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OPENSEQ.org
roda-mred
Genes: A B A+B
Length: 370 162 457
Sequences: 4924 577 182
Seq/Len: 13.31 3.56 0.4
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.70
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.02
2 0.01 0.00 0.32
5 0.01 0.00 0.32
10 0.02 0.00 0.33
20 0.02 0.00 0.34
100 0.05 0.00 0.48
∞ 0.18 0.00 0.78
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
153_L 41_L 1.50 0.49 0.00
283_L 112_L 1.42 0.44 0.00
260_H 38_W 1.42 0.44 0.00
149_M 140_V 1.42 0.43 0.00
31_S 112_L 1.41 0.43 0.00
347_I 126_I 1.35 0.39 0.00
314_L 78_V 1.32 0.37 0.00
169_S 52_H 1.30 0.36 0.00
118_I 101_W 1.28 0.34 0.00
122_L 141_N 1.24 0.32 0.00
47_E 60_F 1.22 0.30 0.00
126_R 111_S 1.21 0.30 0.00
213_M 55_N 1.21 0.30 0.00
145_V 58_T 1.20 0.29 0.00
16_L 20_L 1.19 0.29 0.00
307_A 86_Y 1.19 0.29 0.00
24_L 38_W 1.19 0.28 0.00
34_V 35_R 1.18 0.28 0.00
363_R 99_A 1.17 0.28 0.00
174_L 98_L 1.17 0.28 0.00
176_L 57_G 1.17 0.27 0.00
154_V 111_S 1.17 0.27 0.00
286_L 81_M 1.14 0.26 0.00
169_S 122_E 1.14 0.26 0.00
179_L 79_L 1.14 0.25 0.00
169_S 105_L 1.13 0.25 0.00
352_G 12_I 1.12 0.24 0.00
169_S 21_L 1.12 0.24 0.00
16_L 155_V 1.12 0.24 0.00
149_M 86_Y 1.11 0.24 0.00
100_Q 20_L 1.11 0.24 0.00
347_I 99_A 1.10 0.23 0.00
26_A 117_I 1.10 0.23 0.00
224_A 132_P 1.10 0.23 0.00
61_V 117_I 1.10 0.23 0.00
49_K 91_K 1.09 0.23 0.00
245_W 82_S 1.08 0.23 0.00
292_L 73_T 1.08 0.23 0.00
316_V 135_F 1.08 0.23 0.00
123_M 68_L 1.08 0.22 0.00
169_S 86_Y 1.08 0.22 0.00
281_L 79_L 1.07 0.22 0.00
128_I 135_F 1.07 0.22 0.00
344_S 81_M 1.07 0.22 0.00
23_I 137_S 1.07 0.22 0.00
79_Y 24_I 1.07 0.22 0.00
285_I 19_A 1.06 0.22 0.00
149_M 142_G 1.06 0.21 0.00
31_S 88_V 1.06 0.21 0.00
363_R 38_W 1.05 0.21 0.00
151_T 70_S 1.04 0.21 0.00
141_G 132_P 1.03 0.20 0.00
308_G 45_Y 1.03 0.20 0.00
211_V 54_V 1.03 0.20 0.00
169_S 95_F 1.03 0.20 0.00
360_H 102_Q 1.03 0.20 0.00
126_R 94_L 1.03 0.20 0.00
256_L 117_I 1.02 0.20 0.00
129_N 50_L 1.02 0.20 0.00
70_V 17_L 1.02 0.20 0.00
57_L 120_W 1.02 0.20 0.00
240_L 15_S 1.02 0.20 0.00
169_S 15_S 1.02 0.20 0.00
104_D 86_Y 1.01 0.19 0.00
156_A 70_S 1.01 0.19 0.00
23_I 40_L 1.01 0.19 0.00
116_A 96_R 1.00 0.19 0.00
131_D 130_F 1.00 0.19 0.00
31_S 74_L 1.00 0.19 0.00
