May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
TolC
Genes: A B A+B
Length: 478 493 831
Sequences: 2440 12959 832
Seq/Len: 5.1 26.29 1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.68
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.32
2 0.00 0.00 0.70
5 0.00 0.02 0.79
10 0.01 0.04 0.83
20 0.01 0.06 0.86
100 0.03 0.14 1.05
∞ 0.14 0.20 1.53
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
246_K 382_A 2.78 1.00 0.99
246_K 164_Q 1.63 0.84 0.72
90_L 262_A 1.59 0.82 0.69
249_I 379_A 1.33 0.64 0.44
91_T 110_E 1.31 0.62 0.42
109_E 163_T 1.29 0.60 0.39
63_F 264_D 1.20 0.52 0.30
332_A 381_E 1.19 0.51 0.30
406_K 190_E 1.19 0.51 0.29
242_S 168_V 1.17 0.49 0.28
458_S 418_N 1.14 0.47 0.25
475_L 341_A 1.12 0.45 0.24
72_F 232_N 1.12 0.45 0.23
388_I 179_A 1.10 0.43 0.22
428_V 275_S 1.09 0.42 0.21
91_T 194_R 1.09 0.42 0.21
236_R 182_Q 1.08 0.41 0.20
68_L 66_L 1.08 0.41 0.20
266_N 396_D 1.07 0.40 0.20
264_A 272_L 1.07 0.40 0.19
99_I 229_Q 1.04 0.38 0.18
363_D 427_G 1.04 0.37 0.17
368_V 344_S 1.03 0.37 0.17
231_R 314_I 1.02 0.36 0.16
338_V 370_V 1.02 0.35 0.16
372_V 264_D 1.01 0.35 0.15
132_A 245_L 1.01 0.35 0.15
65_M 22_A 1.01 0.35 0.15
103_E 391_I 1.01 0.34 0.15
237_L 327_A 1.00 0.34 0.15
107_V 242_N 1.00 0.34 0.15
79_Q 247_Q 0.99 0.33 0.14
69_V 253_D 0.99 0.33 0.14
70_I 143_D 0.98 0.33 0.14
314_L 116_Q 0.98 0.32 0.14
122_D 384_Y 0.97 0.32 0.13
403_G 122_T 0.97 0.31 0.13
241_R 314_I 0.96 0.31 0.13
338_V 146_S 0.96 0.31 0.13
332_A 231_V 0.96 0.31 0.12
371_L 66_L 0.95 0.30 0.12
458_S 198_D 0.95 0.30 0.12
377_I 363_I 0.94 0.29 0.12
236_R 162_T 0.94 0.29 0.12
475_L 145_L 0.94 0.29 0.11
422_F 98_F 0.93 0.29 0.11
284_S 342_H 0.93 0.29 0.11
120_K 331_F 0.93 0.29 0.11
377_I 390_T 0.93 0.28 0.11
380_I 24_N 0.93 0.28 0.11
404_K 310_F 0.93 0.28 0.11
325_Q 373_A 0.93 0.28 0.11
332_A 367_K 0.92 0.28 0.11
254_V 219_N 0.92 0.28 0.11
234_K 263_Q 0.92 0.28 0.10
197_T 418_N 0.92 0.28 0.10
380_I 180_R 0.91 0.27 0.10
299_E 69_D 0.91 0.27 0.10
378_G 125_Q 0.91 0.27 0.10
122_D 396_D 0.91 0.27 0.10
122_D 411_A 0.91 0.27 0.10
77_L 256_R 0.90 0.26 0.10
259_N 182_Q 0.90 0.26 0.10
378_G 158_Q 0.90 0.26 0.09
107_V 363_I 0.89 0.26 0.09
338_V 44_A 0.89 0.26 0.09
107_V 135_Y 0.89 0.26 0.09
151_I 264_D 0.89 0.26 0.09
476_H 271_D 0.89 0.26 0.09
242_S 243_L 0.89 0.25 0.09
183_E 91_L 0.89 0.25 0.09
151_I 345_V 0.88 0.25 0.09
352_T 362_S 0.88 0.25 0.09
408_I 247_Q 0.88 0.25 0.09
122_D 402_Y 0.88 0.25 0.09
406_K 142_I 0.88 0.25 0.09
372_V 68_A 0.88 0.24 0.09
99_I 39_L 0.87 0.24 0.09
80_V 63_Q 0.87 0.24 0.08
