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OPENSEQ.org
MT
Genes: A B A+B
Length: 416 245 607
Sequences: 689 163 116
Seq/Len: 1.66 0.67 0.19
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.02
2 0.00 0.00 0.02
5 0.00 0.00 0.17
10 0.00 0.00 0.18
20 0.00 0.00 0.18
100 0.02 0.00 0.17
∞ 0.06 0.01 0.17
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
46_Q 61_E 1.90 0.54 0.00
311_V 36_E 1.71 0.43 0.00
68_I 167_G 1.60 0.36 0.00
52_L 109_L 1.53 0.32 0.00
65_D 145_L 1.46 0.29 0.00
68_I 157_F 1.43 0.27 0.00
46_Q 52_R 1.42 0.27 0.00
63_I 127_A 1.41 0.27 0.00
223_S 137_R 1.39 0.26 0.00
273_R 15_G 1.38 0.25 0.00
368_H 150_R 1.38 0.25 0.00
92_L 102_A 1.38 0.25 0.00
322_S 40_Q 1.38 0.25 0.00
263_L 187_A 1.37 0.25 0.00
128_E 16_G 1.36 0.24 0.00
285_E 177_L 1.34 0.23 0.00
156_V 102_A 1.33 0.23 0.00
261_I 127_A 1.32 0.23 0.00
91_L 96_T 1.31 0.22 0.00
246_N 83_D 1.31 0.22 0.00
247_G 98_K 1.28 0.21 0.00
253_T 112_R 1.28 0.21 0.00
63_I 123_L 1.27 0.21 0.00
259_F 193_R 1.27 0.21 0.00
34_E 148_G 1.27 0.20 0.00
57_P 117_A 1.26 0.20 0.00
210_L 98_K 1.25 0.20 0.00
46_Q 78_L 1.23 0.19 0.00
341_D 56_A 1.23 0.19 0.00
291_G 213_T 1.22 0.19 0.00
368_H 138_N 1.22 0.19 0.00
350_R 104_H 1.21 0.18 0.00
248_T 156_E 1.21 0.18 0.00
357_D 125_E 1.21 0.18 0.00
69_A 154_R 1.19 0.18 0.00
101_P 162_E 1.18 0.17 0.00
211_E 64_P 1.18 0.17 0.00
288_Y 174_L 1.18 0.17 0.00
285_E 60_L 1.17 0.17 0.00
310_S 158_I 1.17 0.17 0.00
302_L 40_Q 1.16 0.17 0.00
336_F 157_F 1.16 0.17 0.00
215_F 156_E 1.16 0.17 0.00
69_A 16_G 1.16 0.17 0.00
264_T 154_R 1.16 0.17 0.00
152_S 228_A 1.16 0.17 0.00
270_M 122_E 1.16 0.17 0.00
344_I 69_D 1.15 0.16 0.00
155_F 201_I 1.15 0.16 0.00
314_A 61_E 1.15 0.16 0.00
276_A 102_A 1.15 0.16 0.00
322_S 177_L 1.15 0.16 0.00
248_T 98_K 1.15 0.16 0.00
231_S 145_L 1.14 0.16 0.00
331_S 59_N 1.14 0.16 0.00
44_V 59_N 1.14 0.16 0.00
42_V 161_L 1.14 0.16 0.00
138_I 137_R 1.13 0.16 0.00
217_Y 156_E 1.12 0.15 0.00
363_M 159_T 1.12 0.15 0.00
42_V 13_L 1.12 0.15 0.00
44_V 46_D 1.12 0.15 0.00
358_D 182_G 1.11 0.15 0.00
251_N 128_R 1.10 0.15 0.00
334_D 15_G 1.10 0.15 0.00
380_P 145_L 1.10 0.15 0.00
38_Q 15_G 1.10 0.15 0.00
249_N 45_R 1.10 0.15 0.00
83_G 145_L 1.10 0.15 0.00
252_V 19_A 1.10 0.15 0.00
84_K 115_D 1.10 0.15 0.00
244_V 96_T 1.10 0.15 0.00
304_V 77_I 1.10 0.15 0.00
336_F 68_L 1.09 0.15 0.00
92_L 87_R 1.09 0.14 0.00
248_T 83_D 1.09 0.14 0.00
101_P 129_L 1.08 0.14 0.00
364_I 23_R 1.08 0.14 0.00
138_I 156_E 1.07 0.14 0.00
161_N 86_A 1.07 0.14 0.00
273_R 211_W 1.07 0.14 0.00
93_I 209_R 1.07 0.14 0.00
