May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
PatAB_synteny
Genes: A B A+B
Length: 458 336 734
Sequences: 1705 64 51
Seq/Len: 3.72 0.19 0.07
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.85
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.06
2 0.02 0.00 0.06
5 0.03 0.00 0.06
10 0.03 0.00 0.06
20 0.03 0.00 0.06
100 0.07 0.00 0.06
∞ 0.12 0.00 0.06
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
209_I 239_A 1.86 0.27 0.00
310_L 255_N 1.58 0.18 0.00
285_Y 214_F 1.51 0.17 0.00
14_A 301_I 1.51 0.17 0.00
156_T 255_N 1.50 0.16 0.00
362_F 237_H 1.48 0.16 0.00
362_F 118_F 1.48 0.16 0.00
57_F 63_N 1.47 0.15 0.00
128_S 141_Q 1.46 0.15 0.00
72_R 312_T 1.45 0.15 0.00
79_M 289_Y 1.45 0.15 0.00
286_I 11_I 1.44 0.15 0.00
37_S 302_K 1.42 0.14 0.00
147_L 298_N 1.42 0.14 0.00
359_F 312_T 1.41 0.14 0.00
191_G 319_M 1.38 0.14 0.00
131_Y 31_Q 1.37 0.13 0.00
228_Y 31_Q 1.37 0.13 0.00
72_R 125_E 1.36 0.13 0.00
198_I 35_F 1.34 0.13 0.00
209_I 22_N 1.33 0.12 0.00
318_T 155_N 1.31 0.12 0.00
172_A 199_A 1.31 0.12 0.00
116_V 264_I 1.31 0.12 0.00
131_Y 164_Q 1.29 0.12 0.00
228_Y 164_Q 1.29 0.12 0.00
281_F 32_K 1.29 0.12 0.00
327_L 299_R 1.28 0.12 0.00
255_P 31_Q 1.28 0.11 0.00
227_A 298_N 1.27 0.11 0.00
157_L 312_T 1.26 0.11 0.00
286_I 195_V 1.26 0.11 0.00
86_L 284_S 1.25 0.11 0.00
150_F 280_K 1.25 0.11 0.00
227_A 299_R 1.25 0.11 0.00
286_I 193_L 1.24 0.11 0.00
199_A 250_K 1.23 0.11 0.00
3_Y 227_V 1.23 0.11 0.00
281_F 280_K 1.22 0.10 0.00
56_T 187_N 1.21 0.10 0.00
241_D 169_S 1.21 0.10 0.00
304_I 37_F 1.20 0.10 0.00
235_D 250_K 1.19 0.10 0.00
255_P 164_Q 1.19 0.10 0.00
303_N 204_D 1.19 0.10 0.00
147_L 299_R 1.19 0.10 0.00
42_I 147_L 1.18 0.10 0.00
359_F 213_R 1.18 0.10 0.00
294_R 251_K 1.18 0.10 0.00
129_I 17_V 1.18 0.10 0.00
14_A 207_K 1.17 0.10 0.00
199_A 6_F 1.16 0.10 0.00
226_Y 327_I 1.16 0.09 0.00
123_F 265_Y 1.15 0.09 0.00
233_Y 265_Y 1.15 0.09 0.00
262_Y 265_Y 1.15 0.09 0.00
364_W 265_Y 1.15 0.09 0.00
326_L 179_A 1.15 0.09 0.00
229_A 257_K 1.14 0.09 0.00
327_L 28_Y 1.14 0.09 0.00
135_V 133_L 1.14 0.09 0.00
293_N 213_R 1.14 0.09 0.00
131_Y 141_Q 1.14 0.09 0.00
228_Y 141_Q 1.14 0.09 0.00
333_V 251_K 1.13 0.09 0.00
129_I 248_P 1.13 0.09 0.00
327_L 298_N 1.13 0.09 0.00
362_F 24_S 1.12 0.09 0.00
286_I 259_Q 1.12 0.09 0.00
329_G 226_R 1.12 0.09 0.00
193_V 153_N 1.12 0.09 0.00
85_N 326_H 1.12 0.09 0.00
33_I 173_Y 1.12 0.09 0.00
333_V 13_V 1.11 0.09 0.00
154_F 311_F 1.11 0.09 0.00
106_F 233_I 1.11 0.09 0.00
375_D 134_F 1.10 0.09 0.00
