May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
test
Genes: A B A+B
Length: 361 633 900
Sequences: 1528 4790 205
Seq/Len: 4.23 7.57 0.23
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.67
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.06 0.00
2 0.00 0.06 0.20
5 0.00 0.06 0.20
10 0.05 0.07 0.21
20 0.05 0.08 0.21
100 0.06 0.10 0.25
∞ 0.14 0.20 0.59
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
63_F 545_S 1.76 0.51 0.00
227_M 176_I 1.50 0.35 0.00
134_W 292_Y 1.47 0.33 0.00
123_T 452_G 1.47 0.33 0.00
66_K 75_N 1.44 0.32 0.00
152_P 553_L 1.38 0.29 0.00
142_N 100_Q 1.36 0.28 0.00
184_N 458_W 1.34 0.27 0.00
73_F 186_D 1.32 0.26 0.00
136_Q 470_M 1.31 0.25 0.00
254_G 151_Y 1.30 0.25 0.00
281_G 158_V 1.29 0.24 0.00
228_P 274_V 1.27 0.23 0.00
55_A 44_I 1.27 0.23 0.00
122_I 250_I 1.25 0.22 0.00
63_F 576_A 1.24 0.22 0.00
299_G 210_I 1.23 0.22 0.00
245_N 250_I 1.23 0.22 0.00
285_G 367_Y 1.23 0.21 0.00
142_N 575_T 1.22 0.21 0.00
352_G 78_P 1.22 0.21 0.00
208_D 405_S 1.21 0.21 0.00
349_W 576_A 1.19 0.20 0.00
118_R 574_M 1.19 0.20 0.00
152_P 551_F 1.17 0.19 0.00
78_L 390_T 1.16 0.19 0.00
146_Q 254_L 1.16 0.19 0.00
247_W 283_V 1.16 0.19 0.00
224_G 253_T 1.16 0.18 0.00
195_E 105_L 1.15 0.18 0.00
182_S 146_F 1.15 0.18 0.00
340_H 447_D 1.14 0.18 0.00
246_L 312_D 1.14 0.18 0.00
244_I 64_I 1.14 0.18 0.00
148_Y 365_K 1.13 0.17 0.00
49_Q 111_L 1.13 0.17 0.00
294_Q 283_V 1.13 0.17 0.00
123_T 291_S 1.13 0.17 0.00
95_M 576_A 1.12 0.17 0.00
315_L 545_S 1.12 0.17 0.00
227_M 336_V 1.11 0.17 0.00
268_G 115_D 1.11 0.17 0.00
317_L 456_G 1.11 0.17 0.00
232_K 186_D 1.11 0.17 0.00
54_F 458_W 1.10 0.17 0.00
236_V 285_A 1.10 0.17 0.00
349_W 515_A 1.10 0.17 0.00
300_L 273_V 1.10 0.17 0.00
224_G 365_K 1.10 0.16 0.00
73_F 312_D 1.09 0.16 0.00
312_A 369_D 1.09 0.16 0.00
136_Q 335_Y 1.08 0.16 0.00
209_D 595_G 1.08 0.16 0.00
193_S 145_R 1.08 0.16 0.00
67_M 36_I 1.08 0.16 0.00
155_I 22_L 1.08 0.16 0.00
264_G 108_V 1.08 0.16 0.00
227_M 554_K 1.07 0.16 0.00
122_I 340_A 1.07 0.16 0.00
258_N 105_L 1.07 0.15 0.00
353_Q 518_G 1.07 0.15 0.00
69_N 283_V 1.06 0.15 0.00
260_F 613_L 1.06 0.15 0.00
324_Q 265_L 1.06 0.15 0.00
