May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ABDUFEe-2
Genes: A B A+B
Length: 337 577 896
Sequences: 1803 3644 989
Seq/Len: 5.35 6.32 1.1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.94
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 1.04
2 0.00 0.01 1.07
5 0.00 0.01 1.07
10 0.00 0.01 1.08
20 0.01 0.01 1.08
100 0.01 0.04 1.11
∞ 0.04 0.19 1.32
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
330_D 281_R 2.38 0.99 0.97
331_L 272_V 2.30 0.99 0.96
336_E 267_T 1.89 0.94 0.86
337_F 268_I 1.83 0.93 0.84
85_V 70_K 1.77 0.91 0.81
85_V 168_L 1.59 0.84 0.69
87_M 172_L 1.53 0.81 0.63
160_L 556_A 1.39 0.71 0.50
326_D 275_S 1.35 0.68 0.45
112_V 260_V 1.32 0.66 0.42
328_A 275_S 1.30 0.64 0.40
324_G 556_A 1.30 0.64 0.40
62_V 194_V 1.27 0.61 0.37
167_L 196_F 1.25 0.60 0.35
81_V 168_L 1.25 0.59 0.35
89_N 172_L 1.24 0.59 0.34
337_F 286_W 1.24 0.58 0.34
195_A 71_A 1.20 0.55 0.31
62_V 79_I 1.17 0.52 0.28
30_K 98_V 1.16 0.51 0.27
45_P 72_L 1.14 0.49 0.25
110_V 78_T 1.14 0.49 0.25
327_Q 241_V 1.14 0.49 0.25
331_L 103_P 1.14 0.49 0.25
246_I 259_V 1.12 0.47 0.24
329_L 274_Y 1.12 0.47 0.23
292_L 547_P 1.11 0.46 0.23
206_P 486_P 1.11 0.46 0.23
289_L 187_E 1.10 0.46 0.22
292_L 161_S 1.09 0.45 0.21
45_P 142_Y 1.09 0.44 0.21
86_V 167_Q 1.09 0.44 0.21
328_A 281_R 1.09 0.44 0.21
179_N 337_T 1.08 0.44 0.21
85_V 170_I 1.08 0.44 0.21
80_G 153_A 1.08 0.44 0.21
130_D 99_T 1.07 0.42 0.20
280_S 548_V 1.07 0.42 0.20
43_V 95_I 1.06 0.41 0.19
320_E 277_D 1.06 0.41 0.19
199_V 79_I 1.05 0.41 0.19
47_V 181_I 1.05 0.41 0.18
208_A 386_F 1.05 0.40 0.18
58_L 85_P 1.04 0.40 0.18
12_A 413_I 1.04 0.40 0.18
299_G 305_S 1.04 0.40 0.17
167_L 79_I 1.04 0.40 0.17
223_S 163_F 1.04 0.40 0.17
334_Q 65_I 1.03 0.39 0.17
108_L 181_I 1.03 0.39 0.17
114_N 244_Q 1.03 0.39 0.17
334_Q 269_E 1.03 0.39 0.17
299_G 508_Y 1.02 0.38 0.17
332_L 271_G 1.02 0.38 0.17
59_D 107_G 1.02 0.38 0.17
336_E 289_P 1.02 0.38 0.16
333_Y 212_F 1.02 0.38 0.16
71_V 551_I 1.02 0.38 0.16
248_L 476_I 1.02 0.38 0.16
49_F 207_Q 1.01 0.37 0.15
129_G 295_G 1.01 0.37 0.15
64_V 553_L 1.00 0.36 0.15
319_L 462_V 1.00 0.36 0.15
110_V 301_S 1.00 0.36 0.15
58_L 538_T 1.00 0.36 0.15
272_D 177_A 1.00 0.36 0.15
116_V 300_T 1.00 0.36 0.15
337_F 507_Q 1.00 0.36 0.15
199_V 98_V 0.98 0.35 0.14
327_Q 311_L 0.98 0.35 0.14
89_N 173_G 0.98 0.34 0.14
47_V 149_L 0.98 0.34 0.14
248_L 264_T 0.98 0.34 0.14
317_L 573_L 0.98 0.34 0.14
61_R 135_T 0.98 0.34 0.14
237_D 168_L 0.97 0.34 0.14
278_D 305_S 0.97 0.34 0.13
26_A 210_V 0.97 0.34 0.13
44_S 214_E 0.97 0.33 0.13
64_V 381_N 0.96 0.33 0.13
