May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ppH vs J tip
Genes: A B A+B
Length: 144 210 311
Sequences: 1608 305 156
Seq/Len: 11.17 1.45 0.5
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.00 0.01
2 0.04 0.00 0.43
5 0.05 0.00 0.44
10 0.07 0.00 0.45
20 0.07 0.00 0.45
100 0.07 0.00 0.47
∞ 0.17 0.04 0.56
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
129_L 166_L 2.56 0.97 0.93
67_L 65_F 1.73 0.72 0.48
100_P 95_R 1.71 0.71 0.46
106_S 71_R 1.70 0.71 0.46
1_S 152_L 1.52 0.58 0.30
70_W 90_G 1.42 0.50 0.23
129_L 156_M 1.42 0.50 0.22
110_L 121_L 1.39 0.48 0.20
58_L 30_L 1.38 0.47 0.20
100_P 33_D 1.37 0.46 0.19
106_S 163_Y 1.37 0.46 0.19
109_E 78_R 1.33 0.43 0.17
112_P 95_R 1.33 0.43 0.17
111_S 36_Q 1.32 0.43 0.16
100_P 69_G 1.31 0.42 0.16
52_E 85_R 1.29 0.41 0.15
115_L 84_V 1.29 0.40 0.15
26_T 34_L 1.28 0.40 0.14
37_G 70_W 1.27 0.39 0.14
22_I 12_A 1.26 0.38 0.13
107_S 70_W 1.25 0.37 0.12
109_E 95_R 1.24 0.36 0.12
104_I 120_A 1.23 0.35 0.12
109_E 168_R 1.21 0.34 0.11
28_E 98_W 1.21 0.34 0.11
32_D 88_L 1.20 0.34 0.11
47_V 2_M 1.20 0.34 0.10
3_G 86_W 1.19 0.33 0.10
17_R 64_E 1.18 0.33 0.10
104_I 163_Y 1.18 0.33 0.10
67_L 14_R 1.17 0.32 0.10
28_E 153_A 1.17 0.32 0.09
132_D 121_L 1.16 0.31 0.09
112_P 67_R 1.16 0.31 0.09
68_P 151_P 1.16 0.31 0.09
100_P 79_S 1.15 0.30 0.09
131_S 160_H 1.14 0.30 0.08
22_I 11_Q 1.14 0.30 0.08
115_L 52_A 1.14 0.29 0.08
133_G 25_R 1.13 0.29 0.08
108_G 136_W 1.10 0.27 0.07
100_P 78_R 1.10 0.27 0.07
67_L 19_R 1.08 0.26 0.06
1_S 167_V 1.06 0.25 0.06
103_L 107_S 1.06 0.25 0.06
33_N 43_R 1.05 0.24 0.06
15_A 121_L 1.05 0.24 0.06
36_Y 17_E 1.04 0.24 0.06
44_A 42_V 1.04 0.24 0.06
64_S 158_L 1.03 0.23 0.05
9_R 29_A 1.02 0.23 0.05
100_P 40_R 1.02 0.23 0.05
15_A 112_Q 1.02 0.23 0.05
37_G 95_R 1.02 0.23 0.05
30_V 63_V 1.01 0.22 0.05
112_P 82_Q 1.01 0.22 0.05
75_F 6_V 1.00 0.22 0.05
107_S 78_R 1.00 0.21 0.04
18_L 63_V 0.99 0.21 0.04
67_L 136_W 0.99 0.21 0.04
40_L 158_L 0.99 0.21 0.04
102_L 114_V 0.99 0.21 0.04
37_G 77_A 0.99 0.21 0.04
18_L 21_R 0.98 0.21 0.04
68_P 17_E 0.98 0.21 0.04
121_G 159_E 0.97 0.20 0.04
37_G 78_R 0.97 0.20 0.04
71_A 99_L 0.97 0.20 0.04
109_E 69_G 0.97 0.20 0.04
120_R 26_A 0.97 0.20 0.04
34_R 156_M 0.97 0.20 0.04
16_E 121_L 0.97 0.20 0.04
44_A 30_L 0.96 0.20 0.04
98_D 55_S 0.96 0.20 0.04
18_L 132_W 0.96 0.20 0.04
21_L 65_F 0.96 0.20 0.04
109_E 70_W 0.96 0.19 0.04
71_A 154_V 0.95 0.19 0.04
67_L 87_S 0.95 0.19 0.04
19_A 154_V 0.95 0.19 0.04
31_L 155_E 0.94 0.19 0.04
50_Y 171_R 0.94 0.19 0.04
31_L 173_L 0.94 0.18 0.03
28_E 64_E 0.94 0.18 0.03
133_G 168_R 0.93 0.18 0.03
57_W 38_V 0.93 0.18 0.03
33_N 67_R 0.93 0.18 0.03
96_G 22_E 0.93 0.18 0.03
116_R 161_R 0.92 0.18 0.03
42_R 22_E 0.92 0.18 0.03
112_P 33_D 0.91 0.17 0.03
100_P 84_V 0.91 0.17 0.03
124_G 1_R 0.91 0.17 0.03
12_D 65_F 0.91 0.17 0.03
133_G 97_Y 0.90 0.17 0.03