227_M 249_D 1.06 0.15 0.00
157_G 341_L 1.06 0.15 0.00
223_Y 354_D 1.05 0.15 0.00
246_L 448_T 1.05 0.15 0.00
74_D 403_R 1.05 0.15 0.00
206_E 354_D 1.05 0.15 0.00
164_R 458_W 1.05 0.15 0.00
246_L 552_G 1.04 0.15 0.00
242_G 186_D 1.04 0.15 0.00
254_G 175_V 1.04 0.15 0.00
156_V 81_L 1.04 0.15 0.00
214_K 254_L 1.04 0.15 0.00
66_K 44_I 1.04 0.15 0.00
82_L 322_T 1.04 0.15 0.00
133_F 134_V 1.04 0.15 0.00
66_K 235_V 1.04 0.15 0.00
263_H 469_L 1.04 0.14 0.00
54_F 126_S 1.03 0.14 0.00
223_Y 450_P 1.03 0.14 0.00
66_K 189_R 1.02 0.14 0.00
168_V 379_N 1.02 0.14 0.00
122_I 90_M 1.02 0.14 0.00
75_R 530_A 1.02 0.14 0.00
250_V 134_V 1.02 0.14 0.00
154_I 250_I 1.02 0.14 0.00
227_M 200_A 1.01 0.14 0.00
272_A 460_A 1.01 0.14 0.00
159_I 319_N 1.01 0.14 0.00
314_L 143_V 1.01 0.14 0.00
89_D 398_D 1.00 0.14 0.00
83_S 575_T 1.00 0.14 0.00
97_N 172_L 1.00 0.13 0.00
152_P 321_A 1.00 0.13 0.00
120_K 367_Y 1.00 0.13 0.00
242_G 344_G 1.00 0.13 0.00
179_A 38_N 0.99 0.13 0.00
138_E 158_V 0.99 0.13 0.00
81_I 447_D 0.99 0.13 0.00
329_L 365_K 0.99 0.13 0.00
207_Q 260_Q 0.99 0.13 0.00
342_T 577_F 0.99 0.13 0.00
187_R 254_L 0.98 0.13 0.00
112_G 44_I 0.98 0.13 0.00
173_R 272_A 0.98 0.13 0.00
143_R 200_A 0.98 0.13 0.00
141_L 338_V 0.98 0.13 0.00
76_Q 141_V 0.98 0.13 0.00
340_H 469_L 0.98 0.13 0.00
98_Q 265_L 0.98 0.13 0.00
116_R 114_D 0.98 0.13 0.00
144_A 484_L 0.97 0.13 0.00
145_W 604_M 0.97 0.12 0.00
82_L 22_L 0.96 0.12 0.00
156_V 384_L 0.96 0.12 0.00
189_A 603_L 0.96 0.12 0.00
336_T 402_D 0.96 0.12 0.00
154_I 470_M 0.96 0.12 0.00
52_G 386_E 0.96 0.12 0.00
356_A 584_Q 0.96 0.12 0.00
151_P 360_L 0.96 0.12 0.00
177_A 142_Q 0.96 0.12 0.00
317_L 551_F 0.95 0.12 0.00
148_Y 411_F 0.95 0.12 0.00
343_H 63_P 0.95 0.12 0.00
62_Q 291_S 0.94 0.12 0.00
128_Q 138_L 0.94 0.12 0.00
246_L 282_G 0.94 0.12 0.00
90_S 141_V 0.94 0.12 0.00
233_Q 250_I 0.94 0.12 0.00
81_I 283_V 0.94 0.12 0.00
356_A 261_Y 0.94 0.12 0.00
153_E 555_A 0.94 0.12 0.00
343_H 605_R 0.94 0.12 0.00
350_Q 265_L 0.94 0.12 0.00
184_N 413_Y 0.94 0.12 0.00
154_I 26_L 0.94 0.12 0.00
80_E 257_K 0.93 0.12 0.00
206_E 129_F 0.93 0.12 0.00
286_F 86_Y 0.93 0.12 0.00
356_A 560_N 0.93 0.12 0.00
