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OPENSEQ.org
cI_C_D_60
Genes: A B A+B
Length: 509 485 974
Sequences: 1997 705 654
Seq/Len: 3.92 1.45 0.67
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.78
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.59
2 0.00 0.00 0.60
5 0.01 0.00 0.60
10 0.01 0.00 0.60
20 0.01 0.00 0.61
100 0.01 0.00 0.62
∞ 0.03 0.00 0.66
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
179_Q 386_I 1.80 0.83 0.09
183_L 419_A 1.71 0.79 0.07
315_I 248_I 1.54 0.68 0.04
342_V 221_V 1.43 0.60 0.03
156_L 252_G 1.36 0.54 0.03
184_V 287_M 1.31 0.50 0.02
176_I 422_L 1.30 0.49 0.02
483_Q 186_F 1.27 0.47 0.02
313_R 168_S 1.25 0.45 0.02
168_I 380_M 1.24 0.44 0.02
52_Y 423_Y 1.23 0.43 0.02
151_Y 403_V 1.23 0.43 0.02
187_I 403_V 1.22 0.43 0.02
389_L 394_G 1.22 0.43 0.02
419_P 168_S 1.20 0.41 0.02
321_S 227_T 1.19 0.40 0.01
470_L 242_L 1.17 0.38 0.01
377_L 297_L 1.15 0.37 0.01
351_S 175_A 1.15 0.37 0.01
351_S 430_V 1.14 0.36 0.01
176_I 419_A 1.14 0.36 0.01
368_T 113_A 1.13 0.35 0.01
286_F 238_V 1.11 0.34 0.01
205_F 389_T 1.10 0.33 0.01
190_L 275_I 1.10 0.33 0.01
405_V 23_V 1.10 0.33 0.01
250_Q 457_V 1.10 0.33 0.01
9_I 82_L 1.09 0.32 0.01
189_I 135_I 1.09 0.32 0.01
175_F 426_L 1.08 0.32 0.01
31_I 207_F 1.07 0.31 0.01
183_L 164_A 1.07 0.31 0.01
401_T 170_L 1.07 0.31 0.01
349_G 142_L 1.07 0.31 0.01
325_F 164_A 1.06 0.30 0.01
117_H 297_L 1.06 0.30 0.01
179_Q 422_L 1.05 0.30 0.01
15_F 22_V 1.04 0.29 0.01
38_L 78_G 1.03 0.28 0.01
180_A 419_A 1.03 0.28 0.01
347_A 165_A 1.02 0.28 0.01
323_M 165_A 1.02 0.28 0.01
172_T 428_V 1.02 0.27 0.01
263_L 227_T 1.02 0.27 0.01
298_I 106_Y 1.02 0.27 0.01
95_G 415_V 1.02 0.27 0.01
87_S 361_S 1.01 0.27 0.01
263_L 219_S 1.01 0.27 0.01
218_G 377_T 1.00 0.26 0.01
130_V 383_L 1.00 0.26 0.01
493_I 236_A 1.00 0.26 0.01
130_V 169_F 1.00 0.26 0.01
320_V 219_S 1.00 0.26 0.01
354_G 306_L 0.99 0.26 0.01
434_V 297_L 0.99 0.26 0.01
183_L 415_V 0.99 0.25 0.01
73_P 472_Q 0.99 0.25 0.01
431_F 465_L 0.99 0.25 0.01
97_L 311_V 0.98 0.25 0.01
421_I 278_F 0.98 0.25 0.01
153_L 135_I 0.98 0.25 0.01
341_A 462_L 0.98 0.25 0.01
287_A 181_S 0.97 0.24 0.01
81_L 238_V 0.97 0.24 0.01
232_A 137_L 0.97 0.24 0.01
230_A 389_T 0.97 0.24 0.01
423_V 210_M 0.96 0.24 0.01
230_A 251_F 0.96 0.24 0.01
445_F 390_L 0.96 0.24 0.01
192_L 340_A 0.96 0.24 0.01
121_M 181_S 0.96 0.24 0.01
91_V 142_L 0.96 0.23 0.01
405_V 135_I 0.95 0.23 0.01
310_D 234_A 0.95 0.23 0.01
