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OPENSEQ.org
cI_D_C
Genes: A B A+B
Length: 485 509 987
Sequences: 144 918 136
Seq/Len: 0.3 1.8 0.14
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.13
2 0.00 0.00 0.14
5 0.00 0.00 0.14
10 0.00 0.00 0.14
20 0.00 0.00 0.14
100 0.00 0.00 0.14
∞ 0.00 0.01 0.14
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
474_L 306_F 1.63 0.31 0.00
112_A 405_V 1.60 0.30 0.00
281_I 433_S 1.55 0.28 0.00
415_V 188_A 1.51 0.26 0.00
116_G 488_T 1.51 0.26 0.00
324_E 74_R 1.47 0.24 0.00
31_R 91_V 1.46 0.24 0.00
94_W 235_M 1.45 0.23 0.00
299_G 401_T 1.43 0.22 0.00
75_L 91_V 1.42 0.22 0.00
347_M 125_G 1.41 0.22 0.00
232_Q 338_Y 1.41 0.22 0.00
281_I 476_V 1.41 0.22 0.00
276_I 204_T 1.37 0.20 0.00
423_Y 200_T 1.37 0.20 0.00
347_M 118_L 1.36 0.20 0.00
103_D 408_F 1.35 0.20 0.00
253_V 477_L 1.34 0.19 0.00
325_A 440_L 1.34 0.19 0.00
397_Y 74_R 1.33 0.19 0.00
390_L 235_M 1.33 0.19 0.00
380_M 110_E 1.32 0.18 0.00
421_G 82_A 1.31 0.18 0.00
163_S 140_F 1.31 0.18 0.00
47_A 187_I 1.31 0.18 0.00
359_L 240_L 1.30 0.18 0.00
137_L 307_A 1.30 0.18 0.00
15_L 475_L 1.29 0.18 0.00
238_V 306_F 1.28 0.17 0.00
138_P 267_A 1.28 0.17 0.00
177_V 54_L 1.28 0.17 0.00
299_G 459_G 1.28 0.17 0.00
407_L 306_F 1.28 0.17 0.00
428_V 117_H 1.27 0.17 0.00
462_L 133_A 1.27 0.17 0.00
76_Y 289_I 1.25 0.17 0.00
94_W 249_S 1.24 0.16 0.00
138_P 118_L 1.24 0.16 0.00
80_V 99_V 1.23 0.16 0.00
281_I 271_L 1.23 0.16 0.00
423_Y 362_L 1.23 0.16 0.00
28_I 471_L 1.22 0.15 0.00
43_I 240_L 1.22 0.15 0.00
281_I 434_V 1.22 0.15 0.00
232_Q 496_I 1.22 0.15 0.00
448_W 118_L 1.22 0.15 0.00
257_L 21_E 1.21 0.15 0.00
131_G 352_A 1.21 0.15 0.00
281_I 390_F 1.21 0.15 0.00
430_V 168_I 1.20 0.15 0.00
32_R 228_F 1.20 0.15 0.00
423_Y 481_Y 1.20 0.15 0.00
336_S 295_V 1.20 0.15 0.00
434_L 156_L 1.20 0.15 0.00
463_L 240_L 1.19 0.15 0.00
138_P 361_Q 1.19 0.15 0.00
394_G 389_L 1.19 0.15 0.00
281_I 468_I 1.19 0.15 0.00
257_L 141_F 1.19 0.14 0.00
9_I 289_I 1.19 0.14 0.00
130_L 422_T 1.18 0.14 0.00
139_L 394_A 1.18 0.14 0.00
40_L 489_S 1.17 0.14 0.00
376_M 141_F 1.17 0.14 0.00
294_I 184_V 1.16 0.14 0.00
232_Q 303_W 1.16 0.14 0.00
41_S 498_Q 1.16 0.14 0.00
25_M 233_V 1.16 0.14 0.00
337_S 132_L 1.16 0.14 0.00
219_S 353_A 1.16 0.14 0.00
143_V 202_V 1.16 0.14 0.00
167_S 346_I 1.16 0.14 0.00
324_E 332_T 1.15 0.14 0.00
417_G 140_F 1.15 0.14 0.00
269_I 487_D 1.15 0.14 0.00
16_I 431_F 1.15 0.14 0.00
432_L 21_E 1.14 0.13 0.00
297_L 471_L 1.14 0.13 0.00
336_S 287_A 1.14 0.13 0.00
215_G 121_M 1.14 0.13 0.00
283_F 329_A 1.14 0.13 0.00
147_F 354_G 1.14 0.13 0.00
