May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cIperi_D_C
Genes: A B A+B
Length: 412 208 592
Sequences: 3488 1081 546
Seq/Len: 8.47 5.2 0.92
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.88
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.70
2 0.01 0.00 0.77
5 0.03 0.01 0.80
10 0.04 0.01 0.81
20 0.05 0.01 0.84
100 0.06 0.02 0.85
∞ 0.13 0.05 0.88
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
232_D 112_P 3.29 1.00 1.00
74_R 155_T 2.36 0.98 0.97
379_A 117_Y 1.80 0.90 0.82
365_T 187_L 1.73 0.87 0.78
410_V 176_N 1.49 0.73 0.58
73_S 155_T 1.49 0.73 0.57
231_L 60_S 1.35 0.63 0.44
66_G 149_L 1.31 0.60 0.40
231_L 86_M 1.29 0.58 0.38
159_I 122_F 1.29 0.58 0.38
172_A 176_N 1.27 0.56 0.36
344_E 95_K 1.24 0.53 0.33
236_T 63_I 1.21 0.50 0.30
81_P 181_Y 1.12 0.42 0.22
265_I 125_F 1.10 0.41 0.21
215_F 192_G 1.10 0.41 0.21
349_V 64_D 1.09 0.40 0.20
326_S 173_E 1.07 0.38 0.18
251_R 39_A 1.07 0.38 0.18
326_S 81_Y 1.07 0.38 0.18
374_R 63_I 1.06 0.37 0.18
402_T 47_L 1.04 0.36 0.17
146_P 179_Q 1.04 0.35 0.16
145_T 81_Y 1.03 0.35 0.16
79_N 155_T 1.02 0.34 0.15
139_M 82_H 1.02 0.34 0.15
53_V 99_R 1.02 0.34 0.15
281_M 92_I 1.01 0.33 0.14
66_G 124_L 1.00 0.33 0.14
347_A 82_H 1.00 0.33 0.14
48_L 56_N 0.98 0.31 0.13
353_K 144_F 0.98 0.31 0.13
349_V 66_T 0.98 0.30 0.13
323_D 181_Y 0.98 0.30 0.13
228_A 127_I 0.98 0.30 0.13
323_D 182_R 0.98 0.30 0.13
91_P 192_G 0.97 0.30 0.12
196_E 26_I 0.97 0.30 0.12
75_T 181_Y 0.96 0.29 0.12
358_V 149_L 0.96 0.29 0.12
265_I 105_P 0.95 0.29 0.11
236_T 61_T 0.95 0.28 0.11
119_V 92_I 0.94 0.27 0.10
371_A 181_Y 0.93 0.27 0.10
361_V 67_A 0.93 0.27 0.10
144_L 183_Q 0.93 0.27 0.10
204_D 192_G 0.93 0.27 0.10
45_V 98_V 0.93 0.27 0.10
373_L 66_T 0.93 0.27 0.10
269_R 167_E 0.93 0.27 0.10
376_P 132_H 0.93 0.27 0.10
71_M 155_T 0.93 0.27 0.10
370_R 125_F 0.93 0.27 0.10
326_S 68_V 0.93 0.27 0.10
278_L 62_L 0.92 0.26 0.10
345_V 32_F 0.92 0.26 0.10
194_W 70_N 0.92 0.26 0.10
57_D 134_D 0.92 0.26 0.10
342_A 52_R 0.91 0.26 0.10
400_I 112_P 0.91 0.26 0.09
389_R 168_K 0.91 0.25 0.09
102_I 35_L 0.91 0.25 0.09
345_V 63_I 0.90 0.25 0.09
253_Q 89_N 0.90 0.25 0.09
383_S 107_L 0.90 0.25 0.09
267_V 33_G 0.90 0.25 0.09
376_P 135_L 0.90 0.24 0.09
67_T 141_D 0.89 0.24 0.09
245_L 86_M 0.89 0.24 0.09
231_L 112_P 0.89 0.24 0.09
174_F 177_L 0.89 0.24 0.08
95_E 140_T 0.89 0.24 0.08
316_R 180_E 0.88 0.24 0.08
67_T 153_F 0.88 0.23 0.08
302_P 107_L 0.87 0.23 0.08
362_A 186_F 0.87 0.23 0.08
265_I 32_F 0.87 0.23 0.08
251_R 27_S 0.87 0.23 0.08
99_C 55_P 0.87 0.23 0.08
326_S 155_T 0.86 0.23 0.07
136_T 81_Y 0.86 0.22 0.07
393_L 109_G 0.86 0.22 0.07
400_I 127_I 0.86 0.22 0.07
392_M 70_N 0.86 0.22 0.07
202_V 63_I 0.86 0.22 0.07
102_I 55_P 0.86 0.22 0.07
195_C 96_V 0.85 0.22 0.07
102_I 181_Y 0.85 0.22 0.07
345_V 82_H 0.85 0.22 0.07
221_D 60_S 0.85 0.22 0.07
367_K 194_K 0.85 0.21 0.07
139_M 180_E 0.85 0.21 0.07
369_W 35_L 0.85 0.21 0.07
152_E 179_Q 0.85 0.21 0.07
170_H 142_Y 0.84 0.21 0.07
73_S 183_Q 0.84 0.21 0.07
402_T 117_Y 0.84 0.21 0.07
259_D 92_I 0.84 0.21 0.07
361_V 68_V 0.84 0.21 0.07