349_G 475_I 0.95 0.23 0.01
339_Q 131_G 0.95 0.23 0.01
410_I 208_G 0.95 0.23 0.01
190_L 423_Y 0.94 0.23 0.01
266_T 179_A 0.94 0.23 0.01
89_L 169_F 0.94 0.23 0.01
486_L 215_G 0.94 0.22 0.01
411_L 139_L 0.94 0.22 0.01
323_M 105_F 0.94 0.22 0.01
187_I 415_V 0.93 0.22 0.01
430_V 138_P 0.93 0.22 0.01
302_A 227_T 0.93 0.22 0.01
299_F 303_I 0.93 0.22 0.01
92_V 117_I 0.93 0.22 0.01
295_V 454_G 0.93 0.22 0.01
337_A 244_T 0.93 0.22 0.01
100_L 346_L 0.93 0.22 0.01
283_S 162_L 0.93 0.22 0.01
374_M 308_Y 0.93 0.22 0.01
409_M 105_F 0.92 0.21 0.01
133_A 161_I 0.92 0.21 0.01
222_L 339_G 0.92 0.21 0.01
95_G 402_G 0.92 0.21 0.01
238_V 422_L 0.92 0.21 0.01
431_F 423_Y 0.91 0.21 0.01
76_G 166_A 0.91 0.21 0.01
114_G 397_Y 0.91 0.21 0.01
403_N 163_S 0.91 0.21 0.01
414_S 157_I 0.91 0.20 0.01
471_L 209_L 0.90 0.20 0.01
246_D 172_F 0.90 0.20 0.01
184_V 416_V 0.90 0.20 0.01
134_I 305_H 0.90 0.20 0.01
263_L 113_A 0.90 0.20 0.01
141_F 379_M 0.90 0.20 0.01
152_F 389_T 0.90 0.20 0.01
374_M 422_L 0.90 0.20 0.01
445_F 224_H 0.90 0.20 0.01
188_A 338_L 0.90 0.20 0.01
477_L 357_D 0.90 0.20 0.01
431_F 151_R 0.90 0.20 0.01
371_M 126_A 0.89 0.20 0.01
362_L 105_F 0.89 0.20 0.01
355_L 184_L 0.89 0.20 0.01
155_A 130_L 0.89 0.20 0.01
94_T 428_V 0.89 0.20 0.01
169_T 172_F 0.89 0.20 0.01
82_A 163_S 0.89 0.20 0.01
258_D 399_L 0.89 0.20 0.01
478_L 166_A 0.89 0.20 0.01
189_I 328_V 0.89 0.20 0.01
297_G 129_F 0.89 0.20 0.01
79_I 336_S 0.89 0.20 0.01
127_V 357_D 0.89 0.20 0.01
387_L 278_F 0.89 0.20 0.01
73_P 396_F 0.89 0.19 0.01
77_I 127_S 0.88 0.19 0.01
402_G 165_A 0.88 0.19 0.01
83_I 339_G 0.88 0.19 0.01
228_F 276_I 0.88 0.19 0.01
79_I 258_F 0.88 0.19 0.01
176_I 137_L 0.88 0.19 0.01
422_T 327_G 0.88 0.19 0.01
184_V 130_L 0.88 0.19 0.01
91_V 26_L 0.88 0.19 0.01
292_W 193_L 0.88 0.19 0.01
15_F 396_F 0.88 0.19 0.01
228_F 66_L 0.87 0.19 0.01
320_V 178_Y 0.87 0.19 0.01
370_D 366_F 0.87 0.19 0.01
394_A 242_L 0.87 0.19 0.01
338_Y 286_L 0.87 0.19 0.01
292_W 420_I 0.87 0.19 0.01
302_A 79_L 0.87 0.19 0.01
390_F 207_F 0.87 0.18 0.01
498_Q 177_V 0.87 0.18 0.01
297_G 175_A 0.86 0.18 0.01
394_A 246_S 0.86 0.18 0.01
229_I 429_A 0.86 0.18 0.01
469_L 243_A 0.86 0.18 0.01
230_A 135_I 0.86 0.18 0.01
233_V 426_L 0.86 0.18 0.01
126_G 285_N 0.86 0.18 0.01
303_W 161_I 0.86 0.18 0.01
204_T 186_F 0.86 0.18 0.01
33_L 177_V 0.86 0.18 0.01
307_A 293_N 0.86 0.18 0.01
323_M 134_L 0.86 0.18 0.01
105_S 308_Y 0.86 0.18 0.01
143_W 397_Y 0.86 0.18 0.01
