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OPENSEQ.org
wspBwspD
Genes: A B A+B
Length: 171 229 379
Sequences: 3789 145 118
Seq/Len: 22.16 0.63 0.31
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.04 0.00 0.01
2 0.07 0.00 0.27
5 0.10 0.00 0.29
10 0.11 0.00 0.29
20 0.11 0.00 0.29
100 0.15 0.00 0.29
∞ 0.22 0.00 0.31
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
91_Y 226_R 1.96 0.72 0.03
30_D 212_I 1.81 0.63 0.02
132_Y 133_C 1.77 0.61 0.02
77_A 94_G 1.73 0.58 0.01
56_V 165_G 1.50 0.43 0.01
28_A 100_L 1.50 0.42 0.01
56_V 75_S 1.49 0.42 0.01
26_R 112_L 1.45 0.40 0.01
132_Y 39_R 1.35 0.33 0.01
75_G 51_L 1.33 0.32 0.01
143_L 203_G 1.31 0.31 0.01
111_D 219_P 1.28 0.29 0.00
34_V 23_V 1.28 0.29 0.00
154_P 161_I 1.27 0.29 0.00
23_E 39_R 1.27 0.28 0.00
100_V 33_A 1.27 0.28 0.00
136_V 223_A 1.27 0.28 0.00
17_F 119_A 1.26 0.28 0.00
89_V 43_V 1.25 0.27 0.00
47_P 192_A 1.25 0.27 0.00
52_W 227_S 1.25 0.27 0.00
120_F 227_S 1.25 0.27 0.00
135_P 53_D 1.24 0.27 0.00
60_R 217_E 1.24 0.27 0.00
109_A 123_V 1.23 0.26 0.00
114_R 51_L 1.22 0.26 0.00
35_V 14_V 1.22 0.26 0.00
57_F 181_I 1.20 0.25 0.00
134_G 92_W 1.20 0.25 0.00
27_Y 109_I 1.20 0.24 0.00
105_I 142_L 1.20 0.24 0.00
131_R 60_D 1.18 0.23 0.00
77_A 146_A 1.16 0.23 0.00
47_P 213_T 1.14 0.22 0.00
57_F 109_I 1.13 0.21 0.00
131_R 42_E 1.12 0.21 0.00
105_I 158_M 1.12 0.21 0.00
75_G 110_H 1.12 0.21 0.00
82_T 170_A 1.10 0.20 0.00
83_S 51_L 1.10 0.20 0.00
46_I 15_D 1.10 0.20 0.00
43_L 23_V 1.10 0.20 0.00
31_A 175_V 1.10 0.20 0.00
155_D 149_V 1.09 0.20 0.00
110_T 135_S 1.09 0.20 0.00
60_R 158_M 1.09 0.20 0.00
100_V 212_I 1.09 0.20 0.00
39_P 110_H 1.08 0.19 0.00
38_L 213_T 1.08 0.19 0.00
121_R 199_R 1.08 0.19 0.00
16_L 169_V 1.07 0.19 0.00
156_E 218_G 1.07 0.19 0.00
26_R 130_L 1.07 0.19 0.00
29_L 28_S 1.07 0.19 0.00
100_V 191_H 1.07 0.19 0.00
45_R 222_Q 1.06 0.18 0.00
148_R 119_A 1.06 0.18 0.00
131_R 99_S 1.06 0.18 0.00
65_P 215_L 1.06 0.18 0.00
23_E 89_G 1.05 0.18 0.00
69_L 37_H 1.05 0.18 0.00
28_A 127_R 1.05 0.18 0.00
53_V 166_G 1.05 0.18 0.00
60_R 156_P 1.04 0.18 0.00
27_Y 132_A 1.04 0.18 0.00
15_K 225_A 1.04 0.17 0.00
112_T 123_V 1.04 0.17 0.00
72_M 209_E 1.04 0.17 0.00
27_Y 121_Q 1.04 0.17 0.00
43_L 47_A 1.04 0.17 0.00
130_A 76_D 1.04 0.17 0.00
114_R 57_L 1.03 0.17 0.00
89_V 20_R 1.03 0.17 0.00
30_D 61_Q 1.03 0.17 0.00
90_E 129_A 1.03 0.17 0.00
