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OPENSEQ.org
FtsW_PBP1b
Genes: A B A+B
Length: 414 844 1202
Sequences: 6178 632 104
Seq/Len: 14.92 0.75 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.78
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.00 0.00
2 0.04 0.00 0.00
5 0.04 0.00 0.00
10 0.06 0.00 0.00
20 0.07 0.00 0.01
100 0.11 0.00 0.08
∞ 0.23 0.00 0.30
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
119_I 628_I 1.92 0.35 0.00
250_F 222_P 1.65 0.24 0.00
158_C 484_V 1.56 0.21 0.00
360_V 268_L 1.56 0.21 0.00
318_M 584_L 1.56 0.21 0.00
303_I 498_Y 1.53 0.20 0.00
192_L 353_M 1.51 0.19 0.00
236_L 268_L 1.50 0.19 0.00
158_C 473_A 1.44 0.17 0.00
175_L 442_F 1.42 0.17 0.00
397_I 702_T 1.39 0.16 0.00
49_L 440_T 1.38 0.16 0.00
304_G 720_I 1.37 0.15 0.00
376_L 516_T 1.32 0.14 0.00
376_L 216_V 1.32 0.14 0.00
171_V 346_Q 1.31 0.14 0.00
61_I 651_L 1.30 0.14 0.00
318_M 667_A 1.28 0.13 0.00
209_L 617_T 1.27 0.13 0.00
82_A 507_S 1.27 0.13 0.00
376_L 584_L 1.27 0.13 0.00
398_D 714_D 1.27 0.13 0.00
262_Y 294_A 1.25 0.13 0.00
270_A 550_P 1.24 0.12 0.00
212_L 677_V 1.24 0.12 0.00
141_L 418_V 1.23 0.12 0.00
266_Q 545_G 1.22 0.12 0.00
233_V 319_S 1.22 0.12 0.00
394_L 451_E 1.21 0.12 0.00
88_Y 91_I 1.20 0.12 0.00
123_M 198_D 1.19 0.11 0.00
316_L 192_F 1.19 0.11 0.00
393_M 283_S 1.19 0.11 0.00
195_Q 576_P 1.18 0.11 0.00
129_G 697_G 1.18 0.11 0.00
198_L 232_T 1.18 0.11 0.00
292_P 290_E 1.18 0.11 0.00
374_L 535_D 1.16 0.11 0.00
272_G 278_L 1.16 0.11 0.00
171_V 471_E 1.16 0.11 0.00
267_S 238_Y 1.15 0.11 0.00
190_V 226_V 1.15 0.11 0.00
161_A 256_L 1.14 0.10 0.00
212_L 350_L 1.14 0.10 0.00
376_L 606_V 1.14 0.10 0.00
231_S 598_V 1.14 0.10 0.00
318_M 279_S 1.14 0.10 0.00
376_L 224_L 1.13 0.10 0.00
92_A 230_L 1.13 0.10 0.00
391_I 202_I 1.13 0.10 0.00
94_I 122_N 1.12 0.10 0.00
284_S 360_Y 1.12 0.10 0.00
171_V 627_T 1.12 0.10 0.00
98_I 628_I 1.11 0.10 0.00
63_V 391_Y 1.11 0.10 0.00
128_V 70_L 1.10 0.10 0.00
212_L 301_Y 1.10 0.10 0.00
183_G 226_V 1.10 0.10 0.00
263_Q 482_G 1.09 0.10 0.00
199_G 196_R 1.09 0.10 0.00
347_S 357_A 1.09 0.10 0.00
185_I 202_I 1.08 0.09 0.00
230_I 591_E 1.08 0.09 0.00
334_L 441_T 1.08 0.09 0.00
51_L 360_Y 1.08 0.09 0.00
270_A 360_Y 1.08 0.09 0.00