276_L 138_P 0.86 0.18 0.01
445_F 113_A 0.85 0.18 0.01
261_G 377_T 0.85 0.18 0.01
306_F 137_L 0.85 0.18 0.01
371_M 469_V 0.85 0.18 0.01
333_G 342_G 0.85 0.18 0.00
228_F 183_D 0.85 0.17 0.00
91_V 275_I 0.84 0.17 0.00
261_G 193_L 0.84 0.17 0.00
323_M 175_A 0.84 0.17 0.00
253_T 162_L 0.84 0.17 0.00
339_Q 377_T 0.84 0.17 0.00
295_V 272_V 0.84 0.17 0.00
250_Q 100_D 0.84 0.17 0.00
395_T 289_L 0.84 0.17 0.00
151_Y 74_M 0.84 0.17 0.00
140_F 164_A 0.84 0.17 0.00
272_L 371_I 0.84 0.17 0.00
401_T 160_T 0.84 0.17 0.00
393_V 429_A 0.84 0.17 0.00
112_Y 331_A 0.84 0.17 0.00
105_S 193_L 0.83 0.17 0.00
11_F 114_L 0.83 0.17 0.00
306_F 112_A 0.83 0.17 0.00
129_G 219_S 0.83 0.17 0.00
189_I 81_L 0.83 0.17 0.00
110_E 380_M 0.83 0.17 0.00
357_I 339_G 0.83 0.17 0.00
334_S 36_L 0.83 0.17 0.00
177_Y 422_L 0.83 0.17 0.00
204_T 412_G 0.83 0.17 0.00
364_E 178_Y 0.83 0.17 0.00
346_I 119_L 0.83 0.17 0.00
151_Y 423_Y 0.83 0.17 0.00
230_A 242_L 0.83 0.17 0.00
127_V 184_L 0.83 0.17 0.00
92_V 142_L 0.83 0.17 0.00
429_L 227_T 0.83 0.17 0.00
101_A 276_I 0.83 0.17 0.00
294_G 129_F 0.83 0.17 0.00
205_F 314_I 0.82 0.17 0.00
193_V 413_A 0.82 0.17 0.00
335_Q 234_A 0.82 0.17 0.00
70_P 279_A 0.82 0.16 0.00
485_I 199_N 0.82 0.16 0.00
151_Y 152_S 0.82 0.16 0.00
272_L 303_I 0.82 0.16 0.00
65_S 279_A 0.82 0.16 0.00
290_A 199_N 0.82 0.16 0.00
474_L 83_A 0.82 0.16 0.00
13_G 204_L 0.82 0.16 0.00
302_A 376_M 0.82 0.16 0.00
409_M 396_F 0.82 0.16 0.00
69_M 47_A 0.82 0.16 0.00
323_M 209_L 0.82 0.16 0.00
8_L 469_V 0.82 0.16 0.00
214_P 109_V 0.82 0.16 0.00
222_L 396_F 0.82 0.16 0.00
474_L 386_I 0.82 0.16 0.00
328_I 328_V 0.82 0.16 0.00
367_H 129_F 0.81 0.16 0.00
420_V 203_L 0.81 0.16 0.00
37_G 413_A 0.81 0.16 0.00
421_I 297_L 0.81 0.16 0.00
422_T 310_L 0.81 0.16 0.00
478_L 464_V 0.81 0.16 0.00
100_L 8_L 0.81 0.16 0.00
277_P 347_M 0.81 0.16 0.00
175_F 421_G 0.81 0.16 0.00
206_N 315_A 0.81 0.16 0.00
417_V 113_A 0.81 0.16 0.00
301_G 170_L 0.81 0.16 0.00
357_I 87_T 0.81 0.16 0.00
457_L 376_M 0.81 0.16 0.00
79_I 163_S 0.81 0.16 0.00
414_S 338_L 0.81 0.16 0.00
37_G 47_A 0.81 0.16 0.00
9_I 386_I 0.81 0.16 0.00
237_V 428_V 0.81 0.16 0.00
36_M 443_D 0.81 0.16 0.00
12_I 54_F 0.81 0.16 0.00
28_P 434_L 0.81 0.16 0.00
331_Y 162_L 0.81 0.16 0.00
72_I 304_S 0.81 0.16 0.00
279_F 175_A 0.81 0.16 0.00
383_W 281_I 0.81 0.16 0.00
51_G 297_L 0.81 0.16 0.00
476_V 145_Y 0.81 0.16 0.00
172_T 420_I 0.81 0.16 0.00
487_D 142_L 0.81 0.16 0.00
168_I 293_N 0.81 0.16 0.00
