May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
Av1alpha-Av1beta_1
Genes: A B A+B
Length: 477 522 977
Sequences: 617 1067 633
Seq/Len: 1.29 2.04 0.65
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.85
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.13 0.80 0.59
2 0.47 0.81 0.63
5 0.59 0.83 0.63
10 0.63 0.83 0.63
20 0.64 0.83 0.63
100 0.67 0.84 0.63
∞ 0.70 0.84 0.63
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
160_I 161_L 4.67 1.00 1.00
284_E 305_E 4.33 1.00 1.00
168_G 169_K 4.29 1.00 1.00
344_E 362_H 4.29 1.00 1.00
330_P 348_G 4.27 1.00 1.00
165_K 166_N 4.26 1.00 1.00
169_A 170_K 4.26 1.00 1.00
454_A 490_M 4.21 1.00 1.00
433_I 470_F 4.18 1.00 1.00
120_I 122_A 4.17 1.00 1.00
246_C 250_Y 4.16 1.00 1.00
299_P 321_L 4.16 1.00 1.00
137_T 139_A 4.03 1.00 1.00
331_E 349_R 4.02 1.00 1.00
417_L 440_F 3.99 1.00 1.00
341_P 359_T 3.99 1.00 1.00
241_E 245_E 3.95 1.00 1.00
201_D 205_R 3.93 1.00 1.00
161_E 162_N 3.91 1.00 1.00
323_E 341_A 3.85 1.00 1.00
337_A 355_T 3.85 1.00 1.00
464_L 500_I 3.85 1.00 1.00
332_W 350_L 3.83 1.00 1.00
369_M 387_C 3.83 1.00 1.00
327_K 345_K 3.82 1.00 1.00
321_C 339_I 3.81 1.00 1.00
248_A 252_L 3.81 1.00 1.00
458_R 494_T 3.80 1.00 1.00
121_V 123_V 3.80 1.00 1.00
259_I 280_M 3.79 1.00 1.00
393_D 411_A 3.77 1.00 1.00
291_W 312_V 3.76 1.00 1.00
149_S 150_T 3.75 1.00 1.00
257_S 278_E 3.72 1.00 1.00
470_K 506_E 3.70 1.00 1.00
139_F 141_Y 3.66 1.00 1.00
451_D 487_E 3.65 1.00 1.00
285_E 306_G 3.63 1.00 1.00
304_E 326_E 3.62 1.00 1.00
311_A 333_E 3.61 1.00 1.00
370_E 388_E 3.61 1.00 1.00
335_V 353_M 3.60 1.00 1.00
446_P 482_T 3.58 1.00 1.00
286_K 307_T 3.57 1.00 1.00
340_R 358_H 3.55 1.00 1.00
463_T 499_S 3.54 1.00 1.00
414_K 437_K 3.52 1.00 1.00
116_Q 118_T 3.52 1.00 1.00
166_V 167_N 3.52 1.00 1.00
258_E 279_E 3.51 1.00 1.00
170_E 171_E 3.50 1.00 1.00
130_K 132_D 3.49 1.00 1.00
220_V 223_I 3.48 1.00 1.00
239_L 243_L 3.48 1.00 1.00
308_A 330_K 3.47 1.00 1.00
382_D 400_R 3.46 1.00 1.00
320_K 338_P 3.45 1.00 1.00
180_C 185_T 3.45 1.00 1.00
145_I 146_I 3.41 1.00 1.00
131_L 133_G 3.40 1.00 1.00
468_C 504_L 3.39 1.00 1.00
389_K 407_A 3.38 1.00 1.00
136_E 138_K 3.36 1.00 1.00
135_V 137_C 3.31 1.00 1.00
173_K 178_F 3.30 1.00 1.00
472_L 508_T 3.29 1.00 1.00
140_P 142_K 3.29 1.00 1.00
326_A 344_T 3.29 1.00 1.00
460_M 496_L 3.27 1.00 1.00
254_G 275_T 3.27 1.00 1.00
236_R 240_K 3.26 1.00 1.00
381_N 399_K 3.25 1.00 1.00
408_E 431_S 3.25 1.00 1.00
336_V 354_M 3.25 1.00 1.00
288_G 309_K 3.25 1.00 1.00
411_K 434_F 3.25 1.00 1.00
250_W 271_Y 3.23 1.00 1.00
347_R 365_R 3.23 1.00 1.00
172_S 177_E 3.22 1.00 1.00
305_S 327_F 3.21 1.00 1.00
249_Q 270_M 3.20 1.00 0.99
225_D 228_G 3.19 1.00 0.99
244_L 248_V 3.18 1.00 0.99
129_A 131_K 3.17 1.00 0.99
240_E 244_S 3.16 1.00 0.99
78_I 87_Y 3.15 1.00 0.99
163_V 164_F 3.14 1.00 0.99
462_M 498_N 3.13 1.00 0.99
155_L 156_V 3.10 1.00 0.99
324_V 342_S 3.07 1.00 0.99
412_R 435_T 3.06 1.00 0.99
218_Y 221_K 3.06 1.00 0.99