43_D 169_V 0.90 0.17 0.03
91_K 1_R 0.90 0.17 0.03
105_L 99_L 0.90 0.17 0.03
113_F 6_V 0.90 0.17 0.03
100_P 70_W 0.90 0.17 0.03
35_E 71_R 0.90 0.17 0.03
40_L 76_Q 0.89 0.17 0.03
37_G 33_D 0.89 0.17 0.03
37_G 69_G 0.89 0.17 0.03
49_R 153_A 0.89 0.16 0.03
121_G 66_T 0.89 0.16 0.03
67_L 39_E 0.88 0.16 0.03
44_A 65_F 0.88 0.16 0.03
23_G 104_A 0.88 0.16 0.03
35_E 73_P 0.88 0.16 0.03
25_L 107_S 0.88 0.16 0.03
15_A 109_P 0.88 0.16 0.03
37_G 72_N 0.88 0.16 0.03
73_L 154_V 0.88 0.16 0.03
105_L 70_W 0.88 0.16 0.03
45_Y 6_V 0.88 0.16 0.03
40_L 132_W 0.87 0.16 0.03
62_R 115_L 0.87 0.16 0.03
39_R 134_G 0.87 0.16 0.03
77_L 149_S 0.87 0.16 0.03
76_E 14_R 0.87 0.16 0.03
131_S 71_R 0.87 0.15 0.03
100_P 72_N 0.86 0.15 0.02
79_G 114_V 0.86 0.15 0.02
2_T 1_R 0.86 0.15 0.02
102_L 119_T 0.86 0.15 0.02
27_D 26_A 0.86 0.15 0.02
129_L 167_V 0.86 0.15 0.02
112_P 36_Q 0.86 0.15 0.02
104_I 167_V 0.85 0.15 0.02
21_L 6_V 0.85 0.15 0.02
7_T 1_R 0.85 0.15 0.02
11_L 158_L 0.85 0.15 0.02
47_V 43_R 0.85 0.15 0.02
67_L 152_L 0.85 0.15 0.02
109_E 36_Q 0.85 0.15 0.02
75_F 153_A 0.85 0.15 0.02
14_E 4_D 0.85 0.15 0.02
53_A 65_F 0.85 0.15 0.02
48_L 42_V 0.84 0.14 0.02
92_E 115_L 0.84 0.14 0.02
104_I 26_A 0.84 0.14 0.02
134_F 86_W 0.84 0.14 0.02
25_L 81_L 0.84 0.14 0.02
65_H 10_D 0.84 0.14 0.02
4_F 56_E 0.83 0.14 0.02
40_L 96_R 0.83 0.14 0.02
9_R 86_W 0.83 0.14 0.02
22_I 174_D 0.83 0.14 0.02
23_G 38_V 0.83 0.14 0.02
100_P 36_Q 0.83 0.14 0.02
40_L 45_E 0.83 0.14 0.02
96_G 114_V 0.83 0.14 0.02
104_I 88_L 0.83 0.14 0.02
128_S 151_P 0.83 0.14 0.02
78_D 155_E 0.83 0.14 0.02
136_L 69_G 0.83 0.14 0.02
14_E 137_P 0.83 0.14 0.02
57_W 40_R 0.82 0.14 0.02
38_L 30_L 0.82 0.14 0.02
106_S 106_D 0.82 0.14 0.02
103_L 64_E 0.82 0.14 0.02
112_P 40_R 0.82 0.14 0.02
98_D 101_L 0.82 0.14 0.02
14_E 67_R 0.82 0.14 0.02
103_L 103_R 0.82 0.14 0.02
109_E 79_S 0.81 0.13 0.02
27_D 43_R 0.81 0.13 0.02
75_F 13_T 0.81 0.13 0.02
103_L 10_D 0.81 0.13 0.02
54_K 102_D 0.81 0.13 0.02
99_Q 20_M 0.81 0.13 0.02
11_L 159_E 0.81 0.13 0.02
71_A 119_T 0.81 0.13 0.02
37_G 2_M 0.81 0.13 0.02
129_L 74_L 0.80 0.13 0.02
30_V 112_Q 0.80 0.13 0.02
123_E 76_Q 0.80 0.13 0.02
45_Y 11_Q 0.80 0.13 0.02
91_K 166_L 0.80 0.13 0.02
111_S 102_D 0.80 0.13 0.02
53_A 123_W 0.80 0.13 0.02
36_Y 85_R 0.80 0.13 0.02
116_R 39_E 0.80 0.13 0.02
112_P 38_V 0.80 0.13 0.02
11_L 19_R 0.80 0.13 0.02
116_R 150_L 0.80 0.13 0.02
54_K 108_K 0.80 0.13 0.02
57_W 81_L 0.80 0.13 0.02
29_A 172_L 0.80 0.13 0.02
68_P 136_W 0.79 0.13 0.02
94_K 115_L 0.79 0.13 0.02
58_L 39_E 0.79 0.13 0.02
56_R 63_V 0.79 0.12 0.02
12_D 93_L 0.79 0.12 0.02
110_L 10_D 0.79 0.12 0.02
41_E 131_N 0.78 0.12 0.02
140_E 69_G 0.78 0.12 0.02
104_I 172_L 0.78 0.12 0.02
57_W 164_G 0.78 0.12 0.02
37_G 40_R 0.78 0.12 0.02
108_G 157_T 0.78 0.12 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1603 seconds.