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OPENSEQ.org
cI_N_cIII_cytb_Pdenitr
Genes: A B A+B
Length: 499 440 881
Sequences: 1133 3290 395
Seq/Len: 2.27 7.48 0.45
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.66
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.01
5 0.00 0.00 0.02
10 0.00 0.00 0.06
20 0.02 0.00 0.07
100 0.03 0.00 0.11
∞ 0.03 0.01 0.42
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
414_S 361_P 1.67 0.65 0.00
83_V 171_G 1.65 0.64 0.00
289_I 267_V 1.39 0.45 0.00
399_V 345_L 1.36 0.43 0.00
411_V 211_V 1.34 0.41 0.00
185_T 112_I 1.33 0.41 0.00
376_M 56_V 1.26 0.35 0.00
106_F 395_A 1.24 0.34 0.00
358_L 395_A 1.22 0.33 0.00
22_A 330_F 1.21 0.32 0.00
334_M 398_A 1.20 0.31 0.00
149_D 370_L 1.18 0.30 0.00
208_V 242_L 1.14 0.28 0.00
85_A 201_L 1.14 0.28 0.00
323_N 167_G 1.14 0.28 0.00
169_G 156_F 1.14 0.28 0.00
419_F 364_K 1.11 0.26 0.00
416_I 128_T 1.09 0.25 0.00
457_L 207_A 1.09 0.25 0.00
69_I 334_I 1.08 0.24 0.00
123_A 131_V 1.07 0.24 0.00
22_A 265_A 1.06 0.23 0.00
16_A 406_I 1.05 0.23 0.00
456_M 196_S 1.04 0.22 0.00
46_F 371_A 1.03 0.22 0.00
284_G 207_A 1.03 0.22 0.00
323_N 141_G 1.03 0.22 0.00
212_V 72_H 1.02 0.21 0.00
113_A 93_L 1.02 0.21 0.00
342_I 346_V 1.02 0.21 0.00
308_F 127_V 1.02 0.21 0.00
66_G 201_L 1.02 0.21 0.00
214_L 204_V 1.01 0.21 0.00
425_V 93_L 1.01 0.21 0.00
177_L 299_L 1.01 0.21 0.00
227_T 204_V 1.01 0.21 0.00
373_L 45_W 1.01 0.20 0.00
214_L 267_V 1.00 0.20 0.00
337_G 213_I 1.00 0.20 0.00
187_F 14_G 1.00 0.20 0.00
162_V 403_Y 0.99 0.20 0.00
120_M 361_P 0.99 0.20 0.00
399_V 110_I 0.99 0.20 0.00
417_G 359_Y 0.99 0.20 0.00
242_F 187_D 0.99 0.20 0.00
166_L 421_P 0.98 0.19 0.00
239_T 186_V 0.98 0.19 0.00
419_F 32_T 0.98 0.19 0.00
286_I 103_L 0.98 0.19 0.00
208_V 42_N 0.97 0.19 0.00
270_S 259_V 0.97 0.19 0.00
127_L 19_L 0.97 0.19 0.00
213_G 397_S 0.97 0.19 0.00
305_H 251_K 0.97 0.19 0.00
136_Q 359_Y 0.97 0.19 0.00
178_V 176_I 0.96 0.18 0.00
43_V 14_G 0.96 0.18 0.00
133_L 269_F 0.96 0.18 0.00
168_S 144_F 0.96 0.18 0.00
41_V 210_V 0.96 0.18 0.00
343_L 207_A 0.95 0.18 0.00
355_L 242_L 0.95 0.18 0.00
285_S 148_V 0.95 0.18 0.00
330_I 361_P 0.95 0.18 0.00
85_A 206_A 0.95 0.18 0.00
120_M 20_H 0.95 0.18 0.00
121_V 167_G 0.94 0.18 0.00
45_A 370_L 0.94 0.18 0.00
286_I 266_I 0.94 0.18 0.00
320_G 372_V 0.94 0.17 0.00
372_M 179_W 0.94 0.17 0.00