189_L 485_I 1.14 0.13 0.00
299_G 267_A 1.14 0.13 0.00
172_F 123_I 1.13 0.13 0.00
164_A 180_A 1.13 0.13 0.00
87_T 90_M 1.13 0.13 0.00
132_I 235_M 1.13 0.13 0.00
232_Q 329_A 1.13 0.13 0.00
251_F 13_G 1.13 0.13 0.00
398_V 422_T 1.12 0.13 0.00
469_V 2_L 1.12 0.13 0.00
209_L 235_M 1.12 0.13 0.00
142_L 398_M 1.12 0.13 0.00
436_A 128_I 1.12 0.13 0.00
451_S 249_S 1.12 0.13 0.00
475_I 387_L 1.12 0.13 0.00
276_I 409_M 1.12 0.13 0.00
46_N 125_G 1.12 0.13 0.00
403_V 86_L 1.12 0.13 0.00
138_P 363_Y 1.12 0.13 0.00
181_S 318_T 1.11 0.13 0.00
4_T 240_L 1.11 0.13 0.00
119_L 389_L 1.11 0.13 0.00
210_M 343_I 1.11 0.12 0.00
121_N 443_A 1.11 0.12 0.00
376_M 460_M 1.10 0.12 0.00
336_S 409_M 1.10 0.12 0.00
68_R 405_V 1.10 0.12 0.00
138_P 331_Y 1.09 0.12 0.00
41_S 492_A 1.09 0.12 0.00
181_S 101_A 1.09 0.12 0.00
433_Y 213_T 1.09 0.12 0.00
161_I 441_H 1.09 0.12 0.00
242_L 127_V 1.09 0.12 0.00
224_H 109_I 1.09 0.12 0.00
73_A 59_G 1.09 0.12 0.00
294_I 460_M 1.09 0.12 0.00
239_S 331_Y 1.09 0.12 0.00
25_M 257_V 1.09 0.12 0.00
464_V 240_L 1.08 0.12 0.00
83_A 492_A 1.08 0.12 0.00
139_L 305_A 1.08 0.12 0.00
328_V 10_P 1.08 0.12 0.00
398_V 75_F 1.08 0.12 0.00
120_A 102_V 1.07 0.12 0.00
131_G 377_L 1.07 0.12 0.00
141_G 401_T 1.07 0.12 0.00
228_P 181_S 1.07 0.12 0.00
113_A 473_V 1.07 0.12 0.00
138_P 242_G 1.06 0.12 0.00
336_S 395_T 1.06 0.12 0.00
131_G 13_G 1.06 0.12 0.00
219_S 140_F 1.06 0.11 0.00
51_S 328_I 1.06 0.11 0.00
299_G 275_S 1.06 0.11 0.00
147_F 331_Y 1.06 0.11 0.00
255_M 112_Y 1.06 0.11 0.00
150_K 103_L 1.06 0.11 0.00
17_V 412_F 1.06 0.11 0.00
184_L 331_Y 1.06 0.11 0.00
384_A 394_A 1.05 0.11 0.00
432_L 242_G 1.05 0.11 0.00
48_A 464_E 1.05 0.11 0.00
81_L 86_L 1.05 0.11 0.00
277_A 253_T 1.05 0.11 0.00
294_I 128_I 1.05 0.11 0.00
55_V 217_S 1.05 0.11 0.00
415_V 428_G 1.05 0.11 0.00
38_A 289_I 1.05 0.11 0.00
343_V 347_A 1.04 0.11 0.00
137_L 235_M 1.04 0.11 0.00
273_L 492_A 1.04 0.11 0.00
23_V 466_F 1.04 0.11 0.00
374_A 297_G 1.04 0.11 0.00
204_L 12_I 1.04 0.11 0.00
265_D 443_A 1.04 0.11 0.00
122_A 118_L 1.04 0.11 0.00
189_L 191_A 1.04 0.11 0.00
402_G 398_M 1.03 0.11 0.00
27_S 445_F 1.03 0.11 0.00
454_G 118_L 1.03 0.11 0.00
253_V 335_Q 1.03 0.11 0.00
398_V 91_V 1.03 0.11 0.00
421_G 203_W 1.03 0.11 0.00
209_L 344_Q 1.03 0.11 0.00
305_H 178_T 1.03 0.11 0.00
281_I 203_W 1.03 0.11 0.00
411_V 329_A 1.03 0.11 0.00
294_I 136_M 1.03 0.11 0.00
144_G 480_F 1.03 0.11 0.00
204_L 101_A 1.03 0.11 0.00
94_W 329_A 1.03 0.11 0.00
144_G 235_M 1.03 0.11 0.00
34_H 484_P 1.03 0.11 0.00
77_T 432_A 1.02 0.11 0.00
87_T 441_H 1.02 0.11 0.00
150_K 121_M 1.02 0.11 0.00
