May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cplx
Genes: A B A+B
Length: 240 184 404
Sequences: 2537 169 112
Seq/Len: 10.57 0.92 0.28
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.63
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.08 0.01 0.24
2 0.08 0.01 0.25
5 0.08 0.01 0.26
10 0.08 0.01 0.26
20 0.08 0.01 0.26
100 0.08 0.01 0.27
∞ 0.08 0.01 0.29
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
70_K 166_S 1.74 0.55 0.00
55_Y 86_L 1.72 0.54 0.00
186_F 169_A 1.67 0.51 0.00
55_Y 153_I 1.65 0.50 0.00
182_R 138_F 1.61 0.47 0.00
113_R 77_F 1.53 0.42 0.00
108_T 49_A 1.53 0.41 0.00
21_G 10_R 1.47 0.38 0.00
46_K 93_I 1.46 0.37 0.00
196_I 30_S 1.40 0.34 0.00
202_E 38_V 1.38 0.33 0.00
199_N 56_R 1.33 0.30 0.00
130_I 103_I 1.33 0.29 0.00
13_M 67_A 1.32 0.29 0.00
113_R 45_N 1.31 0.28 0.00
6_V 43_V 1.30 0.28 0.00
98_A 153_I 1.30 0.28 0.00
218_N 5_M 1.30 0.28 0.00
113_R 10_R 1.26 0.26 0.00
53_Y 19_T 1.24 0.25 0.00
18_F 18_T 1.24 0.25 0.00
208_L 169_A 1.24 0.25 0.00
14_I 136_W 1.23 0.24 0.00
82_H 33_C 1.22 0.24 0.00
14_I 53_I 1.22 0.24 0.00
201_E 153_I 1.22 0.24 0.00
53_Y 135_G 1.19 0.23 0.00
132_I 122_E 1.18 0.22 0.00
4_Y 169_A 1.16 0.21 0.00
54_Q 53_I 1.14 0.20 0.00
31_L 142_I 1.13 0.20 0.00
125_M 60_H 1.12 0.20 0.00
109_F 63_K 1.12 0.20 0.00
119_D 136_W 1.11 0.19 0.00
98_A 60_H 1.10 0.19 0.00
217_Q 116_S 1.10 0.19 0.00
130_I 2_V 1.09 0.18 0.00
89_R 138_F 1.09 0.18 0.00
91_E 12_K 1.09 0.18 0.00
62_V 142_I 1.08 0.18 0.00
55_Y 12_K 1.06 0.17 0.00
65_P 136_W 1.06 0.17 0.00
87_D 156_V 1.06 0.17 0.00
154_L 41_Y 1.06 0.17 0.00
14_I 11_D 1.05 0.17 0.00
89_R 146_A 1.05 0.17 0.00
82_H 54_A 1.05 0.17 0.00
43_T 83_T 1.05 0.17 0.00
23_L 94_E 1.04 0.16 0.00
142_L 51_R 1.04 0.16 0.00
178_P 80_T 1.03 0.16 0.00
187_M 86_L 1.02 0.16 0.00
59_H 11_D 1.02 0.16 0.00
46_K 166_S 1.02 0.16 0.00
21_G 143_L 1.01 0.15 0.00
128_E 45_N 1.01 0.15 0.00
211_S 62_I 1.01 0.15 0.00
59_H 19_T 1.01 0.15 0.00
39_L 45_N 1.00 0.15 0.00
13_M 90_I 1.00 0.15 0.00
149_D 114_A 0.99 0.15 0.00
168_E 44_V 0.99 0.15 0.00
170_F 16_V 0.99 0.15 0.00
8_T 104_I 0.99 0.15 0.00
154_L 77_F 0.99 0.15 0.00
6_V 18_T 0.99 0.15 0.00
55_Y 75_E 0.98 0.14 0.00
55_Y 36_F 0.98 0.14 0.00
18_F 13_E 0.98 0.14 0.00
190_K 130_L 0.98 0.14 0.00
31_L 125_D 0.97 0.14 0.00
180_F 175_I 0.97 0.14 0.00
176_E 107_T 0.97 0.14 0.00