207_K 289_Y 1.10 0.09 0.00
224_A 159_T 1.10 0.09 0.00
81_F 8_F 1.10 0.09 0.00
15_F 251_K 1.10 0.09 0.00
285_Y 161_L 1.09 0.08 0.00
35_I 15_G 1.09 0.08 0.00
78_C 39_P 1.09 0.08 0.00
323_V 139_L 1.09 0.08 0.00
181_A 258_I 1.08 0.08 0.00
127_T 255_N 1.08 0.08 0.00
230_I 323_L 1.08 0.08 0.00
294_R 175_D 1.08 0.08 0.00
235_D 319_M 1.08 0.08 0.00
112_N 124_L 1.07 0.08 0.00
112_N 53_K 1.07 0.08 0.00
195_K 284_S 1.07 0.08 0.00
241_D 153_N 1.06 0.08 0.00
358_Q 208_G 1.06 0.08 0.00
227_A 9_I 1.06 0.08 0.00
191_G 246_I 1.06 0.08 0.00
301_V 255_N 1.06 0.08 0.00
250_L 216_S 1.06 0.08 0.00
137_Q 329_L 1.06 0.08 0.00
15_F 3_V 1.06 0.08 0.00
92_F 289_Y 1.05 0.08 0.00
301_V 26_S 1.05 0.08 0.00
294_R 189_N 1.05 0.08 0.00
221_L 187_N 1.05 0.08 0.00
73_Y 63_N 1.05 0.08 0.00
148_A 289_Y 1.05 0.08 0.00
95_I 237_H 1.04 0.08 0.00
255_P 141_Q 1.04 0.08 0.00
321_F 202_P 1.04 0.08 0.00
361_C 29_I 1.04 0.08 0.00
34_L 298_N 1.04 0.08 0.00
313_M 155_N 1.04 0.08 0.00
254_L 31_Q 1.03 0.08 0.00
172_A 156_L 1.03 0.08 0.00
336_H 37_F 1.03 0.08 0.00
235_D 6_F 1.03 0.08 0.00
319_L 213_R 1.03 0.08 0.00
281_F 244_F 1.03 0.08 0.00
368_Y 224_T 1.03 0.08 0.00
34_L 28_Y 1.03 0.08 0.00
16_F 227_V 1.02 0.07 0.00
318_T 305_T 1.02 0.07 0.00
184_I 316_A 1.02 0.07 0.00
210_L 316_A 1.02 0.07 0.00
249_M 316_A 1.02 0.07 0.00
308_F 316_A 1.02 0.07 0.00
259_N 13_V 1.02 0.07 0.00
157_L 213_R 1.02 0.07 0.00
229_A 283_F 1.02 0.07 0.00
63_A 209_G 1.02 0.07 0.00
115_L 152_R 1.02 0.07 0.00
198_I 267_D 1.02 0.07 0.00
184_I 196_L 1.02 0.07 0.00
210_L 196_L 1.02 0.07 0.00
249_M 196_L 1.02 0.07 0.00
308_F 196_L 1.02 0.07 0.00
63_A 283_F 1.02 0.07 0.00
263_L 268_E 1.01 0.07 0.00
218_F 326_H 1.01 0.07 0.00
148_A 213_R 1.01 0.07 0.00
361_C 305_T 1.01 0.07 0.00
72_R 282_F 1.01 0.07 0.00
33_I 264_I 1.01 0.07 0.00
334_F 239_A 1.01 0.07 0.00
73_Y 187_N 1.00 0.07 0.00
10_I 28_Y 1.00 0.07 0.00
195_K 319_M 1.00 0.07 0.00
365_I 153_N 1.00 0.07 0.00
254_L 28_Y 1.00 0.07 0.00
43_L 30_E 1.00 0.07 0.00
165_S 132_F 1.00 0.07 0.00
277_S 241_V 1.00 0.07 0.00
221_L 1_M 0.99 0.07 0.00
6_L 298_N 0.99 0.07 0.00
335_I 238_K 0.99 0.07 0.00
227_A 309_V 0.99 0.07 0.00
301_V 302_K 0.99 0.07 0.00
88_F 221_D 0.99 0.07 0.00
72_R 99_E 0.99 0.07 0.00
56_T 73_T 0.99 0.07 0.00
199_A 199_A 0.99 0.07 0.00
207_K 302_K 0.99 0.07 0.00
140_R 163_K 0.99 0.07 0.00
72_R 118_F 0.99 0.07 0.00
254_L 25_I 0.99 0.07 0.00
318_T 131_E 0.99 0.07 0.00
191_G 175_D 0.99 0.07 0.00
151_L 311_F 0.98 0.07 0.00
61_Y 329_L 0.98 0.07 0.00