309_I 331_V 3.05 1.00 0.99
118_K 120_D 3.03 1.00 0.99
199_V 203_I 3.02 1.00 0.99
287_Y 308_W 3.01 1.00 0.99
162_S 163_A 3.00 1.00 0.99
200_R 204_A 2.99 1.00 0.99
138_L 140_T 2.99 1.00 0.99
232_A 236_F 2.97 1.00 0.99
115_F 117_M 2.95 0.99 0.99
197_D 201_E 2.92 0.99 0.99
303_I 325_D 2.92 0.99 0.99
133_D 135_Q 2.91 0.99 0.99
176_V 181_P 2.91 0.99 0.99
289_I 310_H 2.91 0.99 0.99
100_T 106_F 2.90 0.99 0.99
222_I 225_I 2.89 0.99 0.99
342_R 360_W 2.87 0.99 0.99
282_H 303_F 2.87 0.99 0.99
48_K 59_E 2.86 0.99 0.99
217_P 220_N 2.85 0.99 0.99
410_V 433_V 2.84 0.99 0.99
388_M 406_D 2.84 0.99 0.99
334_A 352_D 2.84 0.99 0.99
126_K 128_Q 2.83 0.99 0.99
385_D 403_K 2.83 0.99 0.99
269_L 290_V 2.83 0.99 0.99
277_N 298_E 2.83 0.99 0.99
270_V 291_L 2.82 0.99 0.99
300_T 322_D 2.82 0.99 0.99
361_I 379_V 2.81 0.99 0.99
365_E 383_L 2.81 0.99 0.99
351_Y 369_W 2.80 0.99 0.99
47_K 58_R 2.79 0.99 0.99
281_R 302_K 2.79 0.99 0.99
350_L 368_L 2.79 0.99 0.98
398_Y 421_Y 2.78 0.99 0.98
242_M 246_M 2.78 0.99 0.98
312_K 334_I 2.77 0.99 0.98
72_I 81_F 2.77 0.99 0.98
235_S 239_I 2.75 0.99 0.98
333_E 351_V 2.75 0.99 0.98
95_N 101_Y 2.72 0.99 0.98
409_F 432_L 2.72 0.99 0.98
171_L 176_D 2.72 0.99 0.98
292_M 313_P 2.71 0.99 0.98
338_K 356_D 2.71 0.99 0.98
50_Q 61_L 2.70 0.99 0.98
461_D 497_V 2.70 0.99 0.98
175_I 180_V 2.69 0.99 0.98
418_I 441_M 2.69 0.99 0.98
53_L 64_N 2.68 0.99 0.98
143_K 144_D 2.68 0.99 0.98
179_R 184_H 2.68 0.99 0.98
266_K 287_L 2.66 0.99 0.98
390_E 408_I 2.65 0.99 0.98
348_V 366_F 2.65 0.99 0.98
83_V 92_Q 2.64 0.99 0.98
313_F 335_S 2.63 0.99 0.98
371_V 389_P 2.62 0.99 0.98
394_S 417_N 2.62 0.99 0.98
450_F 486_Y 2.60 0.99 0.97
396_L 419_T 2.60 0.99 0.97
404_Y 427_W 2.59 0.98 0.97
214_A 217_V 2.59 0.98 0.97
302_T 324_T 2.58 0.98 0.97
105_A 107_R 2.56 0.98 0.97
42_C 53_E 2.55 0.98 0.97
109_M 111_S 2.55 0.98 0.97
436_R 473_F 2.55 0.98 0.97
79_S 88_V 2.55 0.98 0.97
193_H 197_D 2.54 0.98 0.97
465_N 501_L 2.54 0.98 0.97
76_I 85_M 2.54 0.98 0.97
134_E 136_N 2.54 0.98 0.97
75_M 84_T 2.53 0.98 0.97
203_V 207_F 2.52 0.98 0.97
395_T 418_A 2.52 0.98 0.97
198_A 202_G 2.52 0.98 0.97
44_I 55_N 2.52 0.98 0.97
473_Q 509_R 2.51 0.98 0.97
202_W 206_Y 2.51 0.98 0.97
387_T 405_V 2.50 0.98 0.97
374_T 392_I 2.49 0.98 0.96
339_Y 357_S 2.49 0.98 0.96
325_I 343_L 2.49 0.98 0.96
147_V 148_V 2.48 0.98 0.96
261_L 282_D 2.47 0.98 0.96
184_R 189_V 2.47 0.98 0.96
391_M 409_L 2.46 0.98 0.96
322_E 340_P 2.44 0.98 0.96
194_I 198_N 2.44 0.98 0.96
215_S 218_G 2.44 0.98 0.96
419_G 442_I 2.44 0.97 0.96
122_F 124_F 2.43 0.97 0.96
279_I 300_T 2.43 0.97 0.96
471_K 507_E 2.41 0.97 0.95
247_V 251_S 2.41 0.97 0.95
61_Y 71_P 2.40 0.97 0.95
262_T 283_A 2.39 0.97 0.95
153_I 154_A 2.39 0.97 0.95
256_I 277_Q 2.38 0.97 0.95
466_N 502_E 2.38 0.97 0.95
207_R 211_S 2.37 0.97 0.95
55_T 65_P 2.37 0.97 0.95
362_G 380_K 2.37 0.97 0.95
251_S 272_A 2.36 0.97 0.95
386_R 404_A 2.34 0.97 0.94
264_K 285_N 2.33 0.97 0.94
152_P 153_M 2.33 0.97 0.94
276_M 297_L 2.33 0.96 0.94
