May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
FtsX_EnvC
Genes: A B A+B
Length: 352 419 684
Sequences: 1962 1840 879
Seq/Len: 5.57 4.39 1.29
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.51
2 0.00 0.01 0.55
5 0.01 0.01 0.58
10 0.01 0.01 0.59
20 0.01 0.01 0.60
100 0.01 0.01 0.68
∞ 0.01 0.01 1.14
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
171_P 125_F 2.14 0.98 0.94
148_A 125_F 1.65 0.90 0.74
114_Y 146_Q 1.46 0.81 0.58
142_Y 155_L 1.23 0.63 0.36
286_L 354_V 1.22 0.61 0.34
167_E 118_A 1.19 0.58 0.31
171_P 405_R 1.17 0.56 0.30
113_V 49_A 1.13 0.53 0.26
165_L 118_A 1.13 0.53 0.26
338_A 116_S 1.12 0.52 0.26
140_V 42_S 1.12 0.52 0.26
344_Q 114_E 1.12 0.52 0.26
170_L 358_H 1.11 0.51 0.25
78_V 94_K 1.11 0.51 0.24
78_V 334_K 1.10 0.50 0.24
111_I 398_P 1.09 0.49 0.23
117_K 122_D 1.09 0.49 0.23
281_F 206_N 1.08 0.48 0.23
334_G 159_R 1.06 0.46 0.21
167_E 105_K 1.05 0.45 0.20
173_V 125_F 1.05 0.45 0.20
228_I 54_V 1.05 0.45 0.20
293_I 189_T 1.04 0.44 0.19
264_T 159_R 1.03 0.43 0.19
216_A 141_E 1.03 0.43 0.19
142_Y 305_P 1.03 0.43 0.18
141_N 310_Y 1.03 0.43 0.18
145_R 417_L 1.02 0.42 0.18
344_Q 204_A 1.02 0.42 0.18
121_D 310_Y 1.01 0.41 0.17
192_R 136_I 1.00 0.40 0.16
228_I 387_A 1.00 0.40 0.16
273_L 236_L 0.99 0.39 0.16
129_A 354_V 0.98 0.38 0.15
233_V 355_V 0.98 0.38 0.15
290_L 98_E 0.97 0.38 0.15
219_G 356_V 0.97 0.38 0.15
120_D 111_A 0.97 0.38 0.15
326_L 209_K 0.97 0.37 0.15
174_A 324_V 0.96 0.36 0.14
78_V 164_A 0.95 0.36 0.14
322_E 121_L 0.95 0.36 0.14
338_A 71_Q 0.95 0.36 0.14
252_R 137_L 0.95 0.35 0.14
276_G 81_K 0.95 0.35 0.14
327_L 177_R 0.95 0.35 0.13
258_Q 324_V 0.95 0.35 0.13
111_I 325_I 0.94 0.35 0.13
137_V 207_E 0.94 0.35 0.13
284_A 131_T 0.94 0.34 0.13
140_V 323_M 0.94 0.34 0.13
118_T 412_N 0.93 0.34 0.13
138_E 214_G 0.93 0.34 0.13
193_D 136_I 0.93 0.34 0.12
131_L 227_S 0.93 0.34 0.12
229_G 332_E 0.93 0.33 0.12
163_D 356_V 0.93 0.33 0.12
291_S 391_S 0.92 0.33 0.12
74_T 304_G 0.92 0.33 0.12
187_S 161_E 0.92 0.33 0.12
146_E 54_V 0.92 0.33 0.12
291_S 57_K 0.92 0.33 0.12
318_L 239_S 0.91 0.32 0.12
114_Y 171_E 0.91 0.32 0.12
146_E 398_P 0.91 0.32 0.11
330_C 145_G 0.91 0.32 0.11
116_Q 84_E 0.91 0.32 0.11
176_V 81_K 0.91 0.31 0.11
282_S 193_E 0.90 0.31 0.11
131_L 94_K 0.90 0.31 0.11
103_T 179_E 0.90 0.31 0.11
120_D 203_Q 0.90 0.31 0.11
240_I 374_V 0.90 0.31 0.11
69_S 328_S 0.90 0.31 0.11
142_Y 76_S 0.90 0.31 0.11
301_A 412_N 0.89 0.30 0.10
286_L 58_Q 0.89 0.30 0.10
276_G 390_G 0.89 0.30 0.10
323_C 83_R 0.89 0.30 0.10
170_L 142_S 0.89 0.30 0.10
258_Q 401_Y 0.89 0.30 0.10
284_A 140_E 0.89 0.30 0.10
147_D 97_D 0.89 0.30 0.10
290_L 55_R 0.89 0.30 0.10
245_R 330_G 0.89 0.30 0.10
291_S 298_A 0.89 0.30 0.10
