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OPENSEQ.org
CreD and CreE complex
Genes: A B A+B
Length: 476 666 1104
Sequences: 8480 357 56
Seq/Len: 17.82 0.54 0.05
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.00 0.04
2 0.03 0.00 0.04
5 0.05 0.00 0.05
10 0.06 0.01 0.05
20 0.06 0.01 0.05
100 0.09 0.02 0.08
∞ 0.18 0.06 0.18
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
187_L 449_V 1.83 0.21 0.00
321_A 39_V 1.62 0.16 0.00
130_G 288_Y 1.55 0.14 0.00
464_V 140_F 1.54 0.14 0.00
265_V 177_L 1.51 0.14 0.00
217_G 340_E 1.51 0.14 0.00
73_A 271_P 1.49 0.13 0.00
142_I 259_A 1.47 0.13 0.00
234_R 95_R 1.46 0.13 0.00
414_L 446_I 1.43 0.12 0.00
356_C 382_I 1.42 0.12 0.00
397_V 237_L 1.41 0.12 0.00
451_L 281_G 1.38 0.11 0.00
197_V 389_C 1.37 0.11 0.00
262_L 466_G 1.37 0.11 0.00
322_L 340_E 1.36 0.11 0.00
126_V 185_A 1.36 0.11 0.00
276_I 225_L 1.36 0.11 0.00
422_G 504_E 1.35 0.11 0.00
390_G 119_R 1.35 0.11 0.00
90_E 306_L 1.35 0.11 0.00
301_A 99_A 1.33 0.10 0.00
247_R 499_V 1.33 0.10 0.00
187_L 306_L 1.32 0.10 0.00
276_I 41_V 1.32 0.10 0.00
108_R 131_F 1.32 0.10 0.00
335_L 230_I 1.31 0.10 0.00
82_L 28_E 1.31 0.10 0.00
342_S 518_S 1.31 0.10 0.00
243_T 111_D 1.31 0.10 0.00
148_R 8_V 1.30 0.10 0.00
266_L 575_G 1.30 0.10 0.00
126_V 592_R 1.30 0.10 0.00
199_R 634_V 1.30 0.10 0.00
231_L 144_V 1.29 0.10 0.00
91_T 237_L 1.28 0.10 0.00
126_V 474_F 1.28 0.10 0.00
187_L 302_H 1.28 0.10 0.00
312_V 518_S 1.27 0.10 0.00
259_V 149_A 1.27 0.10 0.00
197_V 463_D 1.27 0.10 0.00
78_R 295_E 1.27 0.10 0.00
155_A 407_G 1.27 0.10 0.00
372_A 415_H 1.27 0.09 0.00
243_T 353_R 1.26 0.09 0.00
430_E 225_L 1.26 0.09 0.00
204_L 539_T 1.26 0.09 0.00
332_T 620_N 1.25 0.09 0.00
416_R 558_C 1.25 0.09 0.00
126_V 415_H 1.25 0.09 0.00
400_A 198_R 1.24 0.09 0.00
88_A 527_R 1.24 0.09 0.00
198_A 512_A 1.24 0.09 0.00
434_E 349_A 1.24 0.09 0.00
457_T 404_G 1.23 0.09 0.00
284_A 309_P 1.23 0.09 0.00
292_A 295_E 1.23 0.09 0.00
195_G 11_V 1.23 0.09 0.00
360_T 45_A 1.23 0.09 0.00
451_L 559_R 1.23 0.09 0.00
202_D 463_D 1.22 0.09 0.00
440_G 59_R 1.21 0.09 0.00
314_S 387_R 1.21 0.09 0.00
108_R 164_A 1.21 0.09 0.00
88_A 114_T 1.21 0.09 0.00
115_E 318_R 1.21 0.09 0.00
444_K 414_E 1.21 0.09 0.00
301_A 324_G 1.21 0.09 0.00
336_V 155_V 1.20 0.09 0.00
397_V 139_M 1.20 0.09 0.00
430_E 481_A 1.20 0.09 0.00
307_H 340_E 1.20 0.09 0.00
204_L 600_F 1.20 0.09 0.00
397_V 528_A 1.20 0.09 0.00
233_D 358_D 1.20 0.08 0.00
317_I 364_Y 1.19 0.08 0.00
130_G 331_L 1.18 0.08 0.00
88_A 183_R 1.18 0.08 0.00
148_R 549_L 1.18 0.08 0.00
53_T 230_I 1.18 0.08 0.00
