May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cysi_cysj
Genes: A B A+B
Length: 570 599 1095
Sequences: 1865 2586 426
Seq/Len: 3.27 4.32 0.39
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.80
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.04 0.03 0.35
2 0.04 0.03 0.36
5 0.04 0.03 0.36
10 0.04 0.03 0.36
20 0.04 0.04 0.36
100 0.04 0.04 0.39
∞ 0.08 0.09 0.56
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
40_L 506_V 2.00 0.80 0.09
40_L 514_I 1.56 0.53 0.03
507_G 471_M 1.47 0.47 0.02
553_V 455_V 1.47 0.47 0.02
71_E 133_K 1.43 0.44 0.02
409_A 295_W 1.32 0.36 0.01
240_I 577_D 1.30 0.35 0.01
461_L 132_H 1.29 0.34 0.01
498_P 506_V 1.27 0.33 0.01
311_L 385_P 1.26 0.32 0.01
72_Q 249_G 1.26 0.32 0.01
474_M 98_A 1.25 0.32 0.01
332_E 173_A 1.24 0.31 0.01
493_L 382_P 1.24 0.31 0.01
437_F 104_K 1.21 0.29 0.01
346_I 248_T 1.21 0.29 0.01
149_N 391_A 1.20 0.29 0.01
420_L 113_I 1.20 0.29 0.01
103_A 598_V 1.20 0.28 0.01
72_Q 250_R 1.19 0.28 0.01
477_T 408_V 1.17 0.27 0.01
82_L 364_V 1.17 0.27 0.01
84_C 359_P 1.16 0.26 0.01
40_L 516_L 1.15 0.26 0.01
436_S 512_T 1.15 0.26 0.01
68_E 250_R 1.15 0.26 0.01
154_N 558_M 1.15 0.26 0.01
430_N 458_I 1.15 0.26 0.01
312_E 24_A 1.14 0.25 0.01
40_L 100_D 1.11 0.24 0.01
103_A 288_K 1.11 0.24 0.01
90_V 575_G 1.10 0.23 0.01
231_H 345_V 1.10 0.23 0.01
477_T 99_G 1.09 0.23 0.01
116_N 518_W 1.09 0.23 0.01
367_I 364_V 1.09 0.22 0.01
555_A 377_I 1.08 0.22 0.01
496_K 126_E 1.08 0.22 0.01
145_L 137_S 1.07 0.22 0.01
455_I 42_G 1.07 0.22 0.01
116_N 164_S 1.07 0.22 0.01
59_Q 188_V 1.07 0.22 0.01
169_E 123_E 1.07 0.21 0.01
68_E 249_G 1.06 0.21 0.01
522_I 530_D 1.05 0.21 0.01
236_N 247_I 1.05 0.21 0.01
403_V 560_K 1.05 0.21 0.01
455_I 406_G 1.05 0.21 0.01
505_L 148_F 1.05 0.21 0.01
107_T 241_L 1.05 0.21 0.01
522_I 278_V 1.05 0.21 0.01
319_F 123_E 1.05 0.21 0.01
279_L 233_K 1.05 0.20 0.01
159_S 460_P 1.05 0.20 0.01
171_Y 123_E 1.05 0.20 0.01
473_V 367_S 1.05 0.20 0.01
312_E 514_I 1.05 0.20 0.01
522_I 64_I 1.04 0.20 0.01
521_N 244_N 1.04 0.20 0.01
393_T 356_A 1.04 0.20 0.01
432_M 591_E 1.04 0.20 0.01
145_L 68_S 1.03 0.20 0.01
522_I 80_E 1.03 0.20 0.01
272_S 313_E 1.03 0.20 0.01
356_W 64_I 1.02 0.20 0.01
80_M 518_W 1.02 0.20 0.01
356_W 119_Q 1.02 0.19 0.01
425_T 342_L 1.02 0.19 0.01
551_F 543_I 1.02 0.19 0.01
71_E 121_E 1.02 0.19 0.01
