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OPENSEQ.org
MtrAB
Genes: A B A+B
Length: 697 333 980
Sequences: 242 100 81
Seq/Len: 0.35 0.3 0.08
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.08
2 0.01 0.00 0.08
5 0.03 0.07 0.08
10 0.06 0.16 0.08
20 0.07 0.16 0.08
100 0.07 0.16 0.08
∞ 0.12 0.24 0.08
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
257_F 175_S 2.01 0.36 0.00
283_A 319_Q 1.98 0.35 0.00
207_K 273_R 1.84 0.29 0.00
572_P 80_L 1.58 0.20 0.00
684_Y 245_L 1.55 0.19 0.00
10_L 158_V 1.54 0.19 0.00
485_K 202_L 1.52 0.18 0.00
56_G 130_D 1.49 0.17 0.00
317_Q 217_G 1.46 0.17 0.00
488_L 312_S 1.45 0.16 0.00
372_N 320_V 1.43 0.16 0.00
250_L 269_M 1.42 0.15 0.00
407_A 185_S 1.38 0.15 0.00
262_N 107_L 1.38 0.15 0.00
202_Y 234_Y 1.36 0.14 0.00
288_N 241_R 1.36 0.14 0.00
288_N 242_G 1.36 0.14 0.00
355_S 161_A 1.35 0.14 0.00
353_K 231_D 1.35 0.14 0.00
205_E 239_E 1.34 0.14 0.00
315_M 254_N 1.34 0.14 0.00
420_G 273_R 1.34 0.14 0.00
500_I 161_A 1.31 0.13 0.00
432_D 269_M 1.30 0.13 0.00
27_L 138_S 1.30 0.13 0.00
360_L 158_V 1.29 0.13 0.00
692_S 228_S 1.28 0.12 0.00
484_R 106_P 1.28 0.12 0.00
286_P 326_P 1.27 0.12 0.00
419_G 222_S 1.27 0.12 0.00
637_Y 169_A 1.27 0.12 0.00
638_A 142_D 1.27 0.12 0.00
14_A 252_T 1.27 0.12 0.00
252_Y 273_R 1.27 0.12 0.00
20_V 252_T 1.26 0.12 0.00
539_N 206_Q 1.26 0.12 0.00
313_G 97_G 1.26 0.12 0.00
121_Y 206_Q 1.25 0.12 0.00
557_Q 196_K 1.25 0.12 0.00
204_R 320_V 1.24 0.12 0.00
629_A 272_T 1.24 0.12 0.00
586_G 275_P 1.23 0.11 0.00
29_N 269_M 1.23 0.11 0.00
695_Y 196_K 1.23 0.11 0.00
353_K 157_D 1.23 0.11 0.00
11_A 56_E 1.23 0.11 0.00
255_S 241_R 1.22 0.11 0.00
255_S 242_G 1.22 0.11 0.00
311_L 269_M 1.22 0.11 0.00
214_S 196_K 1.21 0.11 0.00
213_A 239_E 1.21 0.11 0.00
373_T 221_D 1.21 0.11 0.00
461_Y 130_D 1.21 0.11 0.00
12_L 127_L 1.20 0.11 0.00
431_Q 273_R 1.20 0.11 0.00
351_V 141_Q 1.20 0.11 0.00
373_T 188_T 1.20 0.11 0.00
212_Q 221_D 1.20 0.11 0.00
25_Y 51_D 1.20 0.11 0.00
519_D 210_S 1.19 0.11 0.00
588_G 315_N 1.18 0.10 0.00
601_L 245_L 1.18 0.10 0.00
280_G 249_A 1.18 0.10 0.00
118_Q 220_T 1.17 0.10 0.00
479_T 220_T 1.17 0.10 0.00
589_I 239_E 1.17 0.10 0.00
494_T 128_S 1.17 0.10 0.00
151_T 253_E 1.17 0.10 0.00
237_A 117_P 1.15 0.10 0.00
684_Y 328_G 1.15 0.10 0.00
419_G 141_Q 1.15 0.10 0.00
607_Y 320_V 1.15 0.10 0.00
455_M 260_N 1.14 0.10 0.00
369_R 122_G 1.14 0.10 0.00
533_D 159_A 1.14 0.10 0.00
228_V 159_A 1.14 0.10 0.00
103_Q 222_S 1.13 0.10 0.00