187_F 142_T 0.94 0.17 0.00
335_N 378_M 0.94 0.17 0.00
117_M 251_K 0.94 0.17 0.00
277_A 96_L 0.94 0.17 0.00
325_L 355_R 0.94 0.17 0.00
198_H 53_F 0.94 0.17 0.00
252_A 190_T 0.93 0.17 0.00
317_T 335_A 0.93 0.17 0.00
120_M 298_F 0.93 0.17 0.00
395_L 367_F 0.93 0.17 0.00
412_I 284_N 0.93 0.17 0.00
116_G 244_F 0.93 0.17 0.00
86_A 339_A 0.93 0.17 0.00
108_I 262_V 0.93 0.17 0.00
214_L 227_V 0.93 0.17 0.00
404_G 393_A 0.92 0.17 0.00
51_A 393_A 0.92 0.17 0.00
24_M 56_V 0.92 0.17 0.00
411_V 59_I 0.92 0.17 0.00
162_V 338_G 0.92 0.16 0.00
138_L 255_A 0.92 0.16 0.00
120_M 307_A 0.91 0.16 0.00
146_M 340_I 0.91 0.16 0.00
91_M 408_L 0.91 0.16 0.00
243_A 371_A 0.91 0.16 0.00
425_V 175_A 0.91 0.16 0.00
70_D 343_M 0.90 0.16 0.00
282_F 345_L 0.89 0.15 0.00
261_A 58_Q 0.89 0.15 0.00
342_I 277_P 0.89 0.15 0.00
43_V 134_L 0.89 0.15 0.00
389_F 211_V 0.89 0.15 0.00
234_S 250_I 0.89 0.15 0.00
248_V 222_N 0.89 0.15 0.00
204_L 376_V 0.89 0.15 0.00
10_L 320_W 0.89 0.15 0.00
256_R 126_E 0.89 0.15 0.00
242_F 139_M 0.88 0.15 0.00
303_I 61_T 0.88 0.15 0.00
125_D 72_H 0.88 0.15 0.00
153_S 298_F 0.88 0.15 0.00
408_V 416_K 0.88 0.15 0.00
131_M 253_L 0.88 0.15 0.00
313_L 410_L 0.88 0.15 0.00
260_D 156_F 0.88 0.15 0.00
186_G 15_F 0.88 0.15 0.00
204_L 133_M 0.88 0.15 0.00
402_G 376_V 0.88 0.15 0.00
370_L 273_Y 0.87 0.15 0.00
260_D 213_I 0.87 0.15 0.00
281_M 128_T 0.87 0.15 0.00
39_L 262_V 0.87 0.15 0.00
335_N 416_K 0.87 0.14 0.00
277_A 391_Y 0.87 0.14 0.00
354_D 196_S 0.87 0.14 0.00
187_F 139_M 0.87 0.14 0.00
409_L 180_L 0.86 0.14 0.00
55_L 134_L 0.86 0.14 0.00
272_I 303_A 0.86 0.14 0.00
219_S 44_W 0.86 0.14 0.00
252_A 383_M 0.86 0.14 0.00
188_E 338_G 0.86 0.14 0.00
188_E 342_V 0.86 0.14 0.00
211_L 96_L 0.85 0.14 0.00
297_L 415_E 0.85 0.14 0.00
120_M 60_A 0.85 0.14 0.00
141_Y 246_P 0.85 0.14 0.00
106_F 267_V 0.85 0.14 0.00
317_T 383_M 0.85 0.14 0.00
69_I 204_V 0.85 0.14 0.00
293_N 350_D 0.85 0.14 0.00
416_I 387_G 0.85 0.14 0.00
245_A 348_W 0.84 0.14 0.00
6_F 398_A 0.84 0.14 0.00
250_A 209_V 0.84 0.14 0.00
170_L 213_I 0.84 0.14 0.00
56_G 393_A 0.84 0.14 0.00
413_A 117_Y 0.84 0.14 0.00
194_I 60_A 0.84 0.14 0.00
220_A 369_L 0.84 0.13 0.00
106_F 237_A 0.84 0.13 0.00
145_A 282_E 0.84 0.13 0.00
205_F 60_A 0.83 0.13 0.00
219_S 408_L 0.83 0.13 0.00
297_L 403_Y 0.83 0.13 0.00
144_A 59_I 0.83 0.13 0.00
237_P 214_W 0.83 0.13 0.00
