May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
secya
Genes: A B A+B
Length: 443 901 1335
Sequences: 2169 2140 1176
Seq/Len: 4.9 2.38 0.88
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.01
5 0.00 0.00 0.06
10 0.00 0.00 0.06
20 0.00 0.00 0.07
100 0.00 0.01 0.17
∞ 0.02 0.03 0.88
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
171_L 325_D 1.54 0.76 0.02
263_T 788_G 1.45 0.70 0.01
82_I 803_Y 1.30 0.58 0.01
132_S 129_V 1.24 0.52 0.01
128_A 587_Y 1.23 0.51 0.01
265_L 793_G 1.22 0.50 0.01
63_M 595_M 1.22 0.50 0.01
118_Q 428_Y 1.22 0.50 0.01
164_L 70_V 1.17 0.45 0.01
221_L 205_Y 1.14 0.43 0.01
240_G 612_M 1.13 0.42 0.01
67_F 588_L 1.12 0.41 0.01
225_V 205_Y 1.12 0.41 0.01
190_I 197_E 1.11 0.41 0.01
353_V 331_G 1.08 0.38 0.01
88_A 290_G 1.05 0.36 0.00
370_M 140_A 1.05 0.35 0.00
416_F 800_K 1.04 0.35 0.00
409_V 623_V 1.04 0.35 0.00
234_V 89_L 1.03 0.34 0.00
378_A 808_F 1.03 0.34 0.00
283_I 878_K 1.03 0.34 0.00
238_E 299_Y 1.02 0.33 0.00
265_L 795_A 1.02 0.33 0.00
272_A 276_E 1.01 0.32 0.00
246_V 791_L 1.00 0.32 0.00
373_L 78_V 1.00 0.31 0.00
240_G 89_L 1.00 0.31 0.00
22_R 750_K 0.99 0.31 0.00
228_F 204_H 0.99 0.31 0.00
269_V 51_R 0.98 0.29 0.00
23_L 427_V 0.97 0.29 0.00
334_A 370_Q 0.97 0.29 0.00
162_V 172_A 0.96 0.29 0.00
330_F 666_L 0.96 0.29 0.00
250_K 793_G 0.95 0.28 0.00
269_V 53_R 0.95 0.28 0.00
351_A 380_Y 0.95 0.28 0.00
36_G 646_L 0.95 0.28 0.00
68_S 819_K 0.95 0.28 0.00
218_L 427_V 0.95 0.28 0.00
243_R 325_D 0.95 0.27 0.00
127_L 701_W 0.94 0.27 0.00
24_L 42_E 0.94 0.27 0.00
231_T 9_V 0.94 0.27 0.00
44_I 626_A 0.94 0.27 0.00
383_F 428_Y 0.94 0.27 0.00
228_F 427_V 0.94 0.27 0.00
166_T 438_I 0.92 0.26 0.00
264_H 344_M 0.92 0.26 0.00
265_L 470_T 0.92 0.25 0.00
13_K 556_I 0.91 0.25 0.00
104_E 325_D 0.91 0.25 0.00
134_G 430_T 0.91 0.25 0.00
265_L 688_I 0.91 0.24 0.00
244_I 205_Y 0.91 0.24 0.00
361_Q 793_G 0.90 0.24 0.00
343_A 398_A 0.89 0.23 0.00
222_L 63_L 0.89 0.23 0.00
329_C 262_H 0.89 0.23 0.00
244_I 406_K 0.89 0.23 0.00
392_R 429_M 0.89 0.23 0.00
218_L 684_F 0.89 0.23 0.00
237_V 263_F 0.88 0.23 0.00
364_K 330_D 0.88 0.23 0.00
22_R 801_Q 0.88 0.23 0.00
76_S 682_D 0.88 0.23 0.00
282_S 16_R 0.88 0.23 0.00
232_F 84_F 0.88 0.23 0.00
422_T 474_I 0.88 0.23 0.00
170_F 647_E 0.88 0.23 0.00
76_S 607_M 0.87 0.22 0.00
81_G 623_V 0.87 0.22 0.00
