May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
Mce4A-Mce4B (A, 10-350) (B, 10-330)
Genes: A B A+B
Length: 341 321 655
Sequences: 544 1143 480
Seq/Len: 1.6 3.56 0.73
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.85
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.88 0.73
2 0.01 0.88 0.73
5 0.02 0.88 0.73
10 0.02 0.88 0.73
20 0.02 0.88 0.73
100 0.10 0.88 0.73
∞ 0.21 0.89 0.74
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
64_I 219_L 1.54 0.71 0.01
87_S 216_V 1.44 0.63 0.00
212_N 151_K 1.36 0.56 0.00
285_I 9_V 1.35 0.56 0.00
269_K 42_D 1.35 0.56 0.00
263_R 163_L 1.35 0.56 0.00
167_D 248_T 1.32 0.53 0.00
200_V 205_V 1.31 0.53 0.00
173_L 216_V 1.31 0.52 0.00
58_V 283_I 1.31 0.52 0.00
63_D 9_V 1.30 0.52 0.00
225_I 196_T 1.29 0.50 0.00
296_I 106_I 1.27 0.49 0.00
119_P 76_A 1.26 0.48 0.00
302_G 301_A 1.26 0.48 0.00
47_K 200_A 1.26 0.48 0.00
180_T 93_I 1.25 0.47 0.00
225_I 190_L 1.25 0.47 0.00
311_L 156_T 1.23 0.46 0.00
158_L 82_S 1.23 0.46 0.00
222_N 254_S 1.23 0.45 0.00
228_Q 216_V 1.23 0.45 0.00
190_L 273_D 1.22 0.45 0.00
207_A 85_L 1.21 0.43 0.00
301_A 301_A 1.19 0.42 0.00
88_N 280_N 1.19 0.42 0.00
129_Q 89_T 1.18 0.42 0.00
49_A 236_A 1.18 0.41 0.00
197_A 180_F 1.17 0.41 0.00
8_L 203_A 1.17 0.40 0.00
158_L 256_R 1.16 0.40 0.00
214_V 73_I 1.16 0.40 0.00
77_I 259_Q 1.16 0.40 0.00
107_I 15_L 1.16 0.40 0.00
103_S 16_L 1.15 0.39 0.00
111_T 16_L 1.15 0.39 0.00
82_M 99_V 1.14 0.38 0.00
214_V 42_D 1.13 0.37 0.00
172_L 187_R 1.13 0.37 0.00
96_N 96_E 1.13 0.37 0.00
152_N 174_L 1.13 0.37 0.00
183_A 212_F 1.13 0.37 0.00
236_L 293_L 1.12 0.37 0.00
225_I 269_A 1.12 0.37 0.00
63_D 34_T 1.12 0.36 0.00
123_V 141_R 1.12 0.36 0.00
16_S 104_L 1.12 0.36 0.00
225_I 81_R 1.11 0.36 0.00
140_I 42_D 1.10 0.35 0.00
148_P 95_Y 1.08 0.34 0.00
295_L 228_K 1.08 0.34 0.00
64_I 201_V 1.07 0.33 0.00
224_T 188_D 1.07 0.33 0.00
106_F 128_Q 1.07 0.33 0.00
39_P 181_S 1.07 0.33 0.00
218_L 41_T 1.07 0.33 0.00
92_R 24_V 1.07 0.33 0.00
52_K 225_G 1.07 0.32 0.00
159_S 84_T 1.07 0.32 0.00
160_E 43_A 1.07 0.32 0.00
132_V 89_T 1.06 0.32 0.00
156_S 148_D 1.05 0.32 0.00
106_F 230_R 1.05 0.32 0.00
266_A 159_V 1.05 0.31 0.00
220_T 178_G 1.05 0.31 0.00
121_A 174_L 1.05 0.31 0.00
143_L 155_I 1.05 0.31 0.00
60_K 104_L 1.04 0.30 0.00
74_K 125_A 1.04 0.30 0.00
235_T 43_A 1.04 0.30 0.00
32_D 12_V 1.04 0.30 0.00
123_V 262_L 1.04 0.30 0.00
33_T 65_V 1.03 0.30 0.00
302_G 309_S 1.03 0.30 0.00
159_S 168_G 1.03 0.30 0.00