123_A 128_T 0.83 0.13 0.00
95_Y 263_F 0.83 0.13 0.00
308_F 110_I 0.83 0.13 0.00
314_A 148_V 0.83 0.13 0.00
294_I 15_F 0.83 0.13 0.00
92_S 232_G 0.83 0.13 0.00
365_D 379_W 0.83 0.13 0.00
225_M 55_L 0.83 0.13 0.00
389_F 342_V 0.83 0.13 0.00
303_I 172_V 0.83 0.13 0.00
323_N 208_L 0.83 0.13 0.00
116_G 350_D 0.83 0.13 0.00
288_G 204_V 0.83 0.13 0.00
344_S 379_W 0.82 0.13 0.00
278_V 397_S 0.82 0.13 0.00
10_L 326_I 0.82 0.13 0.00
368_K 117_Y 0.82 0.13 0.00
30_G 106_L 0.82 0.13 0.00
178_V 196_S 0.82 0.13 0.00
162_V 364_K 0.82 0.13 0.00
289_I 345_L 0.82 0.13 0.00
197_G 130_I 0.82 0.13 0.00
24_M 364_K 0.82 0.13 0.00
246_P 116_L 0.82 0.13 0.00
5_D 334_I 0.82 0.13 0.00
401_A 339_A 0.82 0.13 0.00
116_G 93_L 0.82 0.13 0.00
407_A 372_V 0.82 0.13 0.00
90_A 412_G 0.82 0.13 0.00
116_G 42_N 0.82 0.13 0.00
310_L 382_A 0.81 0.13 0.00
212_V 345_L 0.81 0.13 0.00
116_G 126_E 0.81 0.13 0.00
203_V 13_T 0.81 0.13 0.00
426_Y 378_M 0.81 0.13 0.00
425_V 171_G 0.81 0.13 0.00
406_L 137_L 0.81 0.13 0.00
133_L 166_F 0.81 0.13 0.00
406_L 112_I 0.81 0.13 0.00
218_V 222_N 0.81 0.13 0.00
342_I 392_I 0.81 0.13 0.00
251_M 282_E 0.81 0.12 0.00
392_F 290_A 0.81 0.12 0.00
44_A 395_A 0.81 0.12 0.00
379_L 178_T 0.81 0.12 0.00
212_V 395_A 0.81 0.12 0.00
417_G 345_L 0.81 0.12 0.00
254_I 60_A 0.81 0.12 0.00
72_G 369_L 0.81 0.12 0.00
167_S 201_L 0.81 0.12 0.00
245_A 371_A 0.81 0.12 0.00
171_L 339_A 0.80 0.12 0.00
374_V 19_L 0.80 0.12 0.00
177_L 51_L 0.80 0.12 0.00
97_Q 28_L 0.80 0.12 0.00
203_V 89_G 0.80 0.12 0.00
208_V 112_I 0.80 0.12 0.00
355_L 59_I 0.80 0.12 0.00
84_A 328_A 0.80 0.12 0.00
156_A 8_H 0.80 0.12 0.00
319_I 14_G 0.80 0.12 0.00
88_V 352_S 0.80 0.12 0.00
78_K 179_W 0.79 0.12 0.00
221_V 148_V 0.79 0.12 0.00
346_E 282_E 0.79 0.12 0.00
308_F 93_L 0.79 0.12 0.00
125_D 172_V 0.79 0.12 0.00
392_F 304_I 0.79 0.12 0.00
50_A 406_I 0.79 0.12 0.00
214_L 206_A 0.79 0.12 0.00
8_T 390_P 0.79 0.12 0.00
64_F 363_F 0.79 0.12 0.00
145_A 112_I 0.79 0.12 0.00
156_A 308_F 0.79 0.12 0.00
335_N 390_P 0.79 0.12 0.00
409_L 345_L 0.79 0.12 0.00
257_L 60_A 0.79 0.12 0.00
312_G 61_T 0.79 0.12 0.00
98_R 60_A 0.79 0.12 0.00
318_A 402_A 0.78 0.12 0.00
227_T 214_W 0.78 0.12 0.00
104_F 70_T 0.78 0.12 0.00
285_S 207_A 0.78 0.12 0.00
252_A 158_G 0.78 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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