309_Y 507_S 1.08 0.09 0.00
192_L 305_R 1.07 0.09 0.00
133_K 581_G 1.07 0.09 0.00
139_I 634_R 1.07 0.09 0.00
269_M 414_F 1.07 0.09 0.00
367_L 202_I 1.07 0.09 0.00
299_I 335_F 1.06 0.09 0.00
299_I 376_V 1.06 0.09 0.00
333_A 78_V 1.06 0.09 0.00
104_M 331_S 1.06 0.09 0.00
161_A 484_V 1.06 0.09 0.00
257_P 292_Y 1.06 0.09 0.00
377_I 723_V 1.06 0.09 0.00
242_Y 726_D 1.06 0.09 0.00
82_A 702_T 1.06 0.09 0.00
144_L 643_V 1.06 0.09 0.00
367_L 675_Q 1.06 0.09 0.00
242_Y 550_P 1.05 0.09 0.00
395_L 369_A 1.05 0.09 0.00
59_G 641_R 1.05 0.09 0.00
123_M 216_V 1.05 0.09 0.00
328_S 316_L 1.04 0.09 0.00
340_F 686_L 1.04 0.09 0.00
247_V 316_L 1.04 0.09 0.00
285_V 268_L 1.04 0.09 0.00
107_W 229_L 1.04 0.09 0.00
362_A 484_V 1.04 0.09 0.00
104_M 380_L 1.03 0.09 0.00
376_L 378_R 1.03 0.09 0.00
236_L 247_S 1.03 0.09 0.00
208_T 100_W 1.03 0.09 0.00
288_L 277_F 1.02 0.09 0.00
315_A 490_G 1.02 0.09 0.00
315_A 302_S 1.02 0.09 0.00
322_V 289_N 1.02 0.09 0.00
393_M 288_A 1.02 0.08 0.00
149_A 297_M 1.02 0.08 0.00
397_I 222_P 1.01 0.08 0.00
229_G 331_S 1.01 0.08 0.00
198_L 268_L 1.01 0.08 0.00
158_C 394_L 1.01 0.08 0.00
154_L 382_Q 1.01 0.08 0.00
255_E 636_P 1.01 0.08 0.00
134_G 682_T 1.01 0.08 0.00
77_D 702_T 1.01 0.08 0.00
309_Y 426_L 1.01 0.08 0.00
61_I 91_I 1.00 0.08 0.00
195_Q 561_G 1.00 0.08 0.00
302_I 367_K 1.00 0.08 0.00
205_F 586_L 1.00 0.08 0.00
49_L 116_D 1.00 0.08 0.00
276_L 438_I 1.00 0.08 0.00
372_L 346_Q 1.00 0.08 0.00
287_K 699_T 1.00 0.08 0.00
158_C 390_L 1.00 0.08 0.00
304_G 533_I 1.00 0.08 0.00
379_Y 265_A 1.00 0.08 0.00
200_T 767_G 1.00 0.08 0.00
60_F 380_L 1.00 0.08 0.00
382_S 630_S 0.99 0.08 0.00
59_G 478_D 0.99 0.08 0.00
235_L 339_V 0.99 0.08 0.00
218_K 183_I 0.99 0.08 0.00
225_I 225_L 0.99 0.08 0.00
215_A 339_V 0.99 0.08 0.00
292_P 270_Q 0.99 0.08 0.00
198_L 380_L 0.98 0.08 0.00
355_Q 699_T 0.98 0.08 0.00
367_L 247_S 0.98 0.08 0.00
298_F 681_G 0.98 0.08 0.00
310_V 68_L 0.98 0.08 0.00
281_L 529_L 0.98 0.08 0.00
214_L 418_V 0.98 0.08 0.00
310_V 403_P 0.98 0.08 0.00
388_S 346_Q 0.98 0.08 0.00
302_I 702_T 0.98 0.08 0.00
394_L 716_S 0.98 0.08 0.00
111_S 304_D 0.98 0.08 0.00
119_I 742_I 0.98 0.08 0.00
161_A 691_P 0.97 0.08 0.00
57_A 70_L 0.97 0.08 0.00
370_K 356_G 0.97 0.08 0.00
