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OPENSEQ.org
KX
Genes: A B A+B
Length: 477 479 921
Sequences: 377 69 63
Seq/Len: 0.79 0.14 0.07
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.94
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.03 0.00
2 0.02 0.03 0.01
5 0.02 0.03 0.06
10 0.02 0.03 0.07
20 0.02 0.03 0.07
100 0.02 0.03 0.07
∞ 0.04 0.06 0.07
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
381_S 243_F 1.73 0.23 0.00
190_E 11_L 1.64 0.20 0.00
411_Q 436_E 1.61 0.19 0.00
324_L 189_K 1.60 0.19 0.00
300_D 304_S 1.57 0.18 0.00
393_G 458_V 1.49 0.16 0.00
328_A 240_M 1.48 0.16 0.00
324_L 462_L 1.48 0.16 0.00
175_L 131_Q 1.46 0.15 0.00
339_A 322_L 1.41 0.14 0.00
205_V 443_L 1.38 0.14 0.00
115_R 388_M 1.38 0.14 0.00
333_Q 461_K 1.37 0.13 0.00
104_L 340_Q 1.36 0.13 0.00
106_A 255_D 1.34 0.13 0.00
447_A 100_R 1.34 0.13 0.00
21_I 474_T 1.34 0.13 0.00
438_Q 460_A 1.32 0.12 0.00
437_A 223_L 1.32 0.12 0.00
56_D 335_E 1.28 0.11 0.00
33_R 204_I 1.27 0.11 0.00
404_W 268_V 1.26 0.11 0.00
206_E 282_F 1.26 0.11 0.00
335_L 417_E 1.26 0.11 0.00
367_A 278_N 1.26 0.11 0.00
367_A 293_N 1.26 0.11 0.00
375_A 41_C 1.25 0.11 0.00
50_N 72_T 1.24 0.11 0.00
21_I 472_A 1.24 0.11 0.00
275_S 81_N 1.23 0.11 0.00
281_Q 211_T 1.23 0.11 0.00
407_A 116_N 1.23 0.11 0.00
133_T 97_F 1.23 0.10 0.00
220_Q 64_A 1.23 0.10 0.00
150_K 304_S 1.22 0.10 0.00
366_K 249_G 1.22 0.10 0.00
394_H 43_E 1.22 0.10 0.00
445_K 407_L 1.20 0.10 0.00
410_S 101_G 1.20 0.10 0.00
395_G 104_L 1.19 0.10 0.00
425_L 247_P 1.19 0.10 0.00
439_Q 391_K 1.19 0.10 0.00
157_I 152_P 1.18 0.10 0.00
458_T 10_G 1.18 0.10 0.00
386_L 97_F 1.16 0.10 0.00
295_L 206_R 1.16 0.09 0.00
165_N 443_L 1.16 0.09 0.00
221_A 193_D 1.15 0.09 0.00
134_L 270_T 1.15 0.09 0.00
86_Y 113_G 1.15 0.09 0.00
229_A 243_F 1.15 0.09 0.00
339_A 2_T 1.15 0.09 0.00
357_G 68_W 1.15 0.09 0.00
459_L 357_S 1.14 0.09 0.00
387_A 42_P 1.14 0.09 0.00
169_G 304_S 1.14 0.09 0.00
142_L 157_L 1.14 0.09 0.00
67_A 310_G 1.13 0.09 0.00
331_A 278_N 1.13 0.09 0.00
331_A 293_N 1.13 0.09 0.00
455_A 474_T 1.13 0.09 0.00
393_G 71_R 1.12 0.09 0.00
281_Q 369_L 1.12 0.09 0.00
102_R 159_N 1.12 0.09 0.00
456_N 474_T 1.12 0.09 0.00
82_A 153_D 1.12 0.09 0.00
353_L 323_I 1.11 0.09 0.00
104_L 103_E 1.11 0.09 0.00
