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OPENSEQ.org
PafA-Mpa
Genes: A B A+B
Length: 452 609 987
Sequences: 481 468 76
Seq/Len: 1.06 0.77 0.08
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.60
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.26 0.01 0.04
2 0.41 0.01 0.05
5 0.67 0.02 0.06
10 0.79 0.02 0.07
20 0.83 0.02 0.07
100 0.84 0.02 0.07
∞ 0.85 0.03 0.07
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
425_N 101_Y 1.69 0.23 0.00
357_Y 367_I 1.54 0.19 0.00
66_T 115_V 1.47 0.17 0.00
168_L 101_Y 1.45 0.16 0.00
224_V 115_V 1.45 0.16 0.00
186_S 382_T 1.40 0.15 0.00
430_R 533_S 1.40 0.15 0.00
4_R 274_H 1.35 0.14 0.00
185_R 81_R 1.32 0.13 0.00
450_A 534_V 1.31 0.13 0.00
449_I 289_V 1.30 0.13 0.00
441_V 225_K 1.28 0.12 0.00
432_V 141_V 1.26 0.12 0.00
408_A 95_G 1.26 0.12 0.00
177_E 367_I 1.25 0.12 0.00
79_D 277_L 1.25 0.12 0.00
93_A 367_I 1.24 0.12 0.00
47_F 92_D 1.23 0.11 0.00
425_N 281_Y 1.22 0.11 0.00
230_V 145_E 1.22 0.11 0.00
28_E 222_V 1.21 0.11 0.00
16_C 522_V 1.21 0.11 0.00
276_L 253_D 1.19 0.11 0.00
430_R 281_Y 1.19 0.11 0.00
5_I 99_S 1.19 0.11 0.00
287_V 328_Y 1.18 0.11 0.00
186_S 522_V 1.17 0.10 0.00
371_Q 219_S 1.17 0.10 0.00
281_E 189_A 1.16 0.10 0.00
336_R 242_V 1.16 0.10 0.00
281_E 161_I 1.16 0.10 0.00
10_T 444_A 1.15 0.10 0.00
228_A 446_Q 1.15 0.10 0.00
362_R 165_R 1.15 0.10 0.00
275_A 226_A 1.14 0.10 0.00
169_S 360_A 1.14 0.10 0.00
364_R 228_Y 1.14 0.10 0.00
113_T 420_M 1.13 0.10 0.00
66_T 219_S 1.13 0.10 0.00
34_F 222_V 1.13 0.10 0.00
275_A 174_A 1.13 0.10 0.00
107_Y 376_I 1.12 0.10 0.00
410_E 229_A 1.12 0.10 0.00
188_P 341_F 1.12 0.09 0.00
233_M 382_T 1.12 0.09 0.00
406_S 113_V 1.11 0.09 0.00
228_A 229_A 1.11 0.09 0.00
175_I 148_T 1.10 0.09 0.00
108_L 146_A 1.10 0.09 0.00
156_K 520_Q 1.10 0.09 0.00
128_I 332_I 1.09 0.09 0.00
142_L 233_I 1.09 0.09 0.00
243_F 92_D 1.09 0.09 0.00
436_D 332_I 1.09 0.09 0.00
352_Q 374_D 1.09 0.09 0.00
363_G 328_Y 1.09 0.09 0.00
430_R 284_R 1.09 0.09 0.00
29_V 222_V 1.09 0.09 0.00
47_F 285_P 1.08 0.09 0.00
156_K 420_M 1.08 0.09 0.00
362_R 104_L 1.08 0.09 0.00
298_Q 122_M 1.08 0.09 0.00
168_L 325_A 1.08 0.09 0.00
186_S 354_Q 1.08 0.09 0.00
34_F 142_R 1.07 0.09 0.00
87_E 103_V 1.07 0.09 0.00
450_A 95_G 1.07 0.09 0.00
115_S 453_L 1.07 0.09 0.00
154_A 459_V 1.06 0.09 0.00
229_L 420_M 1.06 0.09 0.00
358_H 101_Y 1.06 0.09 0.00
368_D 72_K 1.06 0.09 0.00
