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OPENSEQ.org
CBP
Genes: A B A+B
Length: 529 427 928
Sequences: 13285 4569 190
Seq/Len: 25.11 10.7 0.2
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.79
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.08 0.02 0.04
2 0.09 0.02 0.05
5 0.11 0.02 0.07
10 0.12 0.03 0.11
20 0.14 0.06 0.20
100 0.20 0.10 0.62
∞ 0.27 0.22 1.57
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
142_E 250_A 1.60 0.38 0.00
72_G 362_L 1.52 0.33 0.00
480_I 383_L 1.45 0.30 0.00
480_I 358_V 1.38 0.26 0.00
464_A 376_S 1.33 0.24 0.00
281_I 236_L 1.32 0.23 0.00
77_D 374_Y 1.32 0.23 0.00
122_R 26_I 1.32 0.23 0.00
450_L 22_L 1.30 0.23 0.00
80_A 365_I 1.29 0.22 0.00
468_G 31_I 1.28 0.22 0.00
292_V 17_L 1.25 0.20 0.00
450_L 257_N 1.23 0.20 0.00
164_P 248_S 1.15 0.17 0.00
356_I 43_D 1.13 0.16 0.00
473_I 393_V 1.13 0.16 0.00
331_A 240_I 1.13 0.16 0.00
354_L 13_L 1.13 0.16 0.00
202_N 363_T 1.12 0.16 0.00
444_K 383_L 1.11 0.15 0.00
441_F 259_I 1.11 0.15 0.00
45_G 375_L 1.10 0.15 0.00
331_A 384_L 1.10 0.15 0.00
263_L 365_I 1.10 0.15 0.00
140_V 370_I 1.09 0.15 0.00
15_V 204_E 1.09 0.15 0.00
177_I 398_L 1.08 0.15 0.00
160_V 376_S 1.08 0.15 0.00
277_D 410_E 1.08 0.15 0.00
389_E 234_A 1.08 0.14 0.00
124_S 32_T 1.08 0.14 0.00
37_L 410_E 1.06 0.14 0.00
181_N 13_L 1.06 0.14 0.00
114_V 417_S 1.05 0.14 0.00
469_I 380_T 1.05 0.14 0.00
395_Q 406_E 1.05 0.14 0.00
164_P 73_E 1.04 0.14 0.00
208_G 418_F 1.04 0.14 0.00
247_A 341_L 1.04 0.13 0.00
449_L 290_E 1.03 0.13 0.00
245_T 418_F 1.03 0.13 0.00
326_S 314_T 1.03 0.13 0.00
67_F 379_I 1.03 0.13 0.00
18_F 26_I 1.02 0.13 0.00
302_A 176_I 1.02 0.13 0.00
182_P 358_V 1.02 0.13 0.00
464_A 237_G 1.01 0.13 0.00
372_A 276_L 1.01 0.12 0.00
80_A 358_V 1.01 0.12 0.00
139_I 276_L 1.00 0.12 0.00
108_V 331_K 1.00 0.12 0.00
121_F 415_A 1.00 0.12 0.00
176_Y 337_L 0.99 0.12 0.00
164_P 287_T 0.99 0.12 0.00
125_E 272_M 0.99 0.12 0.00
384_K 393_V 0.99 0.12 0.00
20_P 414_L 0.99 0.12 0.00
160_V 62_Q 0.99 0.12 0.00
243_A 411_I 0.98 0.12 0.00
461_E 16_T 0.98 0.12 0.00
126_A 64_I 0.98 0.12 0.00
383_A 43_D 0.98 0.12 0.00
115_D 169_D 0.98 0.12 0.00
324_E 403_I 0.98 0.12 0.00
77_D 168_I 0.98 0.12 0.00
297_S 371_A 0.98 0.12 0.00
123_L 259_I 0.97 0.12 0.00
393_Y 365_I 0.97 0.12 0.00
83_A 81_E 0.97 0.12 0.00