172_L 72_V 1.18 0.08 0.00
270_A 111_D 1.18 0.08 0.00
333_Q 68_S 1.18 0.08 0.00
334_C 387_R 1.18 0.08 0.00
270_A 92_E 1.18 0.08 0.00
207_S 625_G 1.18 0.08 0.00
154_A 563_I 1.17 0.08 0.00
457_T 244_N 1.17 0.08 0.00
220_G 513_A 1.17 0.08 0.00
164_P 120_A 1.17 0.08 0.00
204_L 538_V 1.17 0.08 0.00
360_T 399_R 1.17 0.08 0.00
282_S 530_V 1.16 0.08 0.00
391_R 306_L 1.16 0.08 0.00
172_L 115_L 1.16 0.08 0.00
438_L 154_R 1.16 0.08 0.00
47_D 331_L 1.16 0.08 0.00
86_R 150_H 1.16 0.08 0.00
201_R 539_T 1.16 0.08 0.00
352_P 341_C 1.16 0.08 0.00
249_V 394_A 1.16 0.08 0.00
328_A 566_G 1.16 0.08 0.00
172_L 38_T 1.15 0.08 0.00
421_A 446_I 1.15 0.08 0.00
379_A 230_I 1.15 0.08 0.00
378_A 376_V 1.15 0.08 0.00
234_R 372_D 1.14 0.08 0.00
438_L 249_M 1.14 0.08 0.00
115_E 122_G 1.14 0.08 0.00
368_V 449_V 1.14 0.08 0.00
378_A 519_P 1.14 0.08 0.00
143_G 559_R 1.14 0.08 0.00
318_R 340_E 1.13 0.08 0.00
284_A 449_V 1.13 0.08 0.00
62_L 164_A 1.13 0.08 0.00
143_G 345_G 1.13 0.08 0.00
312_V 290_A 1.13 0.08 0.00
129_T 518_S 1.13 0.08 0.00
234_R 366_A 1.12 0.08 0.00
269_T 116_A 1.12 0.08 0.00
241_A 463_D 1.12 0.08 0.00
451_L 79_D 1.12 0.08 0.00
451_L 271_P 1.12 0.07 0.00
445_E 176_L 1.12 0.07 0.00
254_V 367_G 1.12 0.07 0.00
201_R 231_A 1.11 0.07 0.00
171_A 585_R 1.11 0.07 0.00
217_G 85_E 1.11 0.07 0.00
196_R 191_V 1.11 0.07 0.00
167_G 423_A 1.11 0.07 0.00
267_A 97_L 1.11 0.07 0.00
217_G 336_A 1.11 0.07 0.00
138_A 290_A 1.10 0.07 0.00
217_G 306_L 1.10 0.07 0.00
288_V 225_L 1.10 0.07 0.00
449_A 414_E 1.10 0.07 0.00
62_L 60_Q 1.10 0.07 0.00
249_V 309_P 1.10 0.07 0.00
467_A 528_A 1.10 0.07 0.00
268_F 563_I 1.10 0.07 0.00
20_C 202_P 1.10 0.07 0.00
295_A 163_L 1.10 0.07 0.00
226_G 328_L 1.10 0.07 0.00
187_L 331_L 1.10 0.07 0.00
301_A 420_V 1.09 0.07 0.00
27_R 111_D 1.09 0.07 0.00
255_L 288_Y 1.09 0.07 0.00
457_T 586_L 1.09 0.07 0.00
418_A 313_A 1.09 0.07 0.00
332_T 84_V 1.09 0.07 0.00
394_S 199_A 1.09 0.07 0.00
289_A 5_R 1.09 0.07 0.00
316_L 588_D 1.08 0.07 0.00
343_A 586_L 1.08 0.07 0.00
282_S 143_V 1.08 0.07 0.00
386_D 177_L 1.08 0.07 0.00
77_D 56_G 1.08 0.07 0.00
459_V 488_A 1.08 0.07 0.00
90_E 482_S 1.08 0.07 0.00
177_T 241_L 1.08 0.07 0.00
197_V 627_A 1.08 0.07 0.00
126_V 137_E 1.07 0.07 0.00
130_G 600_F 1.07 0.07 0.00
351_Q 286_V 1.07 0.07 0.00
443_P 24_F 1.07 0.07 0.00
27_R 545_A 1.07 0.07 0.00
296_V 311_R 1.07 0.07 0.00
53_T 324_G 1.07 0.07 0.00
104_A 532_I 1.07 0.07 0.00
392_I 446_I 1.07 0.07 0.00
447_W 230_I 1.07 0.07 0.00
58_R 163_L 1.07 0.07 0.00
86_R 28_E 1.07 0.07 0.00
130_G 634_V 1.07 0.07 0.00
390_G 519_P 1.06 0.07 0.00