213_K 266_T 1.11 0.09 0.00
450_S 471_P 1.10 0.09 0.00
374_A 104_L 1.10 0.09 0.00
367_A 180_T 1.10 0.09 0.00
234_G 209_F 1.10 0.09 0.00
275_S 240_M 1.10 0.09 0.00
245_A 120_L 1.10 0.09 0.00
425_L 369_L 1.10 0.09 0.00
73_T 65_Q 1.10 0.09 0.00
132_N 321_I 1.10 0.09 0.00
451_L 467_N 1.10 0.09 0.00
74_R 12_S 1.09 0.09 0.00
54_L 221_G 1.09 0.09 0.00
342_G 446_F 1.09 0.09 0.00
425_L 209_F 1.09 0.08 0.00
82_A 152_P 1.09 0.08 0.00
191_K 254_D 1.09 0.08 0.00
354_Y 68_W 1.09 0.08 0.00
294_Q 185_E 1.09 0.08 0.00
22_T 473_Q 1.09 0.08 0.00
262_K 64_A 1.09 0.08 0.00
167_E 393_E 1.09 0.08 0.00
64_V 63_Q 1.09 0.08 0.00
134_L 277_Y 1.09 0.08 0.00
375_A 75_D 1.08 0.08 0.00
67_A 460_A 1.08 0.08 0.00
393_G 222_T 1.08 0.08 0.00
215_G 258_G 1.08 0.08 0.00
357_G 113_G 1.08 0.08 0.00
328_A 81_N 1.07 0.08 0.00
92_T 72_T 1.07 0.08 0.00
445_K 99_K 1.07 0.08 0.00
62_A 273_S 1.07 0.08 0.00
145_P 432_M 1.07 0.08 0.00
237_P 128_F 1.06 0.08 0.00
113_A 117_R 1.06 0.08 0.00
238_A 17_A 1.06 0.08 0.00
443_Q 366_K 1.06 0.08 0.00
183_D 233_T 1.06 0.08 0.00
275_S 145_A 1.06 0.08 0.00
323_T 449_Q 1.06 0.08 0.00
52_K 257_F 1.06 0.08 0.00
86_Y 235_Y 1.05 0.08 0.00
455_A 377_V 1.05 0.08 0.00
464_L 473_Q 1.05 0.08 0.00
425_L 309_L 1.05 0.08 0.00
21_I 473_Q 1.05 0.08 0.00
401_G 260_S 1.05 0.08 0.00
437_A 170_D 1.05 0.08 0.00
437_A 366_K 1.04 0.08 0.00
418_S 471_P 1.04 0.08 0.00
454_G 473_Q 1.04 0.08 0.00
386_L 104_L 1.04 0.08 0.00
333_Q 200_A 1.04 0.08 0.00
385_A 209_F 1.03 0.08 0.00
227_L 131_Q 1.03 0.08 0.00
450_S 473_Q 1.03 0.08 0.00
459_L 10_G 1.03 0.08 0.00
89_A 110_P 1.03 0.08 0.00
89_A 176_D 1.03 0.08 0.00
89_A 179_W 1.03 0.08 0.00
89_A 183_G 1.03 0.08 0.00
89_A 184_A 1.03 0.08 0.00
89_A 188_A 1.03 0.08 0.00
89_A 231_C 1.03 0.08 0.00
89_A 269_G 1.03 0.08 0.00
89_A 271_S 1.03 0.08 0.00
89_A 279_F 1.03 0.08 0.00
89_A 281_G 1.03 0.08 0.00
89_A 283_L 1.03 0.08 0.00
89_A 324_W 1.03 0.08 0.00
89_A 325_E 1.03 0.08 0.00
89_A 349_C 1.03 0.08 0.00
89_A 409_G 1.03 0.08 0.00
89_A 463_C 1.03 0.08 0.00
403_A 110_P 1.03 0.08 0.00
403_A 176_D 1.03 0.08 0.00
403_A 179_W 1.03 0.08 0.00
403_A 183_G 1.03 0.08 0.00
403_A 184_A 1.03 0.08 0.00
403_A 188_A 1.03 0.08 0.00
403_A 231_C 1.03 0.08 0.00
403_A 269_G 1.03 0.08 0.00
403_A 271_S 1.03 0.08 0.00
