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OPENSEQ.org
exbbexbd
Genes: A B A+B
Length: 140 335 437
Sequences: 4105 66 61
Seq/Len: 29.32 0.2 0.14
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.10 0.00 0.13
2 0.10 0.00 0.13
5 0.10 0.00 0.13
10 0.10 0.00 0.13
20 0.10 0.00 0.13
100 0.14 0.00 0.13
∞ 0.24 0.00 0.13
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
68_V 166_A 2.06 0.54 0.01
65_F 112_A 1.80 0.40 0.01
64_V 293_I 1.68 0.34 0.01
125_A 148_R 1.42 0.22 0.00
67_S 273_A 1.41 0.22 0.00
65_F 231_S 1.39 0.21 0.00
130_V 221_N 1.39 0.21 0.00
66_L 104_W 1.38 0.20 0.00
78_D 178_L 1.34 0.19 0.00
71_D 139_L 1.33 0.19 0.00
104_F 103_V 1.33 0.19 0.00
53_S 161_E 1.32 0.18 0.00
58_P 47_L 1.31 0.18 0.00
72_K 99_M 1.31 0.18 0.00
131_G 181_D 1.30 0.18 0.00
131_G 103_V 1.29 0.18 0.00
67_S 274_L 1.29 0.18 0.00
135_M 122_V 1.26 0.17 0.00
46_R 186_L 1.26 0.17 0.00
90_L 126_I 1.24 0.16 0.00
78_D 251_A 1.23 0.16 0.00
64_V 139_L 1.21 0.15 0.00
123_R 215_R 1.21 0.15 0.00
86_L 130_T 1.20 0.15 0.00
24_I 257_N 1.20 0.15 0.00
130_V 274_L 1.20 0.15 0.00
128_L 130_T 1.17 0.14 0.00
44_D 138_E 1.16 0.14 0.00
120_D 99_M 1.16 0.14 0.00
61_E 107_Y 1.14 0.13 0.00
64_V 203_G 1.14 0.13 0.00
84_D 66_A 1.14 0.13 0.00
23_F 285_I 1.13 0.13 0.00
41_A 290_A 1.13 0.13 0.00
23_F 290_A 1.11 0.13 0.00
68_V 229_A 1.11 0.13 0.00
129_K 101_L 1.10 0.12 0.00
100_T 42_V 1.10 0.12 0.00
17_E 327_Q 1.09 0.12 0.00
51_A 162_A 1.09 0.12 0.00
121_T 132_L 1.08 0.12 0.00
81_V 196_N 1.08 0.12 0.00
55_K 37_L 1.08 0.12 0.00
74_L 217_M 1.08 0.12 0.00
106_A 314_D 1.08 0.12 0.00
67_S 132_L 1.07 0.12 0.00
68_V 82_I 1.07 0.12 0.00
62_K 123_L 1.07 0.12 0.00
130_V 127_V 1.06 0.12 0.00
41_A 120_G 1.06 0.12 0.00
17_E 209_R 1.06 0.11 0.00
65_F 317_L 1.06 0.11 0.00
67_S 44_V 1.06 0.11 0.00
115_L 80_E 1.05 0.11 0.00
117_S 231_S 1.04 0.11 0.00
51_A 151_L 1.04 0.11 0.00
92_Q 299_Q 1.04 0.11 0.00
43_V 270_L 1.04 0.11 0.00
70_A 299_Q 1.04 0.11 0.00
101_T 210_V 1.04 0.11 0.00
106_A 257_N 1.03 0.11 0.00
68_V 191_E 1.03 0.11 0.00
90_L 159_L 1.03 0.11 0.00
16_H 253_S 1.03 0.11 0.00
85_Q 90_T 1.03 0.11 0.00
54_A 106_M 1.03 0.11 0.00
134_G 220_G 1.03 0.11 0.00
106_A 220_G 1.02 0.11 0.00
20_V 102_S 1.02 0.10 0.00
51_A 301_G 1.01 0.10 0.00
121_T 308_M 1.01 0.10 0.00
98_K 174_V 1.01 0.10 0.00
56_P 310_L 1.01 0.10 0.00
41_A 123_L 1.00 0.10 0.00