260_E 281_K 2.32 0.96 0.94
234_S 238_V 2.31 0.96 0.94
229_G 233_L 2.30 0.96 0.94
397_L 420_V 2.30 0.96 0.94
445_G 481_S 2.29 0.96 0.94
245_R 249_G 2.29 0.96 0.94
255_S 276_T 2.29 0.96 0.94
228_I 231_T 2.29 0.96 0.94
360_V 378_L 2.27 0.96 0.93
132_I 134_L 2.27 0.96 0.93
283_M 304_V 2.25 0.96 0.93
346_K 364_K 2.25 0.96 0.93
392_G 410_A 2.25 0.95 0.93
372_V 390_V 2.24 0.95 0.93
453_F 489_A 2.23 0.95 0.92
216_T 219_S 2.23 0.95 0.92
373_G 391_H 2.21 0.95 0.92
314_D 337_Q 2.21 0.95 0.92
413_I 436_D 2.21 0.95 0.92
329_K 347_R 2.21 0.95 0.92
195_A 199_M 2.20 0.95 0.92
403_G 426_L 2.19 0.95 0.92
406_F 429_L 2.19 0.95 0.91
448_H 484_L 2.18 0.94 0.91
40_K 51_Y 2.18 0.94 0.91
177_P 182_F 2.17 0.94 0.91
226_Y 229_F 2.16 0.94 0.91
210_D 216_V 2.16 0.94 0.90
267_L 288_N 2.16 0.94 0.90
127_K 129_N 2.13 0.94 0.90
366_D 384_E 2.12 0.93 0.89
96_Y 102_F 2.12 0.93 0.89
73_K 82_E 2.12 0.93 0.89
46_N 57_Q 2.12 0.93 0.89
367_L 385_L 2.12 0.93 0.89
97_Y 103_N 2.11 0.93 0.89
41_K 52_Q 2.10 0.93 0.89
426_F 449_F 2.10 0.93 0.89
60_A 70_Q 2.10 0.93 0.89
204_L 208_T 2.08 0.93 0.88
106_F 108_E 2.06 0.92 0.87
107_V 109_P 2.06 0.92 0.87
415_P 438_P 2.05 0.92 0.87
174_T 179_P 2.03 0.91 0.86
237_I 241_R 2.03 0.91 0.86
307_R 329_M 2.02 0.91 0.85
43_I 54_L 2.01 0.91 0.85
68_V 77_C 2.00 0.91 0.85
187_S 191_S 2.00 0.91 0.85
455_I 491_Q 2.00 0.90 0.85
399_D 422_I 2.00 0.90 0.85
328_Y 346_E 1.99 0.90 0.84
223_I 226_V 1.96 0.89 0.83
301_K 323_W 1.96 0.89 0.83
432_G 469_G 1.95 0.89 0.82
186_V 191_S 1.95 0.89 0.82
87_Q 96_A 1.94 0.88 0.82
219_D 222_K 1.93 0.88 0.81
377_E 395_H 1.93 0.88 0.81
156_I 157_I 1.92 0.88 0.81
427_I 450_I 1.92 0.88 0.81
416_D 439_D 1.90 0.87 0.80
376_Y 394_C 1.90 0.87 0.80
278_Y 299_K 1.89 0.87 0.79
208_D 212_M 1.89 0.87 0.79
206_K 210_K 1.89 0.87 0.79
190_L 194_T 1.87 0.86 0.78
459_D 495_T 1.85 0.85 0.77
401_V 424_K 1.84 0.85 0.76
407_E 430_R 1.84 0.85 0.76
402_T 425_D 1.83 0.84 0.76
456_F 492_I 1.82 0.84 0.75
189_S 193_V 1.82 0.84 0.75
164_S 165_I 1.81 0.83 0.74
383_D 401_W 1.80 0.83 0.73
363_A 381_F 1.77 0.82 0.71
181_E 186_P 1.77 0.82 0.71
429_Q 452_R 1.77 0.81 0.71
124_G 126_G 1.77 0.81 0.71
444_S 480_R 1.76 0.81 0.70
265_V 286_A 1.76 0.81 0.70
112_T 114_S 1.74 0.80 0.69
297_F 319_M 1.74 0.80 0.69
343_L 361_L 1.74 0.80 0.69
294_Y 315_L 1.74 0.80 0.68
92_G 98_F 1.74 0.80 0.68
434_P 471_P 1.71 0.78 0.66
438_M 475_R 1.71 0.78 0.66
380_H 398_N 1.70 0.78 0.66
268_N 289_T 1.70 0.78 0.65
349_M 367_A 1.70 0.78 0.65
84_G 93_G 1.70 0.78 0.65
310_A 332_S 1.69 0.77 0.64
275_S 296_H 1.68 0.76 0.64
431_M 468_I 1.68 0.76 0.63
111_F 113_V 1.67 0.76 0.63
86_G 95_V 1.67 0.76 0.63
400_D 423_G 1.67 0.76 0.63
178_V 183_A 1.67 0.76 0.63
119_D 121_A 1.64 0.74 0.60
405_E 428_H 1.64 0.74 0.60
293_E 314_K 1.63 0.73 0.59
364_Y 382_L 1.61 0.72 0.58
108_T 110_V 1.60 0.72 0.57
64_S 74_A 1.60 0.72 0.56
81_G 90_G 1.57 0.70 0.54
274_R 295_W 1.57 0.70 0.54
65_K 75_V 1.55 0.68 0.51
457_A 493_L 1.52 0.66 0.49
447_Y 483_T 1.50 0.65 0.47