165_L 111_L 1.06 0.14 0.00
345_L 176_G 1.06 0.14 0.00
133_Q 137_R 1.06 0.14 0.00
140_F 142_V 1.05 0.13 0.00
261_I 121_L 1.05 0.13 0.00
64_G 101_E 1.05 0.13 0.00
334_D 121_L 1.05 0.13 0.00
223_S 97_C 1.05 0.13 0.00
304_V 156_E 1.04 0.13 0.00
106_V 183_D 1.04 0.13 0.00
322_S 52_R 1.04 0.13 0.00
253_T 113_N 1.03 0.13 0.00
212_G 91_Q 1.03 0.13 0.00
270_M 73_E 1.03 0.13 0.00
244_V 138_N 1.03 0.13 0.00
170_S 112_R 1.02 0.13 0.00
242_I 127_A 1.02 0.13 0.00
247_G 145_L 1.02 0.13 0.00
163_W 165_Q 1.02 0.13 0.00
296_G 182_G 1.02 0.13 0.00
289_S 216_T 1.02 0.13 0.00
344_I 190_L 1.02 0.12 0.00
363_M 137_R 1.02 0.12 0.00
143_V 138_N 1.02 0.12 0.00
139_R 98_K 1.02 0.12 0.00
325_T 38_E 1.01 0.12 0.00
218_T 156_E 1.01 0.12 0.00
217_Y 137_R 1.01 0.12 0.00
247_G 100_P 1.01 0.12 0.00
81_V 195_Q 1.01 0.12 0.00
247_G 124_R 1.00 0.12 0.00
93_I 167_G 1.00 0.12 0.00
344_I 109_L 1.00 0.12 0.00
317_E 90_Y 1.00 0.12 0.00
352_T 54_H 1.00 0.12 0.00
283_V 156_E 1.00 0.12 0.00
266_T 159_T 1.00 0.12 0.00
375_A 101_E 1.00 0.12 0.00
74_L 61_E 1.00 0.12 0.00
170_S 96_T 1.00 0.12 0.00
82_T 46_D 0.99 0.12 0.00
249_N 83_D 0.99 0.12 0.00
139_R 207_R 0.99 0.12 0.00
223_S 171_A 0.99 0.12 0.00
256_Y 86_A 0.99 0.12 0.00
210_L 156_E 0.99 0.12 0.00
270_M 40_Q 0.99 0.12 0.00
322_S 35_Q 0.99 0.12 0.00
68_I 21_P 0.99 0.12 0.00
356_K 89_E 0.98 0.12 0.00
304_V 161_L 0.98 0.12 0.00
293_Q 96_T 0.98 0.12 0.00
143_V 35_Q 0.98 0.12 0.00
353_K 226_P 0.98 0.12 0.00
289_S 129_L 0.98 0.12 0.00
78_G 124_R 0.98 0.12 0.00
215_F 170_P 0.98 0.12 0.00
253_T 198_A 0.98 0.11 0.00
410_N 148_G 0.98 0.11 0.00
240_F 161_L 0.98 0.11 0.00
363_M 156_E 0.98 0.11 0.00
47_G 158_I 0.97 0.11 0.00
344_I 127_A 0.97 0.11 0.00
331_S 47_M 0.97 0.11 0.00
262_R 156_E 0.97 0.11 0.00
270_M 81_I 0.97 0.11 0.00
344_I 202_R 0.97 0.11 0.00
99_P 151_V 0.97 0.11 0.00
58_I 186_D 0.97 0.11 0.00
138_I 97_C 0.97 0.11 0.00
145_R 113_N 0.97 0.11 0.00
137_D 59_N 0.97 0.11 0.00
89_T 93_L 0.97 0.11 0.00
63_I 94_L 0.97 0.11 0.00
55_A 178_L 0.97 0.11 0.00
138_I 159_T 0.97 0.11 0.00
210_L 66_G 0.96 0.11 0.00
55_A 111_L 0.96 0.11 0.00
311_V 38_E 0.96 0.11 0.00
71_V 187_A 0.96 0.11 0.00
283_V 29_C 0.96 0.11 0.00
368_H 128_R 0.96 0.11 0.00
63_I 96_T 0.96 0.11 0.00
84_K 15_G 0.96 0.11 0.00
363_M 97_C 0.95 0.11 0.00
136_T 59_N 0.95 0.11 0.00
364_I 164_Q 0.95 0.11 0.00
57_P 212_G 0.95 0.11 0.00
139_R 200_D 0.95 0.11 0.00
68_I 109_L 0.95 0.11 0.00
155_F 45_R 0.94 0.11 0.00
320_V 190_L 0.94 0.11 0.00
152_S 148_G 0.94 0.11 0.00
291_G 112_R 0.94 0.11 0.00
262_R 60_L 0.94 0.11 0.00
398_Y 109_L 0.94 0.10 0.00