329_I 355_K 0.97 0.08 0.00
303_I 492_E 0.97 0.08 0.00
234_V 56_G 0.97 0.08 0.00
233_V 393_M 0.97 0.08 0.00
212_L 387_D 0.96 0.08 0.00
348_I 704_N 0.96 0.08 0.00
123_M 546_Q 0.96 0.08 0.00
95_L 246_Y 0.96 0.08 0.00
50_W 674_M 0.96 0.08 0.00
49_L 288_A 0.96 0.08 0.00
146_I 685_Q 0.96 0.08 0.00
203_V 201_L 0.96 0.08 0.00
116_L 441_T 0.96 0.08 0.00
302_I 390_L 0.96 0.08 0.00
124_I 721_T 0.96 0.07 0.00
203_V 297_M 0.96 0.07 0.00
362_A 714_D 0.96 0.07 0.00
78_P 554_D 0.95 0.07 0.00
134_G 697_G 0.95 0.07 0.00
94_I 65_W 0.95 0.07 0.00
88_Y 671_L 0.95 0.07 0.00
333_A 622_A 0.95 0.07 0.00
113_T 273_V 0.95 0.07 0.00
302_I 742_I 0.95 0.07 0.00
270_A 356_G 0.95 0.07 0.00
124_I 65_W 0.95 0.07 0.00
70_I 702_T 0.95 0.07 0.00
276_L 294_A 0.95 0.07 0.00
310_V 634_R 0.95 0.07 0.00
334_L 96_D 0.95 0.07 0.00
124_I 428_D 0.94 0.07 0.00
383_S 353_M 0.94 0.07 0.00
150_E 510_S 0.94 0.07 0.00
150_E 513_K 0.94 0.07 0.00
150_E 572_S 0.94 0.07 0.00
150_E 574_N 0.94 0.07 0.00
150_E 698_K 0.94 0.07 0.00
116_L 336_G 0.94 0.07 0.00
160_I 737_S 0.94 0.07 0.00
385_L 274_K 0.94 0.07 0.00
315_A 478_D 0.94 0.07 0.00
213_F 275_N 0.94 0.07 0.00
134_G 510_S 0.94 0.07 0.00
134_G 513_K 0.94 0.07 0.00
134_G 572_S 0.94 0.07 0.00
134_G 574_N 0.94 0.07 0.00
134_G 698_K 0.94 0.07 0.00
358_V 244_S 0.94 0.07 0.00
344_L 428_D 0.94 0.07 0.00
97_I 651_L 0.94 0.07 0.00
266_Q 705_N 0.94 0.07 0.00
398_D 478_D 0.94 0.07 0.00
270_A 769_D 0.94 0.07 0.00
235_L 630_S 0.94 0.07 0.00
222_F 354_V 0.94 0.07 0.00
316_L 674_M 0.94 0.07 0.00
373_T 521_L 0.94 0.07 0.00
300_F 296_I 0.94 0.07 0.00
92_A 132_Q 0.94 0.07 0.00
156_L 643_V 0.94 0.07 0.00
359_N 275_N 0.93 0.07 0.00
255_E 478_D 0.93 0.07 0.00
382_S 565_L 0.93 0.07 0.00
320_F 491_S 0.93 0.07 0.00
139_I 647_D 0.93 0.07 0.00
49_L 474_I 0.93 0.07 0.00
307_L 319_S 0.93 0.07 0.00
119_I 49_K 0.93 0.07 0.00
335_E 163_D 0.93 0.07 0.00
316_L 580_L 0.93 0.07 0.00
310_V 437_K 0.93 0.07 0.00
372_L 747_L 0.93 0.07 0.00
392_M 357_A 0.92 0.07 0.00
186_L 556_R 0.92 0.07 0.00
367_L 629_A 0.92 0.07 0.00
270_A 238_Y 0.92 0.07 0.00
137_R 275_N 0.92 0.07 0.00
252_N 390_L 0.92 0.07 0.00
224_A 625_F 0.92 0.07 0.00
247_V 222_P 0.92 0.07 0.00
394_L 577_T 0.92 0.07 0.00
61_I 584_L 0.92 0.07 0.00
222_F 273_V 0.92 0.07 0.00