56_I 66_A 1.50 0.64 0.47
144_G 145_M 1.50 0.64 0.46
357_P 375_V 1.48 0.63 0.45
45_S 56_F 1.47 0.62 0.43
49_S 60_A 1.47 0.62 0.43
273_Y 294_P 1.46 0.61 0.42
88_Y 97_Y 1.45 0.60 0.41
167_K 168_S 1.44 0.60 0.41
425_K 448_K 1.44 0.59 0.40
125_D 127_Q 1.43 0.59 0.40
428_F 451_Q 1.42 0.58 0.39
37_T 48_T 1.41 0.57 0.37
280_S 301_K 1.38 0.55 0.35
420_S 443_G 1.38 0.55 0.35
39_S 50_E 1.37 0.54 0.34
379_A 397_G 1.35 0.52 0.32
117_E 119_E 1.34 0.51 0.31
327_K 245_E 1.34 0.51 0.31
375_G 393_L 1.33 0.51 0.30
154_G 155_E 1.32 0.50 0.29
196_N 200_F 1.32 0.50 0.29
231_D 235_N 1.31 0.49 0.28
142_N 143_P 1.30 0.48 0.28
238_L 242_M 1.28 0.47 0.26
221_A 224_N 1.28 0.47 0.26
442_D 478_L 1.28 0.47 0.26
241_E 345_K 1.28 0.46 0.26
384_Y 402_K 1.25 0.44 0.24
263_P 284_P 1.24 0.43 0.23
114_D 116_S 1.22 0.42 0.21
99_G 105_H 1.22 0.41 0.21
296_F 318_P 1.21 0.41 0.20
94_R 100_S 1.20 0.40 0.20
424_E 447_G 1.19 0.39 0.19
113_S 115_D 1.19 0.39 0.19
253_D 274_G 1.16 0.37 0.17
355_L 373_D 1.16 0.37 0.17
67_V 76_L 1.15 0.36 0.17
51_P 62_T 1.15 0.36 0.16
70_G 79_L 1.14 0.35 0.16
306_L 328_L 1.14 0.35 0.15
58_G 68_A 1.14 0.35 0.15
271_H 292_L 1.13 0.34 0.15
449_G 485_G 1.11 0.33 0.14
307_R 340_P 1.09 0.32 0.13
159_D 160_D 1.09 0.32 0.13
158_D 159_D 1.08 0.31 0.13
437_Q 474_D 1.08 0.31 0.12
35_A 46_T 1.07 0.30 0.12
110_N 112_C 1.06 0.30 0.12
98_I 104_R 1.06 0.30 0.12
469_W 505_D 1.06 0.30 0.12
461_D 360_W 1.06 0.29 0.11
205_G 209_L 1.05 0.29 0.11
192_H 196_W 1.04 0.28 0.10
435_F 472_I 1.04 0.28 0.10
38_Q 49_K 1.03 0.28 0.10
233_W 237_R 1.02 0.27 0.10
342_R 497_V 1.02 0.27 0.10
352_I 370_G 1.00 0.26 0.09
322_E 329_M 1.00 0.26 0.09
359_H 377_G 0.98 0.24 0.08
62_A 72_L 0.96 0.23 0.07
422_I 445_S 0.95 0.23 0.07
183_F 188_F 0.95 0.23 0.07
441_W 477_H 0.93 0.21 0.07
146_S 147_A 0.90 0.20 0.06
354_G 372_P 0.86 0.18 0.05
32_N 43_F 0.86 0.18 0.04
358_R 376_M 0.85 0.17 0.04
36_V 47_T 0.83 0.17 0.04
295_N 316_N 0.83 0.17 0.04
164_S 148_V 0.82 0.16 0.04
147_V 165_I 0.81 0.15 0.04
378_F 396_N 0.80 0.15 0.03
331_E 346_E 0.79 0.14 0.03
443_Y 479_H 0.77 0.14 0.03
345_G 363_G 0.77 0.14 0.03
450_F 325_D 0.76 0.14 0.03
188_Q 192_H 0.76 0.13 0.03
169_A 343_L 0.74 0.13 0.02
328_Y 349_R 0.73 0.12 0.02
439_H 476_H 0.73 0.12 0.02
230_G 234_G 0.73 0.12 0.02
423_K 446_Y 0.72 0.12 0.02
303_I 486_Y 0.72 0.12 0.02
461_D 501_L 0.70 0.11 0.02
31_V 42_V 0.69 0.11 0.02
57_R 67_K 0.66 0.10 0.01
82_P 91_S 0.65 0.10 0.01
205_G 284_P 0.65 0.10 0.01
355_L 372_P 0.64 0.09 0.01
467_P 503_R 0.63 0.09 0.01
465_N 497_V 0.62 0.09 0.01
77_H 86_P 0.62 0.09 0.01
147_V 182_F 0.62 0.09 0.01
115_F 229_F 0.62 0.09 0.01
165_K 223_I 0.61 0.09 0.01
34_P 45_W 0.61 0.09 0.01
356_R 374_F 0.61 0.09 0.01
375_G 442_I 0.61 0.09 0.01
33_D 44_Q 0.61 0.09 0.01
376_Y 405_V 0.60 0.09 0.01
226_Y 117_M 0.60 0.08 0.01
158_D 126_G 0.60 0.08 0.01
209_E 215_K 0.60 0.08 0.01
233_W 234_G 0.59 0.08 0.01
69_W 78_A 0.59 0.08 0.01
368_G 386_G 0.59 0.08 0.01
371_V 390_V 0.59 0.08 0.01