303_G 15_S 1.00 0.19 0.00
355_I 138_S 1.00 0.19 0.00
185_G 18_I 0.99 0.18 0.00
171_L 134_V 0.99 0.18 0.00
214_L 135_F 0.99 0.18 0.00
246_L 35_R 0.99 0.18 0.00
34_V 23_Q 0.99 0.18 0.00
124_V 116_I 0.98 0.18 0.00
208_R 65_I 0.98 0.18 0.00
57_L 43_L 0.98 0.18 0.00
35_I 141_N 0.98 0.18 0.00
349_L 139_V 0.98 0.18 0.00
203_M 54_V 0.98 0.18 0.00
172_F 138_S 0.98 0.18 0.00
215_L 15_S 0.97 0.17 0.00
350_M 107_V 0.97 0.17 0.00
25_L 114_V 0.97 0.17 0.00
126_R 76_V 0.97 0.17 0.00
348_V 37_N 0.96 0.17 0.00
359_I 121_A 0.96 0.17 0.00
288_I 87_L 0.96 0.17 0.00
302_F 157_Q 0.96 0.17 0.00
328_I 65_I 0.96 0.17 0.00
208_R 48_L 0.96 0.17 0.00
264_I 70_S 0.96 0.17 0.00
25_L 20_L 0.96 0.17 0.00
152_L 122_E 0.95 0.17 0.00
85_L 12_I 0.95 0.17 0.00
231_S 146_P 0.95 0.17 0.00
35_I 78_V 0.95 0.17 0.00
203_M 149_F 0.95 0.17 0.00
211_V 13_W 0.95 0.16 0.00
25_L 139_V 0.94 0.16 0.00
35_I 111_S 0.94 0.16 0.00
314_L 151_L 0.94 0.16 0.00
118_I 147_W 0.94 0.16 0.00
328_I 99_A 0.94 0.16 0.00
115_I 19_A 0.94 0.16 0.00
155_A 38_W 0.94 0.16 0.00
288_I 94_L 0.94 0.16 0.00
45_M 131_R 0.94 0.16 0.00
314_L 141_N 0.93 0.16 0.00
49_K 148_I 0.93 0.16 0.00
288_I 82_S 0.93 0.16 0.00
286_L 41_L 0.93 0.16 0.00
308_G 110_L 0.93 0.16 0.00
97_K 60_F 0.93 0.16 0.00
256_L 109_L 0.93 0.16 0.00
260_H 127_N 0.92 0.16 0.00
266_A 60_F 0.92 0.15 0.00
67_P 54_V 0.92 0.15 0.00
127_F 14_L 0.92 0.15 0.00
110_F 153_R 0.92 0.15 0.00
173_V 65_I 0.92 0.15 0.00
235_I 82_S 0.92 0.15 0.00
185_G 115_D 0.92 0.15 0.00
31_S 118_V 0.91 0.15 0.00
286_L 147_W 0.91 0.15 0.00
269_A 53_R 0.91 0.15 0.00
116_A 60_F 0.91 0.15 0.00
347_I 38_W 0.91 0.15 0.00
346_L 107_V 0.91 0.15 0.00
245_W 141_N 0.91 0.15 0.00
363_R 57_G 0.91 0.15 0.00
282_A 85_A 0.91 0.15 0.00
71_Y 45_Y 0.91 0.15 0.00
155_A 72_S 0.91 0.15 0.00
16_L 12_I 0.91 0.15 0.00
214_L 99_A 0.91 0.15 0.00
260_H 62_M 0.91 0.15 0.00
353_F 138_S 0.91 0.15 0.00
278_L 82_S 0.91 0.15 0.00
163_S 117_I 0.91 0.15 0.00
228_I 110_L 0.90 0.15 0.00
212_M 62_M 0.90 0.15 0.00
338_L 90_L 0.90 0.15 0.00
185_G 56_V 0.90 0.15 0.00
15_H 141_N 0.90 0.15 0.00
260_H 59_G 0.90 0.15 0.00
338_L 34_F 0.90 0.14 0.00
74_W 81_M 0.89 0.14 0.00
124_V 110_L 0.89 0.14 0.00
56_G 98_L 0.89 0.14 0.00
127_F 133_E 0.89 0.14 0.00
146_L 90_L 0.89 0.14 0.00
