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OPENSEQ.org
fliFflhA
Genes: A B A+B
Length: 560 335 854
Sequences: 1496 1331 683
Seq/Len: 2.67 3.97 0.8
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.84
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.01 0.00
5 0.00 0.01 0.08
10 0.00 0.01 0.28
20 0.00 0.02 0.76
100 0.01 0.03 1.11
∞ 0.03 0.07 1.33
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
127_E 210_K 1.63 0.79 0.03
356_A 96_T 1.45 0.67 0.02
158_I 75_L 1.38 0.61 0.01
454_I 225_I 1.37 0.61 0.01
27_A 61_L 1.35 0.58 0.01
151_I 232_S 1.34 0.58 0.01
293_E 251_I 1.34 0.58 0.01
228_E 74_D 1.33 0.57 0.01
482_Q 201_A 1.32 0.56 0.01
343_E 216_G 1.29 0.53 0.01
390_K 323_L 1.27 0.52 0.01
408_A 241_D 1.27 0.51 0.01
10_I 240_S 1.26 0.51 0.01
452_A 153_S 1.24 0.49 0.01
158_I 292_S 1.24 0.49 0.01
272_F 190_Q 1.23 0.48 0.01
282_E 137_L 1.23 0.48 0.01
43_R 132_I 1.22 0.47 0.01
140_E 107_G 1.20 0.46 0.01
407_S 246_Y 1.19 0.44 0.01
55_V 132_I 1.18 0.44 0.01
67_A 251_I 1.18 0.44 0.01
173_P 85_I 1.16 0.42 0.01
456_L 295_R 1.16 0.42 0.01
355_F 36_L 1.16 0.42 0.01
410_R 314_P 1.15 0.41 0.01
391_E 216_G 1.14 0.40 0.01
125_T 29_V 1.14 0.40 0.01
68_I 246_Y 1.13 0.40 0.01
138_E 104_G 1.13 0.40 0.01
496_L 30_G 1.13 0.39 0.01
139_G 268_T 1.12 0.39 0.01
107_I 121_F 1.12 0.39 0.01
482_Q 305_F 1.12 0.39 0.01
165_V 150_T 1.12 0.38 0.01
213_I 277_K 1.11 0.38 0.01
160_F 36_L 1.11 0.38 0.01
519_D 37_A 1.10 0.38 0.01
273_D 234_Q 1.10 0.37 0.01
110_S 100_I 1.10 0.37 0.01
51_N 295_R 1.10 0.37 0.01
127_E 152_V 1.10 0.37 0.01
446_P 225_I 1.09 0.36 0.01
351_T 43_L 1.09 0.36 0.01
466_P 141_N 1.09 0.36 0.01
270_I 273_T 1.08 0.36 0.01
319_G 206_S 1.08 0.36 0.01
412_D 314_P 1.08 0.35 0.01
159_A 269_A 1.08 0.35 0.01
495_A 201_A 1.07 0.35 0.01
171_I 243_A 1.07 0.35 0.01
126_N 64_L 1.07 0.35 0.01
94_V 230_I 1.07 0.34 0.01
187_L 87_L 1.06 0.34 0.01
317_N 193_I 1.05 0.34 0.01
405_N 311_P 1.05 0.33 0.01
123_G 308_A 1.05 0.33 0.01
117_F 25_S 1.05 0.33 0.01
168_E 85_I 1.05 0.33 0.01
135_R 318_L 1.05 0.33 0.01
546_Q 122_V 1.04 0.33 0.01
428_V 323_L 1.04 0.32 0.01
206_L 267_A 1.04 0.32 0.01
216_Q 199_Y 1.04 0.32 0.01
466_P 111_V 1.04 0.32 0.01
68_I 30_G 1.04 0.32 0.01
216_Q 38_I 1.04 0.32 0.01
129_Q 95_A 1.03 0.32 0.01
73_E 149_S 1.03 0.32 0.01
164_S 131_V 1.03 0.32 0.01
549_I 247_T 1.03 0.32 0.01
138_E 88_F 1.03 0.32 0.01
187_L 177_A 1.03 0.32 0.01
63_S 247_T 1.03 0.31 0.01
250_I 233_F 1.02 0.31 0.01
168_E 133_V 1.01 0.30 0.01
410_R 312_G 1.01 0.30 0.01
15_Q 201_A 1.01 0.30 0.01
35_F 307_F 1.01 0.30 0.01
298_E 82_I 1.01 0.30 0.01
256_P 156_Q 1.01 0.30 0.01
250_I 302_F 1.01 0.30 0.01
142_A 177_A 1.01 0.30 0.01
148_L 53_A 1.01 0.30 0.01
183_E 87_L 1.00 0.30 0.01
244_R 34_C 1.00 0.30 0.01
140_E 237_M 1.00 0.29 0.01
361_T 180_I 0.99 0.29 0.01
