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OPENSEQ.org
HxI
Genes: A B A+B
Length: 276 461 682
Sequences: 457 5981 347
Seq/Len: 1.66 12.97 0.51
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.55
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.22 0.45
2 0.00 0.48 0.46
5 0.00 0.50 0.46
10 0.00 0.52 0.46
20 0.00 0.53 0.46
100 0.00 0.56 0.47
∞ 0.00 0.58 0.51
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
216_L 349_I 1.50 0.57 0.00
61_Q 175_M 1.48 0.56 0.00
219_N 275_T 1.36 0.46 0.00
258_I 393_K 1.35 0.45 0.00
173_L 217_I 1.34 0.45 0.00
181_A 15_L 1.32 0.43 0.00
196_I 65_Q 1.31 0.42 0.00
265_R 181_N 1.30 0.42 0.00
185_I 211_L 1.29 0.41 0.00
226_L 103_V 1.28 0.40 0.00
110_F 342_G 1.26 0.39 0.00
188_E 323_Q 1.25 0.38 0.00
195_K 277_K 1.25 0.38 0.00
148_Y 30_I 1.24 0.37 0.00
249_V 174_L 1.23 0.36 0.00
251_I 190_A 1.22 0.35 0.00
256_G 129_P 1.20 0.34 0.00
115_N 186_I 1.20 0.34 0.00
257_N 396_D 1.18 0.33 0.00
145_K 353_A 1.16 0.32 0.00
148_Y 321_A 1.15 0.31 0.00
117_E 335_S 1.15 0.31 0.00
241_D 22_I 1.12 0.29 0.00
200_L 294_T 1.11 0.28 0.00
251_I 300_K 1.11 0.28 0.00
265_R 35_L 1.10 0.28 0.00
183_E 181_N 1.09 0.27 0.00
261_N 275_T 1.09 0.27 0.00
176_T 326_S 1.08 0.26 0.00
230_F 356_V 1.08 0.26 0.00
113_R 362_S 1.07 0.26 0.00
269_I 141_V 1.07 0.26 0.00
259_E 152_L 1.07 0.26 0.00
185_I 270_L 1.05 0.25 0.00
184_V 107_F 1.05 0.25 0.00
181_A 260_A 1.05 0.25 0.00
241_D 232_A 1.05 0.25 0.00
173_L 215_V 1.05 0.24 0.00
223_Y 175_M 1.04 0.24 0.00
216_L 305_A 1.04 0.24 0.00
270_K 305_A 1.04 0.24 0.00
248_S 358_S 1.03 0.24 0.00
258_I 280_P 1.03 0.23 0.00
186_L 213_D 1.02 0.23 0.00
238_I 134_K 1.02 0.23 0.00
268_K 284_L 1.01 0.22 0.00
196_I 77_G 1.01 0.22 0.00
88_K 245_Q 1.01 0.22 0.00
214_I 32_I 1.00 0.22 0.00
256_G 350_Q 1.00 0.22 0.00
249_V 32_I 0.99 0.21 0.00
256_G 312_D 0.99 0.21 0.00
200_L 227_M 0.99 0.21 0.00
177_A 29_S 0.98 0.21 0.00
261_N 277_K 0.98 0.21 0.00
122_K 349_I 0.97 0.20 0.00
99_L 348_N 0.97 0.20 0.00
248_S 192_I 0.97 0.20 0.00
138_Q 344_Y 0.97 0.20 0.00
258_I 377_S 0.97 0.20 0.00
142_S 146_V 0.97 0.20 0.00
265_R 131_D 0.97 0.20 0.00
166_I 178_I 0.96 0.20 0.00
264_S 142_F 0.95 0.20 0.00
212_S 353_A 0.95 0.20 0.00
182_K 409_M 0.95 0.19 0.00
78_Q 223_D 0.95 0.19 0.00
208_L 234_C 0.94 0.19 0.00
164_N 113_G 0.94 0.19 0.00
137_F 161_L 0.94 0.19 0.00
125_F 422_E 0.94 0.19 0.00
269_I 46_V 0.94 0.19 0.00
119_E 363_P 0.94 0.19 0.00
173_L 373_K 0.93 0.18 0.00
176_T 243_K 0.93 0.18 0.00
187_K 72_F 0.93 0.18 0.00
209_K 178_I 0.92 0.18 0.00
266_L 366_K 0.92 0.18 0.00
72_T 112_D 0.92 0.18 0.00
168_K 192_I 0.92 0.18 0.00
266_L 90_G 0.91 0.18 0.00
222_D 176_G 0.91 0.18 0.00
260_S 218_V 0.91 0.17 0.00
209_K 280_P 0.91 0.17 0.00
189_L 66_F 0.91 0.17 0.00
83_E 424_N 0.90 0.17 0.00
241_D 147_K 0.90 0.17 0.00
244_I 83_R 0.90 0.17 0.00
114_L 86_I 0.90 0.17 0.00
169_N 344_Y 0.90 0.17 0.00
273_V 285_S 0.90 0.17 0.00
99_L 433_I 0.89 0.17 0.00
252_I 79_K 0.89 0.17 0.00
265_R 236_M 0.89 0.17 0.00
124_K 417_P 0.89 0.17 0.00
243_A 380_K 0.89 0.17 0.00
166_I 82_D 0.89 0.17 0.00
119_E 266_I 0.88 0.16 0.00
158_A 41_D 0.88 0.16 0.00