354_L 386_L 0.97 0.12 0.00
126_A 203_L 0.97 0.12 0.00
480_I 13_L 0.96 0.11 0.00
356_I 386_L 0.96 0.11 0.00
207_L 23_A 0.96 0.11 0.00
165_F 403_I 0.96 0.11 0.00
462_Q 240_I 0.96 0.11 0.00
443_D 17_L 0.96 0.11 0.00
121_F 337_L 0.95 0.11 0.00
328_K 30_T 0.95 0.11 0.00
372_A 254_L 0.95 0.11 0.00
121_F 361_M 0.95 0.11 0.00
82_T 268_S 0.94 0.11 0.00
85_D 237_G 0.94 0.11 0.00
186_D 29_L 0.94 0.11 0.00
325_G 323_A 0.94 0.11 0.00
121_F 393_V 0.94 0.11 0.00
464_A 367_L 0.94 0.11 0.00
328_K 303_A 0.93 0.11 0.00
318_F 318_G 0.93 0.11 0.00
414_D 394_S 0.93 0.11 0.00
155_T 344_K 0.93 0.11 0.00
276_L 411_I 0.93 0.11 0.00
114_V 398_L 0.93 0.11 0.00
269_R 410_E 0.93 0.11 0.00
529_K 112_Q 0.93 0.11 0.00
512_W 134_Y 0.93 0.10 0.00
235_N 386_L 0.92 0.10 0.00
529_K 104_I 0.92 0.10 0.00
372_A 407_R 0.92 0.10 0.00
275_A 412_G 0.92 0.10 0.00
381_I 421_M 0.92 0.10 0.00
36_P 26_I 0.91 0.10 0.00
480_I 275_I 0.91 0.10 0.00
73_V 426_R 0.91 0.10 0.00
322_D 328_I 0.91 0.10 0.00
471_K 318_G 0.91 0.10 0.00
61_D 236_L 0.91 0.10 0.00
130_V 30_T 0.91 0.10 0.00
223_P 418_F 0.91 0.10 0.00
266_V 398_L 0.91 0.10 0.00
34_Y 251_M 0.91 0.10 0.00
168_I 56_R 0.90 0.10 0.00
181_N 165_L 0.90 0.10 0.00
82_T 173_V 0.90 0.10 0.00
276_L 384_L 0.90 0.10 0.00
170_T 240_I 0.90 0.10 0.00
330_L 237_G 0.90 0.10 0.00
400_G 382_P 0.90 0.10 0.00
288_G 385_K 0.90 0.10 0.00
514_G 206_T 0.90 0.10 0.00
284_I 386_L 0.90 0.10 0.00
476_N 342_P 0.90 0.10 0.00
325_G 78_V 0.90 0.10 0.00
529_K 193_D 0.89 0.10 0.00
461_E 23_A 0.89 0.10 0.00
528_V 102_V 0.89 0.10 0.00
128_S 263_I 0.89 0.10 0.00
476_N 358_V 0.89 0.10 0.00
59_A 367_L 0.89 0.10 0.00
498_G 421_M 0.89 0.10 0.00
172_T 337_L 0.89 0.10 0.00
81_F 331_K 0.89 0.10 0.00
450_L 333_I 0.89 0.10 0.00
468_G 67_M 0.88 0.10 0.00
121_F 280_D 0.88 0.10 0.00
480_I 143_L 0.88 0.10 0.00
139_I 301_D 0.88 0.10 0.00
166_T 254_L 0.88 0.10 0.00
49_V 419_E 0.88 0.10 0.00
165_F 257_N 0.88 0.10 0.00
77_D 27_I 0.88 0.10 0.00
473_I 410_E 0.88 0.09 0.00
377_Q 379_I 0.88 0.09 0.00
450_L 418_F 0.88 0.09 0.00
128_S 29_L 0.88 0.09 0.00
403_D 348_A 0.87 0.09 0.00
440_Y 45_E 0.87 0.09 0.00
263_L 265_E 0.87 0.09 0.00
33_I 393_V 0.87 0.09 0.00
112_E 403_I 0.87 0.09 0.00
521_H 103_S 0.87 0.09 0.00
111_V 372_S 0.87 0.09 0.00
227_R 240_I 0.87 0.09 0.00
112_E 368_V 0.87 0.09 0.00
212_N 34_L 0.87 0.09 0.00