137_T 176_D 0.58 0.08 0.01
421_G 444_N 0.58 0.08 0.01
184_R 186_P 0.58 0.08 0.01
247_V 225_I 0.58 0.08 0.01
267_L 334_I 0.58 0.08 0.01
309_I 243_L 0.57 0.08 0.01
387_T 394_C 0.57 0.08 0.01
143_K 229_F 0.57 0.08 0.01
200_R 307_T 0.57 0.08 0.01
284_E 139_A 0.56 0.07 0.01
149_S 161_L 0.56 0.07 0.01
90_R 321_L 0.56 0.07 0.01
369_M 473_F 0.56 0.07 0.01
417_L 305_E 0.55 0.07 0.01
219_D 219_S 0.55 0.07 0.01
98_I 516_Y 0.55 0.07 0.01
366_D 354_M 0.55 0.07 0.01
305_S 243_L 0.55 0.07 0.01
256_I 301_K 0.55 0.07 0.01
233_W 386_G 0.54 0.07 0.01
447_Y 475_R 0.54 0.07 0.01
239_L 331_V 0.54 0.07 0.01
369_M 366_F 0.54 0.07 0.01
269_L 313_P 0.54 0.07 0.01
298_G 320_G 0.53 0.07 0.01
248_A 279_E 0.53 0.07 0.01
419_G 382_L 0.53 0.07 0.01
181_E 189_V 0.53 0.07 0.01
100_T 276_T 0.53 0.07 0.01
255_S 106_F 0.53 0.07 0.01
165_K 380_K 0.53 0.07 0.01
241_E 406_D 0.53 0.07 0.01
454_A 350_L 0.53 0.07 0.01
216_T 222_K 0.53 0.07 0.01
313_F 334_I 0.53 0.07 0.01
78_I 137_C 0.52 0.07 0.01
323_E 287_L 0.52 0.07 0.01
34_P 49_K 0.52 0.07 0.01
77_H 386_G 0.52 0.07 0.01
218_Y 287_L 0.52 0.07 0.01
185_G 190_G 0.52 0.07 0.01
67_V 123_V 0.52 0.07 0.01
290_P 224_N 0.52 0.07 0.01
213_F 216_V 0.52 0.07 0.01
401_V 447_G 0.51 0.06 0.01
71_P 80_G 0.51 0.06 0.01
267_L 290_V 0.51 0.06 0.01
225_D 177_E 0.51 0.06 0.01
382_D 404_A 0.51 0.06 0.01
286_K 204_A 0.51 0.06 0.01
317_I 486_Y 0.51 0.06 0.01
253_D 163_A 0.51 0.06 0.01
251_S 312_V 0.51 0.06 0.01
348_V 387_C 0.51 0.06 0.01
93_R 99_R 0.51 0.06 0.01
228_I 442_I 0.51 0.06 0.01
148_Q 149_S 0.51 0.06 0.01
120_I 92_Q 0.51 0.06 0.01
405_E 157_I 0.51 0.06 0.01
224_G 227_P 0.51 0.06 0.01
418_I 389_P 0.51 0.06 0.01
126_K 246_M 0.50 0.06 0.01
367_L 225_I 0.50 0.06 0.01
169_A 407_A 0.50 0.06 0.01
58_G 191_S 0.50 0.06 0.01
227_N 230_E 0.50 0.06 0.01
430_K 453_D 0.50 0.06 0.01
464_L 440_F 0.50 0.06 0.01
35_A 50_E 0.49 0.06 0.01
265_V 224_N 0.49 0.06 0.01
336_V 384_E 0.49 0.06 0.01
442_D 71_P 0.49 0.06 0.01
94_R 233_L 0.49 0.06 0.01
256_I 315_L 0.49 0.06 0.01
306_L 119_E 0.49 0.06 0.01
164_S 518_H 0.49 0.06 0.01
209_E 212_M 0.49 0.06 0.01
357_P 492_I 0.49 0.06 0.01
78_I 113_V 0.49 0.06 0.01
254_G 134_L 0.49 0.06 0.01
222_I 493_L 0.49 0.06 0.01
216_T 218_G 0.48 0.06 0.01
233_W 274_G 0.48 0.06 0.01
422_I 370_G 0.48 0.06 0.01
220_V 408_I 0.48 0.06 0.01
253_D 237_R 0.48 0.06 0.01
226_Y 144_D 0.48 0.06 0.01
36_V 50_E 0.48 0.06 0.01
262_T 102_F 0.48 0.06 0.01
75_M 181_P 0.48 0.06 0.01
223_I 380_K 0.48 0.06 0.01
291_W 84_T 0.48 0.06 0.01
122_F 224_N 0.48 0.06 0.01
11_Q 269_R 0.48 0.06 0.01
144_G 277_Q 0.48 0.06 0.01
341_P 335_S 0.48 0.06 0.01
280_S 27_R 0.48 0.06 0.01
310_A 339_I 0.48 0.06 0.01
258_E 252_L 0.48 0.06 0.01
284_E 440_F 0.48 0.06 0.01
289_I 342_S 0.47 0.06 0.01
185_G 316_N 0.47 0.06 0.01
31_V 46_T 0.47 0.06 0.01
208_D 285_N 0.47 0.06 0.01
208_D 216_V 0.47 0.06 0.01
240_E 240_K 0.47 0.06 0.01
417_L 500_I 0.47 0.06 0.00
103_V 180_V 0.47 0.06 0.00
392_G 388_E 0.47 0.06 0.00