507_G 233_K 1.02 0.19 0.01
403_V 569_V 1.01 0.19 0.01
125_I 292_E 1.01 0.19 0.01
15_L 233_K 1.01 0.19 0.01
362_I 571_A 1.01 0.19 0.01
156_L 483_N 1.01 0.19 0.01
457_N 180_L 1.00 0.18 0.01
503_L 385_P 1.00 0.18 0.01
381_E 268_M 1.00 0.18 0.01
430_N 116_T 0.99 0.18 0.01
36_L 368_P 0.99 0.18 0.01
82_L 329_V 0.99 0.18 0.01
317_E 166_K 0.99 0.18 0.01
174_A 569_V 0.99 0.18 0.00
276_Y 549_I 0.99 0.18 0.00
166_L 296_L 0.99 0.18 0.00
378_G 146_T 0.99 0.18 0.00
363_E 424_F 0.99 0.18 0.00
265_K 570_I 0.98 0.18 0.00
27_Y 469_A 0.98 0.17 0.00
489_A 352_Q 0.98 0.17 0.00
389_D 42_G 0.97 0.17 0.00
18_A 589_R 0.97 0.17 0.00
492_G 117_S 0.97 0.17 0.00
376_K 172_L 0.96 0.17 0.00
346_I 535_Q 0.96 0.17 0.00
159_S 467_F 0.96 0.17 0.00
436_S 202_V 0.96 0.17 0.00
414_I 482_K 0.96 0.17 0.00
331_F 329_V 0.96 0.17 0.00
103_A 471_M 0.95 0.17 0.00
377_T 97_N 0.95 0.17 0.00
298_N 560_K 0.95 0.17 0.00
504_H 384_T 0.95 0.16 0.00
285_V 486_F 0.95 0.16 0.00
142_L 270_Y 0.95 0.16 0.00
545_G 284_P 0.95 0.16 0.00
84_C 127_E 0.94 0.16 0.00
86_L 436_R 0.94 0.16 0.00
43_G 71_Q 0.94 0.16 0.00
498_P 160_F 0.94 0.16 0.00
454_F 256_V 0.94 0.16 0.00
277_L 512_T 0.94 0.16 0.00
142_L 518_W 0.94 0.16 0.00
540_K 428_R 0.93 0.16 0.00
18_A 99_G 0.93 0.16 0.00
98_A 387_L 0.93 0.16 0.00
53_R 518_W 0.93 0.16 0.00
508_N 398_E 0.93 0.16 0.00
42_G 425_L 0.93 0.16 0.00
544_A 583_E 0.93 0.15 0.00
290_V 156_S 0.93 0.15 0.00
149_N 518_W 0.93 0.15 0.00
447_A 198_R 0.93 0.15 0.00
143_D 487_F 0.93 0.15 0.00
350_K 64_I 0.93 0.15 0.00
140_V 506_V 0.92 0.15 0.00
269_R 86_L 0.92 0.15 0.00
436_S 78_V 0.92 0.15 0.00
101_K 54_T 0.92 0.15 0.00
321_A 549_I 0.92 0.15 0.00
552_T 40_F 0.92 0.15 0.00
325_R 588_L 0.92 0.15 0.00
493_L 248_T 0.92 0.15 0.00
88_G 497_L 0.92 0.15 0.00
311_L 548_H 0.92 0.15 0.00
278_P 449_A 0.91 0.15 0.00
324_E 472_Q 0.91 0.15 0.00
312_E 42_G 0.91 0.15 0.00
84_C 518_W 0.91 0.15 0.00
491_V 40_F 0.91 0.15 0.00
458_I 367_S 0.91 0.15 0.00
228_I 156_S 0.91 0.15 0.00
36_L 406_G 0.91 0.15 0.00
430_N 350_K 0.91 0.15 0.00
35_D 71_Q 0.90 0.15 0.00
264_K 188_V 0.90 0.15 0.00
137_L 233_K 0.90 0.14 0.00
292_T 384_T 0.90 0.14 0.00
154_N 390_I 0.90 0.14 0.00
270_T 190_Y 0.90 0.14 0.00
32_I 368_P 0.90 0.14 0.00
122_F 78_V 0.89 0.14 0.00
71_E 438_F 0.89 0.14 0.00
298_N 531_K 0.89 0.14 0.00
526_E 538_E 0.89 0.14 0.00
535_I 337_R 0.89 0.14 0.00