332_K 67_M 0.86 0.09 0.00
62_L 174_Y 0.86 0.09 0.00
529_K 116_I 0.86 0.09 0.00
265_N 230_G 0.86 0.09 0.00
140_V 388_W 0.86 0.09 0.00
64_S 222_I 0.86 0.09 0.00
38_V 200_F 0.86 0.09 0.00
416_F 67_M 0.86 0.09 0.00
377_Q 332_N 0.86 0.09 0.00
168_I 425_I 0.86 0.09 0.00
529_K 102_V 0.86 0.09 0.00
265_N 366_V 0.86 0.09 0.00
76_S 291_I 0.86 0.09 0.00
529_K 99_R 0.86 0.09 0.00
63_M 364_A 0.86 0.09 0.00
446_L 238_A 0.86 0.09 0.00
215_L 337_L 0.86 0.09 0.00
202_N 320_Q 0.86 0.09 0.00
528_V 104_I 0.86 0.09 0.00
23_A 328_I 0.86 0.09 0.00
278_R 23_A 0.86 0.09 0.00
529_K 5_Y 0.85 0.09 0.00
195_L 47_Q 0.85 0.09 0.00
184_Y 418_F 0.85 0.09 0.00
70_R 362_L 0.85 0.09 0.00
251_N 418_F 0.85 0.09 0.00
332_K 233_Y 0.85 0.09 0.00
59_A 163_I 0.85 0.09 0.00
81_F 378_F 0.85 0.09 0.00
376_L 72_S 0.85 0.09 0.00
482_V 157_R 0.85 0.09 0.00
69_I 377_N 0.85 0.09 0.00
322_D 277_V 0.85 0.09 0.00
126_A 363_T 0.85 0.09 0.00
404_V 418_F 0.85 0.09 0.00
322_D 381_S 0.85 0.09 0.00
301_Y 52_L 0.85 0.09 0.00
420_N 344_K 0.85 0.09 0.00
450_L 399_D 0.85 0.09 0.00
403_D 31_I 0.85 0.09 0.00
111_V 63_V 0.85 0.09 0.00
167_V 106_A 0.85 0.09 0.00
309_E 372_S 0.85 0.09 0.00
264_D 415_A 0.85 0.09 0.00
162_T 378_F 0.84 0.09 0.00
423_Y 284_R 0.84 0.09 0.00
125_E 200_F 0.84 0.09 0.00
197_V 262_L 0.84 0.09 0.00
124_S 337_L 0.84 0.09 0.00
528_V 161_D 0.84 0.09 0.00
403_D 372_S 0.84 0.09 0.00
52_L 315_N 0.84 0.09 0.00
328_K 382_P 0.84 0.09 0.00
514_G 133_S 0.84 0.09 0.00
330_L 398_L 0.84 0.09 0.00
67_F 378_F 0.84 0.09 0.00
162_T 305_S 0.84 0.09 0.00
480_I 165_L 0.84 0.09 0.00
461_E 391_E 0.84 0.09 0.00
89_S 76_G 0.84 0.09 0.00
415_P 160_F 0.84 0.09 0.00
126_A 318_G 0.84 0.09 0.00
472_I 343_E 0.84 0.09 0.00
528_V 4_F 0.84 0.09 0.00
376_L 362_L 0.84 0.09 0.00
182_P 24_L 0.84 0.09 0.00
26_L 353_L 0.83 0.09 0.00
215_L 14_Q 0.83 0.09 0.00
479_T 200_F 0.83 0.09 0.00
461_E 261_K 0.83 0.09 0.00
121_F 418_F 0.83 0.09 0.00
9_D 110_H 0.83 0.09 0.00
113_K 302_L 0.83 0.09 0.00
456_T 240_I 0.83 0.09 0.00
164_P 426_R 0.83 0.09 0.00
212_N 418_F 0.83 0.09 0.00
415_P 199_T 0.83 0.09 0.00
512_W 130_Q 0.83 0.09 0.00
270_R 422_Q 0.83 0.09 0.00
113_K 256_S 0.83 0.09 0.00
373_V 39_S 0.82 0.08 0.00
88_Y 171_N 0.82 0.08 0.00
439_H 308_R 0.82 0.08 0.00
68_D 309_A 0.82 0.08 0.00
81_F 214_N 0.82 0.08 0.00
94_K 276_L 0.82 0.08 0.00