214_V 17_V 1.03 0.30 0.00
118_S 20_G 1.03 0.30 0.00
171_A 104_L 1.03 0.30 0.00
95_G 51_K 1.03 0.30 0.00
48_G 45_R 1.03 0.30 0.00
181_R 79_I 1.03 0.30 0.00
82_M 178_G 1.03 0.29 0.00
137_Q 73_I 1.03 0.29 0.00
205_A 67_L 1.02 0.29 0.00
294_P 150_D 1.02 0.29 0.00
79_S 169_P 1.01 0.29 0.00
320_E 55_A 1.01 0.29 0.00
55_G 59_V 1.01 0.29 0.00
133_N 290_Y 1.01 0.28 0.00
173_L 117_P 1.01 0.28 0.00
32_D 91_A 1.01 0.28 0.00
277_V 314_I 1.01 0.28 0.00
49_A 177_T 1.01 0.28 0.00
104_V 269_A 1.01 0.28 0.00
80_G 151_K 1.01 0.28 0.00
29_T 67_L 1.00 0.28 0.00
234_D 95_Y 1.00 0.28 0.00
159_S 249_E 1.00 0.27 0.00
177_N 89_T 0.99 0.27 0.00
183_A 293_L 0.99 0.27 0.00
77_I 242_S 0.99 0.27 0.00
104_V 235_G 0.99 0.27 0.00
116_P 237_I 0.99 0.27 0.00
146_I 149_A 0.98 0.27 0.00
16_S 132_D 0.98 0.27 0.00
57_Q 212_F 0.98 0.27 0.00
109_P 104_L 0.98 0.27 0.00
12_L 248_T 0.98 0.26 0.00
257_F 227_A 0.98 0.26 0.00
119_P 84_T 0.98 0.26 0.00
101_A 14_M 0.98 0.26 0.00
188_P 156_T 0.98 0.26 0.00
10_A 13_V 0.98 0.26 0.00
218_L 277_A 0.97 0.26 0.00
19_L 222_L 0.97 0.26 0.00
276_P 57_V 0.97 0.26 0.00
4_V 278_E 0.97 0.26 0.00
140_I 264_N 0.97 0.26 0.00
158_L 237_I 0.97 0.26 0.00
71_A 272_L 0.97 0.26 0.00
285_I 282_D 0.97 0.25 0.00
77_I 31_G 0.97 0.25 0.00
253_A 164_Q 0.97 0.25 0.00
301_A 6_K 0.96 0.25 0.00
64_I 147_F 0.96 0.25 0.00
15_G 16_L 0.96 0.25 0.00
77_I 123_N 0.96 0.25 0.00
63_D 5_I 0.96 0.25 0.00
322_L 29_R 0.96 0.25 0.00
121_A 270_T 0.96 0.25 0.00
23_S 264_N 0.96 0.25 0.00
50_K 236_A 0.96 0.25 0.00
38_S 90_R 0.95 0.25 0.00
34_V 93_I 0.95 0.24 0.00
101_A 96_E 0.95 0.24 0.00
7_A 211_Q 0.95 0.24 0.00
224_T 181_S 0.94 0.24 0.00
30_S 203_A 0.94 0.24 0.00
207_A 197_N 0.94 0.24 0.00
158_L 235_G 0.94 0.24 0.00
205_A 105_E 0.94 0.24 0.00
205_A 262_L 0.94 0.24 0.00
73_L 290_Y 0.94 0.24 0.00
326_N 47_K 0.94 0.24 0.00
248_E 3_M 0.94 0.24 0.00
264_L 302_F 0.94 0.24 0.00
162_L 265_A 0.94 0.23 0.00
18_V 161_E 0.93 0.23 0.00
196_K 205_V 0.93 0.23 0.00
43_L 101_D 0.93 0.23 0.00
158_L 157_S 0.93 0.23 0.00
312_G 269_A 0.92 0.23 0.00
139_L 173_V 0.92 0.23 0.00
214_V 254_S 0.92 0.23 0.00
242_L 231_D 0.92 0.23 0.00
20_T 23_V 0.92 0.23 0.00
4_V 261_I 0.92 0.23 0.00
67_S 148_D 0.92 0.23 0.00
331_P 314_I 0.92 0.22 0.00
146_I 243_T 0.92 0.22 0.00
87_S 5_I 0.92 0.22 0.00
123_V 307_F 0.92 0.22 0.00
322_L 25_F 0.92 0.22 0.00
129_Q 86_Y 0.92 0.22 0.00
93_I 246_D 0.91 0.22 0.00
10_A 202_L 0.91 0.22 0.00
156_S 137_L 0.91 0.22 0.00
326_N 156_T 0.91 0.22 0.00