289_I 367_G 0.89 0.30 0.10
72_F 361_G 0.89 0.30 0.10
282_S 198_Q 0.89 0.30 0.10
251_R 223_Q 0.88 0.30 0.10
147_D 42_S 0.88 0.29 0.10
239_V 374_V 0.88 0.29 0.10
139_K 101_A 0.88 0.29 0.10
99_N 177_R 0.88 0.29 0.10
110_Q 39_Q 0.88 0.29 0.10
298_L 112_A 0.88 0.29 0.10
212_A 254_E 0.88 0.29 0.10
277_A 230_R 0.87 0.29 0.10
142_Y 220_Q 0.87 0.29 0.10
290_L 404_I 0.87 0.29 0.10
122_D 192_Y 0.87 0.28 0.10
120_D 217_S 0.87 0.28 0.09
114_Y 125_F 0.87 0.28 0.09
89_S 59_Q 0.86 0.28 0.09
251_R 335_A 0.86 0.28 0.09
83_I 57_K 0.86 0.28 0.09
123_A 53_A 0.86 0.28 0.09
331_S 309_R 0.86 0.28 0.09
284_A 286_S 0.85 0.27 0.09
111_I 317_E 0.85 0.27 0.09
259_K 361_G 0.85 0.27 0.09
254_S 390_G 0.85 0.27 0.09
295_V 159_R 0.85 0.27 0.09
98_V 42_S 0.85 0.27 0.09
93_M 375_S 0.85 0.27 0.09
147_D 98_E 0.85 0.27 0.09
86_T 122_D 0.84 0.27 0.09
276_G 351_G 0.84 0.26 0.08
214_L 384_Q 0.84 0.26 0.08
323_C 67_Q 0.84 0.26 0.08
285_L 171_E 0.84 0.26 0.08
214_L 165_Q 0.84 0.26 0.08
136_G 90_N 0.84 0.26 0.08
261_I 344_A 0.84 0.26 0.08
224_V 167_K 0.84 0.26 0.08
62_G 399_S 0.84 0.26 0.08
145_R 241_A 0.83 0.26 0.08
170_L 412_N 0.83 0.26 0.08
80_V 124_A 0.83 0.26 0.08
344_Q 375_S 0.83 0.26 0.08
273_L 43_I 0.83 0.26 0.08
147_D 168_Q 0.83 0.26 0.08
250_A 213_A 0.83 0.26 0.08
267_F 358_H 0.83 0.25 0.08
152_F 124_A 0.83 0.25 0.08
191_L 345_D 0.83 0.25 0.08
94_V 306_T 0.83 0.25 0.08
289_I 141_E 0.83 0.25 0.08
326_L 410_A 0.82 0.25 0.08
143_L 125_F 0.82 0.25 0.08
70_K 368_Y 0.82 0.25 0.08
287_S 141_E 0.82 0.25 0.08
78_V 87_N 0.82 0.25 0.08
150_G 105_K 0.82 0.25 0.08
147_D 60_Q 0.82 0.25 0.08
252_R 341_V 0.82 0.25 0.07
91_C 103_I 0.82 0.24 0.07
81_I 208_R 0.82 0.24 0.07
282_S 381_R 0.82 0.24 0.07
337_A 162_T 0.82 0.24 0.07
114_Y 154_Y 0.81 0.24 0.07
101_A 184_Q 0.81 0.24 0.07
94_V 172_E 0.81 0.24 0.07
75_F 45_A 0.81 0.24 0.07
341_A 207_E 0.81 0.24 0.07
167_E 81_K 0.81 0.24 0.07
75_F 100_N 0.81 0.24 0.07
144_S 373_L 0.81 0.24 0.07
147_D 87_N 0.81 0.24 0.07
174_A 335_A 0.81 0.24 0.07
113_V 260_A 0.81 0.24 0.07
270_R 344_A 0.81 0.24 0.07
294_L 179_E 0.81 0.24 0.07
247_S 239_S 0.80 0.23 0.07
176_V 164_A 0.80 0.23 0.07
336_V 104_A 0.80 0.23 0.07
78_V 249_A 0.80 0.23 0.07
255_I 75_I 0.80 0.23 0.07
78_V 235_R 0.80 0.23 0.07
144_S 230_R 0.80 0.23 0.07
112_T 327_A 0.80 0.23 0.07
80_V 370_Q 0.80 0.23 0.07
230_V 412_N 0.80 0.23 0.07
284_A 168_Q 0.80 0.23 0.07
236_V 368_Y 0.80 0.23 0.07
211_F 340_R 0.80 0.23 0.07
328_L 104_A 0.80 0.23 0.07
318_L 258_A 0.79 0.23 0.07
127_V 379_Q 0.79 0.23 0.07
310_G 387_A 0.79 0.23 0.07
133_A 42_S 0.79 0.23 0.07
150_G 102_S 0.79 0.23 0.07
224_V 251_A 0.79 0.23 0.07
257_V 96_I 0.79 0.22 0.07
83_I 99_M 0.79 0.22 0.07
330_C 186_E 0.79 0.22 0.07