133_D 176_D 0.47 0.06 0.00
165_K 388_E 0.47 0.06 0.00
366_D 440_F 0.47 0.06 0.00
229_G 373_D 0.47 0.06 0.00
215_S 217_V 0.47 0.06 0.00
194_I 185_T 0.46 0.06 0.00
307_R 161_L 0.46 0.06 0.00
305_S 168_S 0.46 0.06 0.00
267_L 331_V 0.46 0.06 0.00
124_G 159_D 0.46 0.06 0.00
336_V 296_H 0.46 0.06 0.00
395_T 500_I 0.46 0.06 0.00
246_C 165_I 0.46 0.06 0.00
171_L 139_A 0.46 0.06 0.00
326_A 348_G 0.46 0.06 0.00
253_D 418_A 0.46 0.06 0.00
385_D 496_L 0.46 0.06 0.00
322_E 343_L 0.46 0.06 0.00
65_K 95_V 0.46 0.06 0.00
435_F 443_G 0.46 0.05 0.00
222_I 354_M 0.46 0.05 0.00
175_I 248_V 0.46 0.05 0.00
262_T 204_A 0.46 0.05 0.00
239_L 327_F 0.46 0.05 0.00
270_V 301_K 0.46 0.05 0.00
138_L 462_E 0.46 0.05 0.00
34_P 53_E 0.45 0.05 0.00
83_V 122_A 0.45 0.05 0.00
364_Y 145_M 0.45 0.05 0.00
205_G 208_T 0.45 0.05 0.00
456_F 375_V 0.45 0.05 0.00
264_K 212_M 0.45 0.05 0.00
157_G 158_G 0.45 0.05 0.00
167_K 375_V 0.45 0.05 0.00
242_M 128_Q 0.45 0.05 0.00
299_P 81_F 0.45 0.05 0.00
441_W 76_L 0.45 0.05 0.00
217_P 219_S 0.45 0.05 0.00
458_R 223_I 0.45 0.05 0.00
65_K 448_K 0.45 0.05 0.00
36_V 49_K 0.45 0.05 0.00
145_I 343_L 0.45 0.05 0.00
150_E 151_T 0.45 0.05 0.00
169_A 338_P 0.45 0.05 0.00
35_A 281_K 0.45 0.05 0.00
73_K 275_T 0.45 0.05 0.00
239_L 386_G 0.45 0.05 0.00
214_A 218_G 0.44 0.05 0.00
119_D 229_F 0.44 0.05 0.00
88_Y 93_G 0.44 0.05 0.00
72_I 280_M 0.44 0.05 0.00
220_V 95_V 0.44 0.05 0.00
167_K 134_L 0.44 0.05 0.00
189_S 191_S 0.44 0.05 0.00
108_T 446_Y 0.44 0.05 0.00
263_P 209_L 0.44 0.05 0.00
359_H 192_H 0.44 0.05 0.00
206_K 284_P 0.44 0.05 0.00
325_I 340_P 0.44 0.05 0.00
319_K 334_I 0.44 0.05 0.00
67_V 446_Y 0.44 0.05 0.00
228_I 432_L 0.44 0.05 0.00
220_V 166_N 0.44 0.05 0.00
307_R 74_A 0.44 0.05 0.00
78_I 500_I 0.44 0.05 0.00
71_P 99_R 0.44 0.05 0.00
270_V 520_L 0.43 0.05 0.00
229_G 100_S 0.43 0.05 0.00
292_M 288_N 0.43 0.05 0.00
88_Y 68_A 0.43 0.05 0.00
67_V 477_H 0.43 0.05 0.00
446_P 58_R 0.43 0.05 0.00
425_K 75_V 0.43 0.05 0.00
252_G 273_G 0.43 0.05 0.00
369_M 326_E 0.43 0.05 0.00
424_E 424_K 0.43 0.05 0.00
321_C 468_I 0.43 0.05 0.00
356_R 192_H 0.43 0.05 0.00
68_V 297_L 0.43 0.05 0.00
165_K 171_E 0.43 0.05 0.00
296_F 290_V 0.43 0.05 0.00
132_I 146_I 0.43 0.05 0.00
361_I 124_F 0.43 0.05 0.00
253_D 280_M 0.43 0.05 0.00
364_Y 424_K 0.43 0.05 0.00
275_S 354_M 0.43 0.05 0.00
433_I 330_K 0.43 0.05 0.00
292_M 315_L 0.43 0.05 0.00
439_H 478_L 0.43 0.05 0.00
86_G 75_V 0.43 0.05 0.00
116_Q 257_E 0.43 0.05 0.00
371_V 361_L 0.43 0.05 0.00
384_Y 97_Y 0.43 0.05 0.00
291_W 272_A 0.42 0.05 0.00
289_I 343_L 0.42 0.05 0.00
439_H 373_D 0.42 0.05 0.00
95_N 102_F 0.42 0.05 0.00
199_V 490_M 0.42 0.05 0.00
275_S 123_V 0.42 0.05 0.00
287_Y 307_T 0.42 0.05 0.00
259_I 490_M 0.42 0.05 0.00
458_R 365_R 0.42 0.05 0.00
370_E 410_A 0.42 0.05 0.00
379_A 114_S 0.42 0.05 0.00
175_I 179_P 0.42 0.05 0.00
400_D 395_H 0.42 0.05 0.00
59_C 69_C 0.42 0.05 0.00
253_D 386_G 0.42 0.05 0.00
158_D 240_K 0.42 0.05 0.00
437_Q 192_H 0.42 0.05 0.00