254_W 331_S 0.92 0.07 0.00
376_L 686_L 0.92 0.07 0.00
293_E 554_D 0.92 0.07 0.00
137_R 360_Y 0.92 0.07 0.00
181_P 356_G 0.92 0.07 0.00
94_I 243_I 0.92 0.07 0.00
395_L 205_I 0.92 0.07 0.00
100_L 622_A 0.92 0.07 0.00
398_D 244_S 0.92 0.07 0.00
377_I 342_L 0.92 0.07 0.00
190_V 387_D 0.92 0.07 0.00
267_S 277_F 0.92 0.07 0.00
301_A 563_V 0.92 0.07 0.00
340_F 243_I 0.92 0.07 0.00
317_L 281_E 0.91 0.07 0.00
104_M 162_P 0.91 0.07 0.00
227_G 452_K 0.91 0.07 0.00
199_G 735_G 0.91 0.07 0.00
216_G 514_P 0.91 0.07 0.00
154_L 300_R 0.91 0.07 0.00
182_M 353_M 0.91 0.07 0.00
360_V 479_R 0.91 0.07 0.00
393_M 367_K 0.91 0.07 0.00
56_A 202_I 0.91 0.07 0.00
65_S 360_Y 0.91 0.07 0.00
103_P 338_P 0.91 0.07 0.00
267_S 227_D 0.91 0.07 0.00
106_F 584_L 0.91 0.07 0.00
321_F 314_V 0.91 0.07 0.00
318_M 273_V 0.91 0.07 0.00
345_A 461_L 0.91 0.07 0.00
296_T 343_S 0.91 0.07 0.00
84_R 414_F 0.91 0.07 0.00
350_I 314_V 0.91 0.07 0.00
392_M 533_I 0.91 0.07 0.00
226_I 679_Q 0.90 0.07 0.00
211_M 418_V 0.90 0.07 0.00
200_T 702_T 0.90 0.07 0.00
402_R 426_L 0.90 0.07 0.00
231_S 50_G 0.90 0.07 0.00
88_Y 343_S 0.90 0.07 0.00
379_Y 201_L 0.90 0.07 0.00
251_W 387_D 0.90 0.07 0.00
71_G 697_G 0.90 0.07 0.00
346_C 613_A 0.90 0.07 0.00
301_A 192_F 0.90 0.07 0.00
382_S 191_Q 0.90 0.07 0.00
281_L 521_L 0.90 0.07 0.00
344_L 746_Y 0.90 0.07 0.00
232_A 134_R 0.90 0.07 0.00
201_V 488_V 0.89 0.07 0.00
397_I 439_F 0.89 0.07 0.00
379_Y 485_R 0.89 0.07 0.00
186_L 81_A 0.89 0.07 0.00
227_G 651_L 0.89 0.07 0.00
316_L 171_A 0.89 0.07 0.00
349_G 474_I 0.89 0.07 0.00
117_G 438_I 0.89 0.07 0.00
88_Y 713_I 0.89 0.07 0.00
141_L 702_T 0.89 0.07 0.00
142_G 699_T 0.89 0.07 0.00
304_G 385_I 0.89 0.07 0.00
87_V 79_L 0.89 0.07 0.00
255_E 481_S 0.89 0.07 0.00
333_A 210_G 0.89 0.07 0.00
132_V 110_M 0.89 0.07 0.00
270_A 726_D 0.89 0.07 0.00
113_T 484_V 0.89 0.07 0.00
242_Y 356_G 0.89 0.07 0.00
198_L 239_E 0.88 0.07 0.00
329_I 674_M 0.88 0.07 0.00
87_V 664_A 0.88 0.07 0.00
391_I 675_Q 0.88 0.07 0.00
233_V 440_T 0.88 0.07 0.00
286_Q 360_Y 0.88 0.07 0.00
135_A 88_D 0.88 0.07 0.00
335_E 64_G 0.88 0.07 0.00
391_I 503_Q 0.88 0.07 0.00
321_F 367_K 0.88 0.07 0.00
295_H 356_G 0.88 0.07 0.00
335_E 121_K 0.88 0.07 0.00
191_L 620_E 0.88 0.07 0.00