277_A 169_T 0.79 0.22 0.07
276_G 403_E 0.79 0.22 0.07
241_G 389_V 0.79 0.22 0.07
156_S 159_R 0.79 0.22 0.06
282_S 387_A 0.79 0.22 0.06
94_V 67_Q 0.79 0.22 0.06
202_D 126_R 0.79 0.22 0.06
201_I 93_N 0.79 0.22 0.06
211_F 207_E 0.78 0.22 0.06
83_I 203_Q 0.78 0.22 0.06
114_Y 336_I 0.78 0.22 0.06
113_V 197_Q 0.78 0.22 0.06
227_M 51_E 0.78 0.22 0.06
144_S 108_Q 0.78 0.22 0.06
73_A 401_Y 0.78 0.22 0.06
294_L 355_V 0.78 0.22 0.06
268_I 109_Q 0.78 0.22 0.06
135_Q 214_G 0.78 0.22 0.06
194_R 182_E 0.78 0.22 0.06
146_E 171_E 0.78 0.22 0.06
243_S 401_Y 0.78 0.22 0.06
263_A 350_Y 0.78 0.22 0.06
331_S 307_L 0.78 0.22 0.06
268_I 217_S 0.77 0.21 0.06
332_M 230_R 0.77 0.21 0.06
261_I 387_A 0.77 0.21 0.06
260_L 86_Q 0.77 0.21 0.06
218_T 362_D 0.77 0.21 0.06
331_S 245_A 0.77 0.21 0.06
221_V 189_T 0.77 0.21 0.06
254_S 351_G 0.77 0.21 0.06
174_A 387_A 0.77 0.21 0.06
144_S 195_R 0.77 0.21 0.06
103_T 185_S 0.77 0.21 0.06
237_F 290_G 0.77 0.21 0.06
237_F 177_R 0.77 0.21 0.06
115_L 412_N 0.77 0.21 0.06
284_A 142_S 0.77 0.21 0.06
301_A 289_G 0.77 0.21 0.06
125_A 335_A 0.77 0.21 0.06
129_A 77_E 0.77 0.21 0.06
254_S 399_S 0.77 0.21 0.06
115_L 106_L 0.77 0.21 0.06
244_V 234_S 0.77 0.21 0.06
185_T 419_R 0.77 0.21 0.06
305_V 173_V 0.77 0.21 0.06
185_T 384_Q 0.77 0.21 0.06
141_N 41_K 0.76 0.21 0.06
234_A 78_A 0.76 0.21 0.06
131_L 115_R 0.76 0.21 0.06
66_D 353_V 0.76 0.21 0.06
121_D 101_A 0.76 0.21 0.06
227_M 378_S 0.76 0.20 0.06
87_L 201_L 0.76 0.20 0.06
264_T 88_T 0.76 0.20 0.06
240_I 166_L 0.76 0.20 0.06
341_A 316_G 0.76 0.20 0.06
283_G 308_H 0.76 0.20 0.06
74_T 40_L 0.76 0.20 0.06
221_V 338_D 0.75 0.20 0.05
213_R 337_A 0.75 0.20 0.05
241_G 394_G 0.75 0.20 0.05
149_L 75_I 0.75 0.20 0.05
237_F 370_Q 0.75 0.20 0.05
284_A 107_E 0.75 0.20 0.05
285_L 340_R 0.75 0.20 0.05
333_I 84_E 0.75 0.20 0.05
307_Q 312_E 0.75 0.20 0.05
246_L 47_I 0.75 0.20 0.05
100_Q 200_K 0.75 0.20 0.05
313_F 103_I 0.75 0.20 0.05
264_T 117_L 0.75 0.20 0.05
135_Q 140_E 0.75 0.20 0.05
251_R 354_V 0.75 0.20 0.05
267_F 190_L 0.75 0.20 0.05
250_A 174_A 0.75 0.20 0.05
96_K 297_Q 0.75 0.20 0.05
260_L 311_G 0.75 0.20 0.05
250_A 411_V 0.75 0.20 0.05
203_E 323_M 0.74 0.20 0.05
285_L 386_I 0.74 0.20 0.05
121_D 356_V 0.74 0.20 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
14334 FtsX_EnvC Δgene:(1, ∞) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) Running - Shared
14301 1.29 FtsX_EnvC Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.94 Done - Shared
10152 0 FtsX-EnvCdelta100e-80 Δgene:(1, 100) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed
6905 0.68 ftsx-envc Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.21 Done
Page generated in 0.0835 seconds.