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OPENSEQ.org
fliRflhA
Genes: A B A+B
Length: 255 335 562
Sequences: 1842 1331 1165
Seq/Len: 7.22 3.97 2.07
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.77
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.33
2 0.00 0.01 1.48
5 0.01 0.01 1.57
10 0.01 0.01 1.80
20 0.02 0.02 1.97
100 0.03 0.03 2.18
∞ 0.07 0.07 2.42
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
101_A 210_K 1.56 0.93 0.60
34_H 137_L 1.41 0.88 0.47
160_F 133_V 1.25 0.78 0.33
219_K 112_S 1.20 0.74 0.29
135_F 126_N 1.17 0.71 0.26
104_M 266_T 1.16 0.70 0.26
219_K 210_K 1.16 0.70 0.26
101_A 152_V 1.15 0.69 0.25
202_L 51_F 1.15 0.69 0.24
101_A 269_A 1.14 0.69 0.24
229_A 103_E 1.14 0.69 0.24
87_Q 141_N 1.14 0.68 0.24
196_D 112_S 1.10 0.64 0.21
113_D 273_T 1.06 0.60 0.19
223_G 313_L 1.06 0.60 0.19
32_F 292_S 1.06 0.60 0.19
219_K 106_N 1.06 0.59 0.18
186_F 153_S 1.05 0.58 0.18
214_I 138_V 1.04 0.58 0.18
180_I 100_I 1.04 0.57 0.17
35_N 67_I 1.04 0.57 0.17
101_A 141_N 1.03 0.57 0.17
8_G 80_T 1.03 0.56 0.17
152_L 66_S 1.03 0.56 0.17
211_L 304_L 1.02 0.56 0.17
191_I 153_S 1.02 0.56 0.16
42_K 289_Q 1.02 0.55 0.16
216_Y 94_I 1.00 0.53 0.15
124_S 210_K 0.99 0.52 0.14
234_M 214_V 0.98 0.51 0.14
141_H 114_I 0.98 0.51 0.14
219_K 141_N 0.98 0.51 0.14
52_Y 32_L 0.98 0.51 0.14
50_T 66_S 0.97 0.50 0.14
194_L 236_D 0.97 0.50 0.14
38_P 32_L 0.97 0.50 0.14
104_M 210_K 0.97 0.50 0.13
212_L 150_T 0.97 0.50 0.13
206_M 261_G 0.96 0.49 0.13
193_L 96_T 0.96 0.49 0.13
221_A 56_I 0.96 0.49 0.13
126_I 201_A 0.96 0.49 0.13
103_T 250_T 0.96 0.49 0.13
101_A 112_S 0.95 0.47 0.12
103_T 156_Q 0.94 0.47 0.12
75_E 29_V 0.94 0.47 0.12
40_V 137_L 0.94 0.47 0.12
31_F 301_G 0.94 0.47 0.12
208_Q 264_T 0.94 0.47 0.12
110_S 201_A 0.94 0.46 0.12
105_G 272_I 0.94 0.46 0.12
43_S 196_A 0.94 0.46 0.12
186_F 38_I 0.93 0.46 0.12
25_L 68_Y 0.93 0.45 0.12
232_L 267_A 0.93 0.45 0.11
216_Y 193_I 0.92 0.44 0.11
115_S 271_I 0.92 0.44 0.11
180_I 29_V 0.92 0.44 0.11
109_A 52_L 0.91 0.44 0.11
218_I 233_F 0.91 0.44 0.11
120_M 225_I 0.91 0.43 0.11
29_F 226_G 0.91 0.43 0.11
123_T 177_A 0.90 0.42 0.10
132_L 59_S 0.90 0.42 0.10
215_G 176_N 0.90 0.42 0.10
142_H 52_L 0.90 0.42 0.10
201_L 326_L 0.90 0.42 0.10
106_F 198_F 0.89 0.41 0.10
101_A 150_T 0.89 0.41 0.10
123_T 186_R 0.89 0.41 0.10
212_L 272_I 0.89 0.41 0.10
63_H 113_E 0.89 0.41 0.10
106_F 176_N 0.89 0.41 0.10
84_L 94_I 0.89 0.41 0.10
114_P 119_G 0.89 0.41 0.10
75_E 25_S 0.89 0.41 0.10
204_K 87_L 0.89 0.41 0.10
121_P 129_I 0.88 0.40 0.10
183_T 145_V 0.88 0.40 0.10
197_V 58_L 0.88 0.40 0.10
34_H 153_S 0.88 0.40 0.09
101_A 110_A 0.88 0.40 0.09
119_S 68_Y 0.88 0.40 0.09
101_A 111_V 0.88 0.39 0.09
18_L 100_I 0.87 0.39 0.09
170_L 30_G 0.87 0.39 0.09
157_L 230_I 0.87 0.39 0.09
150_H 186_R 0.87 0.39 0.09
197_V 243_A 0.87 0.38 0.09
139_D 53_A 0.86 0.38 0.09
129_L 170_A 0.86 0.38 0.09
67_F 153_S 0.86 0.38 0.09
103_T 283_A 0.85 0.37 0.09
137_A 270_I 0.85 0.37 0.09
202_L 261_G 0.85 0.37 0.09
157_L 241_D 0.85 0.37 0.09
106_F 206_S 0.85 0.37 0.08
217_P 308_A 0.85 0.37 0.08
141_H 198_F 0.85 0.36 0.08
47_L 201_A 0.84 0.36 0.08
94_M 137_L 0.84 0.36 0.08
209_F 268_T 0.84 0.36 0.08
82_A 164_M 0.84 0.36 0.08
48_F 241_D 0.84 0.36 0.08