50_N 184_T 0.99 0.29 0.01
113_G 318_L 0.99 0.28 0.01
25_I 115_I 0.99 0.28 0.01
132_K 123_V 0.98 0.28 0.01
123_G 133_V 0.98 0.28 0.01
466_P 112_S 0.98 0.28 0.01
199_V 94_I 0.98 0.28 0.01
139_G 318_L 0.98 0.28 0.01
118_D 318_L 0.98 0.28 0.01
126_N 88_F 0.97 0.28 0.00
287_N 67_I 0.97 0.27 0.00
122_F 210_K 0.96 0.27 0.00
24_V 301_G 0.96 0.27 0.00
137_I 330_Y 0.96 0.27 0.00
51_N 40_I 0.96 0.27 0.00
450_I 325_F 0.96 0.27 0.00
196_K 55_S 0.96 0.26 0.00
294_Q 319_G 0.95 0.26 0.00
405_N 314_P 0.95 0.26 0.00
411_G 314_P 0.95 0.26 0.00
110_S 226_G 0.95 0.26 0.00
356_A 99_M 0.95 0.26 0.00
314_A 141_N 0.95 0.26 0.00
466_P 170_A 0.95 0.26 0.00
92_D 251_I 0.94 0.26 0.00
211_V 149_S 0.94 0.25 0.00
118_D 153_S 0.94 0.25 0.00
469_Q 46_P 0.94 0.25 0.00
158_I 36_L 0.94 0.25 0.00
132_K 220_T 0.94 0.25 0.00
340_T 251_I 0.94 0.25 0.00
179_V 126_N 0.94 0.25 0.00
33_V 229_L 0.94 0.25 0.00
135_R 314_P 0.94 0.25 0.00
190_K 47_I 0.94 0.25 0.00
358_V 77_T 0.93 0.25 0.00
133_Y 304_L 0.93 0.24 0.00
194_G 59_S 0.93 0.24 0.00
410_R 311_P 0.93 0.24 0.00
90_P 138_V 0.93 0.24 0.00
544_L 40_I 0.93 0.24 0.00
298_E 264_T 0.92 0.24 0.00
546_Q 31_F 0.92 0.24 0.00
211_V 310_V 0.92 0.24 0.00
32_V 84_I 0.92 0.24 0.00
210_N 286_T 0.92 0.24 0.00
38_F 43_L 0.92 0.24 0.00
368_D 311_P 0.92 0.24 0.00
337_Q 292_S 0.92 0.24 0.00
57_V 132_I 0.91 0.23 0.00
294_Q 266_T 0.91 0.23 0.00
151_I 105_Q 0.91 0.23 0.00
115_E 299_I 0.91 0.23 0.00
313_G 140_I 0.91 0.23 0.00
310_G 246_Y 0.91 0.23 0.00
455_L 222_I 0.91 0.23 0.00
389_S 88_F 0.91 0.23 0.00
113_G 215_A 0.91 0.23 0.00
549_I 295_R 0.90 0.23 0.00
122_F 247_T 0.90 0.23 0.00
212_R 91_S 0.90 0.23 0.00
237_K 94_I 0.90 0.23 0.00
466_P 110_A 0.90 0.23 0.00
187_L 119_G 0.90 0.23 0.00
140_E 249_L 0.90 0.23 0.00
345_S 145_V 0.90 0.22 0.00
246_L 60_V 0.89 0.22 0.00
33_V 330_Y 0.89 0.22 0.00
58_D 269_A 0.89 0.22 0.00
352_K 264_T 0.89 0.22 0.00
262_D 306_I 0.89 0.22 0.00
57_V 145_V 0.89 0.22 0.00
311_V 55_S 0.89 0.22 0.00
110_S 250_T 0.89 0.22 0.00
112_V 268_T 0.89 0.22 0.00
199_V 323_L 0.89 0.22 0.00
194_G 300_V 0.89 0.22 0.00
142_A 216_G 0.89 0.22 0.00
477_A 30_G 0.89 0.22 0.00
90_P 300_V 0.89 0.22 0.00
210_N 40_I 0.89 0.22 0.00
334_K 96_T 0.89 0.22 0.00
296_L 114_I 0.88 0.22 0.00
76_N 39_I 0.88 0.22 0.00
285_D 53_A 0.88 0.22 0.00
366_T 296_T 0.88 0.22 0.00
307_E 237_M 0.88 0.21 0.00
267_S 153_S 0.88 0.21 0.00
144_T 156_Q 0.88 0.21 0.00
125_T 276_S 0.88 0.21 0.00
131_V 269_A 0.88 0.21 0.00
177_V 313_L 0.88 0.21 0.00
197_N 177_A 0.88 0.21 0.00
272_F 229_L 0.88 0.21 0.00
250_I 46_P 0.88 0.21 0.00
482_Q 316_L 0.88 0.21 0.00
351_T 214_V 0.88 0.21 0.00
51_N 247_T 0.88 0.21 0.00
141_L 62_I 0.87 0.21 0.00
25_I 299_I 0.87 0.21 0.00
168_E 201_A 0.87 0.21 0.00
42_F 251_I 0.87 0.21 0.00
244_R 187_A 0.87 0.21 0.00