85_V 139_Q 0.96 0.33 0.13
247_G 57_F 0.96 0.33 0.13
197_V 206_L 0.95 0.32 0.12
217_S 58_R 0.95 0.32 0.12
110_V 97_K 0.95 0.32 0.12
192_D 392_I 0.94 0.32 0.12
157_G 161_S 0.94 0.31 0.12
108_L 256_L 0.94 0.31 0.12
117_R 504_L 0.94 0.31 0.12
24_V 551_I 0.94 0.31 0.12
28_G 142_Y 0.94 0.31 0.12
171_G 185_S 0.94 0.31 0.12
241_M 556_A 0.94 0.31 0.12
241_M 548_V 0.94 0.31 0.12
330_D 273_G 0.93 0.31 0.11
8_L 542_V 0.93 0.30 0.11
332_L 236_F 0.93 0.30 0.11
41_M 462_V 0.93 0.30 0.11
110_V 347_T 0.93 0.30 0.11
160_L 68_G 0.93 0.30 0.11
293_Q 61_V 0.93 0.30 0.11
43_V 346_S 0.93 0.30 0.11
160_L 199_S 0.93 0.30 0.11
194_I 274_Y 0.93 0.30 0.11
69_I 353_R 0.92 0.30 0.11
285_S 289_P 0.92 0.30 0.11
180_I 512_G 0.92 0.30 0.11
313_L 444_R 0.92 0.29 0.11
210_I 104_V 0.91 0.29 0.10
290_P 216_D 0.91 0.29 0.10
151_G 286_W 0.91 0.29 0.10
245_L 77_P 0.91 0.29 0.10
58_L 313_F 0.91 0.29 0.10
210_I 232_A 0.91 0.28 0.10
161_I 504_L 0.91 0.28 0.10
75_P 467_R 0.91 0.28 0.10
292_L 103_P 0.91 0.28 0.10
266_V 345_D 0.91 0.28 0.10
82_S 139_Q 0.90 0.28 0.10
122_G 69_L 0.90 0.28 0.10
206_P 426_F 0.90 0.28 0.10
199_V 391_M 0.90 0.28 0.10
48_V 282_V 0.90 0.28 0.10
273_T 402_M 0.90 0.28 0.10
193_V 258_G 0.90 0.28 0.10
107_N 447_T 0.90 0.28 0.10
199_V 258_G 0.90 0.28 0.10
89_N 171_A 0.90 0.28 0.10
91_N 298_L 0.90 0.28 0.10
66_W 442_R 0.90 0.28 0.10
133_V 148_S 0.89 0.28 0.10
208_A 542_V 0.89 0.27 0.10
175_Q 559_V 0.89 0.27 0.10
123_L 69_L 0.89 0.27 0.10
313_L 527_S 0.89 0.27 0.10
17_I 272_V 0.89 0.27 0.10
222_L 464_P 0.89 0.27 0.09
93_Q 175_H 0.89 0.27 0.09
86_V 121_K 0.89 0.27 0.09
49_F 135_T 0.89 0.27 0.09
58_L 424_V 0.89 0.27 0.09
328_A 276_T 0.89 0.27 0.09
282_V 193_H 0.89 0.27 0.09
6_I 156_K 0.89 0.27 0.09
330_D 549_G 0.89 0.27 0.09
110_V 518_V 0.89 0.27 0.09
228_G 495_G 0.88 0.27 0.09
153_F 456_T 0.88 0.27 0.09
87_M 70_K 0.88 0.27 0.09
129_G 68_G 0.88 0.27 0.09
62_V 447_T 0.88 0.27 0.09
46_D 349_L 0.88 0.27 0.09
66_W 458_D 0.88 0.27 0.09
152_R 170_I 0.88 0.26 0.09
329_L 191_F 0.88 0.26 0.09
284_V 312_D 0.88 0.26 0.09
317_L 176_K 0.88 0.26 0.09
146_I 407_D 0.88 0.26 0.09
268_N 537_G 0.88 0.26 0.09
284_V 412_S 0.88 0.26 0.09
205_E 432_Q 0.87 0.26 0.09
220_A 79_I 0.87 0.26 0.09
109_I 80_E 0.87 0.26 0.09
167_L 133_I 0.87 0.26 0.09
331_L 488_Y 0.87 0.26 0.09
206_P 96_A 0.87 0.26 0.09
49_F 516_G 0.87 0.26 0.09
146_I 392_I 0.87 0.26 0.09
63_D 162_E 0.87 0.26 0.08
235_Q 114_R 0.87 0.26 0.08
152_R 479_Y 0.87 0.26 0.08
111_H 330_V 0.87 0.25 0.08
164_K 470_A 0.87 0.25 0.08
33_I 406_G 0.87 0.25 0.08
167_L 97_K 0.86 0.25 0.08
