May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
BxR
Genes: A B A+B
Length: 362 255 599
Sequences: 1858 1848 1570
Seq/Len: 5.13 7.25 2.62
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 2.18
2 0.00 0.00 2.20
5 0.01 0.01 2.20
10 0.01 0.01 2.25
20 0.02 0.02 2.33
100 0.03 0.03 2.54
∞ 0.07 0.07 2.70
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
180_Q 186_F 2.86 1.00 1.00
184_L 190_G 2.23 1.00 0.99
158_A 198_I 1.54 0.95 0.90
31_D 16_M 1.20 0.80 0.68
320_L 67_F 1.17 0.78 0.65
191_L 194_L 1.14 0.75 0.61
123_L 202_L 1.11 0.72 0.59
19_D 101_A 1.11 0.72 0.58
188_A 197_V 1.08 0.69 0.55
84_I 126_I 1.03 0.64 0.49
232_M 42_K 1.02 0.63 0.48
121_P 37_I 1.00 0.60 0.45
119_I 80_M 0.98 0.58 0.43
104_L 197_V 0.98 0.58 0.43
36_V 188_I 0.97 0.57 0.42
132_L 35_N 0.96 0.56 0.41
156_T 148_L 0.95 0.55 0.40
272_A 227_L 0.95 0.55 0.40
293_D 19_L 0.94 0.53 0.38
327_N 96_A 0.92 0.51 0.36
225_I 69_V 0.92 0.51 0.36
180_Q 190_G 0.91 0.50 0.35
275_I 53_L 0.91 0.50 0.35
45_T 209_F 0.91 0.49 0.34
7_E 117_G 0.90 0.49 0.34
27_P 229_A 0.90 0.48 0.33
40_I 12_V 0.90 0.48 0.33
47_F 51_M 0.90 0.48 0.33
330_I 204_K 0.88 0.46 0.31
16_K 204_K 0.88 0.46 0.31
238_V 50_T 0.87 0.46 0.31
169_L 190_G 0.87 0.45 0.30
28_K 75_E 0.86 0.44 0.29
79_I 157_L 0.86 0.44 0.29
246_Q 141_H 0.86 0.44 0.29
212_F 25_L 0.86 0.44 0.29
330_I 139_D 0.86 0.43 0.29
122_N 206_M 0.86 0.43 0.29
271_Y 51_M 0.85 0.43 0.28
52_M 188_I 0.85 0.43 0.28
204_V 76_V 0.85 0.43 0.28
127_N 140_G 0.85 0.42 0.28
116_T 81_I 0.85 0.42 0.28
251_R 123_T 0.84 0.42 0.27
23_E 82_A 0.84 0.41 0.27
301_Q 199_F 0.84 0.41 0.27
53_G 90_F 0.83 0.41 0.26
125_K 24_G 0.83 0.41 0.26
141_I 229_A 0.83 0.41 0.26
177_M 150_H 0.83 0.40 0.26
343_G 113_D 0.83 0.40 0.26
125_K 225_V 0.83 0.40 0.26
313_N 75_E 0.83 0.40 0.25
154_V 157_L 0.82 0.40 0.25
4_E 44_T 0.82 0.39 0.25
200_L 165_N 0.82 0.39 0.25
341_V 37_I 0.82 0.39 0.25
95_V 19_L 0.82 0.39 0.25
224_E 153_G 0.82 0.39 0.25
34_A 201_L 0.81 0.38 0.24
13_T 189_L 0.81 0.38 0.24
243_R 188_I 0.80 0.37 0.23
278_D 223_G 0.80 0.37 0.23
188_A 193_L 0.80 0.37 0.23
12_P 116_S 0.80 0.36 0.23
90_I 227_L 0.80 0.36 0.22
92_A 77_I 0.79 0.36 0.22
310_V 66_S 0.79 0.36 0.22
235_D 131_A 0.79 0.36 0.22
332_R 92_I 0.79 0.36 0.22
308_V 16_M 0.79 0.36 0.22
348_T 200_G 0.79 0.36 0.22
196_I 24_G 0.79 0.36 0.22
13_T 58_R 0.79 0.35 0.22
148_I 238_F 0.79 0.35 0.22
265_I 182_F 0.79 0.35 0.22
31_D 192_S 0.78 0.35 0.21
39_I 234_M 0.78 0.35 0.21
154_V 121_P 0.78 0.35 0.21
262_D 216_Y 0.78 0.34 0.21
95_V 69_V 0.78 0.34 0.21
103_V 54_Y 0.78 0.34 0.21
213_Q 211_L 0.78 0.34 0.21
106_N 103_T 0.78 0.34 0.20
103_V 148_L 0.78 0.34 0.20
111_G 152_L 0.77 0.34 0.20
266_T 107_T 0.77 0.33 0.20
242_I 133_M 0.77 0.33 0.20
273_V 28_F 0.77 0.33 0.20
16_K 104_M 0.77 0.33 0.20
245_L 78_F 0.77 0.33 0.20
298_R 224_F 0.76 0.33 0.20
342_L 177_I 0.76 0.33 0.20
78_A 42_K 0.76 0.33 0.19
209_L 211_L 0.76 0.33 0.19
191_L 202_L 0.76 0.33 0.19
134_N 204_K 0.76 0.33 0.19
271_Y 170_L 0.76 0.33 0.19
119_I 204_K 0.76 0.33 0.19
125_K 230_I 0.76 0.33 0.19