378_G 380_M 0.87 0.24 0.08
125_L 421_N 0.87 0.24 0.08
97_K 380_M 0.87 0.24 0.08
123_V 248_A 0.87 0.24 0.08
113_K 343_R 0.87 0.24 0.08
390_V 147_Y 0.86 0.24 0.08
221_A 91_L 0.86 0.24 0.08
327_A 391_I 0.86 0.24 0.08
341_L 394_V 0.86 0.24 0.08
458_S 110_E 0.86 0.24 0.08
172_D 149_Q 0.86 0.23 0.08
129_A 139_L 0.86 0.23 0.08
408_I 306_V 0.86 0.23 0.08
402_V 421_N 0.85 0.23 0.08
261_Y 64_L 0.85 0.23 0.08
380_I 373_A 0.85 0.23 0.08
86_A 125_Q 0.85 0.23 0.08
61_A 68_A 0.85 0.23 0.07
458_S 69_D 0.85 0.23 0.07
121_G 359_S 0.85 0.23 0.07
415_D 32_A 0.85 0.23 0.07
244_L 131_T 0.85 0.23 0.07
80_V 132_A 0.84 0.23 0.07
467_L 202_E 0.84 0.22 0.07
283_L 107_T 0.84 0.22 0.07
334_V 389_R 0.83 0.22 0.07
198_W 408_L 0.83 0.22 0.07
110_I 338_L 0.83 0.22 0.07
240_F 366_Y 0.83 0.22 0.07
126_K 403_N 0.83 0.22 0.07
123_V 91_L 0.83 0.21 0.07
278_I 363_I 0.83 0.21 0.07
130_L 332_V 0.83 0.21 0.07
123_V 216_A 0.83 0.21 0.07
248_A 379_A 0.82 0.21 0.07
85_T 155_I 0.82 0.21 0.07
343_V 245_L 0.82 0.21 0.07
330_I 258_Q 0.82 0.21 0.07
300_I 97_I 0.82 0.21 0.07
247_Q 334_A 0.82 0.21 0.07
428_V 139_L 0.82 0.21 0.07
476_H 384_Y 0.82 0.21 0.07
253_A 421_N 0.82 0.21 0.06
66_G 40_R 0.82 0.21 0.06
113_K 143_D 0.82 0.21 0.06
309_D 315_Y 0.81 0.21 0.06
235_S 152_K 0.81 0.21 0.06
258_E 256_R 0.81 0.21 0.06
113_K 364_N 0.81 0.20 0.06
134_A 242_N 0.81 0.20 0.06
202_K 425_A 0.81 0.20 0.06
109_E 269_T 0.81 0.20 0.06
69_V 270_L 0.81 0.20 0.06
368_V 319_M 0.81 0.20 0.06
107_V 68_A 0.81 0.20 0.06
263_E 68_A 0.81 0.20 0.06
471_V 64_L 0.81 0.20 0.06
459_V 335_S 0.81 0.20 0.06
332_A 48_A 0.81 0.20 0.06
252_H 377_L 0.81 0.20 0.06
380_I 176_V 0.81 0.20 0.06
431_N 36_N 0.80 0.20 0.06
463_L 384_Y 0.80 0.20 0.06
390_V 245_L 0.80 0.20 0.06
475_L 111_K 0.80 0.20 0.06
224_N 94_T 0.80 0.20 0.06
375_K 48_A 0.80 0.20 0.06
359_I 58_S 0.80 0.20 0.06
102_I 104_R 0.80 0.20 0.06
99_I 259_I 0.80 0.20 0.06
203_Y 56_A 0.80 0.20 0.06
284_S 255_A 0.80 0.20 0.06
338_V 398_T 0.80 0.20 0.06
80_V 51_E 0.80 0.20 0.06
159_S 252_Q 0.80 0.20 0.06
120_K 26_M 0.80 0.20 0.06
257_Q 425_A 0.79 0.19 0.06
65_M 241_R 0.79 0.19 0.06
450_A 183_Y 0.79 0.19 0.06
134_A 396_D 0.79 0.19 0.06
161_E 204_L 0.79 0.19 0.06
408_I 260_R 0.79 0.19 0.06
258_E 132_A 0.79 0.19 0.06
329_V 137_N 0.79 0.19 0.06
405_V 405_K 0.79 0.19 0.06
116_E 411_A 0.79 0.19 0.06
194_Q 99_D 0.79 0.19 0.06
337_K 318_G 0.79 0.19 0.06
231_R 92_Q 0.79 0.19 0.06
247_Q 398_T 0.79 0.19 0.06
296_F 274_A 0.79 0.19 0.06
244_L 28_V 0.79 0.19 0.06
356_L 89_A 0.79 0.19 0.05
79_Q 92_Q 0.79 0.19 0.05
127_L 42_S 0.78 0.19 0.05
357_M 335_S 0.78 0.19 0.05