130_R 25_M 0.89 0.14 0.00
297_R 86_Y 0.89 0.14 0.00
322_I 76_V 0.89 0.14 0.00
115_I 86_Y 0.89 0.14 0.00
129_N 82_S 0.88 0.14 0.00
275_V 143_V 0.88 0.14 0.00
364_K 16_F 0.88 0.14 0.00
298_A 105_L 0.88 0.14 0.00
72_E 27_W 0.88 0.14 0.00
302_F 27_W 0.88 0.14 0.00
157_Q 76_V 0.88 0.14 0.00
288_I 53_R 0.88 0.14 0.00
179_L 161_V 0.87 0.14 0.00
235_I 99_A 0.87 0.14 0.00
260_H 119_F 0.87 0.14 0.00
312_L 15_S 0.87 0.14 0.00
36_W 78_V 0.87 0.14 0.00
85_L 37_N 0.87 0.14 0.00
129_N 60_F 0.87 0.14 0.00
363_R 22_L 0.87 0.14 0.00
122_L 77_R 0.87 0.14 0.00
355_I 80_A 0.87 0.14 0.00
289_M 140_V 0.87 0.14 0.00
34_V 13_W 0.87 0.14 0.00
15_H 69_I 0.87 0.14 0.00
180_S 116_I 0.86 0.13 0.00
279_I 52_H 0.86 0.13 0.00
353_F 56_V 0.86 0.13 0.00
247_H 123_F 0.86 0.13 0.00
48_R 43_L 0.86 0.13 0.00
231_S 148_I 0.86 0.13 0.00
203_M 25_M 0.86 0.13 0.00
360_H 149_F 0.86 0.13 0.00
291_G 157_Q 0.86 0.13 0.00
128_I 131_R 0.86 0.13 0.00
228_I 10_W 0.86 0.13 0.00
295_A 74_L 0.86 0.13 0.00
46_M 20_L 0.85 0.13 0.00
364_K 44_L 0.85 0.13 0.00
31_S 157_Q 0.85 0.13 0.00
299_Q 100_L 0.85 0.13 0.00
260_H 159_F 0.85 0.13 0.00
355_I 90_L 0.85 0.13 0.00
345_A 35_R 0.85 0.13 0.00
203_M 161_V 0.84 0.13 0.00
334_V 81_M 0.84 0.13 0.00
43_I 84_I 0.84 0.13 0.00
198_L 64_A 0.84 0.13 0.00
310_L 141_N 0.84 0.13 0.00
122_L 19_A 0.84 0.13 0.00
62_V 48_L 0.84 0.12 0.00
169_S 136_W 0.84 0.12 0.00
22_L 18_I 0.83 0.12 0.00
169_S 116_I 0.83 0.12 0.00
115_I 83_I 0.83 0.12 0.00
285_I 60_F 0.83 0.12 0.00
79_Y 72_S 0.83 0.12 0.00
345_A 86_Y 0.83 0.12 0.00
245_W 38_W 0.83 0.12 0.00
71_Y 111_S 0.83 0.12 0.00
127_F 123_F 0.83 0.12 0.00
57_L 68_L 0.83 0.12 0.00
83_I 45_Y 0.83 0.12 0.00
55_M 139_V 0.83 0.12 0.00
71_Y 103_Q 0.82 0.12 0.00
350_M 69_I 0.82 0.12 0.00
364_K 111_S 0.82 0.12 0.00
269_A 142_G 0.82 0.12 0.00
185_G 95_F 0.82 0.12 0.00
364_K 138_S 0.82 0.12 0.00
176_L 72_S 0.82 0.12 0.00
24_L 95_F 0.82 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
13612 roda-mred Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) Running - Shared
13611 0.4 roda-mred Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
10916 2.33 RodA vs MreD Δgene:(1, ∞) A:(1E-10, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.06 Done
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