May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
CutCD
Genes: A B A+B
Length: 846 310 1100
Sequences: 1173 743 493
Seq/Len: 1.39 2.4 0.45
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.69
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.01 0.37
2 0.02 0.01 0.41
5 0.03 0.01 0.43
10 0.03 0.02 0.43
20 0.04 0.03 0.43
100 0.08 0.05 0.44
∞ 0.12 0.11 0.47
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
743_K 126_F 2.15 0.89 0.41
783_T 125_P 1.48 0.51 0.08
292_K 224_I 1.22 0.33 0.03
86_K 131_G 1.22 0.33 0.03
650_Q 62_A 1.21 0.32 0.03
644_D 151_L 1.18 0.30 0.03
497_R 249_Y 1.16 0.29 0.03
743_K 122_E 1.13 0.27 0.02
118_H 114_S 1.13 0.27 0.02
768_L 8_I 1.12 0.27 0.02
823_S 108_G 1.11 0.26 0.02
485_C 258_I 1.10 0.26 0.02
235_R 237_D 1.07 0.24 0.02
542_Y 241_G 1.04 0.22 0.02
816_V 186_L 1.04 0.22 0.02
174_P 126_F 1.04 0.22 0.02
161_S 50_V 1.03 0.22 0.02
641_L 207_L 1.03 0.21 0.02
627_Y 8_I 1.03 0.21 0.02
630_R 88_Q 1.02 0.21 0.01
720_W 20_P 1.01 0.21 0.01
811_K 196_R 1.01 0.20 0.01
269_M 111_K 0.99 0.20 0.01
539_Y 141_V 0.99 0.20 0.01
576_P 260_L 0.99 0.20 0.01
465_D 136_L 0.99 0.20 0.01
71_K 239_L 0.98 0.19 0.01
400_V 64_V 0.98 0.19 0.01
265_A 263_Y 0.98 0.19 0.01
300_E 97_D 0.97 0.19 0.01
739_T 123_D 0.97 0.19 0.01
808_H 256_K 0.97 0.19 0.01
413_D 196_R 0.96 0.18 0.01
309_A 248_P 0.96 0.18 0.01
796_Y 71_V 0.96 0.18 0.01
350_R 158_H 0.95 0.18 0.01
544_K 181_Y 0.95 0.18 0.01
349_Y 173_E 0.94 0.18 0.01
261_V 39_S 0.94 0.17 0.01
714_A 43_G 0.94 0.17 0.01
644_D 280_I 0.94 0.17 0.01
636_Q 112_T 0.93 0.17 0.01
553_I 228_L 0.93 0.17 0.01
77_T 43_G 0.93 0.17 0.01
415_T 212_L 0.92 0.17 0.01
668_A 215_L 0.92 0.17 0.01
831_K 182_V 0.92 0.17 0.01
653_A 101_S 0.92 0.17 0.01
633_T 267_G 0.92 0.16 0.01
299_S 217_E 0.92 0.16 0.01
349_Y 231_G 0.91 0.16 0.01
66_K 226_V 0.91 0.16 0.01
348_F 14_Y 0.91 0.16 0.01
406_E 260_L 0.90 0.16 0.01
652_L 284_P 0.90 0.16 0.01
303_A 28_F 0.90 0.16 0.01
729_P 235_S 0.90 0.16 0.01
299_S 113_I 0.90 0.16 0.01
622_I 66_V 0.89 0.15 0.01
627_Y 45_L 0.89 0.15 0.01
628_D 210_S 0.89 0.15 0.01
701_S 187_Y 0.89 0.15 0.01
284_A 194_S 0.88 0.15 0.01
355_S 8_I 0.88 0.15 0.01
355_S 213_T 0.88 0.15 0.01
397_N 51_L 0.88 0.15 0.01
796_Y 65_P 0.88 0.15 0.01
271_Y 294_V 0.88 0.15 0.01
555_W 153_A 0.88 0.15 0.01
99_L 275_G 0.87 0.15 0.01
560_T 291_L 0.87 0.15 0.01
366_L 260_L 0.87 0.15 0.01
766_G 96_E 0.87 0.15 0.01
573_E 180_Q 0.87 0.15 0.01
220_G 152_L 0.87 0.15 0.01
724_S 298_I 0.87 0.15 0.01
311_S 151_L 0.87 0.15 0.01
275_L 179_A 0.87 0.15 0.01
288_D 58_V 0.87 0.14 0.01
701_S 165_E 0.86 0.14 0.01
147_L 259_D 0.86 0.14 0.01
235_R 235_S 0.86 0.14 0.01
543_E 115_E 0.86 0.14 0.01
355_S 54_E 0.85 0.14 0.01
792_M 228_L 0.85 0.14 0.01
769_D 61_G 0.85 0.14 0.01