69_A 208_A 0.94 0.10 0.00
122_F 213_T 0.93 0.10 0.00
59_E 112_R 0.93 0.10 0.00
83_G 165_Q 0.93 0.10 0.00
218_T 137_R 0.93 0.10 0.00
138_I 29_C 0.93 0.10 0.00
253_T 43_M 0.93 0.10 0.00
76_R 129_L 0.93 0.10 0.00
302_L 177_L 0.93 0.10 0.00
371_Q 196_L 0.93 0.10 0.00
124_V 82_G 0.93 0.10 0.00
345_L 77_I 0.93 0.10 0.00
264_T 194_L 0.92 0.10 0.00
397_L 226_P 0.92 0.10 0.00
285_E 138_N 0.92 0.10 0.00
358_D 19_A 0.92 0.10 0.00
311_V 102_A 0.92 0.10 0.00
44_V 117_A 0.92 0.10 0.00
307_T 156_E 0.92 0.10 0.00
93_I 115_D 0.92 0.10 0.00
322_S 181_Q 0.92 0.10 0.00
54_L 52_R 0.92 0.10 0.00
123_T 210_S 0.92 0.10 0.00
210_L 19_A 0.92 0.10 0.00
205_S 13_L 0.92 0.10 0.00
334_D 18_A 0.92 0.10 0.00
223_S 144_L 0.92 0.10 0.00
160_G 183_D 0.91 0.10 0.00
155_F 179_Y 0.91 0.10 0.00
81_V 183_D 0.91 0.10 0.00
407_G 148_G 0.91 0.10 0.00
298_A 20_L 0.91 0.10 0.00
336_F 36_E 0.91 0.10 0.00
68_I 145_L 0.91 0.10 0.00
180_G 226_P 0.91 0.10 0.00
217_Y 29_C 0.91 0.10 0.00
213_S 39_L 0.91 0.10 0.00
75_D 15_G 0.91 0.10 0.00
276_A 83_D 0.91 0.10 0.00
303_R 56_A 0.91 0.10 0.00
89_T 182_G 0.91 0.10 0.00
374_A 110_A 0.91 0.10 0.00
145_R 80_R 0.91 0.10 0.00
218_T 159_T 0.91 0.10 0.00
144_S 35_Q 0.90 0.10 0.00
375_A 212_G 0.90 0.10 0.00
274_R 107_G 0.90 0.10 0.00
143_V 181_Q 0.90 0.10 0.00
354_L 28_E 0.90 0.10 0.00
383_P 165_Q 0.90 0.10 0.00
289_S 203_A 0.90 0.10 0.00
146_S 67_L 0.90 0.10 0.00
261_I 218_G 0.90 0.10 0.00
144_S 178_L 0.90 0.10 0.00
304_V 137_R 0.90 0.10 0.00
106_V 99_A 0.90 0.10 0.00
55_A 96_T 0.90 0.10 0.00
262_R 137_R 0.90 0.10 0.00
386_G 226_P 0.90 0.10 0.00
359_R 33_L 0.90 0.10 0.00
213_S 142_V 0.90 0.10 0.00
93_I 16_G 0.90 0.10 0.00
288_Y 133_E 0.90 0.10 0.00
292_I 194_L 0.90 0.10 0.00
368_H 85_R 0.89 0.10 0.00
288_Y 191_I 0.89 0.10 0.00
251_N 68_L 0.89 0.10 0.00
153_T 142_V 0.89 0.10 0.00
125_G 73_E 0.89 0.10 0.00
143_V 40_Q 0.89 0.10 0.00
121_A 9_L 0.89 0.10 0.00
373_L 176_G 0.89 0.10 0.00
253_T 133_E 0.89 0.10 0.00
322_S 156_E 0.89 0.09 0.00
240_F 130_R 0.89 0.09 0.00
373_L 37_Q 0.89 0.09 0.00
252_V 201_I 0.89 0.09 0.00
261_I 220_A 0.89 0.09 0.00
265_L 133_E 0.89 0.09 0.00
362_L 137_R 0.88 0.09 0.00
374_A 154_R 0.88 0.09 0.00
91_L 6_G 0.88 0.09 0.00
297_V 189_R 0.88 0.09 0.00
227_M 15_G 0.88 0.09 0.00
264_T 19_A 0.88 0.09 0.00
86_Q 222_A 0.88 0.09 0.00
74_L 52_R 0.88 0.09 0.00
368_H 213_T 0.88 0.09 0.00
218_T 29_C 0.88 0.09 0.00
217_Y 97_C 0.88 0.09 0.00
332_N 189_R 0.88 0.09 0.00
199_G 174_L 0.88 0.09 0.00
395_S 22_G 0.88 0.09 0.00
30_Q 229_E 0.88 0.09 0.00
364_I 72_E 0.88 0.09 0.00
52_L 120_V 0.88 0.09 0.00