469_V 59_G 1.02 0.11 0.00
164_A 445_F 1.02 0.11 0.00
130_L 334_S 1.02 0.11 0.00
124_H 305_A 1.02 0.11 0.00
121_N 91_V 1.02 0.11 0.00
46_N 164_G 1.02 0.11 0.00
306_L 156_L 1.02 0.11 0.00
138_P 156_L 1.02 0.10 0.00
149_Q 433_S 1.02 0.10 0.00
314_I 229_I 1.02 0.10 0.00
419_A 223_L 1.02 0.10 0.00
26_L 337_A 1.02 0.10 0.00
135_I 485_I 1.02 0.10 0.00
161_I 188_A 1.02 0.10 0.00
55_V 410_I 1.01 0.10 0.00
96_E 341_A 1.01 0.10 0.00
15_L 439_M 1.01 0.10 0.00
172_F 291_M 1.01 0.10 0.00
433_Y 296_I 1.01 0.10 0.00
132_I 477_L 1.01 0.10 0.00
80_V 346_I 1.01 0.10 0.00
401_V 354_G 1.01 0.10 0.00
376_M 311_I 1.01 0.10 0.00
255_M 485_I 1.01 0.10 0.00
113_A 459_G 1.01 0.10 0.00
408_W 408_F 1.01 0.10 0.00
160_T 90_M 1.01 0.10 0.00
111_I 242_G 1.01 0.10 0.00
432_L 315_I 1.01 0.10 0.00
349_S 127_V 1.01 0.10 0.00
400_A 194_F 1.01 0.10 0.00
143_V 134_I 1.01 0.10 0.00
8_L 10_P 1.00 0.10 0.00
73_A 470_L 1.00 0.10 0.00
8_L 22_R 1.00 0.10 0.00
328_V 385_P 1.00 0.10 0.00
140_F 235_M 1.00 0.10 0.00
18_G 485_I 1.00 0.10 0.00
202_L 350_L 1.00 0.10 0.00
419_A 180_A 1.00 0.10 0.00
411_V 346_I 1.00 0.10 0.00
25_M 185_M 1.00 0.10 0.00
108_L 269_Y 1.00 0.10 0.00
311_V 470_L 1.00 0.10 0.00
477_I 436_S 1.00 0.10 0.00
250_I 92_V 1.00 0.10 0.00
297_L 96_L 1.00 0.10 0.00
326_V 69_M 1.00 0.10 0.00
395_K 265_K 0.99 0.10 0.00
432_L 334_S 0.99 0.10 0.00
85_L 429_L 0.99 0.10 0.00
261_A 229_I 0.99 0.10 0.00
237_P 133_A 0.99 0.10 0.00
273_L 38_L 0.99 0.10 0.00
239_S 64_Q 0.99 0.10 0.00
64_T 223_L 0.99 0.10 0.00
337_S 349_G 0.99 0.10 0.00
278_F 387_L 0.99 0.10 0.00
109_V 121_M 0.99 0.10 0.00
156_S 9_I 0.99 0.10 0.00
240_T 242_G 0.99 0.10 0.00
75_L 196_H 0.99 0.10 0.00
51_S 52_Y 0.99 0.10 0.00
251_F 337_A 0.99 0.10 0.00
169_F 103_L 0.99 0.10 0.00
140_F 238_V 0.99 0.10 0.00
357_D 187_I 0.99 0.10 0.00
164_A 172_T 0.99 0.10 0.00
189_L 7_I 0.98 0.10 0.00
373_A 230_A 0.98 0.10 0.00
315_A 434_V 0.98 0.10 0.00
338_L 489_S 0.98 0.10 0.00
275_I 410_I 0.98 0.10 0.00
177_V 223_L 0.98 0.10 0.00
138_P 36_M 0.98 0.10 0.00
8_L 134_I 0.98 0.10 0.00
403_V 480_F 0.98 0.10 0.00
152_S 433_S 0.98 0.10 0.00
237_P 268_A 0.98 0.10 0.00
431_S 423_V 0.98 0.10 0.00
280_S 390_F 0.98 0.10 0.00
414_V 382_K 0.98 0.10 0.00
127_S 478_L 0.98 0.10 0.00
421_G 238_V 0.98 0.10 0.00
475_I 386_A 0.98 0.10 0.00
127_S 494_G 0.98 0.10 0.00
460_S 102_V 0.98 0.10 0.00
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376_M 79_I 0.87 0.08 0.00
277_A 185_M 0.87 0.08 0.00
19_L 272_L 0.87 0.08 0.00
132_I 416_Q 0.87 0.08 0.00
261_A 493_I 0.87 0.08 0.00
380_M 499_W 0.87 0.08 0.00
120_A 66_E 0.87 0.08 0.00