445_V 505_K 1.06 0.09 0.00
360_I 326_K 1.05 0.08 0.00
184_T 357_R 1.05 0.08 0.00
184_T 396_L 1.05 0.08 0.00
184_T 418_E 1.05 0.08 0.00
346_S 376_I 1.05 0.08 0.00
442_D 85_L 1.05 0.08 0.00
442_D 72_K 1.04 0.08 0.00
251_A 263_Q 1.04 0.08 0.00
164_A 272_F 1.04 0.08 0.00
219_T 228_Y 1.04 0.08 0.00
8_I 228_Y 1.04 0.08 0.00
8_I 542_L 1.03 0.08 0.00
215_M 308_N 1.03 0.08 0.00
175_I 225_K 1.03 0.08 0.00
73_V 131_D 1.03 0.08 0.00
408_A 216_P 1.03 0.08 0.00
203_Y 164_L 1.03 0.08 0.00
219_T 374_D 1.03 0.08 0.00
333_L 180_A 1.02 0.08 0.00
72_L 215_R 1.02 0.08 0.00
201_E 274_H 1.02 0.08 0.00
362_R 225_K 1.02 0.08 0.00
93_A 382_T 1.01 0.08 0.00
257_H 88_R 1.01 0.08 0.00
163_A 474_C 1.01 0.08 0.00
138_S 72_K 1.01 0.08 0.00
233_M 522_V 1.01 0.08 0.00
146_V 165_R 1.01 0.08 0.00
450_A 167_I 1.01 0.08 0.00
224_V 125_T 1.00 0.08 0.00
380_T 154_T 1.00 0.08 0.00
140_V 459_V 0.99 0.08 0.00
16_C 230_F 0.99 0.08 0.00
145_L 502_N 0.99 0.08 0.00
220_T 240_D 0.99 0.08 0.00
309_Q 278_Y 0.99 0.07 0.00
363_G 221_L 0.99 0.07 0.00
174_H 444_A 0.99 0.07 0.00
175_I 318_R 0.99 0.07 0.00
374_G 285_P 0.98 0.07 0.00
259_V 102_G 0.98 0.07 0.00
358_H 520_Q 0.97 0.07 0.00
44_S 438_E 0.97 0.07 0.00
236_S 223_D 0.97 0.07 0.00
85_V 279_R 0.97 0.07 0.00
15_T 220_L 0.97 0.07 0.00
341_Y 233_I 0.97 0.07 0.00
34_F 272_F 0.97 0.07 0.00
432_V 150_V 0.97 0.07 0.00
259_V 117_T 0.97 0.07 0.00
236_S 319_G 0.97 0.07 0.00
429_Q 425_I 0.96 0.07 0.00
358_H 214_L 0.96 0.07 0.00
154_A 328_Y 0.96 0.07 0.00
87_E 352_I 0.96 0.07 0.00
358_H 284_R 0.96 0.07 0.00
118_N 420_M 0.96 0.07 0.00
115_S 228_Y 0.96 0.07 0.00
175_I 341_F 0.96 0.07 0.00
333_L 147_L 0.96 0.07 0.00
326_D 367_I 0.96 0.07 0.00
362_R 240_D 0.96 0.07 0.00
15_T 117_T 0.96 0.07 0.00
399_R 147_L 0.96 0.07 0.00
404_F 542_L 0.95 0.07 0.00
442_D 155_F 0.95 0.07 0.00
47_F 558_N 0.95 0.07 0.00
186_S 405_G 0.95 0.07 0.00
49_R 81_R 0.95 0.07 0.00
188_P 162_S 0.95 0.07 0.00
168_L 534_V 0.95 0.07 0.00
314_E 115_V 0.95 0.07 0.00
389_V 86_A 0.95 0.07 0.00
341_Y 101_Y 0.95 0.07 0.00
156_K 524_D 0.95 0.07 0.00
84_W 284_R 0.95 0.07 0.00
353_L 229_A 0.94 0.07 0.00
445_V 112_T 0.94 0.07 0.00
156_K 388_V 0.94 0.07 0.00
363_G 376_I 0.94 0.07 0.00
118_N 520_Q 0.94 0.07 0.00
414_D 489_E 0.94 0.07 0.00
113_T 388_V 0.94 0.07 0.00
115_S 537_T 0.94 0.07 0.00
443_E 130_I 0.94 0.07 0.00
147_T 86_A 0.94 0.07 0.00
175_I 319_G 0.94 0.07 0.00
45_N 114_D 0.94 0.07 0.00