497_A 163_Q 0.89 0.14 0.00
88_G 153_L 0.89 0.14 0.00
177_I 424_F 0.89 0.14 0.00
507_G 443_D 0.89 0.14 0.00
362_I 290_L 0.89 0.14 0.00
285_V 455_V 0.89 0.14 0.00
298_N 572_E 0.89 0.14 0.00
110_G 471_M 0.89 0.14 0.00
70_A 138_K 0.89 0.14 0.00
436_S 464_I 0.89 0.14 0.00
33_A 567_L 0.89 0.14 0.00
125_I 580_A 0.88 0.14 0.00
34_E 377_I 0.88 0.14 0.00
24_E 50_A 0.88 0.14 0.00
269_R 42_G 0.88 0.14 0.00
404_P 583_E 0.88 0.14 0.00
245_K 570_I 0.88 0.14 0.00
319_F 423_S 0.88 0.14 0.00
163_E 131_L 0.88 0.14 0.00
86_L 506_V 0.88 0.14 0.00
50_L 116_T 0.88 0.14 0.00
31_T 114_V 0.88 0.14 0.00
505_L 362_D 0.88 0.14 0.00
459_D 449_A 0.87 0.14 0.00
404_P 278_V 0.87 0.14 0.00
402_G 565_A 0.87 0.14 0.00
129_N 524_E 0.87 0.14 0.00
145_L 156_S 0.87 0.14 0.00
409_A 56_A 0.87 0.14 0.00
321_A 543_I 0.87 0.13 0.00
312_E 506_V 0.87 0.13 0.00
459_D 544_N 0.87 0.13 0.00
247_V 549_I 0.87 0.13 0.00
491_V 291_V 0.87 0.13 0.00
116_N 68_S 0.87 0.13 0.00
50_L 104_K 0.87 0.13 0.00
433_A 270_Y 0.87 0.13 0.00
389_D 116_T 0.87 0.13 0.00
394_A 16_E 0.87 0.13 0.00
99_I 464_I 0.87 0.13 0.00
551_F 281_Q 0.87 0.13 0.00
340_T 196_E 0.86 0.13 0.00
24_E 75_A 0.86 0.13 0.00
17_D 123_E 0.86 0.13 0.00
70_A 191_Q 0.86 0.13 0.00
42_G 148_F 0.86 0.13 0.00
81_L 432_E 0.86 0.13 0.00
332_E 148_F 0.86 0.13 0.00
31_T 572_E 0.86 0.13 0.00
454_F 241_L 0.86 0.13 0.00
488_L 39_Y 0.86 0.13 0.00
493_L 109_E 0.86 0.13 0.00
530_S 472_Q 0.86 0.13 0.00
500_R 33_L 0.86 0.13 0.00
71_E 191_Q 0.86 0.13 0.00
477_T 168_F 0.86 0.13 0.00
36_L 42_G 0.85 0.13 0.00
142_L 501_E 0.85 0.13 0.00
277_L 536_G 0.85 0.13 0.00
403_V 539_L 0.85 0.13 0.00
245_K 588_L 0.85 0.13 0.00
130_V 186_A 0.85 0.13 0.00
474_M 256_V 0.85 0.13 0.00
125_I 516_L 0.85 0.13 0.00
251_L 66_I 0.85 0.13 0.00
461_L 269_R 0.85 0.13 0.00
260_E 188_V 0.85 0.13 0.00
304_N 560_K 0.85 0.13 0.00
543_E 588_L 0.85 0.13 0.00
317_E 275_A 0.85 0.13 0.00
134_H 113_I 0.85 0.13 0.00
414_I 163_Q 0.84 0.13 0.00
470_E 291_V 0.84 0.13 0.00
231_H 313_E 0.84 0.12 0.00
163_E 363_M 0.84 0.12 0.00
367_I 319_F 0.84 0.12 0.00
276_Y 64_I 0.84 0.12 0.00
82_L 71_Q 0.84 0.12 0.00
175_K 205_L 0.84 0.12 0.00
301_D 66_I 0.84 0.12 0.00
41_T 156_S 0.84 0.12 0.00
547_G 516_L 0.84 0.12 0.00
27_Y 123_E 0.84 0.12 0.00
37_N 80_E 0.84 0.12 0.00
113_R 421_A 0.84 0.12 0.00
317_E 395_A 0.84 0.12 0.00
84_C 13_L 0.83 0.12 0.00