106_A 201_R 1.00 0.10 0.00
55_K 304_A 1.00 0.10 0.00
92_Q 321_A 0.99 0.10 0.00
65_F 175_S 0.99 0.10 0.00
101_T 103_V 0.99 0.10 0.00
100_T 146_L 0.99 0.10 0.00
106_A 248_I 0.99 0.10 0.00
17_E 123_L 0.99 0.10 0.00
11_D 73_P 0.99 0.10 0.00
100_T 94_P 0.99 0.10 0.00
52_S 132_L 0.98 0.10 0.00
15_L 274_L 0.98 0.10 0.00
78_D 298_A 0.98 0.10 0.00
134_G 201_R 0.98 0.10 0.00
124_K 304_A 0.98 0.10 0.00
44_D 305_A 0.98 0.10 0.00
64_V 298_A 0.97 0.10 0.00
93_R 112_A 0.97 0.10 0.00
47_V 302_D 0.97 0.10 0.00
74_L 112_A 0.97 0.10 0.00
76_V 139_L 0.96 0.10 0.00
83_A 227_I 0.96 0.09 0.00
115_L 188_L 0.96 0.09 0.00
65_F 227_I 0.96 0.09 0.00
116_M 111_D 0.96 0.09 0.00
74_L 139_L 0.96 0.09 0.00
109_S 184_N 0.96 0.09 0.00
89_V 151_L 0.96 0.09 0.00
92_Q 90_T 0.96 0.09 0.00
76_V 190_A 0.95 0.09 0.00
84_D 67_P 0.95 0.09 0.00
121_T 35_R 0.95 0.09 0.00
70_A 306_Q 0.94 0.09 0.00
52_S 304_A 0.94 0.09 0.00
60_P 260_V 0.94 0.09 0.00
81_V 162_A 0.94 0.09 0.00
113_E 107_Y 0.94 0.09 0.00
76_V 323_A 0.94 0.09 0.00
10_D 234_V 0.93 0.09 0.00
58_P 178_L 0.93 0.09 0.00
8_D 147_R 0.93 0.09 0.00
46_R 321_A 0.93 0.09 0.00
45_I 317_L 0.93 0.09 0.00
134_G 314_D 0.93 0.09 0.00
116_M 115_K 0.93 0.09 0.00
85_Q 40_S 0.93 0.09 0.00
12_S 234_V 0.93 0.09 0.00
136_E 128_T 0.92 0.09 0.00
27_M 273_A 0.92 0.09 0.00
41_A 97_R 0.92 0.09 0.00
89_V 155_E 0.92 0.09 0.00
66_L 254_Q 0.92 0.09 0.00
135_M 229_A 0.92 0.09 0.00
64_V 126_I 0.92 0.09 0.00
84_D 175_S 0.91 0.09 0.00
17_E 122_V 0.91 0.09 0.00
118_V 206_L 0.91 0.09 0.00
63_P 291_R 0.91 0.09 0.00
103_F 162_A 0.91 0.09 0.00
48_D 234_V 0.91 0.09 0.00
135_M 252_H 0.91 0.09 0.00
119_M 125_S 0.91 0.09 0.00
60_P 226_T 0.91 0.09 0.00
130_V 109_H 0.91 0.09 0.00
53_S 195_N 0.91 0.09 0.00
109_S 177_V 0.91 0.09 0.00
51_A 136_G 0.91 0.09 0.00
86_L 162_A 0.91 0.08 0.00
120_D 209_R 0.91 0.08 0.00
97_N 35_R 0.91 0.08 0.00
99_E 97_R 0.90 0.08 0.00
109_S 165_L 0.90 0.08 0.00
66_L 226_T 0.90 0.08 0.00
91_D 43_L 0.90 0.08 0.00
62_K 301_G 0.89 0.08 0.00
91_D 293_I 0.89 0.08 0.00
70_A 183_Q 0.89 0.08 0.00
115_L 116_A 0.89 0.08 0.00
124_K 133_F 0.89 0.08 0.00
135_M 231_S 0.89 0.08 0.00
17_E 191_E 0.89 0.08 0.00
60_P 162_A 0.89 0.08 0.00
70_A 333_R 0.89 0.08 0.00
98_K 157_R 0.89 0.08 0.00
84_D 295_G 0.89 0.08 0.00
75_Y 109_H 0.89 0.08 0.00
65_F 305_A 0.89 0.08 0.00
75_Y 133_F 0.89 0.08 0.00