68_I 166_S 0.97 0.14 0.00
5_N 107_T 0.96 0.14 0.00
203_I 172_L 0.96 0.14 0.00
126_A 157_G 0.96 0.14 0.00
25_K 114_A 0.95 0.13 0.00
89_R 36_F 0.95 0.13 0.00
179_H 60_H 0.94 0.13 0.00
53_Y 18_T 0.94 0.13 0.00
9_I 151_K 0.94 0.13 0.00
211_S 140_D 0.94 0.13 0.00
193_E 156_V 0.94 0.13 0.00
84_V 99_G 0.93 0.13 0.00
142_L 114_A 0.93 0.13 0.00
226_K 142_I 0.93 0.13 0.00
67_P 20_S 0.93 0.13 0.00
43_T 168_V 0.93 0.13 0.00
113_R 143_L 0.93 0.13 0.00
113_R 111_Q 0.93 0.13 0.00
71_A 1_Y 0.93 0.13 0.00
174_L 21_I 0.93 0.13 0.00
4_Y 45_N 0.93 0.13 0.00
165_P 159_F 0.92 0.13 0.00
49_T 77_F 0.92 0.13 0.00
77_S 120_L 0.92 0.13 0.00
82_H 57_V 0.92 0.13 0.00
170_F 101_P 0.92 0.12 0.00
182_R 158_D 0.92 0.12 0.00
26_G 36_F 0.92 0.12 0.00
210_E 117_I 0.92 0.12 0.00
39_L 138_F 0.92 0.12 0.00
204_R 13_E 0.92 0.12 0.00
138_T 114_A 0.91 0.12 0.00
107_I 17_V 0.91 0.12 0.00
30_G 169_A 0.91 0.12 0.00
71_A 111_Q 0.91 0.12 0.00
154_L 86_L 0.91 0.12 0.00
37_I 116_S 0.91 0.12 0.00
9_I 83_T 0.91 0.12 0.00
135_F 121_K 0.90 0.12 0.00
155_I 115_I 0.90 0.12 0.00
190_K 89_V 0.90 0.12 0.00
87_D 138_F 0.90 0.12 0.00
48_K 20_S 0.90 0.12 0.00
177_Y 169_A 0.89 0.12 0.00
32_F 26_L 0.89 0.12 0.00
147_I 44_V 0.89 0.12 0.00
194_V 51_R 0.89 0.12 0.00
137_I 43_V 0.88 0.12 0.00
48_K 33_C 0.88 0.12 0.00
178_P 131_L 0.88 0.12 0.00
113_R 14_G 0.88 0.12 0.00
202_E 58_V 0.88 0.12 0.00
104_Y 88_S 0.88 0.11 0.00
92_Q 60_H 0.88 0.11 0.00
117_I 40_N 0.88 0.11 0.00
121_V 139_V 0.88 0.11 0.00
39_L 128_I 0.88 0.11 0.00
115_E 160_N 0.88 0.11 0.00
86_L 107_T 0.88 0.11 0.00
193_E 99_G 0.88 0.11 0.00
15_N 67_A 0.88 0.11 0.00
106_D 131_L 0.88 0.11 0.00
32_F 116_S 0.87 0.11 0.00
98_A 37_G 0.87 0.11 0.00
86_L 111_Q 0.87 0.11 0.00
205_R 5_M 0.87 0.11 0.00
146_T 130_L 0.87 0.11 0.00
27_I 123_I 0.87 0.11 0.00
225_R 95_E 0.87 0.11 0.00
55_Y 24_M 0.87 0.11 0.00
15_N 153_I 0.87 0.11 0.00
137_I 21_I 0.87 0.11 0.00
17_I 65_Y 0.87 0.11 0.00
115_E 35_T 0.87 0.11 0.00
113_R 62_I 0.86 0.11 0.00
9_I 153_I 0.86 0.11 0.00
87_D 85_S 0.86 0.11 0.00
108_T 82_I 0.86 0.11 0.00
177_Y 10_R 0.86 0.11 0.00
135_F 65_Y 0.86 0.11 0.00
213_K 40_N 0.86 0.11 0.00
95_Q 107_T 0.86 0.11 0.00
190_K 9_M 0.86 0.11 0.00
159_L 60_H 0.85 0.11 0.00
109_F 139_V 0.85 0.11 0.00
34_V 39_K 0.85 0.11 0.00
98_A 9_M 0.85 0.11 0.00
74_D 77_F 0.85 0.11 0.00
136_V 56_R 0.85 0.11 0.00
178_P 135_G 0.85 0.11 0.00