403_N 179_A 0.81 0.16 0.00
30_W 412_G 0.80 0.15 0.00
90_M 288_A 0.80 0.15 0.00
331_Y 242_L 0.80 0.15 0.00
233_V 339_G 0.80 0.15 0.00
287_A 313_L 0.80 0.15 0.00
377_L 469_V 0.80 0.15 0.00
447_K 397_Y 0.80 0.15 0.00
472_V 276_I 0.80 0.15 0.00
140_F 381_L 0.80 0.15 0.00
35_T 275_I 0.80 0.15 0.00
261_G 372_L 0.80 0.15 0.00
275_S 246_S 0.80 0.15 0.00
345_M 312_A 0.80 0.15 0.00
140_F 116_G 0.80 0.15 0.00
410_I 458_L 0.80 0.15 0.00
168_I 430_V 0.80 0.15 0.00
304_M 172_F 0.80 0.15 0.00
77_I 433_Y 0.80 0.15 0.00
281_N 251_F 0.79 0.15 0.00
141_F 283_F 0.79 0.15 0.00
328_I 84_S 0.79 0.15 0.00
189_I 254_V 0.79 0.15 0.00
210_L 400_A 0.79 0.15 0.00
91_V 303_I 0.79 0.15 0.00
460_M 93_P 0.79 0.15 0.00
87_S 282_I 0.79 0.15 0.00
168_I 125_L 0.79 0.15 0.00
206_N 322_S 0.79 0.15 0.00
481_Y 287_M 0.79 0.15 0.00
362_L 355_D 0.79 0.15 0.00
384_L 309_L 0.79 0.15 0.00
262_I 414_V 0.79 0.15 0.00
329_A 177_V 0.78 0.15 0.00
9_I 19_L 0.78 0.15 0.00
475_L 120_A 0.78 0.15 0.00
34_I 19_L 0.78 0.15 0.00
347_A 336_S 0.78 0.15 0.00
266_T 163_S 0.78 0.14 0.00
297_G 161_I 0.78 0.14 0.00
225_L 107_L 0.78 0.14 0.00
248_H 336_S 0.78 0.14 0.00
262_I 337_S 0.78 0.14 0.00
368_T 193_L 0.78 0.14 0.00
268_A 170_L 0.78 0.14 0.00
151_Y 167_S 0.78 0.14 0.00
434_V 289_L 0.78 0.14 0.00
305_A 434_L 0.78 0.14 0.00
331_Y 239_S 0.78 0.14 0.00
433_S 171_L 0.78 0.14 0.00
470_L 305_H 0.78 0.14 0.00
190_L 454_G 0.78 0.14 0.00
306_F 215_G 0.78 0.14 0.00
17_C 462_L 0.78 0.14 0.00
75_F 206_G 0.78 0.14 0.00
485_I 418_S 0.77 0.14 0.00
120_L 380_M 0.77 0.14 0.00
83_I 383_L 0.77 0.14 0.00
333_G 280_S 0.77 0.14 0.00
229_I 362_Y 0.77 0.14 0.00
369_R 130_L 0.77 0.14 0.00
402_G 186_F 0.77 0.14 0.00
338_Y 232_Q 0.77 0.14 0.00
74_R 322_S 0.77 0.14 0.00
390_F 413_A 0.77 0.14 0.00
187_I 412_G 0.77 0.14 0.00
266_T 242_L 0.77 0.14 0.00
326_V 409_W 0.77 0.14 0.00
77_I 475_I 0.77 0.14 0.00
347_A 430_V 0.77 0.14 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2373 1.53 cI_C_D_60_40 Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 1) B:(1E-40, 1) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.98 Done - Shared
2371 0.67 cI_C_D_60 Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 1) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.09 Done - Shared
2369 0.14 cI_C_D Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 1) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.00 Done - Shared
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