184_V 217_I 0.88 0.16 0.00
104_E 395_S 0.88 0.16 0.00
208_L 17_A 0.87 0.16 0.00
96_I 401_E 0.87 0.16 0.00
115_N 63_K 0.87 0.16 0.00
261_N 24_K 0.87 0.16 0.00
205_I 129_P 0.87 0.16 0.00
180_I 320_I 0.87 0.16 0.00
269_I 289_Q 0.87 0.16 0.00
185_I 316_M 0.86 0.15 0.00
101_M 134_K 0.86 0.15 0.00
222_D 102_R 0.86 0.15 0.00
126_T 364_E 0.86 0.15 0.00
201_A 250_L 0.86 0.15 0.00
165_F 157_V 0.86 0.15 0.00
256_G 232_A 0.85 0.15 0.00
187_K 396_D 0.85 0.15 0.00
249_V 44_K 0.85 0.15 0.00
148_Y 201_E 0.85 0.15 0.00
217_K 373_K 0.85 0.15 0.00
96_I 344_Y 0.85 0.15 0.00
240_L 77_G 0.85 0.15 0.00
214_I 260_A 0.85 0.15 0.00
182_K 318_D 0.85 0.15 0.00
183_E 185_P 0.84 0.15 0.00
199_A 186_I 0.84 0.15 0.00
244_I 30_I 0.84 0.15 0.00
240_L 67_S 0.84 0.15 0.00
249_V 14_N 0.84 0.15 0.00
158_A 266_I 0.84 0.15 0.00
193_S 269_A 0.84 0.14 0.00
184_V 180_K 0.84 0.14 0.00
246_K 86_I 0.84 0.14 0.00
159_C 312_D 0.84 0.14 0.00
247_G 77_G 0.83 0.14 0.00
214_I 96_S 0.83 0.14 0.00
273_V 252_I 0.83 0.14 0.00
177_A 127_R 0.83 0.14 0.00
159_C 277_K 0.83 0.14 0.00
261_N 256_V 0.83 0.14 0.00
79_P 430_L 0.83 0.14 0.00
237_K 147_K 0.83 0.14 0.00
219_N 360_I 0.83 0.14 0.00
246_K 275_T 0.83 0.14 0.00
121_A 125_I 0.82 0.14 0.00
244_I 283_V 0.82 0.14 0.00
253_S 57_A 0.82 0.14 0.00
161_N 377_S 0.82 0.14 0.00
217_K 392_Q 0.82 0.14 0.00
265_R 291_M 0.82 0.14 0.00
266_L 326_S 0.82 0.14 0.00
84_D 142_F 0.82 0.14 0.00
103_I 348_N 0.82 0.14 0.00
215_E 396_D 0.82 0.14 0.00
190_E 396_D 0.82 0.14 0.00
266_L 161_L 0.81 0.14 0.00
246_K 383_E 0.81 0.14 0.00
172_E 77_G 0.81 0.14 0.00
256_G 284_L 0.81 0.13 0.00
214_I 25_I 0.81 0.13 0.00
108_N 117_I 0.81 0.13 0.00
57_V 349_I 0.81 0.13 0.00
219_N 277_K 0.81 0.13 0.00
262_L 280_P 0.81 0.13 0.00
269_I 350_Q 0.81 0.13 0.00
147_K 41_D 0.80 0.13 0.00
261_N 19_F 0.80 0.13 0.00
270_K 324_S 0.80 0.13 0.00
184_V 358_S 0.80 0.13 0.00
223_Y 65_Q 0.80 0.13 0.00
176_T 338_L 0.80 0.13 0.00
70_M 93_I 0.80 0.13 0.00
247_G 102_R 0.80 0.13 0.00
99_L 277_K 0.80 0.13 0.00
208_L 312_D 0.80 0.13 0.00
95_N 395_S 0.80 0.13 0.00
188_E 72_F 0.80 0.13 0.00
126_T 151_A 0.80 0.13 0.00
49_I 333_V 0.80 0.13 0.00
87_K 349_I 0.80 0.13 0.00
214_I 422_E 0.80 0.13 0.00
226_L 176_G 0.80 0.13 0.00
265_R 218_V 0.80 0.13 0.00
178_I 21_E 0.80 0.13 0.00
105_S 367_L 0.79 0.13 0.00
213_A 72_F 0.79 0.13 0.00
202_K 144_V 0.79 0.13 0.00
141_L 275_T 0.79 0.13 0.00
269_I 375_L 0.79 0.13 0.00
247_G 90_G 0.79 0.13 0.00
273_V 117_I 0.79 0.13 0.00
257_N 250_L 0.79 0.13 0.00
113_R 111_K 0.79 0.13 0.00
215_E 147_K 0.79 0.13 0.00
156_D 103_V 0.79 0.13 0.00
260_S 260_A 0.79 0.13 0.00
155_L 30_I 0.79 0.13 0.00
264_S 175_M 0.79 0.13 0.00
253_S 142_F 0.78 0.12 0.00
216_L 112_D 0.78 0.12 0.00
223_Y 297_E 0.78 0.12 0.00
222_D 405_K 0.78 0.12 0.00
258_I 80_I 0.78 0.12 0.00
110_F 289_Q 0.78 0.12 0.00
93_S 113_G 0.78 0.12 0.00
264_S 24_K 0.78 0.12 0.00
143_D 16_S 0.78 0.12 0.00
94_S 362_S 0.78 0.12 0.00
162_L 126_M 0.78 0.12 0.00
106_Q 77_G 0.78 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence B, there is a high ratio (0.56 > 0.4) of paralogs.
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