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OPENSEQ.org
BxH
Genes: A B A+B
Length: 362 276 596
Sequences: 1858 457 318
Seq/Len: 5.13 1.66 0.53
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.74
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.01 0.00 0.00
10 0.01 0.00 0.01
20 0.02 0.00 0.44
100 0.03 0.00 0.50
∞ 0.07 0.00 0.57
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
231_Q 247_G 1.62 0.67 0.00
310_V 260_S 1.54 0.61 0.00
31_D 217_K 1.46 0.55 0.00
12_P 137_F 1.46 0.55 0.00
266_T 256_G 1.40 0.50 0.00
130_K 184_V 1.35 0.47 0.00
266_T 241_D 1.32 0.44 0.00
181_L 73_Q 1.32 0.44 0.00
262_D 265_R 1.30 0.43 0.00
31_D 180_I 1.27 0.41 0.00
145_I 126_T 1.25 0.39 0.00
243_R 111_N 1.24 0.38 0.00
192_A 263_N 1.22 0.37 0.00
306_N 104_E 1.21 0.36 0.00
344_F 189_L 1.20 0.35 0.00
240_G 173_L 1.20 0.35 0.00
162_L 140_E 1.19 0.34 0.00
59_L 125_F 1.18 0.34 0.00
271_Y 178_I 1.17 0.33 0.00
79_I 112_N 1.16 0.32 0.00
40_I 262_L 1.16 0.32 0.00
330_I 250_V 1.15 0.32 0.00
242_I 254_D 1.15 0.31 0.00
125_K 263_N 1.13 0.30 0.00
213_Q 177_A 1.13 0.30 0.00
248_E 254_D 1.12 0.30 0.00
345_V 241_D 1.12 0.30 0.00
324_C 253_S 1.12 0.29 0.00
102_G 98_K 1.11 0.29 0.00
204_V 94_S 1.11 0.29 0.00
125_K 211_A 1.09 0.28 0.00
94_I 65_S 1.09 0.28 0.00
250_A 209_K 1.08 0.27 0.00
197_V 205_I 1.08 0.27 0.00
314_P 251_I 1.07 0.26 0.00
347_N 222_D 1.06 0.26 0.00
319_E 133_A 1.06 0.26 0.00
16_K 196_I 1.05 0.26 0.00
209_L 273_V 1.05 0.25 0.00
311_Y 173_L 1.05 0.25 0.00
300_K 251_I 1.05 0.25 0.00
264_V 174_A 1.04 0.25 0.00
110_F 117_E 1.04 0.25 0.00
39_I 184_V 1.04 0.24 0.00
119_I 87_K 1.03 0.24 0.00
91_L 216_L 1.03 0.24 0.00
334_M 169_N 1.02 0.24 0.00
74_R 102_Q 1.02 0.24 0.00
32_A 68_A 1.02 0.24 0.00
14_S 189_L 1.02 0.24 0.00
314_P 235_H 1.02 0.24 0.00
335_F 257_N 1.01 0.23 0.00
308_V 160_E 1.01 0.23 0.00
96_L 120_N 1.01 0.23 0.00
273_V 200_L 1.01 0.23 0.00
103_V 157_N 1.01 0.23 0.00
150_K 259_E 1.00 0.23 0.00
335_F 252_I 1.00 0.22 0.00
314_P 265_R 1.00 0.22 0.00
21_R 235_H 0.99 0.22 0.00
135_L 212_S 0.99 0.22 0.00
195_V 243_A 0.99 0.22 0.00
320_L 259_E 0.99 0.22 0.00
331_P 241_D 0.99 0.22 0.00
250_A 131_E 0.99 0.22 0.00
264_V 243_A 0.98 0.21 0.00
41_G 194_S 0.98 0.21 0.00
249_A 260_S 0.98 0.21 0.00
138_L 251_I 0.98 0.21 0.00
28_K 256_G 0.97 0.21 0.00
219_R 197_A 0.97 0.21 0.00
229_Y 59_E 0.97 0.21 0.00
302_V 184_V 0.97 0.21 0.00
207_V 133_A 0.97 0.21 0.00
336_K 213_A 0.97 0.21 0.00
