May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ProteaseCyclase
Genes: A B A+B
Length: 165 440 570
Sequences: 92 2353 85
Seq/Len: 0.56 5.35 0.15
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.03
2 0.00 0.03 0.14
5 0.00 0.04 0.14
10 0.01 0.06 0.14
20 0.02 0.08 0.14
100 0.03 0.09 0.14
∞ 0.07 0.14 0.14
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
35_P 392_V 1.86 0.44 0.00
51_R 348_L 1.78 0.40 0.00
83_V 293_G 1.72 0.37 0.00
83_V 214_D 1.64 0.33 0.00
27_A 235_P 1.60 0.31 0.00
129_F 392_V 1.50 0.27 0.00
98_W 61_D 1.46 0.25 0.00
106_P 61_D 1.46 0.25 0.00
22_R 58_V 1.44 0.24 0.00
100_S 284_R 1.35 0.20 0.00
130_H 325_S 1.34 0.20 0.00
86_A 363_S 1.32 0.20 0.00
21_A 239_L 1.31 0.19 0.00
129_F 385_R 1.28 0.18 0.00
135_V 27_P 1.27 0.18 0.00
65_V 250_P 1.24 0.17 0.00
39_L 280_R 1.22 0.16 0.00
80_Q 407_D 1.21 0.16 0.00
81_R 170_E 1.21 0.16 0.00
120_I 86_H 1.21 0.16 0.00
100_S 279_D 1.20 0.15 0.00
79_L 418_L 1.20 0.15 0.00
98_W 162_H 1.20 0.15 0.00
106_P 162_H 1.20 0.15 0.00
22_R 80_A 1.18 0.15 0.00
93_G 37_A 1.18 0.15 0.00
23_S 40_L 1.18 0.15 0.00
55_A 308_V 1.17 0.15 0.00
1_M 99_W 1.16 0.14 0.00
74_G 69_T 1.16 0.14 0.00
70_L 194_L 1.15 0.14 0.00
87_L 24_W 1.14 0.14 0.00
95_W 317_D 1.13 0.14 0.00
43_L 62_L 1.13 0.14 0.00
100_S 301_R 1.10 0.13 0.00
120_I 257_T 1.10 0.13 0.00
62_R 280_R 1.10 0.13 0.00
9_G 392_V 1.10 0.13 0.00
122_E 386_A 1.10 0.13 0.00
43_L 243_W 1.10 0.13 0.00
61_A 252_W 1.10 0.13 0.00
72_C 280_R 1.10 0.13 0.00
51_R 105_E 1.09 0.13 0.00
22_R 287_E 1.09 0.13 0.00
119_A 174_I 1.09 0.12 0.00
78_C 68_S 1.09 0.12 0.00
78_C 96_D 1.09 0.12 0.00
78_C 165_G 1.09 0.12 0.00
101_G 68_S 1.09 0.12 0.00
101_G 96_D 1.09 0.12 0.00
101_G 165_G 1.09 0.12 0.00
110_H 68_S 1.09 0.12 0.00
110_H 96_D 1.09 0.12 0.00
110_H 165_G 1.09 0.12 0.00
111_A 68_S 1.09 0.12 0.00
111_A 96_D 1.09 0.12 0.00
111_A 165_G 1.09 0.12 0.00
112_W 68_S 1.09 0.12 0.00
112_W 96_D 1.09 0.12 0.00
112_W 165_G 1.09 0.12 0.00
27_A 49_G 1.08 0.12 0.00
34_L 293_G 1.08 0.12 0.00
118_T 388_D 1.08 0.12 0.00
41_Q 228_T 1.07 0.12 0.00
100_S 174_I 1.07 0.12 0.00
42_V 365_E 1.07 0.12 0.00
15_W 267_E 1.07 0.12 0.00
81_R 283_H 1.07 0.12 0.00