92_I 609_K 0.87 0.22 0.00
366_I 309_H 0.87 0.22 0.00
264_H 777_E 0.87 0.22 0.00
284_I 786_R 0.87 0.22 0.00
234_V 821_E 0.86 0.22 0.00
124_T 78_V 0.86 0.22 0.00
177_Q 205_Y 0.86 0.22 0.00
378_A 315_R 0.86 0.22 0.00
76_S 660_Y 0.86 0.21 0.00
236_F 305_M 0.86 0.21 0.00
291_A 383_L 0.86 0.21 0.00
53_L 486_N 0.85 0.21 0.00
23_L 786_R 0.85 0.21 0.00
40_P 798_D 0.85 0.21 0.00
358_P 139_D 0.84 0.21 0.00
346_L 763_E 0.84 0.20 0.00
255_R 782_M 0.84 0.20 0.00
356_I 51_R 0.84 0.20 0.00
272_A 597_I 0.84 0.20 0.00
77_I 428_Y 0.84 0.20 0.00
269_V 807_S 0.84 0.20 0.00
433_L 5_L 0.84 0.20 0.00
81_G 644_Q 0.83 0.20 0.00
180_E 556_I 0.83 0.20 0.00
434_K 160_G 0.83 0.20 0.00
23_L 700_M 0.83 0.20 0.00
392_R 575_S 0.83 0.20 0.00
61_I 65_P 0.83 0.20 0.00
88_A 311_T 0.83 0.20 0.00
277_A 483_F 0.83 0.20 0.00
379_L 201_R 0.83 0.20 0.00
264_H 377_F 0.83 0.20 0.00
83_M 623_V 0.82 0.20 0.00
224_A 39_S 0.82 0.20 0.00
72_L 305_M 0.82 0.20 0.00
343_A 427_V 0.82 0.19 0.00
261_Q 880_G 0.82 0.19 0.00
15_G 27_I 0.82 0.19 0.00
394_A 587_Y 0.82 0.19 0.00
105_I 146_L 0.82 0.19 0.00
82_I 149_F 0.82 0.19 0.00
162_V 100_A 0.82 0.19 0.00
73_S 633_K 0.82 0.19 0.00
379_L 491_V 0.81 0.19 0.00
403_G 646_L 0.81 0.19 0.00
22_R 783_D 0.81 0.19 0.00
319_L 129_V 0.81 0.19 0.00
95_L 365_I 0.81 0.19 0.00
81_G 795_A 0.81 0.19 0.00
358_P 138_R 0.81 0.19 0.00
130_F 208_V 0.81 0.18 0.00
230_V 63_L 0.81 0.18 0.00
394_A 807_S 0.81 0.18 0.00
241_Q 286_L 0.81 0.18 0.00
364_K 764_K 0.81 0.18 0.00
262_S 58_E 0.80 0.18 0.00
274_V 213_S 0.80 0.18 0.00
65_N 351_D 0.80 0.18 0.00
194_G 382_R 0.80 0.18 0.00
24_L 739_I 0.80 0.18 0.00
132_S 435_I 0.80 0.18 0.00
282_S 45_G 0.80 0.18 0.00
154_F 427_V 0.80 0.18 0.00
381_I 433_E 0.79 0.18 0.00
18_E 49_E 0.79 0.18 0.00
13_K 666_L 0.79 0.18 0.00
257_V 229_A 0.79 0.18 0.00
166_T 84_F 0.79 0.18 0.00
158_F 475_K 0.79 0.18 0.00
269_V 167_R 0.79 0.18 0.00
81_G 587_Y 0.79 0.18 0.00
252_Q 644_Q 0.79 0.17 0.00
330_F 122_T 0.79 0.17 0.00
264_H 788_G 0.79 0.17 0.00
66_M 146_L 0.79 0.17 0.00
341_E 365_I 0.78 0.17 0.00
91_I 128_V 0.78 0.17 0.00
369_V 157_N 0.78 0.17 0.00
174_L 30_A 0.78 0.17 0.00
391_M 279_L 0.78 0.17 0.00
246_V 33_P 0.78 0.17 0.00
414_M 633_K 0.78 0.17 0.00
43_G 804_K 0.78 0.17 0.00
105_I 827_S 0.78 0.17 0.00
245_V 782_M 0.78 0.17 0.00
284_I 314_L 0.78 0.17 0.00