78_P 123_V 0.87 0.21 0.00
423_R 214_V 0.87 0.21 0.00
482_Q 187_A 0.87 0.21 0.00
222_D 49_D 0.87 0.21 0.00
157_H 251_I 0.87 0.21 0.00
184_G 55_S 0.87 0.21 0.00
486_N 316_L 0.87 0.21 0.00
299_E 62_I 0.87 0.21 0.00
418_N 65_I 0.87 0.21 0.00
277_Q 310_V 0.87 0.21 0.00
367_I 264_T 0.86 0.21 0.00
347_T 128_V 0.86 0.21 0.00
93_Q 235_H 0.86 0.20 0.00
393_L 296_T 0.86 0.20 0.00
386_V 324_V 0.86 0.20 0.00
271_D 39_I 0.86 0.20 0.00
88_L 325_F 0.86 0.20 0.00
177_V 139_L 0.86 0.20 0.00
121_S 224_I 0.86 0.20 0.00
358_V 91_S 0.86 0.20 0.00
314_A 313_L 0.86 0.20 0.00
206_L 233_F 0.86 0.20 0.00
274_F 55_S 0.86 0.20 0.00
544_L 303_V 0.86 0.20 0.00
553_T 304_L 0.86 0.20 0.00
246_L 52_L 0.86 0.20 0.00
81_L 80_T 0.85 0.20 0.00
451_I 278_D 0.85 0.20 0.00
494_D 303_V 0.85 0.20 0.00
537_K 95_A 0.85 0.20 0.00
57_V 34_C 0.85 0.20 0.00
137_I 75_L 0.85 0.20 0.00
187_L 115_I 0.85 0.20 0.00
53_Y 196_A 0.85 0.20 0.00
182_R 64_L 0.85 0.20 0.00
117_F 40_I 0.85 0.20 0.00
526_L 192_V 0.85 0.20 0.00
166_F 249_L 0.85 0.20 0.00
462_K 48_L 0.85 0.20 0.00
10_I 45_S 0.85 0.20 0.00
129_Q 210_K 0.85 0.20 0.00
476_A 238_A 0.85 0.20 0.00
201_A 77_T 0.85 0.20 0.00
345_S 263_I 0.85 0.20 0.00
114_F 68_Y 0.85 0.20 0.00
453_A 228_F 0.85 0.20 0.00
81_L 184_T 0.85 0.20 0.00
167_T 197_N 0.85 0.20 0.00
529_K 55_S 0.85 0.20 0.00
55_V 264_T 0.85 0.20 0.00
269_N 304_L 0.84 0.20 0.00
293_E 153_S 0.84 0.20 0.00
179_V 201_A 0.84 0.20 0.00
554_E 308_A 0.84 0.20 0.00
420_P 129_I 0.84 0.19 0.00
353_K 33_V 0.84 0.19 0.00
65_S 217_I 0.84 0.19 0.00
413_S 251_I 0.84 0.19 0.00
367_I 288_T 0.84 0.19 0.00
281_S 225_I 0.84 0.19 0.00
18_T 193_I 0.84 0.19 0.00
463_V 149_S 0.84 0.19 0.00
128_E 115_I 0.84 0.19 0.00
120_Q 116_A 0.84 0.19 0.00
66_A 264_T 0.84 0.19 0.00
376_D 214_V 0.84 0.19 0.00
445_P 270_I 0.84 0.19 0.00
366_T 210_K 0.84 0.19 0.00
470_K 133_V 0.84 0.19 0.00
205_K 308_A 0.84 0.19 0.00
356_A 68_Y 0.84 0.19 0.00
483_Q 225_I 0.84 0.19 0.00
363_A 246_Y 0.84 0.19 0.00
376_D 74_D 0.84 0.19 0.00
173_P 186_R 0.84 0.19 0.00
340_T 100_I 0.84 0.19 0.00
418_N 246_Y 0.83 0.19 0.00
187_L 143_M 0.83 0.19 0.00
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451_I 309_L 0.83 0.19 0.00
282_E 62_I 0.83 0.19 0.00
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124_A 140_I 0.83 0.19 0.00
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66_A 201_A 0.83 0.19 0.00
461_K 81_L 0.83 0.19 0.00
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518_E 274_R 0.83 0.19 0.00
200_S 246_Y 0.83 0.19 0.00
314_A 140_I 0.83 0.18 0.00
497_E 32_L 0.83 0.18 0.00
117_F 156_Q 0.83 0.18 0.00
68_I 177_A 0.83 0.18 0.00
123_G 38_I 0.83 0.18 0.00
290_V 292_S 0.83 0.18 0.00
354_Q 152_V 0.83 0.18 0.00
497_E 241_D 0.83 0.18 0.00
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349_T 96_T 0.82 0.18 0.00