451_L 211_A 1.06 0.07 0.00
322_L 306_L 1.06 0.07 0.00
386_D 399_R 1.06 0.07 0.00
259_V 386_D 1.06 0.07 0.00
247_R 585_R 1.06 0.07 0.00
266_L 540_D 1.06 0.07 0.00
433_G 578_E 1.06 0.07 0.00
59_T 432_H 1.06 0.07 0.00
399_V 159_T 1.06 0.07 0.00
445_E 197_V 1.06 0.07 0.00
31_P 153_V 1.05 0.07 0.00
140_R 530_V 1.05 0.07 0.00
91_T 518_S 1.05 0.07 0.00
154_A 230_I 1.05 0.07 0.00
27_R 336_A 1.05 0.07 0.00
397_V 360_F 1.05 0.07 0.00
394_S 36_A 1.05 0.07 0.00
278_V 260_F 1.05 0.07 0.00
135_A 538_V 1.05 0.07 0.00
167_G 260_F 1.05 0.07 0.00
200_L 7_T 1.04 0.07 0.00
418_A 268_R 1.04 0.07 0.00
397_V 507_I 1.04 0.07 0.00
360_T 81_A 1.04 0.07 0.00
254_V 376_V 1.04 0.07 0.00
465_D 553_L 1.04 0.07 0.00
397_V 516_A 1.04 0.07 0.00
286_T 412_L 1.04 0.07 0.00
387_L 580_T 1.04 0.07 0.00
173_H 505_V 1.04 0.07 0.00
260_A 71_T 1.04 0.07 0.00
148_R 218_P 1.04 0.07 0.00
20_C 317_G 1.04 0.07 0.00
143_G 432_H 1.04 0.07 0.00
188_E 286_V 1.04 0.07 0.00
282_S 421_R 1.04 0.07 0.00
217_G 143_V 1.04 0.07 0.00
73_A 503_L 1.04 0.07 0.00
307_H 41_V 1.04 0.07 0.00
329_T 421_R 1.03 0.07 0.00
382_R 331_L 1.03 0.07 0.00
130_G 91_H 1.03 0.07 0.00
136_R 363_A 1.03 0.07 0.00
416_R 138_E 1.03 0.07 0.00
144_D 358_D 1.03 0.07 0.00
166_A 505_V 1.03 0.07 0.00
130_G 80_M 1.03 0.07 0.00
39_S 636_S 1.03 0.07 0.00
288_V 620_N 1.03 0.07 0.00
386_D 8_V 1.03 0.07 0.00
53_T 11_V 1.03 0.07 0.00
220_G 157_R 1.03 0.07 0.00
108_R 379_R 1.03 0.07 0.00
131_A 637_L 1.03 0.07 0.00
27_R 115_L 1.02 0.07 0.00
307_H 336_A 1.02 0.07 0.00
284_A 152_E 1.02 0.07 0.00
415_T 399_R 1.02 0.07 0.00
247_R 341_C 1.02 0.07 0.00
451_L 7_T 1.02 0.07 0.00
88_A 98_A 1.02 0.07 0.00
451_L 620_N 1.02 0.07 0.00
355_E 293_E 1.02 0.07 0.00
75_R 466_G 1.02 0.07 0.00
199_R 71_T 1.02 0.06 0.00
167_G 295_E 1.02 0.06 0.00
207_S 341_C 1.02 0.06 0.00
27_R 340_E 1.02 0.06 0.00
201_R 203_G 1.01 0.06 0.00
50_A 523_G 1.01 0.06 0.00
226_G 463_D 1.01 0.06 0.00
382_R 482_S 1.01 0.06 0.00
203_G 134_C 1.01 0.06 0.00
71_T 264_P 1.01 0.06 0.00
81_L 6_L 1.01 0.06 0.00
427_T 329_R 1.01 0.06 0.00
226_G 289_H 1.01 0.06 0.00
37_C 313_A 1.01 0.06 0.00
368_V 153_V 1.01 0.06 0.00
24_S 460_H 1.01 0.06 0.00
138_A 237_L 1.01 0.06 0.00
392_I 363_A 1.01 0.06 0.00
82_L 138_E 1.01 0.06 0.00
356_C 270_H 1.01 0.06 0.00
421_A 575_G 1.01 0.06 0.00
260_A 553_L 1.01 0.06 0.00
62_L 232_P 1.01 0.06 0.00
390_G 172_G 1.01 0.06 0.00
112_A 637_L 1.01 0.06 0.00
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403_P 181_G 0.84 0.05 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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