199_N 38_V 0.85 0.11 0.00
210_E 49_A 0.85 0.11 0.00
147_I 83_T 0.85 0.11 0.00
62_V 152_P 0.85 0.11 0.00
8_T 81_I 0.85 0.11 0.00
113_R 146_A 0.85 0.11 0.00
150_A 67_A 0.85 0.10 0.00
176_E 18_T 0.85 0.10 0.00
12_E 1_Y 0.84 0.10 0.00
7_I 141_D 0.84 0.10 0.00
138_T 81_I 0.84 0.10 0.00
4_Y 166_S 0.84 0.10 0.00
6_V 78_E 0.84 0.10 0.00
145_V 104_I 0.84 0.10 0.00
102_Y 103_I 0.84 0.10 0.00
130_I 125_D 0.84 0.10 0.00
42_Y 117_I 0.84 0.10 0.00
189_K 58_V 0.84 0.10 0.00
22_V 149_V 0.84 0.10 0.00
83_V 21_I 0.84 0.10 0.00
28_D 64_G 0.83 0.10 0.00
113_R 109_R 0.83 0.10 0.00
169_S 135_G 0.83 0.10 0.00
159_L 54_A 0.83 0.10 0.00
75_L 55_S 0.83 0.10 0.00
62_V 136_W 0.83 0.10 0.00
26_G 171_Y 0.83 0.10 0.00
107_I 15_K 0.83 0.10 0.00
105_D 168_V 0.83 0.10 0.00
189_K 144_E 0.83 0.10 0.00
21_G 69_Y 0.83 0.10 0.00
165_P 71_E 0.82 0.10 0.00
189_K 18_T 0.82 0.10 0.00
63_M 14_G 0.82 0.10 0.00
163_N 54_A 0.82 0.10 0.00
223_I 176_N 0.82 0.10 0.00
174_L 57_V 0.82 0.10 0.00
149_D 41_Y 0.82 0.10 0.00
111_C 71_E 0.82 0.10 0.00
63_M 127_P 0.82 0.10 0.00
26_G 104_I 0.82 0.10 0.00
36_P 5_M 0.82 0.10 0.00
62_V 24_M 0.82 0.10 0.00
174_L 116_S 0.82 0.10 0.00
201_E 48_P 0.82 0.10 0.00
12_E 45_N 0.81 0.10 0.00
204_R 85_S 0.81 0.10 0.00
37_I 143_L 0.81 0.10 0.00
8_T 20_S 0.81 0.10 0.00
225_R 16_V 0.81 0.10 0.00
206_W 64_G 0.81 0.10 0.00
159_L 37_G 0.81 0.10 0.00
144_A 80_T 0.81 0.10 0.00
210_E 13_E 0.81 0.10 0.00
213_K 17_V 0.81 0.10 0.00
74_D 16_V 0.81 0.10 0.00
121_V 77_F 0.81 0.10 0.00
150_A 151_K 0.81 0.10 0.00
95_Q 149_V 0.81 0.10 0.00
86_L 44_V 0.81 0.10 0.00
173_G 56_R 0.80 0.10 0.00
22_V 143_L 0.80 0.10 0.00
119_D 24_M 0.80 0.10 0.00
35_N 103_I 0.80 0.10 0.00
30_G 43_V 0.80 0.10 0.00
84_V 129_L 0.80 0.10 0.00
211_S 83_T 0.80 0.10 0.00
5_N 18_T 0.80 0.10 0.00
135_F 40_N 0.80 0.09 0.00
194_V 52_E 0.80 0.09 0.00
68_I 120_L 0.80 0.09 0.00
84_V 43_V 0.79 0.09 0.00
86_L 75_E 0.79 0.09 0.00
14_I 2_V 0.79 0.09 0.00
149_D 19_T 0.79 0.09 0.00
4_Y 168_V 0.79 0.09 0.00
155_I 7_Y 0.79 0.09 0.00
17_I 53_I 0.79 0.09 0.00
48_K 59_R 0.79 0.09 0.00
152_A 154_H 0.79 0.09 0.00
28_D 12_K 0.79 0.09 0.00
117_I 74_K 0.79 0.09 0.00
147_I 124_A 0.79 0.09 0.00
142_L 56_R 0.79 0.09 0.00
142_L 123_I 0.79 0.09 0.00
209_T 1_Y 0.79 0.09 0.00
143_A 3_A 0.79 0.09 0.00
176_E 37_G 0.79 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.748 seconds.