234_I 542_L 0.94 0.07 0.00
408_A 446_Q 0.94 0.07 0.00
115_S 390_T 0.94 0.07 0.00
435_K 522_V 0.94 0.07 0.00
405_I 522_V 0.94 0.07 0.00
340_R 306_V 0.93 0.07 0.00
30_A 281_Y 0.93 0.07 0.00
175_I 321_D 0.93 0.07 0.00
269_G 113_V 0.93 0.07 0.00
185_R 518_M 0.93 0.07 0.00
24_L 281_Y 0.93 0.07 0.00
237_G 91_V 0.93 0.07 0.00
439_R 379_T 0.93 0.07 0.00
5_I 249_V 0.93 0.07 0.00
188_P 165_R 0.93 0.07 0.00
165_T 388_V 0.93 0.07 0.00
346_S 103_V 0.93 0.07 0.00
233_M 125_T 0.93 0.07 0.00
331_R 398_S 0.93 0.07 0.00
147_T 536_E 0.92 0.07 0.00
273_A 482_V 0.92 0.07 0.00
420_V 152_A 0.92 0.07 0.00
83_E 104_L 0.92 0.07 0.00
186_S 282_S 0.92 0.07 0.00
39_S 222_V 0.92 0.07 0.00
408_A 129_N 0.92 0.07 0.00
5_I 216_P 0.92 0.07 0.00
323_T 289_V 0.92 0.07 0.00
203_Y 221_L 0.92 0.07 0.00
218_T 352_I 0.92 0.07 0.00
85_V 398_S 0.91 0.07 0.00
219_T 308_N 0.91 0.07 0.00
75_L 122_M 0.91 0.07 0.00
349_K 367_I 0.91 0.07 0.00
16_C 161_I 0.91 0.07 0.00
188_P 140_T 0.91 0.07 0.00
363_G 275_K 0.91 0.07 0.00
290_L 223_D 0.91 0.07 0.00
290_L 529_N 0.91 0.07 0.00
259_V 235_K 0.91 0.07 0.00
107_Y 332_I 0.91 0.07 0.00
326_D 90_E 0.90 0.07 0.00
39_S 538_G 0.90 0.07 0.00
404_F 374_D 0.90 0.07 0.00
281_E 209_T 0.90 0.07 0.00
177_E 494_R 0.90 0.06 0.00
15_T 235_K 0.90 0.06 0.00
373_K 376_I 0.90 0.06 0.00
243_F 495_F 0.90 0.06 0.00
337_Y 102_G 0.90 0.06 0.00
405_I 382_T 0.90 0.06 0.00
186_S 90_E 0.90 0.06 0.00
362_R 72_K 0.89 0.06 0.00
31_R 285_P 0.89 0.06 0.00
314_E 479_I 0.89 0.06 0.00
28_E 272_F 0.89 0.06 0.00
140_V 491_D 0.89 0.06 0.00
202_K 122_M 0.89 0.06 0.00
432_V 84_L 0.89 0.06 0.00
297_A 154_T 0.89 0.06 0.00
79_D 357_R 0.89 0.06 0.00
79_D 396_L 0.89 0.06 0.00
79_D 418_E 0.89 0.06 0.00
16_C 382_T 0.89 0.06 0.00
4_R 483_V 0.89 0.06 0.00
175_I 124_L 0.89 0.06 0.00
165_T 420_M 0.89 0.06 0.00
168_L 148_T 0.89 0.06 0.00
257_H 332_I 0.88 0.06 0.00
439_R 60_E 0.88 0.06 0.00
169_S 239_E 0.88 0.06 0.00
154_A 108_H 0.88 0.06 0.00
73_V 444_A 0.88 0.06 0.00
154_A 130_I 0.88 0.06 0.00
444_R 81_R 0.88 0.06 0.00
425_N 187_W 0.88 0.06 0.00
382_D 167_I 0.88 0.06 0.00
281_E 192_L 0.88 0.06 0.00
175_I 352_I 0.88 0.06 0.00
188_P 225_K 0.88 0.06 0.00
255_V 134_S 0.88 0.06 0.00
31_R 475_I 0.88 0.06 0.00
106_I 502_N 0.88 0.06 0.00
132_G 235_K 0.88 0.06 0.00
76_V 146_A 0.87 0.06 0.00
368_D 376_I 0.87 0.06 0.00
229_L 388_V 0.87 0.06 0.00
216_S 540_P 0.87 0.06 0.00
299_I 225_K 0.87 0.06 0.00