180_G 224_D 0.88 0.09 0.00
58_I 6_G 0.88 0.09 0.00
310_S 157_F 0.88 0.09 0.00
163_W 210_S 0.88 0.09 0.00
180_G 69_D 0.87 0.09 0.00
73_L 158_I 0.87 0.09 0.00
310_S 159_T 0.87 0.09 0.00
213_S 204_A 0.87 0.09 0.00
165_L 72_E 0.87 0.09 0.00
242_I 174_L 0.87 0.09 0.00
218_T 177_L 0.87 0.09 0.00
393_G 59_N 0.87 0.09 0.00
380_P 125_E 0.87 0.09 0.00
240_F 167_G 0.87 0.09 0.00
363_M 29_C 0.87 0.09 0.00
276_A 182_G 0.87 0.09 0.00
221_R 61_E 0.87 0.09 0.00
259_F 149_D 0.87 0.09 0.00
358_D 122_E 0.87 0.09 0.00
154_S 142_V 0.87 0.09 0.00
34_E 229_E 0.86 0.09 0.00
252_V 68_L 0.86 0.09 0.00
171_L 210_S 0.86 0.09 0.00
242_I 183_D 0.86 0.09 0.00
341_D 48_I 0.86 0.09 0.00
293_Q 114_G 0.86 0.09 0.00
303_R 130_R 0.86 0.09 0.00
261_I 62_S 0.86 0.09 0.00
256_Y 181_Q 0.86 0.09 0.00
288_Y 114_G 0.86 0.09 0.00
154_S 70_V 0.85 0.09 0.00
285_E 24_D 0.85 0.09 0.00
207_M 14_L 0.85 0.09 0.00
217_Y 159_T 0.85 0.09 0.00
93_I 71_R 0.85 0.09 0.00
283_V 48_I 0.85 0.09 0.00
302_L 52_R 0.85 0.09 0.00
225_V 166_G 0.85 0.09 0.00
391_D 54_H 0.85 0.09 0.00
217_Y 48_I 0.85 0.09 0.00
322_S 60_L 0.85 0.09 0.00
101_P 99_A 0.85 0.09 0.00
246_N 156_E 0.85 0.09 0.00
109_E 69_D 0.85 0.09 0.00
81_V 161_L 0.85 0.09 0.00
65_D 165_Q 0.85 0.09 0.00
214_G 70_V 0.85 0.09 0.00
63_I 111_L 0.85 0.09 0.00
77_R 48_I 0.85 0.09 0.00
218_T 97_C 0.85 0.09 0.00
103_R 180_L 0.85 0.09 0.00
215_F 137_R 0.85 0.09 0.00
302_L 197_D 0.85 0.09 0.00
106_V 100_P 0.85 0.09 0.00
74_L 78_L 0.85 0.09 0.00
90_S 178_L 0.85 0.09 0.00
258_E 146_K 0.85 0.09 0.00
302_L 19_A 0.85 0.09 0.00
262_R 97_C 0.85 0.09 0.00
262_R 191_I 0.85 0.09 0.00
256_Y 71_R 0.85 0.09 0.00
320_V 78_L 0.85 0.09 0.00
92_L 133_E 0.84 0.09 0.00
36_L 121_L 0.84 0.09 0.00
231_S 161_L 0.84 0.09 0.00
223_S 161_L 0.84 0.09 0.00
103_R 178_L 0.84 0.09 0.00
42_V 92_A 0.84 0.09 0.00
158_R 164_Q 0.84 0.09 0.00
85_E 211_W 0.84 0.09 0.00
66_P 129_L 0.84 0.09 0.00
61_L 28_E 0.84 0.09 0.00
154_S 43_M 0.84 0.09 0.00
322_S 36_E 0.84 0.09 0.00
297_V 193_R 0.84 0.09 0.00
240_F 201_I 0.84 0.09 0.00
251_N 98_K 0.84 0.09 0.00
59_E 103_H 0.84 0.09 0.00
216_A 190_L 0.84 0.09 0.00
207_M 145_L 0.84 0.09 0.00
231_S 194_L 0.84 0.09 0.00
55_A 74_R 0.84 0.09 0.00
291_G 150_R 0.84 0.08 0.00
261_I 49_R 0.83 0.08 0.00
301_A 17_C 0.83 0.08 0.00
46_Q 76_L 0.83 0.08 0.00
375_A 147_R 0.83 0.08 0.00
213_S 64_P 0.83 0.08 0.00
65_D 129_L 0.83 0.08 0.00
329_S 74_R 0.83 0.08 0.00
89_T 163_L 0.83 0.08 0.00
254_I 59_N 0.83 0.08 0.00
75_D 113_N 0.83 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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