25_Y 131_K 1.13 0.10 0.00
34_K 205_A 1.13 0.10 0.00
39_A 311_R 1.12 0.10 0.00
580_D 132_Q 1.12 0.10 0.00
105_G 286_G 1.12 0.10 0.00
668_V 202_L 1.12 0.09 0.00
532_K 264_S 1.11 0.09 0.00
620_I 320_V 1.11 0.09 0.00
411_I 228_S 1.11 0.09 0.00
507_S 169_A 1.11 0.09 0.00
683_D 327_S 1.10 0.09 0.00
232_T 224_L 1.10 0.09 0.00
424_K 159_A 1.10 0.09 0.00
270_F 327_S 1.10 0.09 0.00
409_Y 275_P 1.10 0.09 0.00
465_D 162_S 1.10 0.09 0.00
564_A 166_V 1.10 0.09 0.00
185_G 311_R 1.10 0.09 0.00
511_D 159_A 1.10 0.09 0.00
546_A 280_Q 1.09 0.09 0.00
292_T 200_H 1.09 0.09 0.00
400_T 276_Q 1.09 0.09 0.00
343_L 244_K 1.09 0.09 0.00
209_G 251_V 1.09 0.09 0.00
484_R 101_E 1.09 0.09 0.00
455_M 89_D 1.09 0.09 0.00
574_W 101_E 1.08 0.09 0.00
689_L 162_S 1.08 0.09 0.00
495_Q 325_H 1.08 0.09 0.00
94_G 195_N 1.08 0.09 0.00
689_L 228_S 1.07 0.09 0.00
55_V 225_N 1.07 0.09 0.00
255_S 224_L 1.07 0.09 0.00
427_Q 90_S 1.07 0.09 0.00
691_L 182_V 1.07 0.09 0.00
646_L 238_A 1.07 0.09 0.00
12_L 253_E 1.07 0.09 0.00
125_V 257_T 1.07 0.09 0.00
580_D 224_L 1.07 0.09 0.00
297_G 314_L 1.07 0.09 0.00
656_N 269_M 1.07 0.09 0.00
123_V 325_H 1.07 0.09 0.00
592_N 158_V 1.07 0.09 0.00
123_V 166_V 1.07 0.09 0.00
8_I 72_K 1.06 0.09 0.00
41_S 49_T 1.06 0.09 0.00
614_T 276_Q 1.06 0.09 0.00
241_L 244_K 1.06 0.09 0.00
492_D 80_L 1.06 0.09 0.00
119_G 217_G 1.06 0.09 0.00
485_K 106_P 1.06 0.09 0.00
593_N 79_D 1.06 0.09 0.00
697_L 305_N 1.06 0.09 0.00
608_S 66_S 1.06 0.09 0.00
226_E 311_R 1.06 0.09 0.00
23_D 223_D 1.06 0.09 0.00
202_Y 154_D 1.06 0.09 0.00
454_D 320_V 1.05 0.09 0.00
357_D 280_Q 1.05 0.09 0.00
61_Y 261_P 1.05 0.08 0.00
589_I 147_S 1.05 0.08 0.00
431_Q 162_S 1.05 0.08 0.00
80_A 269_M 1.05 0.08 0.00
543_M 269_M 1.05 0.08 0.00
436_T 182_V 1.04 0.08 0.00
446_R 293_L 1.04 0.08 0.00
478_E 273_R 1.04 0.08 0.00
209_G 217_G 1.04 0.08 0.00
462_G 214_N 1.04 0.08 0.00
410_R 224_L 1.04 0.08 0.00
577_F 267_D 1.04 0.08 0.00
530_E 162_S 1.04 0.08 0.00
192_G 211_D 1.03 0.08 0.00
449_S 162_S 1.03 0.08 0.00
301_D 158_V 1.03 0.08 0.00
235_I 166_V 1.03 0.08 0.00
9_T 253_E 1.03 0.08 0.00
468_Q 161_A 1.03 0.08 0.00
40_W 138_S 1.03 0.08 0.00
232_T 229_V 1.03 0.08 0.00
310_I 178_T 1.03 0.08 0.00
56_G 158_V 1.03 0.08 0.00
630_K 198_S 1.02 0.08 0.00
493_R 279_Q 1.02 0.08 0.00
261_Y 231_D 1.02 0.08 0.00
229_D 287_H 1.02 0.08 0.00
431_Q 167_H 1.02 0.08 0.00
521_Y 310_G 1.02 0.08 0.00
221_S 137_M 1.02 0.08 0.00
253_N 124_Q 1.02 0.08 0.00
488_L 106_P 1.02 0.08 0.00
