69_T 0.90 0.29 0.03
135_N 296_L 0.90 0.29 0.03
270_Y 346_Q 0.90 0.29 0.03
26_A 156_G 0.90 0.29 0.03
39_A 214_L 0.90 0.29 0.03
279_S 348_L 0.90 0.29 0.03
328_H 165_I 0.90 0.29 0.03
87_I 379_L 0.90 0.29 0.03
139_P 414_T 0.90 0.28 0.03
180_Q 164_L 0.90 0.28 0.03
122_A 295_A 0.90 0.28 0.03
122_A 398_L 0.90 0.28 0.03
390_M 131_A 0.89 0.28 0.03
391_G 195_M 0.89 0.28 0.03
87_I 269_M 0.89 0.28 0.03
482_V 338_H 0.89 0.28 0.03
423_L 120_I 0.89 0.28 0.03
160_G 265_S 0.89 0.28 0.03
307_S 98_M 0.89 0.28 0.03
83_V 447_L 0.89 0.28 0.03
87_I 404_A 0.89 0.28 0.03
69_M 151_F 0.89 0.28 0.03
27_G 342_M 0.88 0.27 0.03
168_I 174_L 0.88 0.27 0.03
434_S 115_L 0.88 0.27 0.03
479_K 414_T 0.88 0.27 0.03
26_A 298_V 0.88 0.27 0.03
511_M 60_P 0.88 0.27 0.03
392_G 147_T 0.88 0.27 0.03
394_I 246_L 0.88 0.27 0.03
87_I 144_N 0.88 0.27 0.03
33_L 441_L 0.88 0.27 0.02
500_P 336_R 0.88 0.27 0.02
35_L 404_A 0.88 0.27 0.02
505_F 119_Y 0.88 0.27 0.02
498_C 438_F 0.88 0.27 0.02
175_A 243_M 0.88 0.27 0.02
511_M 348_L 0.87 0.27 0.02
42_G 156_G 0.87 0.27 0.02
50_N 162_I 0.87 0.27 0.02
394_I 117_M 0.87 0.27 0.02
464_A 192_N 0.87 0.27 0.02
434_S 296_L 0.87 0.27 0.02
410_A 226_A 0.87 0.26 0.02
395_H 422_H 0.87 0.26 0.02
476_F 452_D 0.87 0.26 0.02
366_V 46_N 0.87 0.26 0.02
20_L 313_V 0.87 0.26 0.02
29_L 32_L 0.86 0.26 0.02
484_M 104_I 0.86 0.26 0.02
298_D 234_V 0.86 0.26 0.02
5_R 235_L 0.86 0.26 0.02
391_G 163_A 0.86 0.26 0.02
178_Q 358_W 0.86 0.26 0.02
46_N 311_G 0.86 0.26 0.02
250_G 176_I 0.86 0.26 0.02
87_I 61_L 0.86 0.26 0.02
105_L 102_L 0.86 0.26 0.02
265_K 250_L 0.86 0.26 0.02
117_M 313_V 0.86 0.26 0.02
160_G 368_A 0.86 0.26 0.02
141_A 339_S 0.86 0.26 0.02
50_N 17_L 0.86 0.26 0.02
113_L 298_V 0.86 0.25 0.02
419_I 113_T 0.86 0.25 0.02
463_T 405_L 0.85 0.25 0.02
356_I 38_P 0.85 0.25 0.02
357_V 126_L 0.85 0.25 0.02
122_A 270_I 0.85 0.25 0.02
5_R 305_T 0.85 0.25 0.02
5_R 282_L 0.85 0.25 0.02
114_A 161_L 0.85 0.25 0.02
162_I 292_S 0.85 0.25 0.02
423_L 131_A 0.85 0.25 0.02
350_V 84_L 0.85 0.25 0.02
297_M 300_A 0.85 0.25 0.02
113_L 226_A 0.85 0.25 0.02
26_A 210_Y 0.85 0.25 0.02
173_P 418_S 0.85 0.25 0.02
423_L 410_M 0.85 0.25 0.02
359_A 412_T 0.85 0.25 0.02
279_S 379_L 0.84 0.25 0.02
342_L 146_G 0.84 0.25 0.02
265_K 109_T 0.84 0.24 0.02
468_M 411_F 0.84 0.24 0.02
463_T 42_F 0.84 0.24 0.02
483_L 452_D 0.84 0.24 0.02
423_L 69_T 0.84 0.24 0.02
146_T 450_N 0.84 0.24 0.02