403_A 279_F 1.03 0.08 0.00
403_A 281_G 1.03 0.08 0.00
403_A 283_L 1.03 0.08 0.00
403_A 324_W 1.03 0.08 0.00
403_A 325_E 1.03 0.08 0.00
403_A 349_C 1.03 0.08 0.00
403_A 409_G 1.03 0.08 0.00
403_A 463_C 1.03 0.08 0.00
62_A 246_E 1.03 0.08 0.00
268_V 266_T 1.03 0.08 0.00
275_S 411_H 1.03 0.08 0.00
23_L 154_L 1.03 0.08 0.00
258_E 449_Q 1.02 0.07 0.00
375_A 199_P 1.02 0.07 0.00
215_G 436_E 1.02 0.07 0.00
257_D 342_L 1.02 0.07 0.00
138_A 343_G 1.02 0.07 0.00
138_A 304_S 1.02 0.07 0.00
386_L 266_T 1.02 0.07 0.00
148_F 398_K 1.02 0.07 0.00
382_A 319_P 1.02 0.07 0.00
354_Y 113_G 1.02 0.07 0.00
429_L 131_Q 1.02 0.07 0.00
462_E 472_A 1.02 0.07 0.00
302_G 304_S 1.02 0.07 0.00
116_E 243_F 1.01 0.07 0.00
132_N 395_P 1.01 0.07 0.00
430_T 168_G 1.01 0.07 0.00
146_Q 102_V 1.01 0.07 0.00
144_Y 238_Q 1.01 0.07 0.00
137_L 282_F 1.01 0.07 0.00
459_L 261_G 1.01 0.07 0.00
423_Q 31_T 1.01 0.07 0.00
216_Q 450_G 1.01 0.07 0.00
391_S 90_L 1.01 0.07 0.00
147_S 462_L 1.01 0.07 0.00
280_A 157_L 1.01 0.07 0.00
157_I 144_F 1.01 0.07 0.00
389_L 243_F 1.01 0.07 0.00
82_A 273_S 1.01 0.07 0.00
145_P 76_L 1.00 0.07 0.00
39_M 112_R 1.00 0.07 0.00
134_L 257_F 1.00 0.07 0.00
47_A 104_L 1.00 0.07 0.00
225_G 142_K 1.00 0.07 0.00
434_R 205_P 1.00 0.07 0.00
461_L 473_Q 1.00 0.07 0.00
327_D 308_Y 1.00 0.07 0.00
300_D 159_N 0.99 0.07 0.00
309_R 408_N 0.99 0.07 0.00
357_G 372_N 0.99 0.07 0.00
210_V 288_G 0.99 0.07 0.00
262_K 342_L 0.99 0.07 0.00
341_A 323_I 0.99 0.07 0.00
33_R 144_F 0.99 0.07 0.00
431_P 129_D 0.99 0.07 0.00
449_G 471_P 0.99 0.07 0.00
182_Y 120_L 0.99 0.07 0.00
287_P 372_N 0.99 0.07 0.00
226_Q 201_F 0.99 0.07 0.00
333_Q 454_G 0.99 0.07 0.00
468_E 473_Q 0.99 0.07 0.00
150_K 323_I 0.99 0.07 0.00
88_A 97_F 0.98 0.07 0.00
450_S 472_A 0.98 0.07 0.00
196_A 341_I 0.98 0.07 0.00
62_A 278_N 0.98 0.07 0.00
62_A 293_N 0.98 0.07 0.00
464_L 53_R 0.98 0.07 0.00
189_V 55_Q 0.98 0.07 0.00
414_P 201_F 0.98 0.07 0.00
454_G 187_A 0.98 0.07 0.00
187_G 388_M 0.98 0.07 0.00
118_A 104_L 0.98 0.07 0.00
454_G 469_A 0.98 0.07 0.00
328_A 76_L 0.98 0.07 0.00
367_A 426_G 0.98 0.07 0.00
376_R 246_E 0.97 0.07 0.00
454_G 167_Q 0.97 0.07 0.00
358_Y 187_A 0.97 0.07 0.00
96_A 299_G 0.97 0.07 0.00
275_S 113_G 0.97 0.07 0.00
465_Q 476_Q 0.97 0.07 0.00
346_A 173_F 0.97 0.07 0.00