234_A 358_L 0.86 0.08 0.00
449_Q 354_G 0.86 0.08 0.00
97_G 459_G 0.86 0.08 0.00
67_M 217_S 0.86 0.08 0.00
20_T 118_L 0.86 0.08 0.00
82_L 240_L 0.86 0.08 0.00
16_I 466_F 0.86 0.08 0.00
32_R 286_F 0.86 0.08 0.00
250_I 291_M 0.86 0.08 0.00
44_G 11_F 0.86 0.08 0.00
321_M 188_A 0.86 0.08 0.00
90_F 381_M 0.86 0.08 0.00
363_R 336_L 0.86 0.08 0.00
253_V 346_I 0.86 0.08 0.00
165_A 393_V 0.86 0.08 0.00
140_F 445_F 0.86 0.08 0.00
326_V 498_Q 0.86 0.08 0.00
120_A 422_T 0.86 0.08 0.00
125_L 405_V 0.86 0.08 0.00
177_V 190_L 0.86 0.08 0.00
18_G 38_L 0.86 0.08 0.00
161_I 203_W 0.86 0.08 0.00
25_M 30_W 0.86 0.08 0.00
432_L 431_F 0.86 0.08 0.00
262_P 389_L 0.86 0.08 0.00
33_N 332_T 0.86 0.08 0.00
55_V 466_F 0.86 0.08 0.00
101_N 439_M 0.86 0.08 0.00
118_L 315_I 0.86 0.08 0.00
121_N 292_W 0.86 0.08 0.00
309_L 389_L 0.86 0.08 0.00
149_Q 476_V 0.86 0.08 0.00
7_N 95_G 0.86 0.08 0.00
297_L 38_L 0.86 0.08 0.00
454_G 361_Q 0.86 0.08 0.00
461_A 384_L 0.86 0.08 0.00
219_S 487_D 0.86 0.08 0.00
199_N 40_L 0.86 0.08 0.00
23_V 405_V 0.86 0.08 0.00
301_S 230_A 0.86 0.08 0.00
469_V 212_N 0.86 0.08 0.00
395_K 324_G 0.85 0.08 0.00
90_F 367_H 0.85 0.08 0.00
315_A 398_M 0.85 0.08 0.00
6_Q 332_T 0.85 0.08 0.00
344_V 170_A 0.85 0.08 0.00
429_A 405_V 0.85 0.08 0.00
184_L 193_V 0.85 0.08 0.00
386_I 75_F 0.85 0.08 0.00
299_G 474_L 0.85 0.08 0.00
105_F 445_F 0.85 0.08 0.00
209_L 90_M 0.85 0.08 0.00
137_L 284_A 0.85 0.08 0.00
240_T 134_I 0.85 0.08 0.00
353_G 187_I 0.85 0.08 0.00
14_L 1_M 0.85 0.08 0.00
292_T 240_L 0.85 0.08 0.00
450_Y 499_W 0.85 0.07 0.00
283_F 12_I 0.85 0.07 0.00
101_N 309_T 0.85 0.07 0.00
165_A 117_H 0.85 0.07 0.00
219_S 331_Y 0.85 0.07 0.00
432_L 276_L 0.85 0.07 0.00
83_A 477_L 0.85 0.07 0.00
10_A 13_G 0.85 0.07 0.00
94_W 338_Y 0.85 0.07 0.00
340_A 76_G 0.85 0.07 0.00
376_M 343_I 0.85 0.07 0.00
414_V 177_Y 0.85 0.07 0.00
11_L 491_S 0.85 0.07 0.00
167_S 485_I 0.85 0.07 0.00
53_W 405_V 0.85 0.07 0.00
147_F 470_L 0.84 0.07 0.00
119_L 226_G 0.84 0.07 0.00
141_G 385_P 0.84 0.07 0.00
204_L 445_F 0.84 0.07 0.00
189_L 55_T 0.84 0.07 0.00
252_G 335_Q 0.84 0.07 0.00
328_V 118_L 0.84 0.07 0.00
352_R 165_K 0.84 0.07 0.00
112_A 111_K 0.84 0.07 0.00
95_L 336_L 0.84 0.07 0.00
478_V 500_F 0.84 0.07 0.00
230_V 493_I 0.84 0.07 0.00
445_P 497_Q 0.84 0.07 0.00
82_L 9_I 0.84 0.07 0.00
138_P 166_T 0.84 0.07 0.00
15_L 220_E 0.84 0.07 0.00
397_Y 150_M 0.84 0.07 0.00
156_S 2_L 0.84 0.07 0.00
430_V 130_V 0.84 0.07 0.00
460_S 329_A 0.84 0.07 0.00
72_F 306_F 0.84 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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