May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
B6414_6497_F21_311
Genes: A B A+B
Length: 83 290 362
Sequences: 1192 1034 353
Seq/Len: 14.36 3.57 0.98
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.65
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.10 0.01 0.84
2 0.11 0.06 0.86
5 0.13 0.08 0.87
10 0.14 0.09 0.91
20 0.15 0.10 0.95
100 0.19 0.14 1.08
∞ 0.23 0.19 1.29
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
61_W 79_N 3.44 1.00 1.00
32_R 77_D 1.72 0.88 0.79
4_T 136_V 1.66 0.85 0.75
2_Y 123_F 1.57 0.80 0.68
29_I 121_D 1.46 0.73 0.58
10_V 134_P 1.46 0.73 0.57
4_T 135_S 1.33 0.63 0.44
14_W 133_D 1.27 0.57 0.38
81_L 62_F 1.24 0.55 0.35
2_Y 136_V 1.24 0.55 0.34
3_F 125_N 1.23 0.54 0.34
4_T 279_D 1.22 0.53 0.33
79_F 257_G 1.19 0.50 0.30
36_V 89_V 1.18 0.49 0.29
82_Y 146_N 1.17 0.49 0.28
59_D 81_Y 1.09 0.42 0.22
12_D 95_L 1.07 0.40 0.20
37_I 173_N 1.05 0.38 0.18
81_L 85_T 1.05 0.38 0.18
12_D 118_I 1.03 0.36 0.17
4_T 280_L 1.03 0.36 0.17
80_T 110_S 1.01 0.34 0.16
78_H 123_F 1.01 0.34 0.16
26_K 273_Y 1.01 0.34 0.16
81_L 38_I 1.01 0.34 0.16
67_N 67_R 1.00 0.34 0.15
47_D 283_Y 1.00 0.34 0.15
4_T 238_W 0.99 0.33 0.15
18_C 59_Y 0.99 0.33 0.14
7_G 38_I 0.99 0.33 0.14
27_F 133_D 0.98 0.32 0.14
61_W 137_T 0.98 0.32 0.14
30_F 40_A 0.98 0.32 0.14
29_I 149_I 0.98 0.32 0.14
4_T 195_K 0.97 0.31 0.13
4_T 99_Y 0.96 0.30 0.13
72_G 74_M 0.96 0.30 0.13
79_F 140_R 0.95 0.30 0.12
67_N 198_E 0.94 0.29 0.12
83_R 5_Y 0.94 0.29 0.12
4_T 96_I 0.94 0.28 0.11
30_F 73_S 0.93 0.28 0.11
47_D 35_N 0.93 0.28 0.11
38_A 224_N 0.92 0.27 0.11
63_V 284_N 0.92 0.27 0.10
30_F 116_F 0.92 0.27 0.10
3_F 115_T 0.91 0.27 0.10
76_V 55_N 0.91 0.27 0.10
63_V 118_I 0.91 0.26 0.10
14_W 185_N 0.90 0.26 0.10
61_W 106_S 0.90 0.26 0.10
39_K 109_L 0.89 0.26 0.09
36_V 190_T 0.89 0.25 0.09
52_G 38_I 0.89 0.25 0.09
46_W 260_A 0.88 0.25 0.09
41_T 237_Y 0.88 0.25 0.09
6_N 4_S 0.88 0.24 0.09
67_N 151_A 0.88 0.24 0.09
4_T 178_V 0.87 0.24 0.09
46_W 125_N 0.86 0.23 0.08
31_D 161_S 0.86 0.23 0.08
7_G 196_D 0.86 0.23 0.08
26_K 153_Y 0.85 0.23 0.08
29_I 36_L 0.85 0.22 0.07
36_V 57_S 0.85 0.22 0.07
16_P 140_R 0.84 0.22 0.07
27_F 165_N 0.84 0.22 0.07
18_C 188_V 0.84 0.22 0.07
72_G 198_E 0.84 0.22 0.07
27_F 247_N 0.84 0.22 0.07
51_N 111_Y 0.84 0.22 0.07
1_N 122_E 0.84 0.22 0.07
46_W 49_I 0.84 0.22 0.07
29_I 72_I 0.84 0.22 0.07
79_F 13_V 0.84 0.22 0.07
64_L 145_N 0.83 0.21 0.07
2_Y 125_N 0.83 0.21 0.07
46_W 75_Y 0.83 0.21 0.07
34_G 150_S 0.83 0.21 0.07
56_P 148_D 0.83 0.21 0.07
82_Y 182_L 0.83 0.21 0.07
61_W 51_D 0.83 0.21 0.07
13_T 125_N 0.82 0.21 0.07
79_F 133_D 0.82 0.21 0.07
68_D 135_S 0.82 0.21 0.07
27_F 59_Y 0.82 0.21 0.07
47_D 60_A 0.82 0.21 0.07
35_R 247_N 0.82 0.20 0.07
36_V 282_A 0.82 0.20 0.07
9_G 153_Y 0.82 0.20 0.07
63_V 162_F 0.81 0.20 0.06
52_G 272_S 0.81 0.20 0.06
14_W 187_Q 0.81 0.20 0.06
30_F 61_D 0.81 0.20 0.06
75_F 86_G 0.80 0.20 0.06
74_E 64_I 0.80 0.19 0.06
37_I 262_F 0.80 0.19 0.06
31_D 240_G 0.80 0.19 0.06
6_N 243_Y 0.80 0.19 0.06
30_F 74_M 0.80 0.19 0.06
30_F 178_V 0.80 0.19 0.06
28_S 279_D 0.80 0.19 0.06
66_L 4_S 0.80 0.19 0.06
64_L 124_N 0.80 0.19 0.06
18_C 192_M 0.80 0.19 0.06
52_G 16_Q 0.79 0.19 0.06
8_D 150_S 0.79 0.19 0.06
29_I 219_S 0.79 0.19 0.06
80_T 182_L 0.79 0.19 0.06
80_T 81_Y 0.79 0.19 0.06
26_K 260_A 0.79 0.19 0.06
73_R 14_F 0.79 0.19 0.06
7_G 177_G 0.79 0.19 0.06
64_L 82_T 0.79 0.19 0.06
80_T 84_Q 0.79 0.19 0.06
83_R 77_D 0.78 0.18 0.06
81_L 11_L 0.78 0.18 0.06
34_G 26_S 0.78 0.18 0.05
65_K 190_T 0.78 0.18 0.05
76_V 208_I 0.78 0.18 0.05
33_Y 181_D 0.78 0.18 0.05
51_N 16_Q 0.78 0.18 0.05
55_L 87_A 0.78 0.18 0.05
49_R 256_V 0.77 0.18 0.05
78_H 76_N 0.77 0.18 0.05
69_E 185_N 0.77 0.18 0.05
36_V 67_R 0.77 0.17 0.05
67_N 138_D 0.76 0.17 0.05
14_W 98_D 0.76 0.17 0.05
13_T 109_L 0.76 0.17 0.05
37_I 123_F 0.76 0.17 0.05
34_G 45_Q 0.76 0.17 0.05
52_G 132_L 0.76 0.17 0.05
20_N 196_D 0.76 0.17 0.05
4_T 126_T 0.76 0.17 0.05
1_N 161_S 0.76 0.17 0.05
74_E 119_D 0.76 0.17 0.05
70_N 241_V 0.76 0.17 0.05
64_L 91_F 0.75 0.17 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.273 seconds.