125_A 69_L 0.86 0.25 0.08
59_D 239_V 0.86 0.25 0.08
260_I 37_K 0.86 0.25 0.08
332_L 403_P 0.86 0.25 0.08
167_L 513_K 0.86 0.25 0.08
85_V 225_E 0.86 0.25 0.08
274_Q 528_D 0.86 0.25 0.08
176_P 485_A 0.86 0.25 0.08
215_A 398_R 0.86 0.25 0.08
58_L 271_G 0.86 0.25 0.08
264_F 256_L 0.86 0.25 0.08
37_P 469_F 0.86 0.25 0.08
228_G 273_G 0.86 0.25 0.08
110_V 383_T 0.86 0.25 0.08
218_Q 486_P 0.85 0.25 0.08
153_F 272_V 0.85 0.24 0.08
62_V 246_D 0.85 0.24 0.08
324_G 75_Y 0.85 0.24 0.08
271_L 427_S 0.85 0.24 0.08
33_I 522_S 0.85 0.24 0.08
313_L 484_I 0.85 0.24 0.08
288_V 551_I 0.85 0.24 0.08
239_A 239_V 0.85 0.24 0.08
43_V 569_F 0.85 0.24 0.08
46_D 467_R 0.85 0.24 0.08
57_T 125_K 0.85 0.24 0.08
25_T 540_V 0.85 0.24 0.08
24_V 431_A 0.85 0.24 0.08
331_L 555_F 0.85 0.24 0.08
127_L 235_W 0.84 0.24 0.08
276_V 399_G 0.84 0.24 0.08
179_N 475_S 0.84 0.24 0.07
146_I 236_F 0.84 0.24 0.07
167_L 54_D 0.84 0.24 0.07
156_Y 415_Y 0.84 0.24 0.07
76_E 256_L 0.84 0.24 0.07
66_W 105_L 0.84 0.24 0.07
280_S 512_G 0.84 0.24 0.07
84_D 188_R 0.84 0.24 0.07
112_V 571_I 0.84 0.24 0.07
331_L 129_T 0.84 0.23 0.07
42_D 469_F 0.84 0.23 0.07
7_Y 34_Q 0.83 0.23 0.07
43_V 55_R 0.83 0.23 0.07
133_V 175_H 0.83 0.23 0.07
222_L 192_G 0.83 0.23 0.07
30_K 96_A 0.83 0.23 0.07
123_L 482_K 0.83 0.23 0.07
331_L 82_D 0.83 0.23 0.07
58_L 442_R 0.83 0.23 0.07
86_V 75_Y 0.83 0.23 0.07
131_L 501_T 0.83 0.23 0.07
131_L 261_S 0.83 0.23 0.07
250_V 137_L 0.83 0.23 0.07
26_A 340_N 0.83 0.23 0.07
31_V 188_R 0.83 0.23 0.07
32_R 470_A 0.83 0.23 0.07
212_S 186_G 0.83 0.23 0.07
269_L 569_F 0.83 0.23 0.07
272_D 258_G 0.83 0.23 0.07
224_Y 205_Y 0.83 0.23 0.07
263_T 332_G 0.83 0.23 0.07
266_V 221_K 0.83 0.23 0.07
155_A 569_F 0.82 0.23 0.07
243_S 206_L 0.82 0.23 0.07
197_V 257_T 0.82 0.23 0.07
133_V 334_F 0.82 0.23 0.07
122_G 101_G 0.82 0.22 0.07
285_S 309_Q 0.82 0.22 0.07
108_L 559_V 0.82 0.22 0.07
24_V 117_A 0.82 0.22 0.07
335_F 270_T 0.82 0.22 0.07
264_F 347_T 0.82 0.22 0.07
209_E 100_P 0.82 0.22 0.07
85_V 501_T 0.82 0.22 0.07
291_G 336_R 0.82 0.22 0.07
101_S 171_A 0.82 0.22 0.07
16_Q 125_K 0.82 0.22 0.07
108_L 193_H 0.82 0.22 0.07
129_G 523_G 0.82 0.22 0.07
236_S 330_V 0.82 0.22 0.07
127_L 159_F 0.82 0.22 0.07
224_Y 506_Y 0.82 0.22 0.07
236_S 462_V 0.81 0.22 0.07
329_L 159_F 0.81 0.22 0.07
29_S 365_I 0.81 0.22 0.07
44_S 147_K 0.81 0.22 0.07
88_L 321_K 0.81 0.22 0.07
225_L 393_S 0.81 0.22 0.07
289_L 116_G 0.81 0.22 0.07
321_A 291_M 0.81 0.22 0.07
271_L 173_G 0.81 0.22 0.07
120_A 554_D 0.81 0.22 0.07
100_A 135_T 0.81 0.22 0.07
262_E 291_M 0.81 0.22 0.07
8_L 516_G 0.81 0.22 0.06
