May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
yeast_a_c_subs (A, 336-458)
Genes: A B A+B
Length: 123 160 253
Sequences: 1011 830 322
Seq/Len: 8.22 5.19 1.27
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.89
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.02 1.12
2 0.01 0.02 1.12
5 0.01 0.02 1.12
10 0.01 0.02 1.12
20 0.01 0.02 1.14
100 0.01 0.03 1.18
∞ 0.03 0.04 1.36
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
11_S 65_I 2.04 0.98 0.90
72_E 150_L 1.75 0.93 0.77
69_V 23_F 1.62 0.89 0.68
28_Q 145_I 1.36 0.73 0.45
23_S 138_V 1.35 0.73 0.43
51_F 99_L 1.35 0.73 0.43
100_Y 50_L 1.27 0.66 0.35
32_V 145_I 1.26 0.65 0.35
7_L 26_L 1.24 0.63 0.32
36_M 72_V 1.20 0.59 0.29
53_T 55_V 1.19 0.58 0.28
55_A 41_A 1.17 0.57 0.27
74_T 62_I 1.17 0.56 0.26
11_S 134_I 1.16 0.56 0.26
53_T 24_T 1.16 0.55 0.26
29_L 138_V 1.14 0.53 0.24
62_A 73_L 1.13 0.53 0.24
64_T 41_A 1.12 0.52 0.23
68_L 38_G 1.11 0.50 0.22
16_Y 94_G 1.10 0.49 0.21
69_V 151_N 1.10 0.49 0.21
74_T 131_L 1.10 0.49 0.21
59_M 52_K 1.08 0.47 0.20
85_W 71_S 1.08 0.47 0.19
102_P 123_P 1.07 0.47 0.19
99_P 12_F 1.06 0.46 0.18
61_F 111_V 1.06 0.45 0.18
58_A 90_Q 1.04 0.44 0.17
76_A 43_C 1.03 0.43 0.16
74_T 50_L 1.03 0.42 0.16
81_L 111_V 1.02 0.42 0.16
75_S 46_R 1.02 0.41 0.15
25_A 35_S 1.01 0.41 0.15
93_F 132_I 1.01 0.40 0.15
86_V 135_F 1.00 0.40 0.15
14_A 46_R 1.00 0.40 0.14
38_I 36_G 0.98 0.38 0.14
67_V 88_F 0.98 0.38 0.13
77_M 58_I 0.98 0.38 0.13
35_T 72_V 0.97 0.37 0.13
36_M 113_D 0.96 0.36 0.12
57_F 94_G 0.96 0.36 0.12
14_A 119_S 0.96 0.36 0.12
62_A 114_A 0.95 0.35 0.12
78_L 32_T 0.95 0.35 0.12
79_H 66_Y 0.94 0.34 0.11
21_A 51_F 0.94 0.34 0.11
58_A 12_F 0.94 0.34 0.11
9_C 87_G 0.93 0.34 0.11
77_M 130_I 0.93 0.33 0.11
28_Q 134_I 0.92 0.32 0.10
90_S 12_F 0.92 0.32 0.10
14_A 144_L 0.92 0.32 0.10
32_V 48_D 0.91 0.32 0.10
36_M 148_L 0.90 0.30 0.09
60_W 99_L 0.89 0.30 0.09
76_A 134_I 0.89 0.30 0.09
52_M 88_F 0.89 0.30 0.09
62_A 105_G 0.88 0.29 0.09
110_M 109_G 0.88 0.29 0.09
12_H 108_I 0.88 0.29 0.09
88_S 91_L 0.88 0.29 0.09
37_T 94_G 0.88 0.29 0.09
16_Y 41_A 0.87 0.28 0.08
69_V 128_G 0.87 0.28 0.08
51_F 22_I 0.87 0.28 0.08
20_W 127_V 0.87 0.28 0.08
84_H 123_P 0.87 0.28 0.08
98_L 146_V 0.86 0.28 0.08
62_A 88_F 0.86 0.28 0.08
110_M 100_S 0.86 0.27 0.08