58_A 315_L 1.06 0.12 0.00
25_A 152_H 1.06 0.12 0.00
5_V 171_L 1.06 0.12 0.00
27_A 4_P 1.06 0.12 0.00
28_A 69_T 1.05 0.12 0.00
136_R 193_V 1.05 0.12 0.00
96_P 327_R 1.05 0.12 0.00
21_A 164_T 1.04 0.11 0.00
57_R 320_V 1.04 0.11 0.00
82_S 100_A 1.04 0.11 0.00
121_G 179_L 1.04 0.11 0.00
108_G 36_A 1.04 0.11 0.00
91_L 40_L 1.04 0.11 0.00
83_V 177_S 1.03 0.11 0.00
116_D 112_H 1.03 0.11 0.00
131_T 52_T 1.03 0.11 0.00
129_F 94_N 1.03 0.11 0.00
120_I 177_S 1.03 0.11 0.00
66_V 171_L 1.03 0.11 0.00
115_V 308_V 1.03 0.11 0.00
86_A 56_G 1.03 0.11 0.00
78_C 169_D 1.02 0.11 0.00
101_G 169_D 1.02 0.11 0.00
110_H 169_D 1.02 0.11 0.00
111_A 169_D 1.02 0.11 0.00
112_W 169_D 1.02 0.11 0.00
89_C 283_H 1.02 0.11 0.00
83_V 409_R 1.02 0.11 0.00
1_M 98_R 1.02 0.11 0.00
28_A 340_L 1.02 0.11 0.00
56_E 18_A 1.01 0.11 0.00
87_L 16_G 1.01 0.11 0.00
78_C 359_K 1.01 0.11 0.00
101_G 359_K 1.01 0.11 0.00
110_H 359_K 1.01 0.11 0.00
111_A 359_K 1.01 0.11 0.00
112_W 359_K 1.01 0.11 0.00
126_M 86_H 1.01 0.11 0.00
18_R 188_L 1.01 0.11 0.00
43_L 24_W 1.01 0.11 0.00
78_C 338_K 1.01 0.11 0.00
101_G 338_K 1.01 0.11 0.00
110_H 338_K 1.01 0.11 0.00
111_A 338_K 1.01 0.11 0.00
112_W 338_K 1.01 0.11 0.00
14_P 304_E 1.01 0.11 0.00
27_A 258_V 1.00 0.11 0.00
34_L 392_V 1.00 0.11 0.00
137_H 290_V 1.00 0.11 0.00
102_F 196_R 1.00 0.10 0.00
81_R 94_N 1.00 0.10 0.00
109_A 187_P 1.00 0.10 0.00
107_F 99_W 0.99 0.10 0.00
100_S 73_F 0.99 0.10 0.00
39_L 58_V 0.99 0.10 0.00
2_S 171_L 0.99 0.10 0.00
57_R 40_L 0.99 0.10 0.00
78_C 67_D 0.98 0.10 0.00
101_G 67_D 0.98 0.10 0.00
110_H 67_D 0.98 0.10 0.00
111_A 67_D 0.98 0.10 0.00
112_W 67_D 0.98 0.10 0.00
89_C 326_V 0.98 0.10 0.00
78_C 167_G 0.98 0.10 0.00
101_G 167_G 0.98 0.10 0.00
110_H 167_G 0.98 0.10 0.00
111_A 167_G 0.98 0.10 0.00
112_W 167_G 0.98 0.10 0.00
60_A 12_L 0.97 0.10 0.00
60_A 228_T 0.97 0.10 0.00
27_A 72_C 0.97 0.10 0.00
136_R 224_G 0.97 0.10 0.00
78_C 313_P 0.97 0.10 0.00
101_G 313_P 0.97 0.10 0.00
110_H 313_P 0.97 0.10 0.00
111_A 313_P 0.97 0.10 0.00
112_W 313_P 0.97 0.10 0.00
133_L 396_A 0.97 0.10 0.00
35_P 130_D 0.97 0.10 0.00
78_C 423_W 0.96 0.10 0.00
101_G 423_W 0.96 0.10 0.00
110_H 423_W 0.96 0.10 0.00