178_L 542_V 0.81 0.22 0.06
46_D 460_D 0.81 0.22 0.06
84_D 463_P 0.81 0.22 0.06
81_V 317_M 0.81 0.22 0.06
87_M 137_L 0.81 0.22 0.06
108_L 280_P 0.81 0.21 0.06
99_T 66_R 0.81 0.21 0.06
127_L 310_T 0.81 0.21 0.06
76_E 98_V 0.81 0.21 0.06
116_V 509_N 0.81 0.21 0.06
108_L 332_G 0.81 0.21 0.06
317_L 556_A 0.81 0.21 0.06
43_V 93_V 0.81 0.21 0.06
242_T 298_L 0.81 0.21 0.06
136_D 475_S 0.81 0.21 0.06
6_I 540_V 0.81 0.21 0.06
64_V 99_T 0.81 0.21 0.06
134_V 480_K 0.81 0.21 0.06
274_Q 537_G 0.81 0.21 0.06
115_N 420_W 0.81 0.21 0.06
5_E 439_L 0.81 0.21 0.06
88_L 93_V 0.80 0.21 0.06
204_D 551_I 0.80 0.21 0.06
11_D 27_Q 0.80 0.21 0.06
199_V 162_E 0.80 0.21 0.06
169_F 361_W 0.80 0.21 0.06
93_Q 272_V 0.80 0.21 0.06
104_I 256_L 0.80 0.21 0.06
195_A 458_D 0.80 0.21 0.06
182_A 341_D 0.80 0.21 0.06
105_N 462_V 0.80 0.21 0.06
67_A 426_F 0.80 0.21 0.06
220_A 402_M 0.80 0.21 0.06
87_M 170_I 0.80 0.21 0.06
25_T 499_L 0.80 0.21 0.06
305_A 206_L 0.80 0.21 0.06
165_G 245_F 0.80 0.21 0.06
291_G 63_D 0.80 0.21 0.06
256_I 56_R 0.80 0.21 0.06
131_L 128_D 0.80 0.21 0.06
143_N 98_V 0.80 0.21 0.06
84_D 177_A 0.80 0.21 0.06
81_V 71_A 0.80 0.21 0.06
39_V 402_M 0.80 0.21 0.06
108_L 97_K 0.80 0.21 0.06
328_A 264_T 0.80 0.21 0.06
114_N 26_L 0.80 0.21 0.06
294_V 190_R 0.80 0.21 0.06
255_Q 45_T 0.79 0.21 0.06
196_G 142_Y 0.79 0.21 0.06
107_N 504_L 0.79 0.20 0.06
169_F 192_G 0.79 0.20 0.06
93_Q 74_Y 0.79 0.20 0.06
223_S 129_T 0.79 0.20 0.06
327_Q 449_G 0.79 0.20 0.06
80_G 155_R 0.79 0.20 0.06
89_N 168_L 0.79 0.20 0.06
316_K 241_V 0.79 0.20 0.06
254_G 375_T 0.79 0.20 0.06
221_A 71_A 0.79 0.20 0.06
143_N 219_E 0.79 0.20 0.06
186_P 300_T 0.79 0.20 0.06
327_Q 297_S 0.79 0.20 0.06
230_G 465_D 0.79 0.20 0.06
285_S 224_A 0.79 0.20 0.06
112_V 158_Y 0.79 0.20 0.06
319_L 149_L 0.79 0.20 0.06
291_G 44_S 0.79 0.20 0.06
215_A 555_F 0.78 0.20 0.06
31_V 433_N 0.78 0.20 0.06
248_L 393_S 0.78 0.20 0.06
291_G 237_N 0.78 0.20 0.06
299_G 306_A 0.78 0.20 0.06
288_V 347_T 0.78 0.20 0.06
146_I 135_T 0.78 0.20 0.06
65_P 361_W 0.78 0.20 0.06
156_Y 260_V 0.78 0.20 0.06
286_G 96_A 0.78 0.20 0.06
217_S 405_W 0.78 0.20 0.06
153_F 407_D 0.78 0.20 0.06
165_G 509_N 0.78 0.20 0.06
140_L 218_Y 0.78 0.20 0.05
288_V 211_P 0.78 0.20 0.05
218_Q 383_T 0.78 0.20 0.05
203_A 190_R 0.78 0.20 0.05
284_V 298_L 0.78 0.20 0.05
24_V 365_I 0.78 0.20 0.05
258_G 253_V 0.78 0.20 0.05
218_Q 178_F 0.78 0.20 0.05
133_V 75_Y 0.78 0.20 0.05
147_N 99_T 0.78 0.19 0.05
59_D 77_P 0.78 0.19 0.05
85_V 71_A 0.78 0.19 0.05
110_V 343_E 0.77 0.19 0.05
67_A 553_L 0.77 0.19 0.05
45_P 385_L 0.77 0.19 0.05