678_G 246_W 1.02 0.08 0.00
641_Q 320_V 1.02 0.08 0.00
215_G 234_Y 1.01 0.08 0.00
446_R 162_S 1.01 0.08 0.00
486_Y 247_E 1.01 0.08 0.00
445_L 260_N 1.01 0.08 0.00
574_W 326_P 1.01 0.08 0.00
314_Q 228_S 1.01 0.08 0.00
443_A 196_K 1.01 0.08 0.00
313_G 195_N 1.01 0.08 0.00
598_K 239_E 1.01 0.08 0.00
248_T 193_D 1.01 0.08 0.00
27_L 194_M 1.01 0.08 0.00
175_L 253_E 1.01 0.08 0.00
349_K 142_D 1.00 0.08 0.00
20_V 109_Q 1.00 0.08 0.00
63_S 146_M 1.00 0.08 0.00
215_G 159_A 1.00 0.08 0.00
211_K 228_S 1.00 0.08 0.00
105_G 315_N 0.99 0.08 0.00
260_E 102_A 0.99 0.08 0.00
369_R 171_D 0.99 0.08 0.00
369_R 200_H 0.99 0.08 0.00
404_K 185_S 0.99 0.08 0.00
581_Q 311_R 0.99 0.08 0.00
489_A 245_L 0.99 0.07 0.00
486_Y 320_V 0.99 0.07 0.00
293_V 145_R 0.98 0.07 0.00
464_R 326_P 0.98 0.07 0.00
527_G 326_P 0.98 0.07 0.00
442_W 271_K 0.98 0.07 0.00
226_E 228_S 0.98 0.07 0.00
469_Y 277_L 0.98 0.07 0.00
510_I 112_K 0.98 0.07 0.00
337_V 210_S 0.98 0.07 0.00
47_V 159_A 0.98 0.07 0.00
119_G 220_T 0.98 0.07 0.00
346_M 218_S 0.98 0.07 0.00
314_Q 125_S 0.98 0.07 0.00
297_G 149_N 0.98 0.07 0.00
515_R 331_L 0.98 0.07 0.00
468_Q 202_L 0.98 0.07 0.00
292_T 254_N 0.97 0.07 0.00
372_N 208_T 0.97 0.07 0.00
513_G 182_V 0.97 0.07 0.00
135_S 176_K 0.97 0.07 0.00
507_S 210_S 0.97 0.07 0.00
397_D 73_K 0.97 0.07 0.00
347_N 168_V 0.97 0.07 0.00
353_K 130_D 0.97 0.07 0.00
599_L 279_Q 0.97 0.07 0.00
610_S 208_T 0.97 0.07 0.00
41_S 48_A 0.97 0.07 0.00
116_G 264_S 0.97 0.07 0.00
521_Y 138_S 0.97 0.07 0.00
140_S 309_G 0.97 0.07 0.00
35_V 123_K 0.96 0.07 0.00
299_Y 273_R 0.96 0.07 0.00
75_T 331_L 0.96 0.07 0.00
339_A 254_N 0.96 0.07 0.00
176_E 238_A 0.96 0.07 0.00
460_S 273_R 0.96 0.07 0.00
202_Y 166_V 0.96 0.07 0.00
351_V 90_S 0.96 0.07 0.00
365_D 265_V 0.96 0.07 0.00
198_T 128_S 0.96 0.07 0.00
662_A 227_P 0.96 0.07 0.00
531_S 280_Q 0.96 0.07 0.00
54_T 314_L 0.96 0.07 0.00
188_F 289_S 0.96 0.07 0.00
347_N 181_E 0.96 0.07 0.00
608_S 234_Y 0.96 0.07 0.00
370_D 251_V 0.95 0.07 0.00
435_T 320_V 0.95 0.07 0.00
208_T 202_L 0.95 0.07 0.00
200_V 252_T 0.95 0.07 0.00
677_F 325_H 0.95 0.07 0.00
108_G 329_K 0.95 0.07 0.00
292_T 167_H 0.95 0.07 0.00
417_L 137_M 0.95 0.07 0.00
210_L 151_G 0.95 0.07 0.00
310_I 84_V 0.95 0.07 0.00
238_G 197_R 0.95 0.07 0.00
69_S 127_L 0.95 0.07 0.00
457_V 193_D 0.95 0.07 0.00
487_N 200_H 0.94 0.07 0.00
657_Y 60_S 0.94 0.07 0.00
252_Y 200_H 0.94 0.07 0.00
431_Q 200_H 0.94 0.07 0.00
576_G 84_V 0.94 0.07 0.00