111_A 423_W 0.96 0.10 0.00
112_W 423_W 0.96 0.10 0.00
120_I 394_A 0.96 0.10 0.00
64_A 63_S 0.96 0.10 0.00
78_C 65_G 0.96 0.10 0.00
101_G 65_G 0.96 0.10 0.00
110_H 65_G 0.96 0.10 0.00
111_A 65_G 0.96 0.10 0.00
112_W 65_G 0.96 0.10 0.00
97_D 334_P 0.96 0.10 0.00
31_L 286_L 0.96 0.10 0.00
85_T 290_V 0.96 0.10 0.00
65_V 21_V 0.95 0.10 0.00
84_A 27_P 0.95 0.10 0.00
50_S 10_T 0.95 0.10 0.00
2_S 98_R 0.95 0.10 0.00
88_L 76_A 0.95 0.10 0.00
129_F 261_V 0.94 0.09 0.00
37_R 185_R 0.94 0.09 0.00
123_P 360_G 0.94 0.09 0.00
114_E 10_T 0.94 0.09 0.00
73_A 342_T 0.94 0.09 0.00
85_T 35_E 0.94 0.09 0.00
60_A 42_A 0.93 0.09 0.00
80_Q 171_L 0.93 0.09 0.00
62_R 283_H 0.93 0.09 0.00
38_R 314_F 0.93 0.09 0.00
64_A 422_S 0.93 0.09 0.00
113_V 137_P 0.93 0.09 0.00
74_G 208_M 0.93 0.09 0.00
46_V 140_W 0.93 0.09 0.00
35_P 229_L 0.93 0.09 0.00
54_D 95_E 0.93 0.09 0.00
81_R 99_W 0.92 0.09 0.00
78_C 64_G 0.92 0.09 0.00
101_G 64_G 0.92 0.09 0.00
110_H 64_G 0.92 0.09 0.00
111_A 64_G 0.92 0.09 0.00
112_W 64_G 0.92 0.09 0.00
2_S 83_L 0.92 0.09 0.00
33_R 78_E 0.92 0.09 0.00
23_S 188_L 0.92 0.09 0.00
47_S 152_H 0.92 0.09 0.00
23_S 108_T 0.92 0.09 0.00
89_C 91_D 0.92 0.09 0.00
90_R 283_H 0.92 0.09 0.00
79_L 67_D 0.92 0.09 0.00
107_F 283_H 0.92 0.09 0.00
83_V 7_G 0.92 0.09 0.00
82_S 386_A 0.92 0.09 0.00
56_E 380_L 0.92 0.09 0.00
22_R 77_A 0.91 0.09 0.00
44_R 70_T 0.91 0.09 0.00
56_E 17_P 0.91 0.09 0.00
77_G 418_L 0.91 0.09 0.00
87_L 92_R 0.91 0.09 0.00
134_S 251_P 0.91 0.09 0.00
98_W 68_S 0.91 0.09 0.00
98_W 96_D 0.91 0.09 0.00
98_W 165_G 0.91 0.09 0.00
106_P 68_S 0.91 0.09 0.00
106_P 96_D 0.91 0.09 0.00
106_P 165_G 0.91 0.09 0.00
71_R 86_H 0.91 0.09 0.00
18_R 286_L 0.91 0.09 0.00
115_V 402_T 0.90 0.09 0.00
113_V 361_E 0.90 0.09 0.00
51_R 158_G 0.90 0.09 0.00
77_G 312_A 0.90 0.09 0.00
5_V 293_G 0.90 0.09 0.00
96_P 43_A 0.90 0.09 0.00
93_G 354_L 0.90 0.09 0.00
109_A 283_H 0.90 0.09 0.00
33_R 240_A 0.90 0.09 0.00
58_A 28_A 0.90 0.09 0.00
77_G 190_S 0.90 0.09 0.00
83_V 323_A 0.89 0.09 0.00
92_A 151_A 0.89 0.09 0.00
55_A 135_E 0.89 0.09 0.00
129_F 67_D 0.89 0.09 0.00
12_P 388_D 0.89 0.08 0.00
56_E 270_E 0.89 0.08 0.00
41_Q 49_G 0.88 0.08 0.00