351_L 323_L 0.98 0.07 0.00
117_L 23_Q 0.98 0.07 0.00
197_L 32_K 0.98 0.07 0.00
4_F 292_Y 0.98 0.07 0.00
313_M 148_N 0.97 0.07 0.00
213_P 175_D 0.97 0.07 0.00
77_T 266_S 0.97 0.07 0.00
172_A 161_L 0.97 0.07 0.00
177_E 117_S 0.97 0.07 0.00
235_D 246_I 0.97 0.07 0.00
336_H 38_Y 0.97 0.07 0.00
82_I 238_K 0.97 0.07 0.00
303_N 144_A 0.97 0.07 0.00
86_L 319_M 0.97 0.07 0.00
95_I 187_N 0.97 0.07 0.00
86_L 279_T 0.96 0.07 0.00
296_G 216_S 0.96 0.07 0.00
188_L 22_N 0.96 0.07 0.00
336_H 29_I 0.96 0.07 0.00
293_N 312_T 0.96 0.07 0.00
294_R 129_G 0.96 0.07 0.00
32_L 164_Q 0.96 0.07 0.00
86_L 244_F 0.96 0.07 0.00
185_I 263_K 0.96 0.07 0.00
241_D 175_D 0.96 0.07 0.00
162_I 289_Y 0.96 0.07 0.00
331_G 265_Y 0.96 0.07 0.00
41_Y 266_S 0.96 0.07 0.00
86_L 21_M 0.96 0.07 0.00
319_L 312_T 0.96 0.07 0.00
178_F 51_K 0.96 0.07 0.00
9_S 283_F 0.96 0.07 0.00
277_S 163_K 0.96 0.07 0.00
235_D 300_S 0.96 0.07 0.00
281_F 279_T 0.96 0.07 0.00
16_F 1_M 0.96 0.07 0.00
202_L 129_G 0.95 0.07 0.00
92_F 159_T 0.95 0.07 0.00
53_F 319_M 0.95 0.07 0.00
55_Y 141_Q 0.95 0.07 0.00
130_T 224_T 0.95 0.07 0.00
330_I 102_S 0.95 0.07 0.00
313_M 331_E 0.95 0.07 0.00
359_F 135_I 0.95 0.07 0.00
158_L 305_T 0.95 0.07 0.00
327_L 148_N 0.95 0.07 0.00
245_A 212_H 0.95 0.07 0.00
357_F 231_I 0.95 0.07 0.00
286_I 53_K 0.95 0.07 0.00
37_S 204_D 0.94 0.07 0.00
121_I 284_S 0.94 0.07 0.00
132_L 39_P 0.94 0.07 0.00
313_M 2_S 0.94 0.07 0.00
4_F 51_K 0.94 0.07 0.00
45_N 325_E 0.94 0.07 0.00
285_Y 171_K 0.94 0.07 0.00
159_S 250_K 0.94 0.07 0.00
157_L 287_D 0.94 0.07 0.00
191_G 224_T 0.94 0.07 0.00
241_D 282_F 0.94 0.07 0.00
260_M 141_Q 0.94 0.07 0.00
352_G 191_K 0.94 0.07 0.00
365_I 189_N 0.94 0.07 0.00
95_I 283_F 0.94 0.07 0.00
365_I 251_K 0.94 0.07 0.00
327_L 139_L 0.94 0.07 0.00
137_Q 3_V 0.94 0.07 0.00
361_C 162_S 0.94 0.07 0.00
128_S 265_Y 0.94 0.07 0.00
293_N 278_N 0.94 0.07 0.00
196_V 284_S 0.94 0.07 0.00
33_I 165_N 0.93 0.07 0.00
319_L 328_K 0.93 0.07 0.00
140_R 257_K 0.93 0.07 0.00
373_L 182_E 0.93 0.07 0.00
357_F 265_Y 0.93 0.07 0.00
184_I 50_F 0.93 0.07 0.00
210_L 50_F 0.93 0.07 0.00
249_M 50_F 0.93 0.07 0.00
308_F 50_F 0.93 0.07 0.00
132_L 283_F 0.93 0.06 0.00
243_V 226_R 0.93 0.06 0.00
172_A 145_I 0.93 0.06 0.00
267_L 265_Y 0.93 0.06 0.00
354_F 294_K 0.93 0.06 0.00
134_E 7_F 0.93 0.06 0.00
362_F 207_K 0.93 0.06 0.00
57_F 296_E 0.93 0.06 0.00
60_H 141_Q 0.93 0.06 0.00
55_Y 265_Y 0.93 0.06 0.00
309_I 119_I 0.93 0.06 0.00
267_L 270_L 0.92 0.06 0.00
293_N 265_Y 0.92 0.06 0.00
113_I 217_L 0.92 0.06 0.00