58_P 144_R 0.89 0.08 0.00
122_L 226_T 0.89 0.08 0.00
76_V 119_I 0.89 0.08 0.00
64_V 156_A 0.89 0.08 0.00
92_Q 173_S 0.88 0.08 0.00
54_A 259_A 0.88 0.08 0.00
78_D 122_V 0.88 0.08 0.00
100_T 304_A 0.88 0.08 0.00
134_G 257_N 0.88 0.08 0.00
134_G 248_I 0.88 0.08 0.00
87_T 52_Q 0.88 0.08 0.00
48_D 41_M 0.88 0.08 0.00
59_R 311_Q 0.88 0.08 0.00
85_Q 299_Q 0.88 0.08 0.00
136_E 270_L 0.88 0.08 0.00
124_K 144_R 0.87 0.08 0.00
83_A 133_F 0.87 0.08 0.00
78_D 104_W 0.87 0.08 0.00
89_V 86_N 0.87 0.08 0.00
56_P 152_A 0.87 0.08 0.00
116_M 315_L 0.87 0.08 0.00
62_K 47_L 0.87 0.08 0.00
79_Q 88_A 0.87 0.08 0.00
113_E 181_D 0.87 0.08 0.00
128_L 101_L 0.87 0.08 0.00
53_S 200_E 0.86 0.08 0.00
120_D 221_N 0.86 0.08 0.00
123_R 162_A 0.86 0.08 0.00
103_F 260_V 0.86 0.08 0.00
75_Y 293_I 0.86 0.08 0.00
60_P 211_A 0.86 0.08 0.00
88_S 92_Q 0.86 0.08 0.00
81_V 301_G 0.86 0.08 0.00
81_V 132_L 0.86 0.08 0.00
106_A 100_D 0.85 0.08 0.00
15_L 170_A 0.85 0.08 0.00
99_E 319_A 0.85 0.08 0.00
78_D 138_E 0.85 0.08 0.00
99_E 164_E 0.85 0.08 0.00
97_N 94_P 0.85 0.08 0.00
97_N 133_F 0.85 0.08 0.00
125_A 302_D 0.85 0.07 0.00
96_A 146_L 0.85 0.07 0.00
89_V 203_G 0.85 0.07 0.00
56_P 321_A 0.85 0.07 0.00
129_K 98_G 0.85 0.07 0.00
116_M 245_N 0.85 0.07 0.00
120_D 206_L 0.85 0.07 0.00
134_G 100_D 0.85 0.07 0.00
24_I 102_S 0.84 0.07 0.00
103_F 285_I 0.84 0.07 0.00
115_L 320_T 0.84 0.07 0.00
114_T 229_A 0.84 0.07 0.00
114_T 103_V 0.84 0.07 0.00
79_Q 195_N 0.84 0.07 0.00
62_K 198_I 0.84 0.07 0.00
23_F 284_V 0.84 0.07 0.00
102_I 78_A 0.84 0.07 0.00
114_T 173_S 0.84 0.07 0.00
93_R 116_A 0.84 0.07 0.00
61_E 229_A 0.84 0.07 0.00
130_V 230_I 0.84 0.07 0.00
115_L 108_Q 0.83 0.07 0.00
102_I 43_L 0.83 0.07 0.00
58_P 298_A 0.83 0.07 0.00
64_V 190_A 0.83 0.07 0.00
81_V 251_A 0.83 0.07 0.00
100_T 307_V 0.83 0.07 0.00
83_A 62_A 0.83 0.07 0.00
81_V 166_A 0.83 0.07 0.00
64_V 104_W 0.83 0.07 0.00
16_H 289_F 0.83 0.07 0.00
115_L 223_F 0.83 0.07 0.00
78_D 213_Y 0.83 0.07 0.00
101_T 209_R 0.83 0.07 0.00
113_E 196_N 0.83 0.07 0.00
72_K 200_E 0.83 0.07 0.00
11_D 86_N 0.82 0.07 0.00
101_T 216_N 0.82 0.07 0.00
114_T 46_G 0.82 0.07 0.00
113_E 149_E 0.82 0.07 0.00
96_A 98_G 0.82 0.07 0.00
52_S 284_V 0.82 0.07 0.00
93_R 321_A 0.82 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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