112_T 397_G 0.42 0.05 0.00
261_L 281_K 0.42 0.05 0.00
72_I 386_G 0.42 0.05 0.00
439_H 76_L 0.42 0.05 0.00
135_V 87_Y 0.42 0.05 0.00
351_Y 224_N 0.42 0.05 0.00
436_R 387_C 0.42 0.05 0.00
277_N 482_T 0.42 0.05 0.00
68_V 229_F 0.42 0.05 0.00
91_A 110_V 0.42 0.05 0.00
194_I 186_P 0.41 0.05 0.00
203_V 209_L 0.41 0.05 0.00
133_D 365_R 0.41 0.05 0.00
254_G 234_G 0.41 0.05 0.00
74_D 83_K 0.41 0.05 0.00
206_K 209_L 0.41 0.05 0.00
117_E 136_N 0.41 0.05 0.00
379_A 290_V 0.41 0.05 0.00
145_I 138_K 0.41 0.05 0.00
220_V 141_Y 0.41 0.05 0.00
84_G 97_Y 0.41 0.05 0.00
340_R 102_F 0.41 0.05 0.00
292_M 433_V 0.41 0.05 0.00
166_V 344_T 0.41 0.05 0.00
382_D 399_K 0.41 0.05 0.00
209_E 285_N 0.41 0.05 0.00
433_I 239_I 0.41 0.05 0.00
367_L 405_V 0.41 0.05 0.00
415_P 448_K 0.41 0.05 0.00
378_F 192_H 0.41 0.05 0.00
353_G 371_D 0.41 0.05 0.00
228_I 373_D 0.41 0.05 0.00
103_V 253_L 0.41 0.05 0.00
201_D 405_V 0.41 0.05 0.00
165_K 344_T 0.41 0.05 0.00
344_E 161_L 0.41 0.05 0.00
270_V 204_A 0.41 0.05 0.00
350_L 223_I 0.41 0.05 0.00
187_S 133_G 0.41 0.05 0.00
420_S 472_I 0.41 0.05 0.00
171_L 171_E 0.41 0.05 0.00
132_I 148_V 0.41 0.05 0.00
209_E 210_K 0.41 0.05 0.00
270_V 380_K 0.41 0.05 0.00
160_I 146_I 0.41 0.05 0.00
260_E 262_T 0.41 0.05 0.00
147_V 162_N 0.40 0.05 0.00
450_F 387_C 0.40 0.05 0.00
284_E 224_N 0.40 0.05 0.00
222_I 304_V 0.40 0.05 0.00
192_H 373_D 0.40 0.05 0.00
347_R 306_G 0.40 0.05 0.00
51_P 471_P 0.40 0.05 0.00
171_L 135_Q 0.40 0.04 0.00
132_I 74_A 0.40 0.04 0.00
55_T 116_S 0.40 0.04 0.00
73_K 476_H 0.40 0.04 0.00
140_P 141_Y 0.40 0.04 0.00
139_F 223_I 0.40 0.04 0.00
92_G 521_V 0.40 0.04 0.00
379_A 247_G 0.40 0.04 0.00
238_L 268_F 0.40 0.04 0.00
292_M 279_E 0.40 0.04 0.00
344_E 321_L 0.40 0.04 0.00
67_V 77_C 0.40 0.04 0.00
436_R 87_Y 0.40 0.04 0.00
141_L 142_K 0.40 0.04 0.00
272_C 293_Q 0.40 0.04 0.00
19_E 414_Y 0.40 0.04 0.00
253_D 234_G 0.40 0.04 0.00
245_R 219_S 0.40 0.04 0.00
217_P 408_I 0.40 0.04 0.00
263_P 210_K 0.40 0.04 0.00
113_S 293_Q 0.40 0.04 0.00
122_F 120_D 0.40 0.04 0.00
49_S 477_H 0.40 0.04 0.00
414_K 471_P 0.40 0.04 0.00
438_M 373_D 0.40 0.04 0.00
115_F 181_P 0.40 0.04 0.00
8_S 21_D 0.40 0.04 0.00
259_I 385_L 0.40 0.04 0.00
387_T 408_I 0.40 0.04 0.00
294_Y 288_N 0.40 0.04 0.00
284_E 362_H 0.40 0.04 0.00
94_R 192_H 0.40 0.04 0.00
287_Y 380_K 0.40 0.04 0.00
227_N 99_R 0.39 0.04 0.00
320_K 170_K 0.39 0.04 0.00
122_F 189_V 0.39 0.04 0.00
96_Y 440_F 0.39 0.04 0.00
267_L 248_V 0.39 0.04 0.00
231_D 438_P 0.39 0.04 0.00
419_G 495_T 0.39 0.04 0.00
379_A 463_V 0.39 0.04 0.00
350_L 283_A 0.39 0.04 0.00
417_L 225_I 0.39 0.04 0.00
383_D 179_P 0.39 0.04 0.00
239_L 168_S 0.39 0.04 0.00
435_F 442_I 0.39 0.04 0.00
304_E 330_K 0.39 0.04 0.00
32_N 203_I 0.39 0.04 0.00
171_L 388_E 0.39 0.04 0.00
186_V 382_L 0.39 0.04 0.00
216_T 249_G 0.39 0.04 0.00
199_V 244_S 0.39 0.04 0.00
68_V 76_L 0.39 0.04 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence A, there is a high ratio (0.64 > 0.4) of paralogs.