170_H 140_T 0.84 0.21 0.07
108_T 49_E 0.84 0.21 0.07
349_V 19_L 0.84 0.21 0.07
397_P 122_F 0.84 0.21 0.07
326_S 104_V 0.83 0.21 0.06
74_R 81_Y 0.83 0.20 0.06
84_D 137_R 0.83 0.20 0.06
295_V 68_V 0.83 0.20 0.06
385_D 169_R 0.82 0.20 0.06
238_V 111_F 0.82 0.20 0.06
135_T 67_A 0.82 0.20 0.06
129_N 60_S 0.82 0.20 0.06
279_C 122_F 0.82 0.20 0.06
120_L 167_E 0.82 0.20 0.06
393_L 73_R 0.82 0.20 0.06
95_E 153_F 0.82 0.20 0.06
372_K 149_L 0.82 0.20 0.06
192_E 131_G 0.81 0.20 0.06
298_L 36_T 0.81 0.19 0.06
170_H 144_F 0.81 0.19 0.06
289_K 17_I 0.81 0.19 0.06
232_D 52_R 0.81 0.19 0.06
193_E 49_E 0.81 0.19 0.06
70_L 141_D 0.80 0.19 0.06
298_L 96_V 0.80 0.19 0.06
52_I 102_E 0.80 0.19 0.06
289_K 29_Q 0.80 0.19 0.06
309_R 81_Y 0.80 0.19 0.06
387_M 145_R 0.80 0.19 0.06
326_S 181_Y 0.80 0.19 0.05
401_A 166_I 0.80 0.19 0.05
98_W 176_N 0.80 0.18 0.05
149_W 181_Y 0.80 0.18 0.05
75_T 182_R 0.79 0.18 0.05
195_C 117_Y 0.79 0.18 0.05
193_E 19_L 0.79 0.18 0.05
353_K 157_G 0.79 0.18 0.05
407_F 142_Y 0.79 0.18 0.05
347_A 33_G 0.78 0.18 0.05
190_D 111_F 0.78 0.18 0.05
95_E 141_D 0.78 0.18 0.05
236_T 42_S 0.78 0.18 0.05
159_I 179_Q 0.78 0.18 0.05
208_L 72_A 0.78 0.17 0.05
321_K 142_Y 0.78 0.17 0.05
108_T 47_L 0.77 0.17 0.05
326_S 73_R 0.77 0.17 0.05
240_V 61_T 0.77 0.17 0.05
243_S 124_L 0.77 0.17 0.05
279_C 54_D 0.76 0.17 0.04
186_D 145_R 0.76 0.17 0.04
112_R 11_L 0.76 0.17 0.04
24_I 75_A 0.76 0.17 0.04
264_Q 21_R 0.76 0.17 0.04
236_T 88_Q 0.76 0.16 0.04
347_A 42_S 0.76 0.16 0.04
289_K 47_L 0.76 0.16 0.04
95_E 142_Y 0.76 0.16 0.04
226_T 96_V 0.76 0.16 0.04
115_S 124_L 0.75 0.16 0.04
135_T 185_D 0.75 0.16 0.04
102_I 82_H 0.75 0.16 0.04
26_N 180_E 0.75 0.16 0.04
140_D 123_D 0.75 0.16 0.04
281_M 12_E 0.75 0.16 0.04
308_A 25_V 0.75 0.16 0.04
313_T 196_V 0.75 0.16 0.04
321_K 140_T 0.75 0.16 0.04
375_A 180_E 0.75 0.16 0.04
364_G 78_D 0.75 0.16 0.04
48_L 14_A 0.75 0.16 0.04
306_V 14_A 0.74 0.16 0.04
221_D 176_N 0.74 0.16 0.04
374_R 43_G 0.74 0.16 0.04
81_P 182_R 0.74 0.15 0.04
318_A 73_R 0.74 0.15 0.04
356_F 153_F 0.74 0.15 0.04
127_I 186_F 0.74 0.15 0.04
140_D 137_R 0.74 0.15 0.04
133_G 175_V 0.73 0.15 0.04
82_Y 144_F 0.73 0.15 0.04
53_V 33_G 0.73 0.15 0.04
376_P 125_F 0.73 0.15 0.04
334_Y 185_D 0.73 0.15 0.04
316_R 178_V 0.73 0.15 0.04
262_D 100_E 0.73 0.15 0.04
365_T 45_I 0.73 0.15 0.04
262_D 115_N 0.73 0.15 0.04
247_W 84_L 0.73 0.15 0.04
158_M 150_R 0.73 0.15 0.04
67_T 144_F 0.73 0.15 0.04
226_T 49_E 0.73 0.15 0.04
38_A 162_R 0.73 0.15 0.04
392_M 102_E 0.73 0.15 0.04
157_L 127_I 0.73 0.15 0.04
86_L 144_F 0.73 0.15 0.04
159_I 195_Y 0.73 0.15 0.04
286_E 21_R 0.73 0.15 0.04
257_C 39_A 0.72 0.15 0.04
274_Y 165_D 0.72 0.15 0.04
321_K 141_D 0.72 0.15 0.04
120_L 169_R 0.72 0.15 0.04
222_I 107_L 0.72 0.15 0.04
367_K 37_V 0.72 0.15 0.04
323_D 81_Y 0.72 0.15 0.04
167_A 96_V 0.72 0.15 0.04
115_S 27_S 0.72 0.15 0.04
59_H 141_D 0.72 0.15 0.04
347_A 43_G 0.72 0.15 0.04
291_M 121_V 0.72 0.15 0.04
407_F 141_D 0.72 0.15 0.04
176_P 153_F 0.72 0.15 0.04
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.7107 seconds.