349_K 352_I 0.87 0.06 0.00
118_N 524_D 0.87 0.06 0.00
228_A 308_N 0.87 0.06 0.00
365_G 447_D 0.87 0.06 0.00
152_C 332_I 0.87 0.06 0.00
362_R 341_F 0.87 0.06 0.00
202_K 136_K 0.87 0.06 0.00
357_Y 405_G 0.87 0.06 0.00
6_M 388_V 0.87 0.06 0.00
326_D 522_V 0.87 0.06 0.00
279_Q 239_E 0.87 0.06 0.00
259_V 93_R 0.86 0.06 0.00
229_L 572_R 0.86 0.06 0.00
175_I 142_R 0.86 0.06 0.00
300_E 250_S 0.86 0.06 0.00
352_Q 228_Y 0.86 0.06 0.00
113_T 88_R 0.86 0.06 0.00
208_V 273_L 0.86 0.06 0.00
355_L 228_Y 0.86 0.06 0.00
382_D 322_A 0.86 0.06 0.00
17_T 465_A 0.86 0.06 0.00
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6_M 281_Y 0.86 0.06 0.00
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152_C 229_A 0.86 0.06 0.00
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332_K 272_F 0.86 0.06 0.00
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31_R 272_F 0.86 0.06 0.00
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251_A 115_V 0.86 0.06 0.00
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200_A 103_V 0.85 0.06 0.00
78_H 379_T 0.85 0.06 0.00
200_A 332_I 0.85 0.06 0.00
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177_E 100_G 0.85 0.06 0.00
200_A 171_G 0.85 0.06 0.00
185_R 94_L 0.85 0.06 0.00
90_L 367_I 0.85 0.06 0.00
87_E 165_R 0.85 0.06 0.00
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190_I 76_T 0.84 0.06 0.00
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135_S 223_D 0.84 0.06 0.00
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277_D 147_L 0.84 0.06 0.00
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430_R 514_N 0.84 0.06 0.00
275_A 169_A 0.84 0.06 0.00
245_L 289_V 0.84 0.06 0.00
54_L 248_D 0.84 0.06 0.00
218_T 390_T 0.84 0.06 0.00
138_S 236_A 0.84 0.06 0.00
36_R 539_Q 0.84 0.06 0.00
259_V 354_Q 0.84 0.06 0.00
85_V 111_D 0.84 0.06 0.00
299_I 142_R 0.84 0.06 0.00
174_H 588_V 0.84 0.06 0.00
325_I 450_S 0.84 0.06 0.00
156_K 533_S 0.84 0.06 0.00
17_T 361_S 0.84 0.06 0.00
185_R 339_N 0.84 0.06 0.00
344_E 491_D 0.84 0.06 0.00
257_H 96_Q 0.83 0.06 0.00
314_E 72_K 0.83 0.06 0.00
357_Y 542_L 0.83 0.06 0.00
219_T 482_V 0.83 0.06 0.00
410_E 115_V 0.83 0.06 0.00
263_R 233_I 0.83 0.06 0.00
375_L 101_Y 0.83 0.06 0.00
286_A 362_E 0.83 0.06 0.00
93_A 89_E 0.83 0.06 0.00
106_I 141_V 0.83 0.06 0.00
182_A 357_R 0.83 0.06 0.00
182_A 396_L 0.83 0.06 0.00
182_A 418_E 0.83 0.06 0.00
277_D 253_D 0.83 0.06 0.00