  • For sequence B, there is a high ratio (0.83 > 0.4) of paralogs.
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
3726 0 Av1alpha-Av1beta_48 Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3725 0 Av1alpha-Av1beta_47 Δgene:(1, 100) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3724 0 Av1alpha-Av1beta_46 Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3723 2.29 Av1alpha-Av1beta_45 Δgene:(0, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
3722 2.29 Av1alpha-Av1beta_44 Δgene:(0, 100) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
3721 2.29 Av1alpha-Av1beta_43 Δgene:(0, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
3720 0 Av1alpha-Av1beta_42 Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3719 0 Av1alpha-Av1beta_41 Δgene:(1, 100) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3718 0 Av1alpha-Av1beta_40 Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3717 2.3 Av1alpha-Av1beta_39 Δgene:(0, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
3716 2.3 Av1alpha-Av1beta_38 Δgene:(0, 100) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
3715 2.3 Av1alpha-Av1beta_37 Δgene:(0, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
3714 0 Av1alpha-Av1beta_36 Δgene:(1, ∞) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3713 0 Av1alpha-Av1beta_35 Δgene:(1, 100) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3712 0 Av1alpha-Av1beta_34 Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3711 2.25 Av1alpha-Av1beta_33 Δgene:(0, ∞) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
3710 2.25 Av1alpha-Av1beta_32 Δgene:(0, 100) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
3709 2.25 Av1alpha-Av1beta_31 Δgene:(0, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
3708 0 Av1alpha-Av1beta_30 Δgene:(1, ∞) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3707 0 Av1alpha-Av1beta_29 Δgene:(1, 100) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3706 0 Av1alpha-Av1beta_28 Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3705 2.31 Av1alpha-Av1beta_27 Δgene:(0, ∞) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
3704 2.31 Av1alpha-Av1beta_26 Δgene:(0, 100) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
3703 2.31 Av1alpha-Av1beta_25 Δgene:(0, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
3702 0 Av1alpha-Av1beta_24 Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3701 0 Av1alpha-Av1beta_23 Δgene:(1, 100) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3700 0 Av1alpha-Av1beta_22 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
3699 2.28 Av1alpha-Av1beta_21 Δgene:(0, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
3698 2.28 Av1alpha-Av1beta Δgene:(0, 100) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
3696 0 Av1alpha-Av1beta_18 Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed
3695 0 Av1alpha-Av1beta_17 Δgene:(1, 100) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed
3693 0 Av1alpha-Av1beta_16 Δgene:(1, 20) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed
3692 1.98 Av1alpha-Av1beta_14 Δgene:(0, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done
3691 1.98 Av1alpha-Av1beta_14 Δgene:(0, 100) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done
3690 1.98 Av1alpha-Av1beta_13 Δgene:(0, 20) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done
3654 0 Av1alpha-Av1beta_12 Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed
3653 0 Av1alpha-Av1beta_11 Δgene:(1, 100) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed
3652 0 Av1alpha-Av1beta_10 Δgene:(1, 20) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed
3651 1.6 Av1alpha-Av1beta_9 Δgene:(0, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done
3650 1.6 Av1alpha-Av1beta_8 Δgene:(0, 100) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done
3649 1.6 Av1alpha-Av1beta_7 Δgene:(0, 20) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done
3648 0.3 Av1alpha-Av1beta_6 Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done
3647 0.3 Av1alpha-Av1beta_5 Δgene:(1, 100) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done
3646 0.3 Av1alpha-Av1beta_4 Δgene:(1, 20) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done
3645 0.65 Av1alpha-Av1beta_3 Δgene:(0, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done
3644 0.65 Av1alpha-Av1beta_2 Δgene:(0, 100) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done
3643 0.65 Av1alpha-Av1beta_1 Δgene:(0, 20) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
3642 2.28 Av1alpha-Av1beta Δgene:(0, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
Page generated in 0.2256 seconds.