512_W 6_R 0.82 0.08 0.00
3_E 133_S 0.82 0.08 0.00
46_N 227_Q 0.82 0.08 0.00
80_A 401_A 0.82 0.08 0.00
7_V 110_H 0.82 0.08 0.00
60_D 263_I 0.82 0.08 0.00
95_A 16_T 0.82 0.08 0.00
449_L 186_L 0.82 0.08 0.00
384_K 182_F 0.82 0.08 0.00
309_E 328_I 0.82 0.08 0.00
61_D 254_L 0.82 0.08 0.00
33_I 363_T 0.82 0.08 0.00
10_F 133_S 0.81 0.08 0.00
183_N 355_K 0.81 0.08 0.00
528_V 130_Q 0.81 0.08 0.00
528_V 5_Y 0.81 0.08 0.00
248_F 304_L 0.81 0.08 0.00
162_T 110_H 0.81 0.08 0.00
529_K 103_S 0.81 0.08 0.00
242_A 309_A 0.81 0.08 0.00
82_T 244_G 0.81 0.08 0.00
105_N 60_Q 0.81 0.08 0.00
121_F 260_T 0.81 0.08 0.00
250_V 251_M 0.81 0.08 0.00
444_K 30_T 0.81 0.08 0.00
510_S 104_I 0.81 0.08 0.00
403_D 326_A 0.81 0.08 0.00
512_W 206_T 0.81 0.08 0.00
164_P 22_L 0.81 0.08 0.00
281_I 283_S 0.81 0.08 0.00
57_K 387_T 0.81 0.08 0.00
322_D 77_F 0.81 0.08 0.00
462_Q 389_A 0.81 0.08 0.00
281_I 240_I 0.81 0.08 0.00
354_L 418_F 0.81 0.08 0.00
195_L 308_R 0.81 0.08 0.00
382_K 26_I 0.80 0.08 0.00
384_K 19_A 0.80 0.08 0.00
447_D 328_I 0.80 0.08 0.00
510_S 5_Y 0.80 0.08 0.00
529_K 128_L 0.80 0.08 0.00
78_G 409_D 0.80 0.08 0.00
17_N 280_D 0.80 0.08 0.00
78_G 410_E 0.80 0.08 0.00
250_V 257_N 0.80 0.08 0.00
215_L 365_I 0.80 0.08 0.00
54_E 143_L 0.80 0.08 0.00
180_R 346_A 0.80 0.08 0.00
252_F 233_Y 0.80 0.08 0.00
7_V 4_F 0.80 0.08 0.00
218_T 48_S 0.80 0.08 0.00
168_I 13_L 0.80 0.08 0.00
512_W 110_H 0.80 0.08 0.00
11_Y 110_H 0.80 0.08 0.00
165_F 323_A 0.80 0.08 0.00
165_F 304_L 0.80 0.08 0.00
189_N 54_S 0.80 0.08 0.00
56_Y 163_I 0.80 0.08 0.00
168_I 222_I 0.79 0.08 0.00
381_I 401_A 0.79 0.08 0.00
468_G 272_M 0.79 0.08 0.00
282_I 240_I 0.79 0.08 0.00
355_L 358_V 0.79 0.08 0.00
111_V 393_V 0.79 0.08 0.00
174_Q 335_W 0.79 0.08 0.00
290_G 357_F 0.79 0.08 0.00
529_K 130_Q 0.79 0.08 0.00
512_W 133_S 0.79 0.08 0.00
178_Q 276_L 0.79 0.08 0.00
385_A 248_S 0.79 0.08 0.00
33_I 64_I 0.79 0.08 0.00
64_S 405_T 0.79 0.08 0.00
322_D 371_A 0.79 0.08 0.00
439_H 63_V 0.79 0.08 0.00
97_P 386_L 0.79 0.08 0.00
120_R 369_V 0.79 0.08 0.00
134_I 427_E 0.79 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
14065 0.05 CBP Δgene:(1, 20) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
14064 0.2 CBP Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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