52_W 167_P 1.03 0.17 0.00
38_L 130_L 1.02 0.17 0.00
43_L 133_C 1.02 0.17 0.00
59_H 156_P 1.02 0.17 0.00
142_G 159_L 1.02 0.17 0.00
27_Y 135_S 1.02 0.17 0.00
25_D 103_V 1.02 0.17 0.00
31_A 119_A 1.02 0.17 0.00
15_K 5_S 1.01 0.17 0.00
106_L 100_L 1.01 0.16 0.00
106_L 60_D 1.01 0.16 0.00
12_R 9_L 1.01 0.16 0.00
26_R 104_A 1.01 0.16 0.00
53_V 16_D 1.01 0.16 0.00
86_I 19_N 1.01 0.16 0.00
86_I 195_Q 1.01 0.16 0.00
51_E 78_G 1.00 0.16 0.00
23_E 219_P 1.00 0.16 0.00
146_W 119_A 1.00 0.16 0.00
120_F 116_R 1.00 0.16 0.00
18_L 174_E 1.00 0.16 0.00
57_F 189_P 0.99 0.16 0.00
40_L 28_S 0.99 0.16 0.00
78_A 16_D 0.99 0.16 0.00
26_R 125_N 0.99 0.15 0.00
139_G 201_V 0.99 0.15 0.00
17_F 111_S 0.99 0.15 0.00
143_L 115_Q 0.98 0.15 0.00
64_V 82_S 0.98 0.15 0.00
99_P 7_T 0.98 0.15 0.00
60_R 169_V 0.98 0.15 0.00
23_E 37_H 0.98 0.15 0.00
44_K 228_L 0.97 0.15 0.00
58_S 31_R 0.97 0.15 0.00
147_V 28_S 0.96 0.15 0.00
41_L 88_L 0.96 0.15 0.00
132_Y 37_H 0.96 0.14 0.00
101_W 175_V 0.95 0.14 0.00
35_V 103_V 0.95 0.14 0.00
137_Y 133_C 0.95 0.14 0.00
112_T 111_S 0.95 0.14 0.00
125_L 205_L 0.95 0.14 0.00
60_R 57_L 0.95 0.14 0.00
70_C 58_R 0.94 0.14 0.00
111_D 134_L 0.94 0.14 0.00
159_A 152_R 0.94 0.14 0.00
25_D 229_A 0.94 0.14 0.00
110_T 121_Q 0.94 0.14 0.00
51_E 72_R 0.94 0.14 0.00
21_R 223_A 0.94 0.14 0.00
69_L 90_E 0.93 0.14 0.00
67_L 143_E 0.93 0.14 0.00
128_G 229_A 0.93 0.14 0.00
155_D 187_L 0.93 0.14 0.00
51_E 63_D 0.93 0.14 0.00
140_P 209_E 0.93 0.14 0.00
147_V 164_A 0.93 0.14 0.00
78_A 199_R 0.93 0.14 0.00
61_G 87_R 0.93 0.14 0.00
14_S 200_H 0.93 0.14 0.00
36_E 142_L 0.92 0.13 0.00
153_L 92_W 0.92 0.13 0.00
12_R 164_A 0.92 0.13 0.00
82_T 160_I 0.92 0.13 0.00
131_R 152_R 0.92 0.13 0.00
64_V 224_V 0.92 0.13 0.00
36_E 51_L 0.92 0.13 0.00
35_V 202_A 0.92 0.13 0.00
78_A 200_H 0.91 0.13 0.00
49_A 126_V 0.91 0.13 0.00
58_S 85_V 0.91 0.13 0.00
27_Y 28_S 0.91 0.13 0.00
135_P 116_R 0.91 0.13 0.00
13_T 9_L 0.91 0.13 0.00
125_L 180_A 0.91 0.13 0.00
118_S 66_E 0.91 0.13 0.00
48_E 224_V 0.91 0.13 0.00
34_V 195_Q 0.90 0.13 0.00
74_F 213_T 0.90 0.13 0.00
163_P 201_V 0.90 0.13 0.00
131_R 84_L 0.90 0.13 0.00
81_R 23_V 0.90 0.13 0.00
52_W 20_R 0.90 0.13 0.00
138_E 101_V 0.90 0.13 0.00
34_V 83_I 0.90 0.13 0.00
92_R 202_A 0.90 0.13 0.00
132_Y 44_Y 0.90 0.12 0.00
13_T 6_L 0.90 0.12 0.00
147_V 176_D 0.90 0.12 0.00
154_P 84_L 0.89 0.12 0.00