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151_I 266_T 0.82 0.18 0.00
368_D 314_P 0.82 0.18 0.00
318_I 67_I 0.82 0.18 0.00
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191_Q 48_L 0.82 0.18 0.00
123_G 170_A 0.82 0.18 0.00
55_V 329_G 0.82 0.18 0.00
159_A 25_S 0.82 0.18 0.00
288_P 263_I 0.82 0.18 0.00
182_R 27_T 0.82 0.18 0.00
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197_N 263_I 0.81 0.18 0.00
97_Q 67_I 0.81 0.18 0.00
360_R 311_P 0.81 0.18 0.00
140_E 215_A 0.81 0.18 0.00
178_V 230_I 0.81 0.18 0.00
135_R 311_P 0.81 0.18 0.00
99_M 80_T 0.81 0.18 0.00
530_L 32_L 0.81 0.18 0.00
195_I 94_I 0.81 0.18 0.00
202_A 55_S 0.81 0.18 0.00
403_T 314_P 0.81 0.18 0.00
482_Q 58_L 0.81 0.18 0.00
135_R 312_G 0.81 0.18 0.00
336_N 30_G 0.81 0.18 0.00
497_E 307_F 0.81 0.18 0.00
396_V 75_L 0.81 0.18 0.00
280_Q 62_I 0.81 0.17 0.00
163_D 131_V 0.81 0.17 0.00
447_V 133_V 0.81 0.17 0.00
533_L 284_E 0.81 0.17 0.00
20_K 143_M 0.81 0.17 0.00
316_S 192_V 0.81 0.17 0.00
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125_T 100_I 0.80 0.17 0.00
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258_A 26_L 0.80 0.17 0.00
213_I 68_Y 0.80 0.17 0.00
204_P 24_K 0.80 0.17 0.00
16_N 74_D 0.80 0.17 0.00
206_L 30_G 0.80 0.17 0.00
68_I 39_I 0.80 0.17 0.00
152_R 41_V 0.80 0.17 0.00
340_T 263_I 0.80 0.17 0.00
162_K 115_I 0.80 0.17 0.00
113_G 107_G 0.80 0.17 0.00
339_T 181_D 0.80 0.17 0.00
235_Q 145_V 0.80 0.17 0.00
87_I 31_F 0.80 0.17 0.00
453_A 217_I 0.80 0.17 0.00
275_S 317_S 0.80 0.17 0.00
406_Y 96_T 0.80 0.17 0.00
190_K 300_V 0.79 0.17 0.00
55_V 94_I 0.79 0.17 0.00
361_T 294_Y 0.79 0.17 0.00
133_Y 274_R 0.79 0.17 0.00
195_I 324_V 0.79 0.17 0.00
179_V 264_T 0.79 0.17 0.00
84_E 309_L 0.79 0.17 0.00
526_L 153_S 0.79 0.17 0.00
187_L 49_D 0.79 0.17 0.00
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129_Q 29_V 0.79 0.17 0.00
288_P 121_F 0.79 0.17 0.00
140_E 242_A 0.79 0.17 0.00
132_K 153_S 0.79 0.17 0.00
358_V 133_V 0.79 0.17 0.00
415_V 247_T 0.79 0.17 0.00
159_A 264_T 0.79 0.17 0.00
430_S 251_I 0.79 0.17 0.00
125_T 140_I 0.79 0.17 0.00
22_R 95_A 0.79 0.17 0.00
534_V 67_I 0.79 0.17 0.00
267_S 307_F 0.79 0.17 0.00
159_A 100_I 0.79 0.17 0.00
261_T 225_I 0.79 0.16 0.00
530_L 164_M 0.79 0.16 0.00
206_L 108_P 0.79 0.16 0.00
218_G 226_G 0.79 0.16 0.00
205_K 332_T 0.79 0.16 0.00
277_Q 309_L 0.79 0.16 0.00
443_F 237_M 0.79 0.16 0.00
531_R 150_T 0.79 0.16 0.00
427_R 236_D 0.79 0.16 0.00
529_K 67_I 0.78 0.16 0.00
416_V 261_G 0.78 0.16 0.00
151_I 326_L 0.78 0.16 0.00
95_Y 84_I 0.78 0.16 0.00
405_N 312_G 0.78 0.16 0.00
450_I 247_T 0.78 0.16 0.00
419_L 270_I 0.78 0.16 0.00
358_V 287_L 0.78 0.16 0.00
421_F 255_L 0.78 0.16 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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