92_F 274_E 0.92 0.06 0.00
260_M 293_I 0.92 0.06 0.00
116_V 173_Y 0.92 0.06 0.00
263_L 236_K 0.92 0.06 0.00
132_L 25_I 0.92 0.06 0.00
95_I 180_T 0.92 0.06 0.00
133_V 129_G 0.92 0.06 0.00
240_V 224_T 0.92 0.06 0.00
209_I 102_S 0.91 0.06 0.00
162_I 29_I 0.91 0.06 0.00
34_L 306_D 0.91 0.06 0.00
337_L 296_E 0.91 0.06 0.00
12_M 165_N 0.91 0.06 0.00
152_S 289_Y 0.91 0.06 0.00
267_L 189_N 0.91 0.06 0.00
183_L 155_N 0.91 0.06 0.00
295_K 195_V 0.91 0.06 0.00
354_F 57_I 0.91 0.06 0.00
241_D 205_I 0.91 0.06 0.00
313_M 244_F 0.91 0.06 0.00
94_S 291_A 0.91 0.06 0.00
18_I 13_V 0.91 0.06 0.00
354_F 121_N 0.90 0.06 0.00
93_P 133_L 0.90 0.06 0.00
252_F 24_S 0.90 0.06 0.00
165_S 316_A 0.90 0.06 0.00
253_T 228_D 0.90 0.06 0.00
76_A 324_L 0.90 0.06 0.00
209_I 320_S 0.90 0.06 0.00
188_L 323_L 0.90 0.06 0.00
198_I 229_E 0.90 0.06 0.00
285_Y 144_A 0.90 0.06 0.00
64_L 121_N 0.90 0.06 0.00
131_Y 33_Y 0.90 0.06 0.00
228_Y 33_Y 0.90 0.06 0.00
241_D 280_K 0.90 0.06 0.00
155_P 173_Y 0.90 0.06 0.00
241_D 44_L 0.90 0.06 0.00
151_L 141_Q 0.90 0.06 0.00
165_S 196_L 0.89 0.06 0.00
40_I 25_I 0.89 0.06 0.00
361_C 204_D 0.89 0.06 0.00
71_K 209_G 0.89 0.06 0.00
59_I 301_I 0.89 0.06 0.00
139_R 224_T 0.89 0.06 0.00
321_F 190_I 0.89 0.06 0.00
93_P 39_P 0.89 0.06 0.00
383_C 44_L 0.89 0.06 0.00
299_R 178_K 0.89 0.06 0.00
224_A 123_K 0.89 0.06 0.00
12_M 173_Y 0.89 0.06 0.00
195_K 250_K 0.89 0.06 0.00
293_N 273_K 0.89 0.06 0.00
130_T 6_F 0.89 0.06 0.00
185_I 213_R 0.89 0.06 0.00
209_I 188_S 0.89 0.06 0.00
71_K 51_K 0.89 0.06 0.00
74_I 233_I 0.89 0.06 0.00
123_F 257_K 0.89 0.06 0.00
195_K 246_I 0.89 0.06 0.00
233_Y 257_K 0.89 0.06 0.00
262_Y 257_K 0.89 0.06 0.00
364_W 257_K 0.89 0.06 0.00
225_I 12_I 0.89 0.06 0.00
252_F 311_F 0.88 0.06 0.00
306_I 76_Q 0.88 0.06 0.00
97_G 266_S 0.88 0.06 0.00
139_R 248_P 0.88 0.06 0.00
229_A 268_E 0.88 0.06 0.00
229_A 38_Y 0.88 0.06 0.00
4_F 283_F 0.88 0.06 0.00
369_Y 233_I 0.88 0.06 0.00
117_L 175_D 0.88 0.06 0.00
192_I 289_Y 0.88 0.06 0.00
94_S 249_V 0.88 0.06 0.00
14_A 237_H 0.88 0.06 0.00
254_L 164_Q 0.88 0.06 0.00
193_V 251_K 0.88 0.06 0.00
82_I 134_F 0.88 0.06 0.00
199_A 319_M 0.88 0.06 0.00
227_A 14_L 0.88 0.06 0.00
73_Y 333_N 0.88 0.06 0.00
34_L 294_K 0.88 0.06 0.00
60_H 53_K 0.88 0.06 0.00
229_A 39_P 0.87 0.06 0.00
55_Y 292_Y 0.87 0.06 0.00
225_I 153_N 0.87 0.06 0.00
14_A 108_P 0.87 0.06 0.00
322_I 52_I 0.87 0.06 0.00
159_S 188_S 0.87 0.06 0.00
28_I 301_I 0.87 0.06 0.00
229_A 148_N 0.87 0.06 0.00
86_L 280_K 0.87 0.06 0.00