334_W 398_L 0.84 0.24 0.02
477_A 392_T 0.84 0.24 0.02
419_I 188_N 0.84 0.24 0.02
459_F 124_T 0.84 0.24 0.02
279_S 273_S 0.84 0.24 0.02
469_I 90_S 0.84 0.24 0.02
29_L 55_T 0.84 0.24 0.02
270_Y 360_L 0.84 0.24 0.02
87_I 399_N 0.84 0.24 0.02
266_E 149_F 0.84 0.24 0.02
43_Q 81_Q 0.84 0.24 0.02
286_I 338_H 0.84 0.24 0.02
476_F 252_P 0.84 0.24 0.02
265_K 278_R 0.84 0.24 0.02
337_A 419_L 0.83 0.24 0.02
116_A 149_F 0.83 0.24 0.02
331_N 368_A 0.83 0.24 0.02
87_I 393_L 0.83 0.24 0.02
104_L 78_M 0.83 0.24 0.02
253_M 375_L 0.83 0.24 0.02
122_A 258_A 0.83 0.24 0.02
359_A 339_S 0.83 0.24 0.02
467_L 164_L 0.83 0.24 0.02
48_L 381_V 0.83 0.24 0.02
286_I 143_L 0.83 0.24 0.02
175_A 61_L 0.83 0.24 0.02
253_M 278_R 0.83 0.24 0.02
307_S 326_L 0.83 0.23 0.02
7_L 212_L 0.83 0.23 0.02
416_I 132_I 0.83 0.23 0.02
464_A 66_L 0.83 0.23 0.02
139_P 104_I 0.83 0.23 0.02
137_S 407_S 0.83 0.23 0.02
466_M 379_L 0.83 0.23 0.02
279_S 298_V 0.83 0.23 0.02
100_M 262_L 0.83 0.23 0.02
392_G 433_E 0.83 0.23 0.02
314_I 400_M 0.83 0.23 0.02
64_V 449_L 0.83 0.23 0.02
180_Q 24_W 0.83 0.23 0.02
366_V 175_N 0.82 0.23 0.02
50_N 149_F 0.82 0.23 0.02
36_L 274_S 0.82 0.23 0.02
510_Y 169_N 0.82 0.23 0.02
413_H 356_A 0.82 0.23 0.02
314_I 412_T 0.82 0.23 0.02
456_V 348_L 0.82 0.23 0.02
407_Q 328_C 0.82 0.23 0.02
314_I 389_S 0.82 0.23 0.02
18_L 348_L 0.82 0.23 0.02
97_M 163_A 0.82 0.23 0.02
338_V 348_L 0.82 0.23 0.02
478_S 77_I 0.82 0.23 0.02
39_A 143_L 0.82 0.23 0.02
496_Y 116_I 0.82 0.23 0.02
265_K 435_T 0.82 0.23 0.02
419_I 418_S 0.82 0.23 0.02
413_H 299_T 0.82 0.23 0.02
166_T 144_N 0.82 0.23 0.02
146_T 109_T 0.82 0.23 0.02
335_S 165_I 0.82 0.23 0.02
459_F 296_L 0.82 0.23 0.02
115_S 402_V 0.82 0.23 0.02
179_Y 109_T 0.82 0.23 0.02
172_K 250_L 0.82 0.23 0.02
325_A 79_A 0.82 0.23 0.02
35_L 365_A 0.82 0.23 0.02
478_S 425_N 0.81 0.23 0.02
215_L 132_I 0.81 0.23 0.02
192_A 62_T 0.81 0.22 0.02
161_A 265_S 0.81 0.22 0.02
434_S 160_L 0.81 0.22 0.02
462_L 269_M 0.81 0.22 0.02
395_H 312_A 0.81 0.22 0.02
456_V 109_T 0.81 0.22 0.02
470_F 434_N 0.81 0.22 0.02
511_M 234_V 0.81 0.22 0.02
119_E 226_A 0.81 0.22 0.02
363_L 200_T 0.81 0.22 0.02
500_P 151_F 0.81 0.22 0.02
267_P 418_S 0.81 0.22 0.02
390_M 226_A 0.81 0.22 0.02
29_L 260_P 0.81 0.22 0.02
434_S 314_I 0.81 0.22 0.02
345_I 81_Q 0.81 0.22 0.02
405_L 250_L 0.81 0.22 0.02
180_Q 174_L 0.81 0.22 0.02
168_I 250_L 0.80 0.22 0.02