76_Q 132_I 0.93 0.12 0.00
228_P 161_Y 0.93 0.11 0.00
298_A 509_S 0.93 0.11 0.00
73_F 392_F 0.93 0.11 0.00
234_Y 70_I 0.93 0.11 0.00
122_I 48_T 0.93 0.11 0.00
340_H 111_L 0.93 0.11 0.00
122_I 518_G 0.93 0.11 0.00
334_T 170_S 0.93 0.11 0.00
144_A 404_L 0.92 0.11 0.00
77_Q 210_I 0.92 0.11 0.00
291_S 64_I 0.92 0.11 0.00
224_G 267_A 0.92 0.11 0.00
198_T 379_N 0.92 0.11 0.00
95_M 384_L 0.92 0.11 0.00
266_V 526_P 0.92 0.11 0.00
260_F 293_D 0.92 0.11 0.00
189_A 584_Q 0.92 0.11 0.00
112_G 310_L 0.92 0.11 0.00
224_G 552_G 0.92 0.11 0.00
88_L 392_F 0.91 0.11 0.00
352_G 417_T 0.91 0.11 0.00
155_I 138_L 0.91 0.11 0.00
272_A 367_Y 0.91 0.11 0.00
292_I 444_Y 0.91 0.11 0.00
292_I 452_G 0.91 0.11 0.00
199_F 537_A 0.91 0.11 0.00
256_V 369_D 0.91 0.11 0.00
118_R 329_A 0.91 0.11 0.00
205_D 180_S 0.91 0.11 0.00
202_M 611_I 0.91 0.11 0.00
179_A 153_F 0.91 0.11 0.00
246_L 60_K 0.91 0.11 0.00
177_A 417_T 0.91 0.11 0.00
184_N 128_R 0.91 0.11 0.00
355_V 23_V 0.91 0.11 0.00
328_G 555_A 0.91 0.11 0.00
173_R 571_H 0.90 0.11 0.00
244_I 335_Y 0.90 0.11 0.00
154_I 269_S 0.90 0.11 0.00
76_Q 312_D 0.90 0.11 0.00
304_Q 90_M 0.90 0.11 0.00
123_T 128_R 0.90 0.11 0.00
346_M 448_T 0.90 0.11 0.00
148_Y 349_N 0.90 0.11 0.00
112_G 340_A 0.90 0.11 0.00
260_F 537_A 0.90 0.11 0.00
343_H 160_G 0.90 0.11 0.00
61_Q 380_V 0.90 0.11 0.00
78_L 14_S 0.89 0.11 0.00
153_E 292_Y 0.89 0.10 0.00
224_G 447_D 0.89 0.10 0.00
229_S 377_R 0.89 0.10 0.00
214_K 210_I 0.89 0.10 0.00
260_F 248_H 0.89 0.10 0.00
270_Q 47_F 0.89 0.10 0.00
282_L 541_I 0.89 0.10 0.00
206_E 541_I 0.89 0.10 0.00
298_A 35_L 0.89 0.10 0.00
312_A 32_T 0.89 0.10 0.00
235_A 577_F 0.88 0.10 0.00
352_G 98_V 0.88 0.10 0.00
275_A 230_N 0.88 0.10 0.00
268_G 100_Q 0.88 0.10 0.00
229_S 277_D 0.88 0.10 0.00
132_V 347_T 0.88 0.10 0.00
243_H 25_F 0.88 0.10 0.00
327_Y 102_L 0.88 0.10 0.00
82_L 587_V 0.88 0.10 0.00
155_I 484_L 0.88 0.10 0.00
125_D 580_Y 0.88 0.10 0.00
243_H 51_Q 0.87 0.10 0.00
250_V 349_N 0.87 0.10 0.00
76_Q 513_E 0.87 0.10 0.00
236_V 606_Q 0.87 0.10 0.00
99_A 261_Y 0.87 0.10 0.00
80_E 536_S 0.87 0.10 0.00
68_V 282_G 0.87 0.10 0.00
84_Q 276_T 0.87 0.10 0.00
314_L 524_N 0.87 0.10 0.00