311_S 303_F 0.85 0.14 0.01
763_L 116_L 0.85 0.14 0.01
264_T 269_G 0.85 0.14 0.01
775_N 121_E 0.85 0.14 0.01
234_Q 56_L 0.85 0.14 0.01
277_A 115_E 0.85 0.14 0.01
271_Y 10_N 0.85 0.14 0.01
313_F 144_Q 0.85 0.14 0.01
644_D 45_L 0.84 0.14 0.01
714_A 178_A 0.84 0.14 0.01
644_D 279_P 0.84 0.14 0.01
301_V 203_V 0.84 0.14 0.01
312_N 210_S 0.84 0.14 0.01
715_N 302_D 0.84 0.14 0.01
276_S 171_K 0.84 0.14 0.01
358_L 298_I 0.84 0.13 0.01
497_R 14_Y 0.84 0.13 0.01
544_K 127_Y 0.84 0.13 0.01
585_E 127_Y 0.84 0.13 0.01
641_L 116_L 0.83 0.13 0.01
509_W 50_V 0.83 0.13 0.01
706_F 175_V 0.83 0.13 0.01
447_K 234_D 0.83 0.13 0.01
259_K 52_Y 0.83 0.13 0.01
253_D 206_E 0.83 0.13 0.01
527_K 160_I 0.83 0.13 0.01
540_D 195_A 0.82 0.13 0.01
806_Q 67_C 0.82 0.13 0.01
736_K 119_V 0.82 0.13 0.01
628_D 187_Y 0.82 0.13 0.01
796_Y 255_F 0.82 0.13 0.01
67_E 26_V 0.82 0.13 0.01
130_R 165_E 0.82 0.13 0.01
241_L 231_G 0.82 0.13 0.01
207_S 186_L 0.82 0.13 0.01
622_I 111_K 0.82 0.13 0.01
788_G 44_Q 0.82 0.13 0.01
582_L 198_Y 0.82 0.13 0.01
526_G 113_I 0.82 0.13 0.01
221_Y 95_C 0.82 0.13 0.01
735_Y 161_N 0.81 0.13 0.01
781_I 11_I 0.81 0.13 0.01
622_I 283_N 0.81 0.13 0.01
345_M 206_E 0.81 0.13 0.01
780_L 262_P 0.81 0.13 0.01
163_E 177_K 0.81 0.13 0.01
465_D 212_L 0.81 0.13 0.01
542_Y 223_K 0.81 0.13 0.01
739_T 13_K 0.81 0.13 0.01
357_R 8_I 0.81 0.12 0.01
382_S 165_E 0.81 0.12 0.01
452_I 55_N 0.81 0.12 0.01
519_H 275_G 0.81 0.12 0.01
588_M 86_G 0.81 0.12 0.01
732_G 263_Y 0.81 0.12 0.01
654_D 82_G 0.81 0.12 0.01
236_E 169_Y 0.81 0.12 0.01
280_A 118_E 0.81 0.12 0.01
253_D 246_L 0.81 0.12 0.01
543_E 237_D 0.80 0.12 0.01
636_Q 117_L 0.80 0.12 0.01
357_R 241_G 0.80 0.12 0.01
771_P 307_V 0.80 0.12 0.01
285_R 304_P 0.80 0.12 0.01
693_L 276_W 0.80 0.12 0.01
269_M 136_L 0.80 0.12 0.01
816_V 13_K 0.80 0.12 0.01
73_V 124_R 0.80 0.12 0.01
732_G 231_G 0.80 0.12 0.01
284_A 61_G 0.80 0.12 0.01
400_V 70_G 0.80 0.12 0.01
629_D 75_S 0.79 0.12 0.01
661_Y 275_G 0.79 0.12 0.01
721_M 84_A 0.79 0.12 0.01
526_G 299_R 0.79 0.12 0.01
786_M 112_T 0.79 0.12 0.01
300_E 281_E 0.79 0.12 0.01
525_Y 136_L 0.79 0.12 0.01
404_T 228_L 0.79 0.12 0.01
814_D 258_I 0.79 0.12 0.01
76_I 114_S 0.79 0.12 0.01
308_H 28_F 0.79 0.12 0.01
312_N 214_W 0.79 0.12 0.01
544_K 64_V 0.79 0.12 0.01
233_I 164_I 0.78 0.12 0.01
299_S 116_L 0.78 0.12 0.01
99_L 165_E 0.78 0.12 0.01
808_H 293_R 0.78 0.12 0.01
538_Q 303_F 0.78 0.12 0.01
844_H 54_E 0.78 0.12 0.01
541_T 47_Q 0.78 0.12 0.01
442_Q 173_E 0.78 0.11 0.01
485_C 170_A 0.78 0.11 0.01
508_Q 137_G 0.78 0.11 0.01
350_R 296_A 0.78 0.11 0.01
255_I 240_R 0.77 0.11 0.01
359_T 96_E 0.77 0.11 0.01
277_A 199_E 0.77 0.11 0.01
740_A 13_K 0.77 0.11 0.01
289_P 213_T 0.77 0.11 0.01
191_E 182_V 0.77 0.11 0.01
253_D 292_E 0.77 0.11 0.01