118_I 56_R 0.77 0.19 0.05
132_N 263_R 0.77 0.19 0.05
282_V 360_G 0.77 0.19 0.05
90_D 259_V 0.77 0.19 0.05
310_R 473_D 0.77 0.19 0.05
164_K 152_I 0.77 0.19 0.05
41_M 427_S 0.77 0.19 0.05
253_S 350_V 0.77 0.19 0.05
31_V 453_W 0.77 0.19 0.05
226_L 501_T 0.77 0.19 0.05
108_L 203_D 0.77 0.19 0.05
143_N 77_P 0.77 0.19 0.05
239_A 525_A 0.77 0.19 0.05
329_L 483_S 0.77 0.19 0.05
229_Q 185_S 0.77 0.19 0.05
58_L 158_Y 0.77 0.19 0.05
225_L 254_L 0.77 0.19 0.05
64_V 384_M 0.77 0.19 0.05
113_G 544_W 0.77 0.19 0.05
226_L 407_D 0.77 0.19 0.05
167_L 175_H 0.77 0.19 0.05
30_K 562_K 0.77 0.19 0.05
329_L 194_V 0.77 0.19 0.05
107_N 301_S 0.77 0.19 0.05
180_I 107_G 0.77 0.19 0.05
51_A 290_W 0.77 0.19 0.05
254_G 403_P 0.77 0.19 0.05
106_S 459_F 0.77 0.19 0.05
333_Y 75_Y 0.76 0.19 0.05
48_V 304_I 0.76 0.19 0.05
253_S 65_I 0.76 0.19 0.05
173_P 105_L 0.76 0.19 0.05
58_L 252_K 0.76 0.19 0.05
252_Q 170_I 0.76 0.19 0.05
4_G 45_T 0.76 0.19 0.05
211_F 158_Y 0.76 0.19 0.05
218_Q 369_W 0.76 0.19 0.05
58_L 466_L 0.76 0.19 0.05
134_V 173_G 0.76 0.19 0.05
125_A 558_P 0.76 0.19 0.05
54_N 132_A 0.76 0.19 0.05
199_V 461_K 0.76 0.19 0.05
118_I 238_S 0.76 0.19 0.05
286_G 355_W 0.76 0.18 0.05
213_D 413_I 0.76 0.18 0.05
220_A 69_L 0.76 0.18 0.05
41_M 149_L 0.76 0.18 0.05
308_T 254_L 0.76 0.18 0.05
146_I 375_T 0.76 0.18 0.05
195_A 323_P 0.76 0.18 0.05
208_A 353_R 0.76 0.18 0.05
29_S 218_Y 0.76 0.18 0.05
131_L 420_W 0.76 0.18 0.05
43_V 573_L 0.76 0.18 0.05
19_N 415_Y 0.76 0.18 0.05
280_S 468_F 0.76 0.18 0.05
180_I 151_S 0.76 0.18 0.05
46_D 149_L 0.76 0.18 0.05
88_L 260_V 0.76 0.18 0.05
252_Q 206_L 0.76 0.18 0.05
31_V 428_V 0.76 0.18 0.05
291_G 174_L 0.75 0.18 0.05
162_V 60_R 0.75 0.18 0.05
34_T 219_E 0.75 0.18 0.05
288_V 560_A 0.75 0.18 0.05
64_V 557_V 0.75 0.18 0.05
286_G 443_H 0.75 0.18 0.05
44_S 256_L 0.75 0.18 0.05
170_S 206_L 0.75 0.18 0.05
179_N 518_V 0.75 0.18 0.05
58_L 334_F 0.75 0.18 0.05
180_I 148_S 0.75 0.18 0.05
271_L 190_R 0.75 0.18 0.05
300_I 403_P 0.75 0.18 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2621 1.48 ABDUFEe-2jck Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.98 Done
2544 1.1 ABDUFEe-2 Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.97 Done
2543 1.14 ABDUF Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.96 Done
1967 0.74 ABDUF Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.97 Done
1965 0.77 ABDUF Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.96 Done
0521 0.65 ABDUF Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.57 Done - Shared
Page generated in 1.4923 seconds.