318_T 323_L 0.87 0.06 0.00
34_L 299_R 0.87 0.06 0.00
16_F 216_S 0.87 0.06 0.00
241_D 279_T 0.87 0.06 0.00
327_L 312_T 0.87 0.06 0.00
230_I 283_F 0.86 0.06 0.00
61_Y 262_N 0.86 0.06 0.00
129_I 278_N 0.86 0.06 0.00
229_A 29_I 0.86 0.06 0.00
163_M 224_T 0.86 0.06 0.00
4_F 25_I 0.86 0.06 0.00
26_Y 253_D 0.86 0.06 0.00
156_T 302_K 0.86 0.06 0.00
216_Y 13_V 0.86 0.06 0.00
342_K 232_K 0.86 0.06 0.00
267_L 255_N 0.86 0.06 0.00
15_F 153_N 0.86 0.06 0.00
10_I 58_R 0.86 0.06 0.00
37_S 208_G 0.86 0.06 0.00
387_F 286_N 0.86 0.06 0.00
293_N 289_Y 0.86 0.06 0.00
277_S 141_Q 0.86 0.06 0.00
163_M 284_S 0.86 0.06 0.00
192_I 131_E 0.86 0.06 0.00
41_Y 125_E 0.86 0.06 0.00
125_T 65_P 0.86 0.06 0.00
375_D 190_I 0.86 0.06 0.00
15_F 299_R 0.86 0.06 0.00
355_L 66_L 0.86 0.06 0.00
368_Y 146_A 0.86 0.06 0.00
221_L 233_I 0.86 0.06 0.00
77_T 48_N 0.86 0.06 0.00
155_P 151_L 0.86 0.06 0.00
252_F 25_I 0.86 0.06 0.00
224_A 283_F 0.86 0.06 0.00
361_C 144_A 0.86 0.06 0.00
116_V 256_K 0.85 0.06 0.00
184_I 156_L 0.85 0.06 0.00
210_L 156_L 0.85 0.06 0.00
249_M 156_L 0.85 0.06 0.00
308_F 156_L 0.85 0.06 0.00
64_L 12_I 0.85 0.06 0.00
190_F 11_I 0.85 0.06 0.00
84_L 326_H 0.85 0.06 0.00
35_I 74_T 0.85 0.06 0.00
83_I 251_K 0.85 0.06 0.00
113_I 227_V 0.85 0.06 0.00
227_A 160_D 0.85 0.06 0.00
376_A 204_D 0.85 0.06 0.00
362_F 76_Q 0.85 0.06 0.00
254_L 139_L 0.85 0.06 0.00
139_R 314_S 0.85 0.06 0.00
112_N 147_L 0.85 0.06 0.00
149_T 132_F 0.85 0.06 0.00
119_I 15_G 0.85 0.06 0.00
86_L 246_I 0.85 0.06 0.00
149_T 316_A 0.85 0.06 0.00
184_I 177_S 0.85 0.06 0.00
210_L 177_S 0.85 0.06 0.00
249_M 177_S 0.85 0.06 0.00
308_F 177_S 0.85 0.06 0.00
181_A 257_K 0.85 0.06 0.00
250_L 162_S 0.85 0.06 0.00
72_R 213_R 0.85 0.06 0.00
221_L 47_A 0.85 0.06 0.00
149_T 162_S 0.85 0.06 0.00
268_K 135_I 0.84 0.06 0.00
28_I 12_I 0.84 0.06 0.00
184_I 249_V 0.84 0.06 0.00
210_L 249_V 0.84 0.06 0.00
249_M 249_V 0.84 0.06 0.00
308_F 249_V 0.84 0.06 0.00
38_Y 205_I 0.84 0.06 0.00
53_F 211_Y 0.84 0.06 0.00
148_A 38_Y 0.84 0.06 0.00
130_T 175_D 0.84 0.06 0.00
245_A 284_S 0.84 0.06 0.00
68_V 187_N 0.84 0.06 0.00
156_T 199_A 0.84 0.06 0.00
215_S 282_F 0.84 0.06 0.00
226_Y 203_W 0.84 0.06 0.00
229_A 133_L 0.84 0.06 0.00
158_L 160_D 0.84 0.06 0.00
368_Y 50_F 0.84 0.06 0.00
191_G 20_V 0.84 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
14193 0.07 PatAB_synteny Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
14192 0.07 CjPatAB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
Page generated in 0.0513 seconds.