55_V 261_P 0.94 0.07 0.00
403_F 320_V 0.94 0.07 0.00
57_V 264_S 0.94 0.07 0.00
270_F 150_G 0.94 0.07 0.00
283_A 120_T 0.94 0.07 0.00
368_D 130_D 0.94 0.07 0.00
44_G 66_S 0.94 0.07 0.00
433_R 207_M 0.94 0.07 0.00
319_Q 137_M 0.94 0.07 0.00
545_T 134_S 0.94 0.07 0.00
396_Y 320_V 0.94 0.07 0.00
369_R 167_H 0.94 0.07 0.00
81_G 107_L 0.93 0.07 0.00
678_G 245_L 0.93 0.07 0.00
303_S 305_N 0.93 0.07 0.00
356_N 58_N 0.93 0.07 0.00
292_T 256_V 0.93 0.07 0.00
640_Y 85_H 0.93 0.07 0.00
429_D 271_K 0.93 0.07 0.00
572_P 257_T 0.93 0.07 0.00
121_Y 287_H 0.93 0.07 0.00
223_M 157_D 0.93 0.07 0.00
455_M 157_D 0.93 0.07 0.00
469_Y 217_G 0.93 0.07 0.00
608_S 84_V 0.93 0.07 0.00
294_S 227_P 0.93 0.07 0.00
687_Q 265_V 0.93 0.07 0.00
538_A 269_M 0.93 0.07 0.00
88_N 174_L 0.93 0.07 0.00
3_F 226_K 0.93 0.07 0.00
24_G 150_G 0.93 0.07 0.00
34_K 178_T 0.93 0.07 0.00
101_A 142_D 0.93 0.07 0.00
464_R 63_G 0.92 0.07 0.00
527_G 63_G 0.92 0.07 0.00
448_N 161_A 0.92 0.07 0.00
177_L 217_G 0.92 0.07 0.00
181_R 121_F 0.92 0.07 0.00
486_Y 269_M 0.92 0.07 0.00
355_S 192_A 0.92 0.07 0.00
318_D 225_N 0.92 0.07 0.00
307_S 228_S 0.92 0.07 0.00
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696_K 174_L 0.92 0.07 0.00
652_Y 159_A 0.92 0.07 0.00
221_S 154_D 0.92 0.07 0.00
667_A 128_S 0.92 0.07 0.00
112_D 128_S 0.92 0.07 0.00
252_Y 171_D 0.92 0.07 0.00
467_S 132_Q 0.92 0.07 0.00
113_V 112_K 0.92 0.07 0.00
183_R 253_E 0.92 0.07 0.00
502_H 228_S 0.92 0.07 0.00
302_G 169_A 0.92 0.07 0.00
211_K 274_A 0.92 0.07 0.00
350_V 82_K 0.91 0.07 0.00
610_S 132_Q 0.91 0.07 0.00
105_G 133_N 0.91 0.07 0.00
27_L 280_Q 0.91 0.07 0.00
407_A 169_A 0.91 0.07 0.00
424_K 150_G 0.91 0.07 0.00
686_A 217_G 0.91 0.07 0.00
316_S 200_H 0.91 0.07 0.00
644_E 135_V 0.91 0.07 0.00
70_A 80_L 0.91 0.07 0.00
88_N 253_E 0.91 0.07 0.00
493_R 265_V 0.91 0.07 0.00
127_Y 210_S 0.91 0.07 0.00
11_A 270_L 0.91 0.07 0.00
689_L 218_S 0.91 0.07 0.00
261_Y 288_A 0.91 0.07 0.00
168_L 179_E 0.91 0.07 0.00
409_Y 218_S 0.91 0.07 0.00
485_K 101_E 0.91 0.07 0.00
29_N 199_S 0.91 0.07 0.00
402_R 128_S 0.91 0.07 0.00
343_L 253_E 0.91 0.07 0.00
63_S 207_M 0.91 0.07 0.00
393_N 217_G 0.91 0.07 0.00
472_S 166_V 0.91 0.07 0.00
4_K 220_T 0.90 0.07 0.00
311_L 128_S 0.90 0.07 0.00
359_R 205_A 0.90 0.07 0.00
167_L 162_S 0.90 0.07 0.00
649_R 156_A 0.90 0.07 0.00
619_G 269_M 0.90 0.07 0.00
123_V 137_M 0.90 0.07 0.00
405_V 225_N 0.90 0.07 0.00
422_D 325_H 0.90 0.07 0.00
301_D 320_V 0.90 0.07 0.00