180_T 8_S 0.91 0.22 0.00
103_S 136_L 0.91 0.22 0.00
114_P 263_E 0.91 0.22 0.00
38_S 66_K 0.91 0.22 0.00
70_Q 41_T 0.91 0.22 0.00
223_K 9_V 0.91 0.22 0.00
253_A 136_L 0.91 0.22 0.00
95_G 215_S 0.91 0.22 0.00
326_N 256_R 0.91 0.22 0.00
132_V 79_I 0.91 0.22 0.00
288_G 310_V 0.90 0.22 0.00
8_L 12_V 0.90 0.21 0.00
257_F 302_F 0.90 0.21 0.00
87_S 228_K 0.90 0.21 0.00
298_V 269_A 0.90 0.21 0.00
260_A 290_Y 0.90 0.21 0.00
286_A 54_I 0.90 0.21 0.00
49_A 227_A 0.90 0.21 0.00
49_A 92_V 0.90 0.21 0.00
116_P 65_V 0.90 0.21 0.00
82_M 200_A 0.90 0.21 0.00
52_K 163_L 0.90 0.21 0.00
243_S 7_V 0.90 0.21 0.00
48_G 283_I 0.90 0.21 0.00
329_G 319_G 0.90 0.21 0.00
123_V 115_K 0.90 0.21 0.00
209_G 4_V 0.90 0.21 0.00
276_P 192_G 0.89 0.21 0.00
150_E 266_R 0.89 0.21 0.00
70_Q 294_S 0.89 0.21 0.00
29_T 160_I 0.89 0.21 0.00
73_L 233_I 0.89 0.21 0.00
116_P 193_E 0.89 0.21 0.00
47_K 37_H 0.89 0.21 0.00
335_G 87_S 0.89 0.21 0.00
281_L 294_S 0.89 0.21 0.00
292_F 196_T 0.89 0.21 0.00
254_E 144_L 0.89 0.21 0.00
32_D 217_D 0.89 0.21 0.00
121_A 4_V 0.89 0.20 0.00
64_I 257_P 0.88 0.20 0.00
18_V 243_T 0.88 0.20 0.00
165_H 229_N 0.88 0.20 0.00
258_I 33_T 0.88 0.20 0.00
159_S 224_S 0.88 0.20 0.00
139_L 150_D 0.88 0.20 0.00
225_I 288_E 0.88 0.20 0.00
293_A 286_L 0.88 0.20 0.00
11_G 269_A 0.88 0.20 0.00
34_V 67_L 0.88 0.20 0.00
250_L 231_D 0.88 0.20 0.00
104_V 9_V 0.88 0.20 0.00
82_M 97_N 0.88 0.20 0.00
142_L 159_V 0.88 0.20 0.00
19_L 107_T 0.88 0.20 0.00
235_T 237_I 0.88 0.20 0.00
193_D 45_R 0.88 0.20 0.00
19_L 46_L 0.88 0.20 0.00
132_V 54_I 0.88 0.20 0.00
11_G 12_V 0.87 0.20 0.00
66_Y 65_V 0.87 0.20 0.00
53_Y 41_T 0.87 0.20 0.00
225_I 66_K 0.87 0.20 0.00
227_D 292_R 0.87 0.20 0.00
208_A 46_L 0.87 0.20 0.00
212_N 247_L 0.87 0.20 0.00
326_N 31_G 0.87 0.20 0.00
38_S 134_D 0.87 0.20 0.00
168_D 8_S 0.87 0.20 0.00
227_D 173_V 0.87 0.20 0.00
260_A 11_A 0.87 0.20 0.00
177_N 217_D 0.87 0.20 0.00
64_I 286_L 0.87 0.20 0.00
184_N 57_V 0.87 0.20 0.00
210_D 31_G 0.86 0.19 0.00
144_H 182_A 0.86 0.19 0.00
218_L 9_V 0.86 0.19 0.00
70_Q 151_K 0.86 0.19 0.00
194_F 92_V 0.86 0.19 0.00
126_S 42_D 0.86 0.19 0.00
218_L 7_V 0.86 0.19 0.00
90_T 64_A 0.86 0.19 0.00
234_D 9_V 0.86 0.19 0.00
250_L 126_H 0.86 0.19 0.00
159_S 182_A 0.86 0.19 0.00
70_Q 309_S 0.86 0.19 0.00
106_F 24_V 0.86 0.19 0.00
272_S 50_Q 0.86 0.19 0.00
259_D 160_I 0.86 0.19 0.00
159_S 65_V 0.86 0.19 0.00
12_L 171_A 0.86 0.19 0.00
156_S 1_R 0.86 0.19 0.00
266_A 295_A 0.85 0.19 0.00