134_F 278_D 0.84 0.36 0.08
193_L 271_I 0.84 0.36 0.08
101_A 106_N 0.84 0.36 0.08
15_F 184_T 0.84 0.36 0.08
65_D 199_Y 0.84 0.35 0.08
81_I 150_T 0.84 0.35 0.08
196_D 152_V 0.84 0.35 0.08
182_F 153_S 0.83 0.35 0.08
109_A 225_I 0.83 0.35 0.08
196_D 210_K 0.83 0.34 0.08
42_K 131_V 0.83 0.34 0.08
117_G 259_I 0.83 0.34 0.08
125_Q 216_G 0.83 0.34 0.08
152_L 126_N 0.83 0.34 0.08
108_M 257_S 0.83 0.34 0.08
216_Y 170_A 0.82 0.34 0.07
77_I 239_L 0.82 0.34 0.07
86_L 296_T 0.82 0.34 0.07
178_F 60_V 0.82 0.34 0.07
230_I 313_L 0.82 0.34 0.07
45_I 322_A 0.82 0.34 0.07
85_M 26_L 0.82 0.34 0.07
55_P 318_L 0.82 0.34 0.07
61_S 221_I 0.82 0.34 0.07
49_L 135_C 0.82 0.33 0.07
26_I 230_I 0.82 0.33 0.07
166_L 332_T 0.81 0.33 0.07
194_L 44_P 0.81 0.33 0.07
149_S 153_S 0.81 0.33 0.07
222_L 308_A 0.81 0.33 0.07
87_Q 273_T 0.81 0.33 0.07
40_V 170_A 0.81 0.33 0.07
34_H 91_S 0.81 0.33 0.07
138_F 270_I 0.81 0.33 0.07
46_V 65_I 0.81 0.33 0.07
41_I 238_A 0.81 0.33 0.07
85_M 221_I 0.81 0.32 0.07
219_K 111_V 0.81 0.32 0.07
196_D 170_A 0.80 0.32 0.07
181_G 121_F 0.80 0.32 0.07
210_N 270_I 0.80 0.32 0.07
177_I 61_L 0.80 0.32 0.07
106_F 93_N 0.80 0.32 0.07
239_K 237_M 0.80 0.32 0.07
196_D 106_N 0.80 0.32 0.07
53_L 241_D 0.80 0.32 0.07
224_F 301_G 0.80 0.32 0.07
60_E 246_Y 0.80 0.32 0.07
183_T 67_I 0.80 0.32 0.07
152_L 330_Y 0.80 0.31 0.07
121_P 149_S 0.80 0.31 0.07
58_R 96_T 0.79 0.31 0.07
130_L 265_S 0.79 0.31 0.07
123_T 224_I 0.79 0.31 0.07
37_I 230_I 0.79 0.31 0.06
145_L 238_A 0.79 0.30 0.06
233_V 84_I 0.79 0.30 0.06
22_M 66_S 0.79 0.30 0.06
251_T 322_A 0.78 0.30 0.06
152_L 196_A 0.78 0.30 0.06
221_A 309_L 0.78 0.30 0.06
194_L 226_G 0.78 0.30 0.06
73_I 328_L 0.78 0.30 0.06
194_L 259_I 0.78 0.30 0.06
65_D 218_I 0.78 0.30 0.06
95_M 47_I 0.78 0.30 0.06
115_S 304_L 0.78 0.30 0.06
181_G 59_S 0.78 0.30 0.06
193_L 60_V 0.78 0.30 0.06
152_L 280_E 0.78 0.29 0.06
77_I 143_M 0.78 0.29 0.06
181_G 309_L 0.78 0.29 0.06
72_L 291_L 0.78 0.29 0.06
109_A 147_K 0.77 0.29 0.06
170_L 45_S 0.77 0.29 0.06
89_I 43_L 0.77 0.29 0.06
185_S 88_F 0.77 0.29 0.06
73_I 28_I 0.77 0.29 0.06
217_P 208_F 0.77 0.29 0.06
148_L 40_I 0.77 0.29 0.06
184_M 241_D 0.77 0.29 0.06
194_L 238_A 0.77 0.29 0.06
99_Q 321_M 0.77 0.29 0.06
70_L 37_A 0.77 0.29 0.06
54_Y 27_T 0.77 0.28 0.06
218_I 310_V 0.77 0.28 0.06
130_L 267_A 0.76 0.28 0.06
25_L 322_A 0.76 0.28 0.06
197_V 329_G 0.76 0.28 0.06
136_L 121_F 0.76 0.28 0.06
29_F 29_V 0.76 0.28 0.06
216_Y 248_I 0.76 0.28 0.06
68_F 115_I 0.76 0.28 0.06
184_M 176_N 0.76 0.28 0.06
223_G 82_I 0.76 0.28 0.06
35_N 225_I 0.76 0.28 0.06
229_A 240_S 0.76 0.28 0.06
144_M 141_N 0.76 0.28 0.06
27_V 299_I 0.76 0.28 0.06
194_L 70_P 0.76 0.28 0.06
171_N 113_E 0.76 0.28 0.06
100_I 107_G 0.76 0.28 0.06
233_V 37_A 0.76 0.28 0.06
186_F 230_I 0.76 0.28 0.06
47_L 310_V 0.75 0.27 0.06
91_A 39_I 0.75 0.27 0.05
238_F 100_I 0.75 0.27 0.05
64_L 74_D 0.75 0.27 0.05
150_H 143_M 0.75 0.27 0.05
128_N 77_T 0.75 0.27 0.05
75_E 52_L 0.75 0.27 0.05
166_L 304_L 0.75 0.27 0.05
117_G 58_L 0.75 0.27 0.05
118_T 133_V 0.75 0.27 0.05
80_M 298_L 0.75 0.27 0.05
186_F 52_L 0.74 0.27 0.05
61_S 229_L 0.74 0.27 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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