206_E 49_D 0.87 0.10 0.00
317_L 130_T 0.87 0.10 0.00
63_F 601_G 0.87 0.10 0.00
196_L 399_M 0.87 0.10 0.00
137_Y 227_V 0.87 0.10 0.00
185_Y 369_D 0.87 0.10 0.00
291_S 14_S 0.87 0.10 0.00
203_A 564_I 0.86 0.10 0.00
78_L 603_L 0.86 0.10 0.00
264_G 156_V 0.86 0.10 0.00
352_G 238_Q 0.86 0.10 0.00
140_A 139_T 0.86 0.10 0.00
187_R 10_Y 0.86 0.10 0.00
342_T 137_N 0.86 0.10 0.00
187_R 63_P 0.86 0.10 0.00
172_T 238_Q 0.86 0.10 0.00
67_M 312_D 0.86 0.10 0.00
140_A 337_A 0.86 0.10 0.00
175_L 168_Y 0.86 0.10 0.00
269_D 260_Q 0.86 0.10 0.00
146_Q 460_A 0.86 0.10 0.00
82_L 34_V 0.86 0.10 0.00
200_L 543_A 0.86 0.10 0.00
227_M 83_R 0.86 0.10 0.00
224_G 369_D 0.86 0.10 0.00
165_W 365_K 0.86 0.10 0.00
99_A 229_V 0.86 0.10 0.00
285_G 50_Y 0.86 0.10 0.00
248_D 110_D 0.85 0.10 0.00
227_M 566_E 0.85 0.10 0.00
78_L 39_L 0.85 0.10 0.00
153_E 257_K 0.85 0.10 0.00
323_Y 576_A 0.85 0.10 0.00
295_L 126_S 0.85 0.10 0.00
95_M 10_Y 0.85 0.10 0.00
85_A 230_N 0.85 0.10 0.00
198_T 557_E 0.85 0.10 0.00
202_M 581_N 0.85 0.10 0.00
229_S 207_K 0.85 0.10 0.00
292_I 380_V 0.85 0.10 0.00
348_V 372_K 0.85 0.10 0.00
274_M 485_M 0.85 0.10 0.00
206_E 336_V 0.85 0.10 0.00
146_Q 165_Y 0.85 0.10 0.00
232_K 587_V 0.85 0.10 0.00
318_D 522_V 0.85 0.10 0.00
260_F 608_L 0.85 0.10 0.00
175_L 360_L 0.85 0.10 0.00
78_L 367_Y 0.85 0.10 0.00
206_E 390_T 0.85 0.10 0.00
224_G 457_Y 0.85 0.10 0.00
252_A 128_R 0.84 0.10 0.00
112_G 424_E 0.84 0.10 0.00
167_R 552_G 0.84 0.10 0.00
243_H 50_Y 0.84 0.09 0.00
74_D 33_G 0.84 0.09 0.00
227_M 570_D 0.84 0.09 0.00
246_L 321_A 0.84 0.09 0.00
286_F 553_L 0.84 0.09 0.00
224_G 32_T 0.84 0.09 0.00
151_P 399_M 0.84 0.09 0.00
199_F 555_A 0.84 0.09 0.00
152_P 86_Y 0.84 0.09 0.00
240_G 536_S 0.84 0.09 0.00
303_Q 109_V 0.84 0.09 0.00
353_Q 386_E 0.84 0.09 0.00
148_Y 572_K 0.84 0.09 0.00
91_V 60_K 0.84 0.09 0.00
260_F 369_D 0.84 0.09 0.00
314_L 335_Y 0.84 0.09 0.00
311_Q 357_W 0.84 0.09 0.00
127_V 329_A 0.84 0.09 0.00
183_F 207_K 0.84 0.09 0.00
312_A 509_S 0.83 0.09 0.00
353_Q 8_R 0.83 0.09 0.00
120_K 523_A 0.83 0.09 0.00
350_Q 419_I 0.83 0.09 0.00
199_F 27_G 0.83 0.09 0.00
191_Y 473_I 0.83 0.09 0.00
203_A 35_L 0.83 0.09 0.00