373_Q 121_Q 0.78 0.19 0.05
378_G 152_K 0.78 0.19 0.05
250_A 387_G 0.78 0.19 0.05
59_L 390_T 0.78 0.19 0.05
350_V 382_A 0.78 0.19 0.05
259_N 178_N 0.78 0.19 0.05
213_R 132_A 0.78 0.19 0.05
289_Y 404_A 0.78 0.18 0.05
330_I 134_A 0.78 0.18 0.05
129_A 93_L 0.78 0.18 0.05
97_K 158_Q 0.78 0.18 0.05
377_I 264_D 0.78 0.18 0.05
467_L 306_V 0.78 0.18 0.05
260_K 322_S 0.78 0.18 0.05
332_A 209_G 0.77 0.18 0.05
456_M 303_Q 0.77 0.18 0.05
64_I 27_Q 0.77 0.18 0.05
296_F 212_Y 0.77 0.18 0.05
422_F 253_D 0.77 0.18 0.05
252_H 386_V 0.77 0.18 0.05
161_E 310_F 0.77 0.18 0.05
195_F 365_A 0.77 0.18 0.05
357_M 387_G 0.77 0.18 0.05
356_L 181_A 0.77 0.18 0.05
131_G 383_G 0.77 0.18 0.05
80_V 143_D 0.77 0.18 0.05
320_K 128_I 0.77 0.18 0.05
274_Q 97_I 0.77 0.18 0.05
299_E 51_E 0.77 0.18 0.05
203_Y 53_I 0.77 0.18 0.05
422_F 102_K 0.77 0.18 0.05
246_K 409_A 0.77 0.18 0.05
116_E 363_I 0.77 0.18 0.05
249_I 43_A 0.77 0.18 0.05
112_V 204_L 0.77 0.18 0.05
356_L 384_Y 0.76 0.18 0.05
475_L 128_I 0.76 0.18 0.05
127_L 181_A 0.76 0.18 0.05
387_I 109_Q 0.76 0.17 0.05
445_G 268_P 0.76 0.17 0.05
248_A 382_A 0.76 0.17 0.05
463_L 37_P 0.76 0.17 0.05
364_D 411_A 0.76 0.17 0.05
457_R 141_A 0.76 0.17 0.05
350_V 332_V 0.76 0.17 0.05
360_V 203_Q 0.76 0.17 0.05
66_G 330_N 0.76 0.17 0.05
408_I 55_E 0.76 0.17 0.05
323_E 391_I 0.76 0.17 0.05
193_E 331_F 0.76 0.17 0.05
121_G 315_Y 0.76 0.17 0.05
113_K 22_A 0.76 0.17 0.05
405_V 204_L 0.76 0.17 0.05
352_T 120_Y 0.76 0.17 0.05
202_K 263_Q 0.76 0.17 0.05
460_I 398_T 0.75 0.17 0.05
263_E 192_T 0.75 0.17 0.05
428_V 356_I 0.75 0.17 0.05
99_I 143_D 0.75 0.17 0.05
368_V 118_V 0.75 0.17 0.05
77_L 311_S 0.75 0.17 0.05
195_F 308_L 0.75 0.17 0.05
159_S 249_R 0.75 0.17 0.04
463_L 361_S 0.75 0.17 0.04
238_D 308_L 0.75 0.17 0.04
350_V 348_T 0.75 0.17 0.04
139_T 400_T 0.75 0.17 0.04
99_I 333_G 0.75 0.17 0.04
196_S 128_I 0.75 0.17 0.04
300_I 404_A 0.75 0.17 0.04
174_P 107_T 0.75 0.17 0.04
213_R 41_K 0.74 0.17 0.04
391_E 384_Y 0.74 0.17 0.04
107_V 266_H 0.74 0.17 0.04
248_A 391_I 0.74 0.17 0.04
356_L 355_N 0.74 0.17 0.04
58_R 404_A 0.74 0.17 0.04
364_D 186_V 0.74 0.17 0.04
332_A 272_L 0.74 0.17 0.04
341_L 228_P 0.74 0.17 0.04
241_R 253_D 0.74 0.17 0.04
388_I 392_V 0.74 0.17 0.04
251_K 174_T 0.74 0.17 0.04
282_I 153_E 0.74 0.17 0.04
332_A 348_T 0.74 0.17 0.04
98_E 229_Q 0.74 0.16 0.04
363_D 126_T 0.74 0.16 0.04
64_I 405_K 0.74 0.16 0.04
304_L 341_A 0.74 0.16 0.04
348_G 384_Y 0.74 0.16 0.04
271_Y 259_I 0.74 0.16 0.04
267_E 46_R 0.74 0.16 0.04
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0598 seconds.