275_I 42_K 0.76 0.32 0.19
109_Q 219_K 0.76 0.32 0.19
137_S 23_G 0.76 0.32 0.19
58_N 39_M 0.76 0.32 0.19
48_M 226_V 0.75 0.32 0.19
54_E 28_F 0.75 0.32 0.18
305_E 76_V 0.75 0.32 0.18
335_F 230_I 0.75 0.31 0.18
56_I 107_T 0.75 0.31 0.18
192_A 197_V 0.75 0.31 0.18
104_L 62_L 0.75 0.31 0.18
16_K 158_G 0.75 0.31 0.18
224_E 71_Q 0.74 0.31 0.18
337_A 223_G 0.74 0.31 0.18
219_R 204_K 0.74 0.31 0.18
284_A 220_I 0.74 0.31 0.18
96_L 144_M 0.74 0.31 0.18
330_I 69_V 0.74 0.31 0.18
214_Y 34_H 0.74 0.31 0.18
173_E 204_K 0.74 0.30 0.17
264_V 76_V 0.74 0.30 0.17
132_L 51_M 0.74 0.30 0.17
126_I 123_T 0.74 0.30 0.17
212_F 107_T 0.74 0.30 0.17
204_V 193_L 0.74 0.30 0.17
19_D 185_S 0.73 0.30 0.17
240_G 202_L 0.73 0.30 0.17
131_G 212_L 0.73 0.30 0.17
224_E 8_G 0.73 0.30 0.17
342_L 114_P 0.73 0.30 0.17
260_G 225_V 0.73 0.30 0.17
156_T 242_I 0.73 0.29 0.17
284_A 141_H 0.73 0.29 0.17
124_G 139_D 0.73 0.29 0.17
219_R 56_L 0.73 0.29 0.17
8_K 187_P 0.73 0.29 0.17
12_P 87_Q 0.73 0.29 0.16
160_I 42_K 0.73 0.29 0.16
111_G 114_P 0.73 0.29 0.16
341_V 177_I 0.72 0.29 0.16
37_T 107_T 0.72 0.29 0.16
149_L 140_G 0.72 0.29 0.16
298_R 112_L 0.72 0.29 0.16
88_L 168_H 0.72 0.29 0.16
132_L 56_L 0.72 0.29 0.16
87_V 145_L 0.72 0.29 0.16
262_D 193_L 0.72 0.29 0.16
97_S 85_M 0.72 0.28 0.16
39_I 120_M 0.72 0.28 0.16
340_E 199_F 0.72 0.28 0.16
144_S 20_A 0.72 0.28 0.16
100_I 61_S 0.72 0.28 0.16
60_Y 46_V 0.72 0.28 0.16
102_G 206_M 0.72 0.28 0.16
109_Q 75_E 0.71 0.28 0.16
129_L 136_L 0.71 0.28 0.15
321_Y 52_Y 0.71 0.28 0.15
7_E 125_Q 0.71 0.28 0.15
103_V 57_A 0.71 0.28 0.15
308_V 64_L 0.71 0.28 0.15
140_K 135_F 0.71 0.28 0.15
312_E 136_L 0.71 0.28 0.15
20_A 47_L 0.71 0.28 0.15
28_K 215_G 0.71 0.28 0.15
58_N 243_L 0.71 0.28 0.15
41_G 107_T 0.71 0.28 0.15
303_A 151_S 0.71 0.28 0.15
243_R 110_S 0.71 0.27 0.15
326_V 130_L 0.71 0.27 0.15
8_K 168_H 0.71 0.27 0.15
102_G 226_V 0.71 0.27 0.15
293_D 188_I 0.70 0.27 0.15
235_D 119_S 0.70 0.27 0.15
351_K 78_F 0.70 0.27 0.15
119_I 69_V 0.70 0.27 0.15
314_P 18_L 0.70 0.27 0.14
282_E 209_F 0.70 0.27 0.14
68_G 37_I 0.70 0.27 0.14
312_E 210_N 0.70 0.27 0.14
122_N 128_N 0.70 0.27 0.14
256_Q 189_L 0.70 0.27 0.14
177_M 183_T 0.70 0.27 0.14
310_V 249_M 0.70 0.27 0.14
245_L 215_G 0.70 0.26 0.14
221_S 13_V 0.69 0.26 0.14
153_I 200_G 0.69 0.26 0.14
9_T 49_L 0.69 0.26 0.14
258_V 220_I 0.69 0.26 0.14
18_E 84_L 0.69 0.26 0.14
210_V 103_T 0.69 0.26 0.14
124_G 143_L 0.69 0.26 0.14
37_T 53_L 0.69 0.26 0.14
6_Q 181_G 0.69 0.26 0.14
104_L 243_L 0.69 0.26 0.14
96_L 125_Q 0.69 0.26 0.14
104_L 231_L 0.69 0.26 0.14
271_Y 178_F 0.69 0.25 0.14
152_G 66_S 0.68 0.25 0.13
127_N 26_I 0.68 0.25 0.13
265_I 228_I 0.68 0.25 0.13
313_N 18_L 0.68 0.25 0.13
165_F 185_S 0.68 0.25 0.13
27_P 131_A 0.68 0.25 0.13
229_Y 107_T 0.68 0.25 0.13
81_I 41_I 0.68 0.25 0.13
188_A 76_V 0.68 0.25 0.13
345_V 113_D 0.68 0.25 0.13
41_G 76_V 0.68 0.25 0.13
15_K 75_E 0.68 0.25 0.13
227_D 185_S 0.68 0.25 0.13
282_E 246_F 0.68 0.25 0.13
240_G 210_N 0.68 0.25 0.13
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 1.5907 seconds.