121_A 196_T 0.85 0.19 0.00
131_E 255_R 0.85 0.19 0.00
200_V 173_V 0.85 0.19 0.00
278_F 218_Q 0.85 0.19 0.00
269_K 254_S 0.85 0.19 0.00
303_L 67_L 0.85 0.19 0.00
285_I 202_L 0.85 0.19 0.00
132_V 171_A 0.85 0.19 0.00
27_A 241_A 0.85 0.19 0.00
172_L 219_L 0.85 0.19 0.00
45_M 51_K 0.85 0.19 0.00
176_L 7_V 0.85 0.19 0.00
248_E 258_L 0.85 0.19 0.00
241_G 269_A 0.85 0.19 0.00
82_M 273_D 0.85 0.19 0.00
13_M 12_V 0.85 0.18 0.00
106_F 66_K 0.85 0.18 0.00
179_L 186_A 0.85 0.18 0.00
261_I 24_V 0.85 0.18 0.00
142_L 166_Q 0.85 0.18 0.00
167_D 168_G 0.85 0.18 0.00
117_L 219_L 0.85 0.18 0.00
63_D 64_A 0.84 0.18 0.00
146_I 43_A 0.84 0.18 0.00
167_D 184_L 0.84 0.18 0.00
104_V 172_N 0.84 0.18 0.00
162_L 197_N 0.84 0.18 0.00
148_P 299_Y 0.84 0.18 0.00
235_T 303_F 0.84 0.18 0.00
305_T 310_V 0.84 0.18 0.00
159_S 93_I 0.84 0.18 0.00
321_S 230_R 0.84 0.18 0.00
102_K 94_R 0.84 0.18 0.00
201_A 248_T 0.84 0.18 0.00
205_A 112_E 0.84 0.18 0.00
48_G 136_L 0.84 0.18 0.00
98_I 105_E 0.83 0.18 0.00
116_P 93_I 0.83 0.18 0.00
123_V 180_F 0.83 0.18 0.00
148_P 94_R 0.83 0.18 0.00
337_P 306_Y 0.83 0.18 0.00
244_N 74_D 0.83 0.18 0.00
180_T 250_L 0.83 0.18 0.00
22_L 241_A 0.83 0.18 0.00
46_E 313_K 0.83 0.18 0.00
257_F 31_G 0.83 0.18 0.00
50_K 51_K 0.83 0.17 0.00
53_Y 212_F 0.83 0.17 0.00
169_L 92_V 0.83 0.17 0.00
89_A 176_D 0.83 0.17 0.00
122_H 277_A 0.83 0.17 0.00
205_A 228_K 0.83 0.17 0.00
222_N 230_R 0.83 0.17 0.00
139_L 136_L 0.83 0.17 0.00
142_L 82_S 0.83 0.17 0.00
8_L 114_R 0.82 0.17 0.00
30_S 235_G 0.82 0.17 0.00
54_R 54_I 0.82 0.17 0.00
225_I 34_T 0.82 0.17 0.00
287_R 216_V 0.82 0.17 0.00
103_S 158_A 0.82 0.17 0.00
20_T 279_V 0.82 0.17 0.00
31_T 216_V 0.82 0.17 0.00
159_S 238_S 0.82 0.17 0.00
95_G 283_I 0.82 0.17 0.00
232_L 141_R 0.82 0.17 0.00
110_K 92_V 0.82 0.17 0.00
250_L 195_I 0.82 0.17 0.00
49_A 89_T 0.82 0.17 0.00
119_P 23_V 0.82 0.17 0.00
212_N 201_V 0.82 0.17 0.00
95_G 25_F 0.82 0.17 0.00
183_A 19_A 0.82 0.17 0.00
202_N 141_R 0.82 0.17 0.00
272_S 215_S 0.82 0.17 0.00
171_A 61_S 0.82 0.17 0.00
75_L 236_A 0.81 0.17 0.00
91_V 266_R 0.81 0.17 0.00
129_Q 137_L 0.81 0.17 0.00
146_I 172_N 0.81 0.17 0.00
110_K 269_A 0.81 0.17 0.00
169_L 252_R 0.81 0.17 0.00
103_S 243_T 0.81 0.17 0.00
227_D 237_I 0.81 0.17 0.00
139_L 237_I 0.81 0.17 0.00
35_T 118_P 0.81 0.17 0.00
253_A 295_A 0.81 0.17 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence B, there is a high ratio (0.88 > 0.4) of paralogs.
Page generated in 0.1863 seconds.