22_F 109_T 0.80 0.22 0.02
223_A 278_R 0.80 0.22 0.02
162_I 67_M 0.80 0.22 0.02
46_N 53_S 0.80 0.22 0.02
363_L 311_G 0.80 0.22 0.02
448_T 364_L 0.80 0.21 0.02
416_I 442_S 0.80 0.21 0.02
488_P 28_T 0.80 0.21 0.02
166_T 453_I 0.80 0.21 0.02
357_V 173_S 0.80 0.21 0.02
47_L 273_S 0.80 0.21 0.02
479_K 388_W 0.80 0.21 0.02
508_P 73_L 0.80 0.21 0.02
145_L 354_L 0.80 0.21 0.02
345_I 313_V 0.80 0.21 0.02
339_L 50_F 0.80 0.21 0.02
466_M 32_L 0.80 0.21 0.02
476_F 163_A 0.80 0.21 0.02
21_L 259_Y 0.80 0.21 0.02
397_F 278_R 0.80 0.21 0.02
512_K 97_S 0.80 0.21 0.02
391_G 39_L 0.80 0.21 0.02
53_I 243_M 0.80 0.21 0.02
134_G 258_A 0.80 0.21 0.02
395_H 421_H 0.80 0.21 0.02
20_L 332_S 0.79 0.21 0.02
468_M 365_A 0.79 0.21 0.02
5_R 383_V 0.79 0.21 0.02
472_I 197_L 0.79 0.21 0.02
115_S 338_H 0.79 0.21 0.02
258_V 134_T 0.79 0.21 0.02
483_L 78_M 0.79 0.21 0.02
477_A 78_M 0.79 0.21 0.02
270_Y 74_P 0.79 0.21 0.02
26_A 166_Y 0.79 0.21 0.02
260_Y 441_L 0.79 0.21 0.02
105_L 265_S 0.79 0.21 0.02
20_L 282_L 0.79 0.21 0.02
50_N 61_L 0.79 0.21 0.02
510_Y 453_I 0.79 0.21 0.02
330_S 428_P 0.79 0.21 0.02
270_Y 388_W 0.79 0.21 0.02
505_F 336_R 0.79 0.21 0.02
447_Y 411_F 0.79 0.21 0.02
391_G 197_L 0.79 0.21 0.02
87_I 454_I 0.79 0.21 0.02
279_S 98_M 0.79 0.21 0.02
392_G 328_C 0.79 0.21 0.02
504_T 156_G 0.79 0.21 0.02
155_V 426_M 0.78 0.20 0.02
177_T 423_I 0.78 0.20 0.02
265_K 369_L 0.78 0.20 0.02
468_M 197_L 0.78 0.20 0.02
390_M 364_L 0.78 0.20 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4418 1.62 cIV_A_80_cI_M_60_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.22 Done - Shared
4416 1.15 cIV_A_60_cI_M_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.33 Done - Shared
4415 1.17 cIV_A_80_1_cI_M_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 1) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.30 Done - Shared
4414 1.15 cIV_A_80_cI_M_80_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.38 Done - Shared
4413 1.62 cIV_A_60_cI_M_60_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.17 Done - Shared
4408 2.75 cIV_A_20_cI_M_20_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.02 Done - Shared
4405 3.06 cIV_A_4_cI_M_4_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.05 Done - Shared
4398 2.38 cIV_A_40_cI_M_40_1_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.04 Done - Shared
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