127_L 702_D 0.78 0.17 0.00
139_L 797_K 0.77 0.17 0.00
340_R 556_I 0.77 0.17 0.00
335_L 640_D 0.77 0.17 0.00
180_E 345_Q 0.77 0.17 0.00
406_L 787_Q 0.77 0.17 0.00
157_Y 166_K 0.77 0.17 0.00
239_R 821_E 0.77 0.16 0.00
353_V 4_K 0.77 0.16 0.00
341_E 410_V 0.77 0.16 0.00
87_S 645_L 0.77 0.16 0.00
156_F 804_K 0.76 0.16 0.00
291_A 204_H 0.76 0.16 0.00
230_V 735_L 0.76 0.16 0.00
433_L 764_K 0.76 0.16 0.00
291_A 50_F 0.76 0.16 0.00
349_S 789_I 0.76 0.16 0.00
374_T 370_Q 0.76 0.16 0.00
249_A 482_K 0.76 0.16 0.00
238_E 398_A 0.76 0.16 0.00
96_T 23_K 0.76 0.16 0.00
74_R 116_A 0.76 0.16 0.00
132_S 383_L 0.76 0.16 0.00
59_T 491_V 0.76 0.16 0.00
44_I 265_V 0.76 0.16 0.00
91_I 146_L 0.76 0.16 0.00
433_L 7_T 0.76 0.16 0.00
403_G 213_S 0.76 0.16 0.00
275_I 369_N 0.76 0.16 0.00
105_I 351_D 0.76 0.16 0.00
238_E 795_A 0.76 0.16 0.00
48_V 736_R 0.76 0.16 0.00
369_V 78_V 0.75 0.16 0.00
161_V 551_A 0.75 0.16 0.00
379_L 205_Y 0.75 0.16 0.00
433_L 13_R 0.75 0.16 0.00
119_Y 205_Y 0.75 0.16 0.00
87_S 351_D 0.75 0.16 0.00
205_H 595_M 0.75 0.16 0.00
106_K 633_K 0.75 0.16 0.00
346_L 613_K 0.75 0.16 0.00
282_S 15_D 0.75 0.16 0.00
28_G 172_A 0.75 0.16 0.00
375_L 336_V 0.75 0.16 0.00
180_E 514_V 0.75 0.16 0.00
432_A 320_F 0.75 0.16 0.00
72_L 302_A 0.75 0.15 0.00
245_V 764_K 0.75 0.15 0.00
344_D 319_L 0.75 0.15 0.00
321_Y 375_I 0.75 0.15 0.00
98_V 602_R 0.75 0.15 0.00
357_R 283_E 0.74 0.15 0.00
147_G 442_I 0.74 0.15 0.00
50_A 659_I 0.74 0.15 0.00
381_I 801_Q 0.74 0.15 0.00
92_I 142_N 0.74 0.15 0.00
390_F 270_R 0.74 0.15 0.00
23_L 228_P 0.74 0.15 0.00
416_F 146_L 0.74 0.15 0.00
163_S 459_I 0.74 0.15 0.00
225_V 532_E 0.74 0.15 0.00
33_F 331_G 0.74 0.15 0.00
37_S 374_S 0.74 0.15 0.00
196_V 587_Y 0.74 0.15 0.00
27_I 712_N 0.74 0.15 0.00
304_T 204_H 0.74 0.15 0.00
45_D 351_D 0.74 0.15 0.00
33_F 157_N 0.74 0.15 0.00
381_I 409_T 0.74 0.15 0.00
33_F 192_A 0.74 0.15 0.00
196_V 625_K 0.73 0.15 0.00
36_G 511_T 0.73 0.15 0.00
132_S 757_E 0.73 0.15 0.00
246_V 793_G 0.73 0.15 0.00
381_I 800_K 0.73 0.15 0.00
240_G 427_V 0.73 0.15 0.00
35_I 9_V 0.73 0.15 0.00
432_A 433_E 0.73 0.15 0.00
196_V 24_V 0.73 0.15 0.00
437_N 293_D 0.73 0.15 0.00
256_R 140_A 0.73 0.15 0.00
66_M 398_A 0.73 0.15 0.00
172_M 319_L 0.73 0.15 0.00
117_S 315_R 0.73 0.15 0.00
380_Y 398_A 0.73 0.15 0.00
24_L 839_E 0.73 0.15 0.00
265_L 465_V 0.73 0.15 0.00
