May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
LEUC - LEUD
Genes: A B A+B
Length: 466 201 622
Sequences: 5246 3384 1198
Seq/Len: 11.26 16.84 1.93
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.96
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.04 0.05 4.02
2 0.05 0.05 4.20
5 0.05 0.05 4.25
10 0.05 0.05 4.25
20 0.06 0.06 4.26
100 0.09 0.06 4.29
∞ 0.20 0.11 4.37
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
35_V 28_K 1.89 0.98 0.92
35_V 29_Q 1.68 0.96 0.85
59_A 94_T 1.62 0.94 0.82
36_T 36_R 1.54 0.92 0.77
86_L 94_T 1.48 0.90 0.73
194_A 78_E 1.43 0.88 0.69
35_V 42_H 1.43 0.87 0.68
196_G 79_N 1.38 0.85 0.64
59_A 48_R 1.37 0.85 0.64
196_G 107_A 1.32 0.81 0.58
36_T 85_S 1.31 0.81 0.58
86_L 117_N 1.31 0.81 0.57
86_L 48_R 1.27 0.78 0.54
59_A 117_N 1.26 0.77 0.53
125_V 100_V 1.24 0.75 0.50
220_C 112_G 1.22 0.73 0.48
216_R 53_K 1.21 0.72 0.47
444_L 92_A 1.20 0.71 0.46
228_A 79_N 1.18 0.70 0.44
86_L 28_K 1.17 0.69 0.43
35_V 32_Q 1.15 0.67 0.41
271_A 53_K 1.15 0.67 0.41
173_K 131_E 1.07 0.59 0.33
9_L 74_L 1.03 0.55 0.29
237_E 154_K 1.03 0.54 0.28
337_V 102_I 1.02 0.54 0.28
434_G 27_P 1.02 0.53 0.28
236_D 85_S 1.01 0.53 0.27
209_R 158_K 1.01 0.52 0.27
168_I 154_K 1.01 0.52 0.27
236_D 53_K 1.00 0.51 0.26
35_V 117_N 1.00 0.51 0.26
209_R 75_L 0.99 0.50 0.25
439_G 59_P 0.99 0.50 0.25
228_A 107_A 0.98 0.49 0.24
217_M 21_D 0.98 0.49 0.24
429_N 101_V 0.97 0.48 0.23
432_F 120_L 0.96 0.47 0.23
460_A 99_K 0.95 0.46 0.22
196_G 42_H 0.95 0.45 0.21
241_N 141_G 0.94 0.45 0.21
86_L 42_H 0.94 0.45 0.21
56_K 117_N 0.94 0.45 0.21
43_G 117_N 0.94 0.44 0.21
72_I 5_F 0.94 0.44 0.21
279_L 120_L 0.94 0.44 0.21
208_I 122_V 0.93 0.43 0.20
158_L 48_R 0.93 0.43 0.20
136_A 21_D 0.92 0.43 0.20
367_V 127_A 0.92 0.42 0.19
347_C 21_D 0.91 0.42 0.19
83_M 85_S 0.91 0.42 0.19
329_K 151_Q 0.91 0.42 0.19
216_R 91_W 0.90 0.40 0.18
133_T 21_D 0.90 0.40 0.18
236_D 61_F 0.90 0.40 0.18
22_T 165_D 0.89 0.40 0.17
429_N 5_F 0.89 0.39 0.17
136_A 90_P 0.89 0.39 0.17
334_L 75_L 0.89 0.39 0.17
444_L 27_P 0.89 0.39 0.17
7_E 51_D 0.89 0.39 0.17
206_E 99_K 0.89 0.39 0.17
452_A 28_K 0.88 0.38 0.17
293_N 34_V 0.88 0.38 0.17
276_V 8_H 0.88 0.38 0.17
270_G 20_V 0.88 0.38 0.16
57_T 85_S 0.87 0.38 0.16
329_K 125_S 0.87 0.37 0.16
154_A 66_P 0.86 0.36 0.15
86_L 29_Q 0.86 0.36 0.15
5_L 59_P 0.85 0.36 0.15
86_L 32_Q 0.85 0.35 0.15
395_F 104_P 0.85 0.35 0.15
110_V 24_A 0.85 0.35 0.15
110_V 112_G 0.85 0.35 0.15
88_K 28_K 0.85 0.35 0.15
52_R 146_V 0.85 0.35 0.14
432_F 96_Y 0.84 0.34 0.14
443_H 164_I 0.84 0.34 0.14
228_A 13_V 0.84 0.34 0.14
87_I 74_L 0.84 0.34 0.14
187_I 21_D 0.83 0.34 0.14
278_T 120_L 0.83 0.34 0.14
359_A 81_G 0.83 0.33 0.14
392_D 10_G 0.83 0.33 0.13
348_T 101_V 0.83 0.33 0.13
151_H 177_D 0.83 0.33 0.13
154_A 95_D 0.83 0.33 0.13
46_A 131_E 0.83 0.33 0.13
99_D 102_I 0.83 0.33 0.13
33_H 33_K 0.82 0.33 0.13
151_H 94_T 0.82 0.32 0.13
232_L 94_T 0.82 0.32 0.13
183_I 66_P 0.82 0.32 0.13
290_W 164_I 0.82 0.32 0.13
348_T 109_I 0.82 0.32 0.12
206_E 180_G 0.81 0.32 0.12
216_R 44_F 0.81 0.32 0.12
100_L 26_I 0.81 0.32 0.12