38_L 44_Y 0.89 0.12 0.00
148_R 149_V 0.89 0.12 0.00
28_A 174_E 0.89 0.12 0.00
135_P 111_S 0.89 0.12 0.00
44_K 97_T 0.89 0.12 0.00
92_R 168_V 0.89 0.12 0.00
75_G 207_W 0.89 0.12 0.00
141_R 189_P 0.89 0.12 0.00
32_R 42_E 0.89 0.12 0.00
144_V 28_S 0.89 0.12 0.00
59_H 117_S 0.89 0.12 0.00
36_E 158_M 0.89 0.12 0.00
49_A 161_I 0.89 0.12 0.00
143_L 134_L 0.88 0.12 0.00
115_C 133_C 0.88 0.12 0.00
113_L 156_P 0.88 0.12 0.00
117_P 111_S 0.88 0.12 0.00
82_T 37_H 0.88 0.12 0.00
149_V 97_T 0.88 0.12 0.00
73_A 6_L 0.88 0.12 0.00
121_R 104_A 0.88 0.12 0.00
87_V 90_E 0.88 0.12 0.00
109_A 49_T 0.88 0.12 0.00
130_A 19_N 0.88 0.12 0.00
127_N 31_R 0.87 0.12 0.00
128_G 62_L 0.87 0.12 0.00
34_V 145_G 0.87 0.12 0.00
157_V 33_A 0.87 0.12 0.00
57_F 138_E 0.87 0.12 0.00
130_A 206_Q 0.87 0.12 0.00
92_R 44_Y 0.87 0.12 0.00
119_A 84_L 0.87 0.12 0.00
122_D 83_I 0.86 0.12 0.00
59_H 170_A 0.86 0.12 0.00
74_F 223_A 0.86 0.12 0.00
24_G 148_P 0.86 0.12 0.00
60_R 142_L 0.86 0.12 0.00
49_A 111_S 0.86 0.12 0.00
67_L 219_P 0.86 0.12 0.00
60_R 134_L 0.86 0.12 0.00
108_Q 50_Y 0.86 0.12 0.00
138_E 132_A 0.86 0.12 0.00
116_E 66_E 0.86 0.12 0.00
88_L 35_H 0.86 0.11 0.00
137_Y 107_N 0.86 0.11 0.00
39_P 131_V 0.86 0.11 0.00
67_L 74_Q 0.86 0.11 0.00
43_L 110_H 0.86 0.11 0.00
144_V 132_A 0.86 0.11 0.00
123_Y 34_E 0.86 0.11 0.00
34_V 182_P 0.86 0.11 0.00
28_A 165_G 0.85 0.11 0.00
47_P 229_A 0.85 0.11 0.00
142_G 130_L 0.85 0.11 0.00
134_G 130_L 0.85 0.11 0.00
53_V 97_T 0.85 0.11 0.00
64_V 124_T 0.85 0.11 0.00
113_L 205_L 0.85 0.11 0.00
150_E 225_A 0.85 0.11 0.00
135_P 168_V 0.85 0.11 0.00
113_L 115_Q 0.85 0.11 0.00
43_L 120_L 0.85 0.11 0.00
108_Q 179_H 0.85 0.11 0.00
135_P 121_Q 0.85 0.11 0.00
33_E 105_P 0.85 0.11 0.00
69_L 65_A 0.85 0.11 0.00
86_I 20_R 0.85 0.11 0.00
147_V 218_G 0.85 0.11 0.00
149_V 209_E 0.85 0.11 0.00
112_T 142_L 0.84 0.11 0.00
93_A 106_M 0.84 0.11 0.00
65_P 174_E 0.84 0.11 0.00
116_E 5_S 0.84 0.11 0.00
59_H 189_P 0.84 0.11 0.00
91_Y 216_D 0.84 0.11 0.00
27_Y 103_V 0.84 0.11 0.00
108_Q 94_G 0.84 0.11 0.00
12_R 6_L 0.84 0.11 0.00
73_A 42_E 0.84 0.11 0.00
113_L 46_A 0.84 0.11 0.00
27_Y 7_T 0.84 0.11 0.00
56_V 58_R 0.83 0.11 0.00
61_G 86_F 0.83 0.11 0.00
60_R 201_V 0.83 0.11 0.00
75_G 111_S 0.83 0.11 0.00
57_F 108_P 0.83 0.11 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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