233_I 162_T 0.77 0.11 0.01
189_Y 28_F 0.77 0.11 0.01
797_L 230_R 0.77 0.11 0.01
83_A 127_Y 0.77 0.11 0.01
628_D 46_R 0.77 0.11 0.01
280_A 131_G 0.77 0.11 0.01
823_S 12_Q 0.77 0.11 0.01
602_N 238_D 0.77 0.11 0.01
810_E 5_K 0.77 0.11 0.01
639_E 241_G 0.77 0.11 0.01
493_Q 165_E 0.76 0.11 0.01
293_A 111_K 0.76 0.11 0.01
529_V 169_Y 0.76 0.11 0.01
719_A 207_L 0.76 0.11 0.01
823_S 10_N 0.76 0.11 0.01
80_R 130_S 0.76 0.11 0.01
495_S 10_N 0.76 0.11 0.01
495_S 165_E 0.76 0.11 0.01
629_D 77_S 0.76 0.11 0.01
222_D 237_D 0.76 0.11 0.01
60_P 296_A 0.76 0.11 0.01
354_D 114_S 0.76 0.11 0.01
585_E 116_L 0.76 0.11 0.01
323_V 249_Y 0.76 0.11 0.01
544_K 292_E 0.76 0.11 0.01
553_I 239_L 0.76 0.11 0.01
813_R 176_M 0.76 0.11 0.01
289_P 237_D 0.76 0.11 0.01
807_K 64_V 0.75 0.11 0.01
513_I 14_Y 0.75 0.11 0.01
348_F 82_G 0.75 0.11 0.01
183_E 162_T 0.75 0.11 0.01
60_P 199_E 0.75 0.11 0.01
354_D 222_V 0.75 0.11 0.01
573_E 136_L 0.75 0.11 0.01
635_A 207_L 0.75 0.11 0.01
452_I 72_H 0.75 0.11 0.01
543_E 112_T 0.75 0.11 0.01
718_R 136_L 0.74 0.10 0.01
726_G 126_F 0.74 0.10 0.01
436_V 12_Q 0.74 0.10 0.01
690_Y 14_Y 0.74 0.10 0.01
400_V 263_Y 0.74 0.10 0.01
627_Y 242_L 0.74 0.10 0.01
315_E 6_A 0.74 0.10 0.01
171_E 229_L 0.74 0.10 0.01
282_L 210_S 0.74 0.10 0.01
695_H 182_V 0.74 0.10 0.01
335_G 268_V 0.74 0.10 0.00
770_T 12_Q 0.74 0.10 0.00
739_T 127_Y 0.74 0.10 0.00
636_Q 87_A 0.74 0.10 0.00
633_T 208_I 0.74 0.10 0.00
627_Y 240_R 0.74 0.10 0.00
179_K 219_K 0.74 0.10 0.00
234_Q 28_F 0.73 0.10 0.00
409_D 151_L 0.73 0.10 0.00
797_L 161_N 0.73 0.10 0.00
543_E 194_S 0.73 0.10 0.00
539_Y 193_D 0.73 0.10 0.00
812_Y 269_G 0.73 0.10 0.00
399_C 307_V 0.73 0.10 0.00
64_K 244_E 0.73 0.10 0.00
90_E 237_D 0.73 0.10 0.00
300_E 48_Y 0.73 0.10 0.00
635_A 171_K 0.73 0.10 0.00
540_D 277_E 0.73 0.10 0.00
357_R 213_T 0.73 0.10 0.00
824_A 29_K 0.73 0.10 0.00
458_F 10_N 0.73 0.10 0.00
354_D 98_V 0.73 0.10 0.00
713_S 107_V 0.73 0.10 0.00
787_L 126_F 0.73 0.10 0.00
285_R 237_D 0.73 0.10 0.00
789_N 259_D 0.73 0.10 0.00
803_L 159_G 0.73 0.10 0.00
292_K 115_E 0.73 0.10 0.00
151_G 303_F 0.73 0.10 0.00
538_Q 207_L 0.73 0.10 0.00
113_L 294_V 0.73 0.10 0.00
661_Y 7_L 0.72 0.10 0.00
296_Q 222_V 0.72 0.10 0.00
239_E 36_K 0.72 0.10 0.00
825_F 238_D 0.72 0.10 0.00
83_A 263_Y 0.72 0.10 0.00
228_K 134_V 0.72 0.10 0.00
772_E 8_I 0.72 0.10 0.00
797_L 303_F 0.72 0.10 0.00
534_G 162_T 0.72 0.10 0.00
439_K 241_G 0.72 0.10 0.00
541_T 11_I 0.72 0.10 0.00
175_F 298_I 0.72 0.10 0.00
794_F 271_Y 0.72 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
13052 0.53 DaCutCD Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.72 Done - Shared
3436 0.45 CutCD Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.41 Done - Shared
Page generated in 0.5659 seconds.