463_A 146_T 0.83 0.12 0.00
544_A 480_P 0.83 0.12 0.00
122_F 196_E 0.83 0.12 0.00
415_A 291_V 0.83 0.12 0.00
41_T 167_D 0.83 0.12 0.00
492_G 487_F 0.83 0.12 0.00
456_D 39_Y 0.83 0.12 0.00
425_T 544_N 0.83 0.12 0.00
50_L 111_L 0.83 0.12 0.00
145_L 36_V 0.83 0.12 0.00
91_I 425_L 0.83 0.12 0.00
500_R 119_Q 0.83 0.12 0.00
41_T 308_T 0.83 0.12 0.00
103_A 119_Q 0.83 0.12 0.00
172_E 361_V 0.83 0.12 0.00
301_D 589_R 0.83 0.12 0.00
308_K 514_I 0.83 0.12 0.00
548_F 162_C 0.83 0.12 0.00
179_E 588_L 0.83 0.12 0.00
142_L 429_V 0.82 0.12 0.00
240_I 335_L 0.82 0.12 0.00
362_I 411_D 0.82 0.12 0.00
364_N 458_I 0.82 0.12 0.00
129_N 430_E 0.82 0.12 0.00
415_A 133_K 0.82 0.12 0.00
15_L 71_Q 0.82 0.12 0.00
507_G 234_D 0.82 0.12 0.00
134_H 387_L 0.82 0.12 0.00
301_D 590_V 0.82 0.12 0.00
125_I 189_E 0.82 0.12 0.00
496_K 97_N 0.82 0.12 0.00
134_H 532_L 0.82 0.12 0.00
113_R 359_P 0.82 0.12 0.00
99_I 526_V 0.82 0.12 0.00
267_Y 440_E 0.82 0.12 0.00
504_H 124_P 0.82 0.12 0.00
551_F 363_M 0.81 0.12 0.00
44_F 68_S 0.81 0.12 0.00
537_R 526_V 0.81 0.12 0.00
144_A 543_I 0.81 0.12 0.00
177_I 467_F 0.81 0.12 0.00
120_F 502_W 0.81 0.12 0.00
206_I 137_S 0.81 0.12 0.00
119_T 198_R 0.81 0.12 0.00
538_W 360_I 0.81 0.12 0.00
129_N 182_D 0.81 0.12 0.00
455_I 213_A 0.81 0.12 0.00
272_S 42_G 0.81 0.12 0.00
468_S 184_V 0.81 0.12 0.00
32_I 75_A 0.81 0.12 0.00
24_E 177_G 0.81 0.12 0.00
426_P 408_V 0.81 0.12 0.00
392_I 78_V 0.81 0.12 0.00
42_G 368_P 0.81 0.11 0.00
159_S 532_L 0.81 0.11 0.00
362_I 421_A 0.81 0.11 0.00
40_L 409_R 0.81 0.11 0.00
34_E 66_I 0.81 0.11 0.00
493_L 13_L 0.81 0.11 0.00
271_A 578_T 0.81 0.11 0.00
79_A 248_T 0.80 0.11 0.00
433_A 404_T 0.80 0.11 0.00
43_G 476_A 0.80 0.11 0.00
437_F 58_A 0.80 0.11 0.00
287_E 491_H 0.80 0.11 0.00
274_F 329_V 0.80 0.11 0.00
317_E 548_H 0.80 0.11 0.00
151_M 128_A 0.80 0.11 0.00
32_I 126_E 0.80 0.11 0.00
404_P 367_S 0.80 0.11 0.00
413_K 66_I 0.80 0.11 0.00
59_Q 115_V 0.80 0.11 0.00
18_A 489_N 0.80 0.11 0.00
433_A 501_E 0.80 0.11 0.00
130_V 261_I 0.80 0.11 0.00
277_L 430_E 0.80 0.11 0.00
70_A 130_A 0.80 0.11 0.00
137_L 472_Q 0.80 0.11 0.00
169_E 476_A 0.80 0.11 0.00
102_F 397_V 0.80 0.11 0.00
311_L 433_G 0.79 0.11 0.00
220_V 387_L 0.79 0.11 0.00
394_A 347_D 0.79 0.11 0.00
494_V 332_Y 0.79 0.11 0.00
122_F 75_A 0.79 0.11 0.00
312_E 516_L 0.79 0.11 0.00
282_T 340_T 0.79 0.11 0.00