567_S 286_G 0.90 0.07 0.00
446_R 320_V 0.90 0.07 0.00
428_R 253_E 0.90 0.07 0.00
257_F 115_N 0.90 0.06 0.00
393_N 176_K 0.90 0.06 0.00
697_L 185_S 0.90 0.06 0.00
37_L 156_A 0.90 0.06 0.00
99_V 177_N 0.90 0.06 0.00
432_D 249_A 0.90 0.06 0.00
133_Y 252_T 0.90 0.06 0.00
485_K 249_A 0.90 0.06 0.00
256_I 269_M 0.90 0.06 0.00
465_D 314_L 0.90 0.06 0.00
466_G 197_R 0.90 0.06 0.00
482_L 320_V 0.90 0.06 0.00
311_L 156_A 0.90 0.06 0.00
572_P 189_K 0.89 0.06 0.00
319_Q 261_P 0.89 0.06 0.00
641_Q 231_D 0.89 0.06 0.00
187_G 124_Q 0.89 0.06 0.00
67_I 127_L 0.89 0.06 0.00
329_A 223_D 0.89 0.06 0.00
418_D 256_V 0.89 0.06 0.00
335_D 180_M 0.89 0.06 0.00
142_Y 200_H 0.89 0.06 0.00
332_L 202_L 0.89 0.06 0.00
169_M 48_A 0.89 0.06 0.00
594_L 246_W 0.89 0.06 0.00
23_D 231_D 0.89 0.06 0.00
460_S 287_H 0.89 0.06 0.00
209_G 264_S 0.89 0.06 0.00
25_Y 46_V 0.89 0.06 0.00
405_V 182_V 0.89 0.06 0.00
378_W 320_V 0.89 0.06 0.00
315_M 228_S 0.89 0.06 0.00
55_V 185_S 0.89 0.06 0.00
442_W 196_K 0.89 0.06 0.00
250_L 170_K 0.88 0.06 0.00
222_M 272_T 0.88 0.06 0.00
593_N 51_D 0.88 0.06 0.00
310_I 91_S 0.88 0.06 0.00
289_Q 208_T 0.88 0.06 0.00
469_Y 119_I 0.88 0.06 0.00
71_N 57_G 0.88 0.06 0.00
433_R 197_R 0.88 0.06 0.00
90_K 271_K 0.88 0.06 0.00
679_S 181_E 0.88 0.06 0.00
83_F 252_T 0.88 0.06 0.00
496_V 308_T 0.88 0.06 0.00
628_F 74_S 0.88 0.06 0.00
289_Q 198_S 0.88 0.06 0.00
288_N 224_L 0.88 0.06 0.00
206_E 158_V 0.88 0.06 0.00
537_D 199_S 0.88 0.06 0.00
602_G 169_A 0.88 0.06 0.00
107_D 320_V 0.88 0.06 0.00
140_S 312_S 0.88 0.06 0.00
642_A 234_Y 0.88 0.06 0.00
202_Y 325_H 0.87 0.06 0.00
29_N 48_A 0.87 0.06 0.00
55_V 208_T 0.87 0.06 0.00
17_G 214_N 0.87 0.06 0.00
351_V 161_A 0.87 0.06 0.00
684_Y 247_E 0.87 0.06 0.00
542_Y 46_V 0.87 0.06 0.00
252_Y 167_H 0.87 0.06 0.00
20_V 174_L 0.87 0.06 0.00
214_S 204_W 0.87 0.06 0.00
287_D 207_M 0.87 0.06 0.00
696_K 84_V 0.87 0.06 0.00
137_S 185_S 0.87 0.06 0.00
357_D 303_G 0.87 0.06 0.00
142_Y 167_H 0.87 0.06 0.00
246_W 207_M 0.87 0.06 0.00
524_T 66_S 0.87 0.06 0.00
641_Q 157_D 0.87 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
13884 0.08 MtrAB4 Δgene:(0, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
13873 0.08 MtrAB3 Δgene:(1, 10) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
13872 0.08 MtrAB Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
13871 0.08 MtrAB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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