7_L 110_I 0.85 0.27 0.08
70_L 73_L 0.85 0.27 0.08
28_Q 72_V 0.85 0.27 0.08
91_K 20_A 0.85 0.27 0.08
30_S 130_I 0.84 0.26 0.07
49_G 69_V 0.84 0.26 0.07
62_A 124_R 0.84 0.26 0.07
10_V 144_L 0.83 0.26 0.07
17_L 44_V 0.83 0.25 0.07
34_W 108_I 0.83 0.25 0.07
80_S 58_I 0.83 0.25 0.07
71_M 147_A 0.83 0.25 0.07
65_C 122_Q 0.83 0.25 0.07
112_V 89_I 0.83 0.25 0.07
84_H 71_S 0.83 0.25 0.07
89_M 39_I 0.82 0.25 0.07
11_S 87_G 0.82 0.24 0.07
103_F 41_A 0.82 0.24 0.07
90_S 32_T 0.82 0.24 0.07
80_S 35_S 0.82 0.24 0.07
13_T 151_N 0.82 0.24 0.07
48_V 15_I 0.82 0.24 0.07
30_S 102_L 0.82 0.24 0.07
75_S 143_G 0.82 0.24 0.07
7_L 37_V 0.82 0.24 0.07
88_S 141_L 0.81 0.24 0.06
92_F 47_P 0.81 0.24 0.06
98_L 105_G 0.81 0.24 0.06
112_V 152_S 0.81 0.24 0.06
69_V 143_G 0.81 0.24 0.06
104_A 11_F 0.81 0.24 0.06
19_L 122_Q 0.81 0.23 0.06
74_T 135_F 0.81 0.23 0.06
58_A 85_Y 0.81 0.23 0.06
20_W 148_L 0.80 0.23 0.06
36_M 46_R 0.80 0.23 0.06
79_H 63_I 0.80 0.23 0.06
32_V 119_S 0.80 0.23 0.06
99_P 83_A 0.80 0.23 0.06
21_A 150_L 0.80 0.23 0.06
20_W 65_I 0.80 0.23 0.06
12_H 63_I 0.80 0.23 0.06
111_E 14_A 0.79 0.23 0.06
84_H 65_I 0.79 0.23 0.06
104_A 143_G 0.79 0.23 0.06
22_L 62_I 0.79 0.22 0.06
51_F 11_F 0.79 0.22 0.06
68_L 36_G 0.79 0.22 0.06
76_A 133_L 0.79 0.22 0.06
26_H 53_N 0.79 0.22 0.06
13_T 65_I 0.78 0.22 0.06
86_V 143_G 0.78 0.21 0.05
84_H 102_L 0.78 0.21 0.05
27_A 39_I 0.78 0.21 0.05
38_I 87_G 0.78 0.21 0.05
69_V 83_A 0.78 0.21 0.05
41_A 99_L 0.78 0.21 0.05
77_M 151_N 0.78 0.21 0.05
77_M 131_L 0.78 0.21 0.05
12_H 104_A 0.78 0.21 0.05
95_G 25_S 0.78 0.21 0.05
59_M 84_L 0.78 0.21 0.05
65_C 108_I 0.77 0.21 0.05
14_A 127_V 0.77 0.21 0.05
10_V 25_S 0.77 0.21 0.05
14_A 28_A 0.77 0.21 0.05
111_E 23_F 0.77 0.21 0.05
101_E 72_V 0.77 0.21 0.05
26_H 145_I 0.77 0.21 0.05
27_A 80_Q 0.77 0.21 0.05
26_H 121_Q 0.77 0.21 0.05
113_A 84_L 0.77 0.21 0.05
49_G 117_R 0.76 0.20 0.05
55_A 12_F 0.76 0.20 0.05
85_W 147_A 0.76 0.20 0.05
31_S 148_L 0.76 0.20 0.05
95_G 59_M 0.76 0.20 0.05
29_L 125_L 0.76 0.20 0.05
72_E 136_A 0.76 0.20 0.05
7_L 112_G 0.76 0.20 0.05
62_A 55_V 0.76 0.20 0.05
6_C 128_G 0.76 0.20 0.05
24_L 36_G 0.76 0.20 0.05
12_H 60_A 0.75 0.20 0.05
56_L 32_T 0.75 0.20 0.05
7_L 63_I 0.75 0.20 0.05
12_H 66_Y 0.75 0.20 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.9224 seconds.