286_A 273_L 0.83 0.06 0.00
283_Y 158_V 0.83 0.06 0.00
4_R 524_D 0.83 0.06 0.00
46_V 407_E 0.83 0.06 0.00
174_H 289_V 0.83 0.06 0.00
324_E 289_V 0.83 0.06 0.00
346_S 550_S 0.83 0.06 0.00
70_D 420_M 0.83 0.06 0.00
186_S 362_E 0.83 0.06 0.00
285_R 137_K 0.83 0.06 0.00
83_E 289_V 0.82 0.06 0.00
33_L 328_Y 0.82 0.06 0.00
6_M 280_E 0.82 0.06 0.00
113_T 546_H 0.82 0.06 0.00
275_A 71_S 0.82 0.06 0.00
358_H 420_M 0.82 0.06 0.00
261_G 141_V 0.82 0.06 0.00
253_R 328_Y 0.82 0.06 0.00
335_Q 464_L 0.82 0.06 0.00
190_I 90_E 0.82 0.06 0.00
372_R 233_I 0.82 0.06 0.00
429_Q 351_L 0.82 0.06 0.00
358_H 465_A 0.82 0.06 0.00
132_G 103_V 0.82 0.06 0.00
284_T 52_S 0.82 0.06 0.00
168_L 75_E 0.82 0.06 0.00
406_S 95_G 0.82 0.06 0.00
253_R 171_G 0.82 0.06 0.00
377_A 382_T 0.82 0.06 0.00
146_V 215_R 0.82 0.06 0.00
418_D 493_N 0.82 0.06 0.00
435_K 235_K 0.82 0.06 0.00
425_N 115_V 0.82 0.06 0.00
407_A 75_E 0.81 0.06 0.00
216_S 221_L 0.81 0.06 0.00
10_T 410_I 0.81 0.06 0.00
202_K 164_L 0.81 0.06 0.00
307_G 52_S 0.81 0.06 0.00
384_E 215_R 0.81 0.06 0.00
154_A 172_H 0.81 0.06 0.00
239_A 522_V 0.81 0.06 0.00
343_M 425_I 0.81 0.06 0.00
42_R 301_L 0.81 0.06 0.00
326_D 382_T 0.81 0.06 0.00
15_T 179_H 0.81 0.06 0.00
168_L 281_Y 0.81 0.06 0.00
22_R 425_I 0.81 0.06 0.00
265_V 71_S 0.81 0.06 0.00
410_E 272_F 0.81 0.06 0.00
407_A 253_D 0.81 0.06 0.00
46_V 95_G 0.81 0.06 0.00
93_A 390_T 0.81 0.06 0.00
108_L 420_M 0.81 0.06 0.00
39_S 328_Y 0.81 0.06 0.00
255_V 226_A 0.81 0.06 0.00
407_A 164_L 0.81 0.06 0.00
228_A 78_K 0.81 0.06 0.00
122_C 491_D 0.81 0.06 0.00
349_K 326_K 0.81 0.06 0.00
6_M 524_D 0.81 0.05 0.00
357_Y 390_T 0.81 0.05 0.00
299_I 341_F 0.81 0.05 0.00
8_I 281_Y 0.81 0.05 0.00
322_D 272_F 0.81 0.05 0.00
26_P 367_I 0.80 0.05 0.00
154_A 276_E 0.80 0.05 0.00
190_I 332_I 0.80 0.05 0.00
341_Y 460_H 0.80 0.05 0.00
168_L 225_K 0.80 0.05 0.00
281_E 328_Y 0.80 0.05 0.00
391_Q 281_Y 0.80 0.05 0.00
117_G 339_N 0.80 0.05 0.00
221_M 85_L 0.80 0.05 0.00
432_V 276_E 0.80 0.05 0.00
425_N 64_D 0.80 0.05 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence A, there is a high ratio (0.85 > 0.4) of paralogs.
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
3067 0.25 PafA-Mpa-HHblits Δgene:(1, ∞) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
3066 0.08 PafA-Mpa Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
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