193_S 79_N 0.81 0.32 0.12
433_E 61_F 0.81 0.32 0.12
173_K 163_T 0.81 0.31 0.12
91_K 102_I 0.81 0.31 0.12
50_P 134_A 0.81 0.31 0.12
6_Y 125_S 0.81 0.31 0.12
154_A 52_E 0.81 0.31 0.12
23_P 144_F 0.81 0.31 0.12
154_A 102_I 0.81 0.31 0.12
231_G 24_A 0.80 0.31 0.12
66_S 31_L 0.80 0.30 0.12
425_A 66_P 0.80 0.30 0.12
59_A 28_K 0.80 0.30 0.12
189_G 34_V 0.80 0.30 0.12
107_I 21_D 0.80 0.30 0.12
193_S 107_A 0.80 0.30 0.12
442_T 27_P 0.80 0.30 0.12
382_V 26_I 0.80 0.30 0.12
439_G 51_D 0.80 0.30 0.11
208_I 7_K 0.80 0.30 0.11
35_V 48_R 0.80 0.30 0.11
198_G 88_H 0.79 0.30 0.11
271_A 91_W 0.79 0.29 0.11
441_R 61_F 0.79 0.29 0.11
49_R 12_V 0.79 0.29 0.11
44_L 43_L 0.79 0.29 0.11
25_L 5_F 0.79 0.29 0.11
237_E 153_V 0.79 0.29 0.11
59_A 42_H 0.78 0.29 0.11
111_M 53_K 0.78 0.29 0.11
283_E 125_S 0.78 0.29 0.11
158_L 29_Q 0.78 0.29 0.11
134_H 146_V 0.78 0.28 0.11
159_K 168_R 0.78 0.28 0.11
100_L 161_R 0.78 0.28 0.11
393_K 99_K 0.78 0.28 0.10
347_C 24_A 0.78 0.28 0.10
374_L 5_F 0.78 0.28 0.10
4_T 52_E 0.77 0.28 0.10
59_A 41_A 0.77 0.28 0.10
428_S 73_I 0.77 0.27 0.10
361_I 125_S 0.77 0.27 0.10
413_M 112_G 0.77 0.27 0.10
6_Y 141_G 0.77 0.27 0.10
403_R 73_I 0.77 0.27 0.10
177_G 117_N 0.76 0.27 0.10
136_A 112_G 0.76 0.27 0.10
272_T 144_F 0.76 0.26 0.09
160_Q 112_G 0.75 0.26 0.09
285_S 16_D 0.75 0.26 0.09
61_M 117_N 0.75 0.26 0.09
216_R 61_F 0.75 0.26 0.09
161_G 162_F 0.75 0.26 0.09
15_V 141_G 0.75 0.26 0.09
378_G 112_G 0.75 0.26 0.09
271_A 160_Y 0.75 0.26 0.09
463_R 180_G 0.75 0.26 0.09
71_D 49_F 0.75 0.26 0.09
187_I 127_A 0.75 0.26 0.09
361_I 144_F 0.75 0.26 0.09
216_R 98_F 0.75 0.26 0.09
236_D 27_P 0.74 0.25 0.09
142_F 10_G 0.74 0.25 0.09
444_L 103_A 0.74 0.25 0.09
53_Q 126_D 0.74 0.25 0.09
210_D 161_R 0.74 0.25 0.09
412_A 52_E 0.74 0.25 0.09
449_M 127_A 0.74 0.25 0.09
442_T 85_S 0.74 0.25 0.09
260_A 161_R 0.74 0.25 0.09
183_I 60_D 0.74 0.25 0.09
251_K 55_Q 0.74 0.25 0.09
209_R 131_E 0.73 0.24 0.09
48_G 127_A 0.73 0.24 0.09
157_T 117_N 0.73 0.24 0.08
448_A 142_I 0.73 0.24 0.08
390_G 27_P 0.73 0.24 0.08
429_N 94_T 0.73 0.24 0.08
4_T 147_D 0.73 0.24 0.08
323_L 57_P 0.73 0.24 0.08
254_D 57_P 0.73 0.24 0.08
190_K 92_A 0.73 0.24 0.08
22_T 167_F 0.73 0.24 0.08
207_A 180_G 0.73 0.24 0.08
368_A 9_T 0.72 0.24 0.08
168_I 132_L 0.72 0.24 0.08
93_F 153_V 0.72 0.24 0.08
353_E 5_F 0.72 0.24 0.08
350_S 29_Q 0.72 0.23 0.08
125_V 155_A 0.72 0.23 0.08
143_G 109_I 0.72 0.23 0.08
356_R 81_G 0.72 0.23 0.08
323_L 56_Q 0.72 0.23 0.08
287_Q 62_V 0.72 0.23 0.08
433_E 24_A 0.72 0.23 0.08
329_K 127_A 0.72 0.23 0.08
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2735 1.93 LEUC - LEUD Δgene:(0, 0) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.92 Done
2734 4.05 LEUC - LEUD Δgene:(0, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.47 Done
2733 2.35 LEUC - LEUD Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.55 Done
2729 2.7 LEUC - LEUD Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.29 Done - Shared
2728 2.59 LEUC - LEUD Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.48 Done - Shared
Page generated in 1.0982 seconds.