49_L 310_V 0.73 0.14 0.00
398_P 743_S 0.73 0.14 0.00
348_K 161_M 0.73 0.14 0.00
269_V 838_E 0.72 0.14 0.00
174_L 704_P 0.72 0.14 0.00
224_A 322_R 0.72 0.14 0.00
203_I 208_V 0.72 0.14 0.00
157_Y 156_I 0.72 0.14 0.00
384_I 34_E 0.72 0.14 0.00
154_F 20_R 0.72 0.14 0.00
423_L 332_E 0.72 0.14 0.00
44_I 624_T 0.72 0.14 0.00
246_V 602_R 0.72 0.14 0.00
246_V 476_H 0.72 0.14 0.00
350_G 276_E 0.72 0.14 0.00
410_V 120_A 0.72 0.14 0.00
216_H 167_R 0.72 0.14 0.00
18_E 325_D 0.72 0.14 0.00
39_I 21_M 0.72 0.14 0.00
317_Y 653_N 0.72 0.14 0.00
148_L 409_T 0.72 0.14 0.00
433_L 363_V 0.72 0.14 0.00
375_L 298_L 0.72 0.14 0.00
168_T 584_S 0.72 0.14 0.00
401_F 211_V 0.72 0.14 0.00
330_F 76_K 0.72 0.14 0.00
189_I 773_S 0.72 0.14 0.00
108_E 623_V 0.71 0.14 0.00
384_I 676_I 0.71 0.14 0.00
243_R 363_V 0.71 0.14 0.00
264_H 793_G 0.71 0.14 0.00
366_I 773_S 0.71 0.14 0.00
176_E 29_N 0.71 0.14 0.00
269_V 766_V 0.71 0.14 0.00
25_F 214_I 0.71 0.14 0.00
223_V 666_L 0.71 0.14 0.00
82_I 144_R 0.71 0.14 0.00
31_I 491_V 0.71 0.14 0.00
135_I 208_V 0.71 0.14 0.00
165_V 265_V 0.71 0.14 0.00
438_L 764_K 0.71 0.14 0.00
320_L 17_T 0.71 0.14 0.00
74_R 433_E 0.71 0.14 0.00
385_C 301_P 0.71 0.14 0.00
337_F 412_V 0.71 0.14 0.00
80_L 99_I 0.71 0.14 0.00
399_F 398_A 0.70 0.14 0.00
365_Y 65_P 0.70 0.14 0.00
327_F 433_E 0.70 0.14 0.00
190_I 619_E 0.70 0.14 0.00
251_R 645_L 0.70 0.14 0.00
149_V 789_I 0.70 0.14 0.00
187_I 611_G 0.70 0.14 0.00
271_M 795_A 0.70 0.14 0.00
332_Y 125_G 0.70 0.14 0.00
240_G 430_T 0.70 0.14 0.00
170_F 625_K 0.70 0.14 0.00
372_R 128_V 0.70 0.14 0.00
165_V 63_L 0.70 0.14 0.00
192_F 597_I 0.70 0.14 0.00
87_S 317_H 0.70 0.14 0.00
327_F 615_G 0.70 0.14 0.00
351_A 349_W 0.70 0.13 0.00
375_L 115_P 0.70 0.13 0.00
306_I 165_A 0.70 0.13 0.00
141_N 205_Y 0.70 0.13 0.00
44_I 498_A 0.70 0.13 0.00
277_A 667_L 0.70 0.13 0.00
319_L 45_G 0.70 0.13 0.00
248_Y 354_H 0.70 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11289 0.07 SecY-SecA Δgene:(1, 10) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done
0262 0.88 secya Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.02 Done
0261 0.79 secya Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.00 Done - Shared
0141 0.79 SecY-SecA Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.00 Done
Page generated in 2.1569 seconds.