57_A 391_Y 0.88 0.07 0.00
320_F 392_D 0.88 0.07 0.00
396_R 350_L 0.88 0.07 0.00
354_F 268_L 0.88 0.07 0.00
151_L 598_V 0.88 0.07 0.00
400_E 351_V 0.88 0.07 0.00
199_G 412_P 0.88 0.07 0.00
267_S 404_R 0.87 0.07 0.00
333_A 219_S 0.87 0.07 0.00
309_Y 436_V 0.87 0.07 0.00
231_S 650_V 0.87 0.07 0.00
123_M 596_L 0.87 0.07 0.00
71_G 339_V 0.87 0.07 0.00
53_F 669_L 0.87 0.07 0.00
134_G 710_F 0.87 0.07 0.00
120_I 387_D 0.87 0.06 0.00
123_M 438_I 0.87 0.06 0.00
104_M 235_R 0.87 0.06 0.00
393_M 705_N 0.87 0.06 0.00
310_V 376_V 0.87 0.06 0.00
400_E 548_W 0.87 0.06 0.00
203_V 245_L 0.87 0.06 0.00
389_T 710_F 0.87 0.06 0.00
143_L 169_V 0.87 0.06 0.00
116_L 176_D 0.87 0.06 0.00
348_I 360_Y 0.87 0.06 0.00
180_K 247_S 0.87 0.06 0.00
232_A 294_A 0.86 0.06 0.00
390_A 212_Q 0.86 0.06 0.00
147_Q 510_S 0.86 0.06 0.00
147_Q 513_K 0.86 0.06 0.00
147_Q 572_S 0.86 0.06 0.00
147_Q 574_N 0.86 0.06 0.00
147_Q 698_K 0.86 0.06 0.00
294_A 367_K 0.86 0.06 0.00
216_G 278_L 0.86 0.06 0.00
200_T 314_V 0.86 0.06 0.00
118_S 485_R 0.86 0.06 0.00
213_F 334_Y 0.86 0.06 0.00
376_L 246_Y 0.86 0.06 0.00
304_G 104_A 0.86 0.06 0.00
267_S 334_Y 0.86 0.06 0.00
113_T 268_L 0.86 0.06 0.00
395_L 396_A 0.86 0.06 0.00
230_I 526_I 0.86 0.06 0.00
356_A 396_A 0.86 0.06 0.00
367_L 640_L 0.86 0.06 0.00
256_D 545_G 0.86 0.06 0.00
128_V 99_V 0.86 0.06 0.00
144_L 420_Q 0.86 0.06 0.00
163_Y 550_P 0.86 0.06 0.00
178_F 569_L 0.86 0.06 0.00
205_F 579_N 0.86 0.06 0.00
44_Y 478_D 0.86 0.06 0.00
202_V 79_L 0.86 0.06 0.00
149_A 272_L 0.86 0.06 0.00
118_S 737_S 0.85 0.06 0.00
139_I 76_F 0.85 0.06 0.00
262_Y 699_T 0.85 0.06 0.00
249_A 661_A 0.85 0.06 0.00
158_C 776_C 0.85 0.06 0.00
123_M 319_S 0.85 0.06 0.00
60_F 418_V 0.85 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
13000 0.01 FTSW PBP1b complex Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
6263 0.02 FtsW_PBP1B Δgene:(1, 100) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed
4024 0.3 FtsW_PBP1b Δgene:(1, ∞) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4022 0.09 FtsW_PBP1b Δgene:(1, 100) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3935 0.02 FtsW_PBP1b Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
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