138_L 269_I 0.96 0.20 0.00
84_I 163_E 0.96 0.20 0.00
265_I 136_E 0.96 0.20 0.00
332_R 219_N 0.96 0.20 0.00
245_L 222_D 0.96 0.20 0.00
257_D 238_I 0.95 0.20 0.00
31_D 167_E 0.95 0.20 0.00
94_I 64_A 0.95 0.20 0.00
125_K 164_N 0.95 0.20 0.00
273_V 192_N 0.95 0.20 0.00
12_P 201_A 0.95 0.20 0.00
134_N 244_I 0.95 0.20 0.00
152_G 226_L 0.95 0.20 0.00
79_I 236_I 0.95 0.20 0.00
219_R 125_F 0.94 0.19 0.00
325_D 99_L 0.94 0.19 0.00
18_E 273_V 0.94 0.19 0.00
114_F 155_L 0.94 0.19 0.00
151_V 254_D 0.94 0.19 0.00
33_A 208_L 0.94 0.19 0.00
243_R 225_Y 0.94 0.19 0.00
187_R 125_F 0.94 0.19 0.00
249_A 273_V 0.94 0.19 0.00
145_I 148_Y 0.94 0.19 0.00
310_V 166_I 0.94 0.19 0.00
330_I 268_K 0.94 0.19 0.00
308_V 155_L 0.93 0.19 0.00
300_K 185_I 0.93 0.19 0.00
145_I 63_I 0.92 0.18 0.00
158_A 171_K 0.92 0.18 0.00
275_I 186_L 0.92 0.18 0.00
143_E 249_V 0.92 0.18 0.00
341_V 212_S 0.92 0.18 0.00
100_I 97_I 0.91 0.18 0.00
300_K 132_K 0.91 0.18 0.00
103_V 173_L 0.91 0.18 0.00
238_V 75_P 0.91 0.18 0.00
297_L 173_L 0.91 0.18 0.00
42_V 265_R 0.91 0.18 0.00
39_I 96_I 0.90 0.17 0.00
117_K 184_V 0.90 0.17 0.00
125_K 222_D 0.90 0.17 0.00
201_I 105_S 0.90 0.17 0.00
109_Q 236_I 0.90 0.17 0.00
216_K 210_G 0.90 0.17 0.00
335_F 110_F 0.90 0.17 0.00
205_L 124_K 0.89 0.17 0.00
134_N 275_N 0.89 0.17 0.00
271_Y 155_L 0.89 0.17 0.00
244_R 183_E 0.88 0.17 0.00
27_P 115_N 0.88 0.17 0.00
242_I 216_L 0.88 0.17 0.00
127_N 184_V 0.88 0.17 0.00
264_V 229_Q 0.88 0.17 0.00
276_R 128_E 0.88 0.17 0.00
187_R 210_G 0.88 0.16 0.00
122_N 259_E 0.88 0.16 0.00
207_V 175_D 0.87 0.16 0.00
298_R 119_E 0.87 0.16 0.00
23_E 184_V 0.87 0.16 0.00
338_V 180_I 0.87 0.16 0.00
28_K 266_L 0.87 0.16 0.00
260_G 260_S 0.87 0.16 0.00
278_D 273_V 0.87 0.16 0.00
111_G 256_G 0.87 0.16 0.00
276_R 65_S 0.87 0.16 0.00
159_F 264_S 0.87 0.16 0.00
45_T 96_I 0.86 0.16 0.00
266_T 244_I 0.86 0.16 0.00
15_K 175_D 0.86 0.16 0.00
321_Y 123_E 0.86 0.16 0.00
27_P 168_K 0.86 0.16 0.00
319_E 185_I 0.86 0.16 0.00
157_I 116_S 0.86 0.16 0.00
335_F 172_E 0.85 0.15 0.00
320_L 165_F 0.85 0.15 0.00
221_S 240_L 0.85 0.15 0.00
81_I 112_N 0.85 0.15 0.00
51_F 206_G 0.85 0.15 0.00
118_P 103_I 0.85 0.15 0.00
227_D 247_G 0.85 0.15 0.00
325_D 109_E 0.85 0.15 0.00
72_D 146_D 0.85 0.15 0.00
192_A 247_G 0.85 0.15 0.00
7_E 200_L 0.85 0.15 0.00
56_I 94_S 0.85 0.15 0.00
165_F 264_S 0.85 0.15 0.00
292_V 207_E 0.84 0.15 0.00
300_K 98_K 0.84 0.15 0.00
266_T 205_I 0.84 0.15 0.00