447_A 420_G 0.79 0.11 0.00
276_Y 452_E 0.79 0.11 0.00
131_K 453_T 0.79 0.11 0.00
311_L 438_F 0.79 0.11 0.00
537_R 395_A 0.79 0.11 0.00
286_A 403_V 0.79 0.11 0.00
125_I 328_I 0.79 0.11 0.00
491_V 173_A 0.79 0.11 0.00
165_Q 460_P 0.79 0.11 0.00
534_L 303_T 0.79 0.11 0.00
169_E 182_D 0.79 0.11 0.00
430_N 183_R 0.79 0.11 0.00
474_M 359_P 0.79 0.11 0.00
405_E 186_A 0.79 0.11 0.00
235_M 549_I 0.79 0.11 0.00
477_T 431_E 0.79 0.11 0.00
539_A 149_A 0.79 0.11 0.00
41_T 82_L 0.78 0.11 0.00
236_N 464_I 0.78 0.11 0.00
322_E 531_K 0.78 0.11 0.00
312_E 148_F 0.78 0.11 0.00
346_I 191_Q 0.78 0.11 0.00
246_L 188_V 0.78 0.11 0.00
142_L 99_G 0.78 0.11 0.00
425_T 208_R 0.78 0.11 0.00
484_G 99_G 0.78 0.11 0.00
32_I 20_R 0.78 0.11 0.00
535_I 539_L 0.78 0.11 0.00
42_G 296_L 0.78 0.11 0.00
70_A 262_D 0.78 0.11 0.00
384_K 121_E 0.78 0.11 0.00
173_W 500_V 0.78 0.11 0.00
42_G 483_N 0.78 0.11 0.00
144_A 535_Q 0.78 0.11 0.00
376_K 275_A 0.78 0.11 0.00
505_L 172_L 0.78 0.11 0.00
129_N 432_E 0.78 0.11 0.00
406_S 591_E 0.78 0.11 0.00
18_A 439_I 0.78 0.11 0.00
425_T 536_G 0.78 0.11 0.00
284_A 232_S 0.78 0.11 0.00
292_T 494_E 0.78 0.11 0.00
407_E 303_T 0.78 0.11 0.00
50_L 244_N 0.78 0.11 0.00
107_T 329_V 0.78 0.11 0.00
52_I 99_G 0.78 0.10 0.00
152_N 558_M 0.78 0.10 0.00
356_W 596_R 0.78 0.10 0.00
379_L 225_E 0.78 0.10 0.00
470_E 298_G 0.77 0.10 0.00
414_I 172_L 0.77 0.10 0.00
50_L 62_P 0.77 0.10 0.00
271_A 198_R 0.77 0.10 0.00
432_M 412_V 0.77 0.10 0.00
273_E 23_A 0.77 0.10 0.00
84_C 41_W 0.77 0.10 0.00
355_N 334_T 0.77 0.10 0.00
116_N 41_W 0.77 0.10 0.00
318_T 471_M 0.77 0.10 0.00
409_A 97_N 0.77 0.10 0.00
323_V 490_P 0.77 0.10 0.00
455_I 504_R 0.77 0.10 0.00
271_A 394_Q 0.77 0.10 0.00
27_Y 428_R 0.77 0.10 0.00
477_T 146_T 0.77 0.10 0.00
552_T 85_D 0.77 0.10 0.00
296_W 494_E 0.77 0.10 0.00
412_E 425_L 0.77 0.10 0.00
116_N 127_E 0.77 0.10 0.00
170_A 34_A 0.77 0.10 0.00
43_G 438_F 0.77 0.10 0.00
251_L 399_N 0.77 0.10 0.00
34_E 43_V 0.77 0.10 0.00
379_L 177_G 0.77 0.10 0.00
247_V 51_L 0.77 0.10 0.00
312_E 133_K 0.76 0.10 0.00
364_N 505_Y 0.76 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
14016 0.59 cysi_cysj_e-2 Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done - Shared
14015 0.39 cysi_cysj Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.09 Done - Shared
Page generated in 0.393 seconds.