82_A 112_R 0.97 0.07 0.00
39_M 442_R 0.97 0.07 0.00
376_R 395_P 0.97 0.07 0.00
156_Q 128_F 0.97 0.07 0.00
465_Q 90_L 0.97 0.07 0.00
353_L 306_I 0.96 0.07 0.00
245_A 291_V 0.96 0.07 0.00
456_N 475_A 0.96 0.07 0.00
154_Q 228_G 0.96 0.07 0.00
188_E 423_D 0.96 0.07 0.00
331_A 180_T 0.96 0.07 0.00
110_S 254_D 0.96 0.07 0.00
237_P 130_Y 0.96 0.07 0.00
56_D 304_S 0.96 0.07 0.00
234_G 115_V 0.96 0.07 0.00
410_S 195_V 0.96 0.07 0.00
89_A 267_L 0.96 0.07 0.00
403_A 267_L 0.96 0.07 0.00
455_A 10_G 0.96 0.07 0.00
22_T 472_A 0.96 0.07 0.00
77_S 304_S 0.96 0.07 0.00
59_Y 64_A 0.96 0.07 0.00
88_A 291_V 0.96 0.07 0.00
330_K 289_A 0.95 0.07 0.00
461_L 10_G 0.95 0.07 0.00
395_G 137_Y 0.95 0.07 0.00
401_G 100_R 0.95 0.07 0.00
390_F 35_E 0.95 0.07 0.00
183_D 445_A 0.95 0.07 0.00
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328_A 426_G 0.88 0.06 0.00
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190_E 340_Q 0.88 0.06 0.00
227_L 340_Q 0.88 0.06 0.00
197_L 412_E 0.88 0.06 0.00
273_P 106_V 0.88 0.06 0.00
451_L 473_Q 0.88 0.06 0.00
125_A 273_S 0.88 0.06 0.00
461_L 379_K 0.88 0.06 0.00
299_I 365_G 0.88 0.06 0.00
86_Y 221_G 0.88 0.06 0.00
389_L 190_I 0.88 0.06 0.00
45_A 158_T 0.88 0.06 0.00
54_L 426_G 0.88 0.06 0.00
88_A 383_N 0.88 0.06 0.00
351_G 196_H 0.88 0.06 0.00
185_H 61_L 0.88 0.06 0.00
52_K 330_Y 0.88 0.06 0.00
159_Q 313_E 0.88 0.06 0.00
287_P 300_G 0.88 0.06 0.00
322_K 229_Q 0.88 0.06 0.00
262_K 375_G 0.87 0.06 0.00
62_A 153_D 0.87 0.06 0.00
245_A 309_L 0.87 0.06 0.00
39_M 323_I 0.87 0.06 0.00
387_A 243_F 0.87 0.06 0.00
71_V 473_Q 0.87 0.06 0.00
108_P 117_R 0.87 0.06 0.00
188_E 355_L 0.87 0.06 0.00
195_A 391_K 0.87 0.06 0.00
446_R 473_Q 0.87 0.06 0.00
78_Q 450_G 0.87 0.06 0.00
438_Q 441_Q 0.87 0.06 0.00
445_K 474_T 0.87 0.06 0.00
296_M 461_K 0.87 0.06 0.00
34_L 365_G 0.87 0.06 0.00
259_K 350_D 0.87 0.06 0.00
67_A 257_F 0.87 0.06 0.00
106_A 240_M 0.87 0.06 0.00
89_A 178_H 0.87 0.06 0.00
89_A 311_S 0.87 0.06 0.00
403_A 178_H 0.87 0.06 0.00
403_A 311_S 0.87 0.06 0.00
92_T 56_Q 0.87 0.06 0.00
391_S 118_N 0.87 0.06 0.00
166_P 323_I 0.87 0.06 0.00
234_G 430_F 0.87 0.06 0.00
306_E 331_R 0.87 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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