107_F 170_E 0.88 0.08 0.00
93_G 77_A 0.88 0.08 0.00
129_F 297_R 0.88 0.08 0.00
69_S 61_D 0.88 0.08 0.00
78_C 63_S 0.88 0.08 0.00
101_G 63_S 0.88 0.08 0.00
110_H 63_S 0.88 0.08 0.00
111_A 63_S 0.88 0.08 0.00
112_W 63_S 0.88 0.08 0.00
78_C 356_R 0.88 0.08 0.00
101_G 356_R 0.88 0.08 0.00
110_H 356_R 0.88 0.08 0.00
111_A 356_R 0.88 0.08 0.00
112_W 356_R 0.88 0.08 0.00
86_A 7_G 0.88 0.08 0.00
66_V 60_A 0.88 0.08 0.00
129_F 181_S 0.88 0.08 0.00
49_G 380_L 0.88 0.08 0.00
84_A 62_L 0.88 0.08 0.00
3_I 392_V 0.88 0.08 0.00
40_C 108_T 0.88 0.08 0.00
133_L 382_A 0.88 0.08 0.00
84_A 401_L 0.87 0.08 0.00
28_A 391_L 0.87 0.08 0.00
37_R 254_T 0.87 0.08 0.00
36_P 283_H 0.87 0.08 0.00
19_V 31_V 0.87 0.08 0.00
68_V 180_W 0.87 0.08 0.00
38_R 49_G 0.87 0.08 0.00
76_A 83_L 0.87 0.08 0.00
82_S 68_S 0.87 0.08 0.00
82_S 96_D 0.87 0.08 0.00
82_S 165_G 0.87 0.08 0.00
68_V 181_S 0.86 0.08 0.00
87_L 62_L 0.86 0.08 0.00
51_R 251_P 0.86 0.08 0.00
6_A 241_L 0.86 0.08 0.00
92_A 314_F 0.86 0.08 0.00
39_L 168_G 0.86 0.08 0.00
84_A 316_D 0.86 0.08 0.00
129_F 421_E 0.86 0.08 0.00
107_F 280_R 0.86 0.08 0.00
114_E 279_D 0.86 0.08 0.00
30_L 108_T 0.86 0.08 0.00
86_A 355_D 0.86 0.08 0.00
49_G 340_L 0.86 0.08 0.00
59_L 379_E 0.85 0.08 0.00
73_A 192_P 0.85 0.08 0.00
68_V 349_V 0.85 0.08 0.00
83_V 122_S 0.85 0.08 0.00
116_D 54_G 0.85 0.08 0.00
24_A 38_G 0.85 0.08 0.00
119_A 134_G 0.85 0.08 0.00
30_L 422_S 0.85 0.08 0.00
99_C 70_T 0.85 0.08 0.00
65_V 144_R 0.85 0.08 0.00
46_V 371_N 0.85 0.08 0.00
77_G 197_Y 0.85 0.08 0.00
77_G 180_W 0.85 0.08 0.00
131_T 300_G 0.85 0.08 0.00
96_P 23_W 0.85 0.08 0.00
79_L 359_K 0.85 0.08 0.00
120_I 240_A 0.85 0.08 0.00
83_V 110_A 0.85 0.08 0.00
74_G 269_A 0.84 0.08 0.00
93_G 73_F 0.84 0.08 0.00
120_I 113_L 0.84 0.08 0.00
115_V 22_H 0.84 0.08 0.00
39_L 343_A 0.84 0.08 0.00
126_M 18_A 0.84 0.08 0.00
119_A 362_F 0.84 0.08 0.00
79_L 338_K 0.84 0.08 0.00
139_D 333_V 0.84 0.08 0.00
85_T 209_A 0.84 0.08 0.00
21_A 166_L 0.84 0.08 0.00
41_Q 53_A 0.84 0.08 0.00
132_V 254_T 0.84 0.08 0.00
72_C 317_D 0.84 0.08 0.00
11_V 394_A 0.84 0.08 0.00
129_F 293_G 0.84 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 1.011 seconds.