116_T 155_L 0.84 0.15 0.00
34_A 258_I 0.84 0.15 0.00
257_D 221_E 0.84 0.15 0.00
212_F 247_G 0.84 0.15 0.00
143_E 262_L 0.84 0.15 0.00
71_F 147_K 0.84 0.15 0.00
148_I 68_A 0.84 0.15 0.00
107_I 92_M 0.83 0.15 0.00
15_K 265_R 0.83 0.15 0.00
262_D 169_N 0.83 0.15 0.00
121_P 132_K 0.83 0.15 0.00
123_L 176_T 0.83 0.15 0.00
102_G 178_I 0.83 0.15 0.00
192_A 268_K 0.83 0.15 0.00
166_M 252_I 0.83 0.14 0.00
278_D 265_R 0.82 0.14 0.00
77_Q 136_E 0.82 0.14 0.00
104_L 140_E 0.82 0.14 0.00
300_K 256_G 0.82 0.14 0.00
189_I 108_N 0.82 0.14 0.00
306_N 250_V 0.82 0.14 0.00
281_K 253_S 0.82 0.14 0.00
199_F 268_K 0.81 0.14 0.00
245_L 136_E 0.81 0.14 0.00
56_I 158_A 0.81 0.14 0.00
334_M 110_F 0.81 0.14 0.00
244_R 111_N 0.81 0.14 0.00
97_S 236_I 0.81 0.14 0.00
112_F 118_L 0.81 0.14 0.00
155_F 273_V 0.81 0.14 0.00
225_I 267_T 0.81 0.14 0.00
170_P 91_E 0.81 0.14 0.00
153_I 155_L 0.81 0.14 0.00
19_D 73_Q 0.81 0.14 0.00
203_A 181_A 0.81 0.14 0.00
6_Q 84_D 0.81 0.14 0.00
282_E 248_S 0.81 0.14 0.00
219_R 262_L 0.80 0.14 0.00
150_K 265_R 0.80 0.14 0.00
214_Y 219_N 0.80 0.14 0.00
139_K 208_L 0.80 0.13 0.00
151_V 116_S 0.80 0.13 0.00
348_T 216_L 0.80 0.13 0.00
16_K 274_N 0.80 0.13 0.00
8_K 200_L 0.80 0.13 0.00
252_R 201_A 0.80 0.13 0.00
129_L 200_L 0.80 0.13 0.00
245_L 200_L 0.80 0.13 0.00
104_L 224_E 0.80 0.13 0.00
295_L 95_N 0.80 0.13 0.00
108_M 131_E 0.80 0.13 0.00
225_I 99_L 0.80 0.13 0.00
127_N 97_I 0.80 0.13 0.00
100_I 96_I 0.80 0.13 0.00
266_T 248_S 0.79 0.13 0.00
276_R 183_E 0.79 0.13 0.00
256_Q 236_I 0.79 0.13 0.00
202_I 249_V 0.79 0.13 0.00
16_K 273_V 0.79 0.13 0.00
204_V 147_K 0.79 0.13 0.00
48_M 267_T 0.79 0.13 0.00
163_L 252_I 0.79 0.13 0.00
169_L 109_E 0.79 0.13 0.00
201_I 155_L 0.79 0.13 0.00
243_R 264_S 0.79 0.13 0.00
213_Q 249_V 0.79 0.13 0.00
224_E 102_Q 0.79 0.13 0.00
121_P 116_S 0.79 0.13 0.00
308_V 143_D 0.79 0.13 0.00
243_R 173_L 0.79 0.13 0.00
349_N 231_D 0.79 0.13 0.00
125_K 91_E 0.79 0.13 0.00
46_L 219_N 0.79 0.13 0.00
279_T 173_L 0.79 0.13 0.00
88_L 70_M 0.79 0.13 0.00
20_A 163_E 0.79 0.13 0.00
350_N 171_K 0.79 0.13 0.00
336_K 173_L 0.78 0.13 0.00
311_Y 172_E 0.78 0.13 0.00
26_V 121_A 0.78 0.13 0.00
105_G 121_A 0.78 0.13 0.00
336_K 256_G 0.78 0.13 0.00
341_V 85_L 0.78 0.13 0.00
225_I 62_V 0.78 0.13 0.00
336_K 99_L 0.78 0.13 0.00
176_T 116_S 0.78 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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