146_Q 31_L 0.83 0.09 0.00
124_P 50_Y 0.83 0.09 0.00
145_W 401_I 0.83 0.09 0.00
242_G 292_Y 0.83 0.09 0.00
245_N 277_D 0.83 0.09 0.00
113_A 284_L 0.83 0.09 0.00
327_Y 64_I 0.83 0.09 0.00
49_Q 358_W 0.83 0.09 0.00
164_R 355_P 0.83 0.09 0.00
195_E 238_Q 0.83 0.09 0.00
118_R 543_A 0.83 0.09 0.00
161_V 227_V 0.83 0.09 0.00
256_V 507_I 0.83 0.09 0.00
224_G 35_L 0.83 0.09 0.00
71_H 396_A 0.82 0.09 0.00
282_L 23_V 0.82 0.09 0.00
214_K 444_Y 0.82 0.09 0.00
203_A 86_Y 0.82 0.09 0.00
246_L 527_N 0.82 0.09 0.00
288_T 64_I 0.82 0.09 0.00
229_S 484_L 0.82 0.09 0.00
68_V 467_K 0.82 0.09 0.00
326_W 417_T 0.82 0.09 0.00
147_V 582_N 0.82 0.09 0.00
328_G 92_P 0.82 0.09 0.00
213_L 161_Y 0.82 0.09 0.00
300_L 372_K 0.82 0.09 0.00
200_L 576_A 0.82 0.09 0.00
316_R 404_L 0.82 0.09 0.00
325_Y 557_E 0.82 0.09 0.00
86_K 399_M 0.82 0.09 0.00
326_W 296_L 0.81 0.09 0.00
237_D 328_P 0.81 0.09 0.00
122_I 469_L 0.81 0.09 0.00
179_A 577_F 0.81 0.09 0.00
90_S 518_G 0.81 0.09 0.00
131_V 9_D 0.81 0.09 0.00
294_Q 293_D 0.81 0.09 0.00
272_A 508_H 0.81 0.09 0.00
147_V 362_G 0.81 0.09 0.00
353_Q 489_E 0.81 0.09 0.00
177_A 296_L 0.81 0.09 0.00
322_G 509_S 0.81 0.09 0.00
119_K 204_D 0.81 0.09 0.00
334_T 86_Y 0.81 0.09 0.00
227_M 97_N 0.81 0.09 0.00
228_P 553_L 0.81 0.09 0.00
312_A 385_E 0.81 0.09 0.00
321_T 91_M 0.81 0.09 0.00
327_Y 356_G 0.81 0.09 0.00
91_V 594_G 0.81 0.09 0.00
248_D 229_V 0.81 0.09 0.00
282_L 176_I 0.81 0.09 0.00
334_T 90_M 0.81 0.09 0.00
270_Q 246_A 0.81 0.09 0.00
131_V 183_N 0.81 0.09 0.00
312_A 518_G 0.80 0.09 0.00
195_E 88_I 0.80 0.09 0.00
123_T 396_A 0.80 0.09 0.00
85_A 322_T 0.80 0.09 0.00
189_A 552_G 0.80 0.09 0.00
355_V 556_N 0.80 0.09 0.00
197_E 122_E 0.80 0.09 0.00
352_G 581_N 0.80 0.09 0.00
352_G 44_I 0.80 0.09 0.00
224_G 39_L 0.80 0.09 0.00
272_A 32_T 0.80 0.09 0.00
156_V 417_T 0.80 0.09 0.00
98_Q 271_A 0.80 0.09 0.00
182_S 580_Y 0.80 0.09 0.00
63_F 207_K 0.80 0.09 0.00
124_P 34_V 0.80 0.09 0.00
208_D 329_A 0.80 0.09 0.00
138_E 24_A 0.80 0.09 0.00
250_V 354_D 0.80 0.09 0.00
199_F 225_E 0.80 0.09 0.00
82_L 531_H 0.80 0.09 0.00
266_V 436_Q 0.80 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.4584 seconds.